임시투자세액공제를 지연신청한 경우 이를 배제한 처분의 당부

심판청구번호 국심2002서 2942(2003. 1.24) 법인세 신고시 세액공제 신청한 1998∼1999사업연도 시설투자금액 ○○○원과 2002.4.1. 2000사업연도 법인세로 경정청구한 1999사업연도 시설투자금액 ○○○원에 대하여는 조세특례제한법 제26조 의 규정에 의한 임시투자세액공제를 적용하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 ○○○공업단지내에 제조공장을 두고 ○○○등 15종의 석유화학 제품 제조업을 영위하는 상장법인으로 1999사업연도에 조세특례제한법상 임시투자세액공제 등 공제대상 감면세액 ○○○원(임시투자세액 ○○○원 포함)중 최저한세의 적용으로 ○○○원만을 세액공제하여 1999사업연도 법인세를 신고하였고 또한 ○○○ 제조공장등(이하 "쟁점1공장"이라 한다)을 1998.5∼1999.7월 건설에 착공하여 2000.2∼4월 완공하였으며 1998∼1999년도 시설투자금액 ○○○원(이하 "쟁점1공장투자액"이라 한다)에 대하여 투자가 완료된 2000사업연도 법인세 신고시 임시투자세액공제를 신청하였으며, ○○○ 제조공장등(이하 "쟁점2공장"이라 한다)을 1997.5∼1999.11월 건설에 착공하여 2001.7∼2002.1월에 완공하고 쟁점2공장에 대한 1999년도의 투자금액 ○○○원(이하 "쟁점2공장투자액"이라 한다)과 2000년도의 투자금액 ○○○원에 대하여 2002.4.1. 2000사업연도 법인세로 경정청구하여 임시투자세액 ○○○원을 환급신청하였다. 처분청은 청구법인의 2000사업연도 경정청구에 대한 실지조사를 하는 과정에서 청구법인이 2000사업연도 법인세 신고시 세액공제 신청한 쟁점1공장투자액에 대한 임시투자세액 ○○○원과 2002.4.1. 경정청구한 1999년도 쟁점2공장의 1999년도 투자금액에 대한 임시투자세액 ○○○원에 대하여 1999년도 투자금액으로서 임시투자세액공제 요건 미비라는 사유로 쟁점1공장투자액에 대하여는 세액공제 적용을 배제하고 쟁점2공장투자액에 대하여는 경정청구를 거부하여 법인세를 경정하면서 청구법인이 2000사업연도 법인세로 경정청구한 금액중 환급하여야 할 2000년도 투자금액에 대한 임시투자세액 ○○○원을 차감하여 2002.6.4. 청구법인에게 2000사업연도 법인세 ○○○원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.6.18. 이의신청을 거쳐 2002.10.1. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 (1) 조세특례제한법 시행령 제23조 제3항 에서 "대통령령이 정하는 과세연도라 함은 투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도를 말한다."라고 규정하고 있음에 비추어 여러 과세연도에 걸쳐 투자가 이루어지는 경우에 임시투자세액공제는 과세연도마다 공제를 받던가 아니면 투자가 완료된 과세연도에 한꺼번에 공제를 받던가는 투자자의 선택에 일임하고 있는 것으로 보여지고 쟁점1공장의 경우 투자가 이루어진 사업연도에 별도로 세액공제를 받을 수도 있겠으나 투자가 완료된 사업연도에 임시투자세액공제를 한꺼번에 받을 수 있는 것이므로 청구법인이 적법하게 투자가 완료된 2000사업연도에 임시투자세액공제를 신청하였음에도 처분청은 1999년도 쟁점1공장투자액에 대한 임시투자세액공제를 2000사업연도에 세액공제를 신청하였다 하여 세액공제를 배제한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인과 같이 1999사업연도에 최저한세가 적용되는 경우 1999사업연도의 투자분에 대한 임시투자세액공제를 1999사업연도에 신청하지 아니하고 2000사업연도 법인세 과세표준신고시에 임시투자세액공제를 신청하여도 이월공제가 가능하다는 국세청 및 재정경제부의 유권해석(법인22601-1844, 1988.7.4. 법인46012-1162, 1995.4.28.)에 따라 쟁점2공장의 경우에는 매투자년도마다 임시투자세액을 공제받는 방법을 선택하여 1999사업연도 투자금액에 대하여는 1999사업연도의 최저한세 적용으로 2000사업연도 법인세 신고시에 세액공제를 신청할 수도 있으나 신청하지 아니하고 경정청구를 통하여 2000사업연도에 임시투자세액공제를 신청한 것이고, 2000.12.29. 국세기본법 제45조 의 2 제1항의 개정으로 2000사업연도 법인세부터 경정청구기간이 2년으로 연장되었으므로 청구법인이 2002.4.1. 쟁점2공장투자액에 대한 1999년도의 임시투자세액공제를 최저한세의 적용으로 2000사업연도의 법인세로 지연하여 경정청구한 것은 사업연도 종료일로부터 2년내에 청구한 적법한 경정청구에 해당하므로 쟁점2공장투자액에 대하여 임시투자세액공제를 적용하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 조세특례제한법 제26조 제1항 및 같은법 시행령 제23조 제3항에서 임시투자세액공제는 투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 투자가 완료된 과세연도의 법인세에서 공제하도록 규정하고 있으나, 1999.6.30. 대통령령 제16431호로 개정된 부칙 제2조에 의하면 1999.12.31.까지 투자한 금액은 1999사업연도에 임시투자세액공제신청을 하여야만 하므로 1999사업연도 투자분에 대한 임시투자세액공제를 2000사업연도에 포함하여 신청한 것은 적법한 임시투자세액공제 대상이 아니므로 동 세액공제를 배제한 당초처분은 정당하다. (2) 국세기본법 제45조 의 2 제1항에서 경정청구 사유는 "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때"라고 규정하고 있고, 또한 법인세의 경정청구는 각 사업연도의 법정신고기한 경과후 1년이내(현행 2년이내)에 하도록 규정되어 있는 바, 청구법인은 법인세 신고후 1년이내에 경정청구하지 아니하고 그 경정청구기간이 지난 2002.4.1. 1999사업연도 시설투자금액에 대한 임시투자세액공제를 2000사업연도 법인세로 경정청구하여 경정청구기한을 경과하였으므로 부적법한 경정청구로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 (1) 청구법인이 1998∼1999년 시설투자에 대한 조세특례제한법 제26조 에 의한 임시투자세액공제를 쟁점1공장의 투자가 완료된 2000사업연도 법인세신고시 지연신청한 경우 세액공제 요건 미비라는 사유로 동 세액공제를 배제한 처분의 당부와 (2) 12월말 법인인 청구법인이 쟁점2공장에 대한 1999년도의 시설투자금액에 대한 임시투자세액공제를 2000사업연도의 법인세로 2002.4.1. 경정청구한 경우 청구기한이 경과한 부적법한 경정청구로 보아 세액공제를 거부한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 조세특례제한법 제26조 【임시투자세액공제】

① 정부가 경기조절을 위하여 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액의 100분의 10을 초과하지 아니하는 범위안에서 대통령령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액에 상당하는 세액을 대통령령이 정하는 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

② 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다. (1999.8.31 법률 제5996호로 개정된 것) 같은법 제144조 【세액공제액의 이월공제】

① 제5조, 제10조, 제11조, 제24조 내지 제27조, 제27조의 2，제62조 제1항·제2항, 제65조 제2항, 제94조, 제103조, 제126조 및 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 세액 중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 4년(제10조의 규정에 의하여 공제할 세액의 경우에는 7년) 이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다.

② 각 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제할 금액으로서 제5조，제10조, 제11조, 제24조 내지 제27조, 제27조의 2, 제62조 제1항·제2항，제65조 제2항, 제94조, 제103조, 제126조 및 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 규정에 의하여 공제할 금액과 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액이 중복되는 경우에는 제1항의 규정에 의하여 이월된 미공제금액을 먼저 공제하고 그 이월된 미공제금액간에 중복되는 경우에는 먼저 발생한 것부터 순차로 공제하되, 제10조의 규정에 의한 세액공제액과 기타의 세액공제액의 발생연도가 같은 경우에는 기타의 세액공제액을 먼저 공제한다. 같은법 시행령 제23조 【임시투자세액공제】

① 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 투자(중고품에 의한 투자를 제외한다)를 한 금액”이라 함은 광업, 제조업, 건설업, 도매업，소매업, 전기통신업，연구 및 개발업, 공업디자인서비스업, 포장 및 충전업, 패션디자인업, 영화제작 및 배급업，라디오방송업, 텔레비전방송업, 유선방송업, 방송프로그램제작업, 엔지니어링사업，정보처리 및 컴퓨터운용관련업, 물류산업, 관광진흥법에 의하여 등록한 관광숙박업 및 국제회의기획업, 폐기물처리업, 폐수처리업을 영위하는 내국인이 2001.6.30까지 재정경제부령이 정하는 사업용자산에 해당하는 시설을 새로이 취득하기 위하여 투자하는 금액을 말한다.

② 법 제26조 제1항에서 “대통령령이 정하는 율”이라 함은 100분의 10을 말한다.

③ 법 제26조 제1항에서 "대통령령이 정하는 과세연도" 라 함은 제1항의 규정에 의한 투자가 이루어지는 각 과세연도 또는 당해 투자가 완료된 과세연도를 말한다.

④ 제1항 및 제3항의 규정을 적용함에 있어서 투자금액의 계산에 관하여는 제4조 제3항의 규정을 준용한다.

⑤ 법 제26조 제1항의 규정에 의하여 세액공제를 받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액공제신청서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

⑥ 제1항 내지 제5항의 규정을 적용함에 있어서 투자의 개시시기는 다음 각호의 1에 해당하는 때로 한다.

1. 제작계약에 의하여 발주하는 경우에는 발주자가 최초로 주문서를 발송한 때

2. 제1호의 규정에 의한 발주에 의하지 아니하고 매매계약에 의하여 매입하는 경우에는 계약금 또는 대가의 일부를 지급한 때(계약금 또는 대가의 일부를 지급하기 전에 당해 시설을 인수한 경우에는 실제로 인수한 때)

3. 당해 시설을 수입하는 경우로서 승인을 얻어야 하는 경우에는 제1호 및 제2호의 규정에 불구하고 수입승인을 얻은 때

4. 자기가 직접 건설 또는 제작하는 경우에는 실제로 건설 또는 제작에 착수한 때 (1998.8.10.대통령령 제15860호로 개정된 것) 조세감면규제법 시행령 부칙

① 【시행일】 이 영은 공포한 날부터 시행한다.

② 【적용례】 제24조 제1항의 개정규정은 이 영 시행후 최초로 투자를 개시하는 분부터 적용한다. 다만, 이 영 시행당시 투자가 진행중에 있는 것으로서 1997년 1월 1일 이후 투자가 개시된 것에 대하여는 이 영 시행일 이후의 투자분에 대하여도 이를 적용하되, 이 경우 투자금액은 제24조 제4항 후단의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

③ 【투자가 완료되지 아니하는 경우의 투자세액공제에 대한 특례】 제24조 제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999년 6월 30일 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999년 6월 30일까지 투자한 분에 대하여는 1999년 6월 30일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제24조 제3항의 규정을 적용한다. 이 경우 투자금액은 제24조 제4항 후단의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다. (1999.6.30. 대통령령 제16431호로 개정된 것) 조세특례제한법 시행령 부칙

① 【시행일】 이 영은 1999년 7월 1일부터 시행한다.

② 【투자가 완료되지 아니하는 경우의 투자세액공제에 대한 특례】 제23조 제1항의 개정규정을 적용함에 있어서 1999년 12월 31일 기준으로 투자가 완료되지 아니하는 경우 1999년 12월31일까지 투자한 분에 대하여는 1999년 12월 31일 현재 투자가 완료된 것으로 보아 제23조 제3항의 규정을 적용한다. 이 경우 투자금액의 계산에 관하여는 제4조 제3항의 규정을 준용한다. 국세기본법 제45조 의 2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 (2000.12.29. 법률 제6303호로 개정된 부칙)

① 【시행일】 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제2조 제18호의 개정규정은 2001년 7월 1일부터 시행한다.

② 【수정신고 및 경정청구에 관한 적용례】 제45조 제1항 제3호 및 제45조의 2 제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1999사업연도에 조세특례제한법상 임시투자세액공제 등 공제대상 감면세액 ○○○원(임시투자세액 ○○○원 포함)중 최저한세의 적용으로 ○○○원만을 세액공제하여 1999사업연도 법인세를 신고하였고 또한 청구법인은 쟁점1공장을 1998.5∼1999.7월 건설에 착공하여 2000.2∼4월 완공하고 1998∼1999년도 시설투자금액 ○○○원(쟁점1공장투자액)을 투자가 완료된 2000사업연도 법인세 신고시 임시투자세액공제를 신청하였으며, 쟁점2공장을 1997.5∼1999.11월 건설에 착공하여 2001.7∼2002.1월에 준공하고 쟁점2공장에 대한 1999년도의 시설투자금액 ○○○원(쟁점2공장투자액)과 2000연도의 시설투자금액 ○○○원에 대하여 2002.4.1. 2000사업연도 법인세로 경정청구하여 임시투자세액 ○○○원을 환급신청한 사실이 1999사업연도 최저한세조정계산서, 2000사업연도 세액공제조정명세서, 세액공제신청서, 경정청구서 등에 의하여 확인된다. 이에 대하여 처분청은 청구법인의 2000사업연도 경정청구에 대한 실지조사를 하는 과정에서 청구법인이 2000사업연도 법인세 신고시 신청한 쟁점1공장투자액에 대한 임시투자세액 ○○○원과 2002.4.1 경정청구한 1999년도 쟁점2공장투자액에 대한 임시투자세액 ○○○원에 대하여 1999년 투자분으로서 임시투자세액공제 요건 미비라는 사유로 쟁점1공장투자액에 대하여는 세액공제 적용을 배제하고 쟁점2공장투자액에 대하여는 경정청구를 거부하여 이 건 과세한 사실이 경정청구에 대한 조사종결복명서, 법인세 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 먼저 쟁점1공장투자액에 대하여 임시투자세액공제 대상이 아니라고 보아 세액공제를 배제한 처분이 맞는지 여부에 대하여 본다. (가) 청구법인은 아래와 같이 ○○○공장 등 쟁점1공장을 1998.5월 착공하여 2000.4월 준공한 사실과 쟁점1공장에 대한 1998∼1999년도 시설투자액이 ○○○원(쟁점1공장투자액)인 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없으나 처분청은 쟁점1공장의 2000년도 투자분 ○○○원에 대한 임시투자세액 ○○○원은 공제대상으로 인정하고, 쟁점1공장투자액에 대한 1999년도 임시투자세액을 2000사업연도 법인세 신고시 지연신청한 경우에는 세액공제대상이 아니라는 사유로 동 세액공제를 배제하여 법인세를 경정하였음이 확인된다. 쟁점1공장시설투자액

○○○ (나) 위 법령과 사실관계를 종합하여 보면, 조세특례제한법 시행령 제23조 제3항 에 의하면, 납세자는 시설투자에 대한 임시투자세액을 신청함에 있어서 시설투자가 이루어지는 각 과세연도마다 또는 당해 시설투자가 완료된 과세연도중에 선택하여 세액공제를 신청할 수 있도록 규정하고 있으므로 청구법인이 쟁점1공장에 대한 1998∼1999년 시설투자액과 2000사업연도 시설투자액 모두에 대하여 공장이 준공된 2000사업연도에 임시투자세액공제를 신청한 것은 적법한 세액공제신청인 것으로 판단되므로 쟁점1공장시설투자액에 대하여 임시투자세액공제를 적용함이 타당한 것으로 판단된다.

(3) 다음으로 청구법인이 쟁점2공장에 대한 1999년 시설투자액에 대하여 2002.4.1. 2000사업연도 법인세로 경정청구한 것이 경정청구기한을 경과한 부적법한 경정청구로 볼 수 있는지에 대하여 본다. (가) 청구법인은 아래와 같이 쟁점2공장에 대하여 1999년도 투자금액 ○○○원과 2000연도 투자금액 ○○○원에 대한 임시투자세액공제를 투자가 완료된 2001년도와 2002년도에 세액공제를 신청하지 아니하고 모두 2000사업연도 법인세로 2002.4.1. 경정청구하였음이 경정청구서에 의하여 확인된다. 쟁점2공장시설투자액 내역

○○○ (나) 청구법인은 쟁점2공장의 1999년도 시설투자액에 대한 임시투자세액을 적용하지 아니한 상황에서 최저한세의 적용으로 아래와 같이 공제대상세액 ○○○원중 ○○○원을 공제받지 못하여 이월공제받은 사실이 1999사업연도 최저한세 조정계산서에 의하여 확인된다. 1999사업연도 최저한세 조정계산서

○○○ (다) 2000.12.29. 법률 제6303호로 개정된 국세기본법 부칙 제1조에서 "이법은 공포한 날부터 시행한다"고 규정하고, 제2조에서 "제45조의 2 제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간부터 적용한다."고 규정하고 있으므로 2000사업연도 법인세의 경우 경정청구기한이 종전의 1년에서 2년으로 연장되었다. (라) 위의 사실관계와 법령을 종합하여 보면, 청구법인은 1999사업연도에 최저한세의 적용대상법인으로 1999사업연도에 세액공제를 신청하지 아니한 쟁점2공장시설투자액에 대한 세액공제를 2000사업연도의 법인세 과세표준신고시에 세액공제신청서를 지연하여 제출한 경우에도 이월공제가 가능한 것이므로(법인46012-892, 2000.04.06) 2000사업연도의 신고대상 공제세액이라고 보는 것이 타당하다 할 것이다. 그러므로 청구법인이 2000사업연도 법인세 과세표준신고시 세액공제신청서를 제출하지 못한 쟁점2공장시설투자액에 대한 임시투자세액을 2000사업연도 법인세로 경정청구할 수 있다고 보는 것이 타당하고, 2000사업연도 법인세의 경우는 경정청구기간이 2년으로서 2003.3.31.이므로 2000사업연도 법인세를 2002.4.1에 경정청구한 이 건의 경우 청구기한내에 한 적법한 경정청구에 해당되므로 쟁점2공장시설투자액에 대하여 임시투자세액공제를 적용함이 타당한 것으로 판단된다. 또한 과세관청이 과세표준의 신고내용에 오류 또는 탈루 등이 있다고 인정하여 증액경정하는 경우 증액경정처분은 당초 신고하거나 결정된 과세표준과 세액을 그대로 두고서 탈루부분만을 추가하는 것이 아니라 증액부분을 포함시켜 전체로서 하나의 과세표준과 세액을 다시 결정하는 것이므로 당초 신고나 결정은 증액경정처분에 흡수됨으로써 독립된 존재가치를 잃고 효력이 소멸되어 납세의무자는 당해 증액경정처분만을 청구대상으로 하여 당초 신고하거나 결정된 과세표준과 세액에 대하여 함께 취소를 청구할 수 있다 할 것인 바(국심2002광1282, 2002.8.23외 다수 같은 뜻), 처분청에서 2000사업연도 법인세를 증액하여 과세한 이 건의 경우 설령 청구법인이 쟁점2공장시설투자액에 대한 경정청구기한을 경과한 경우에도 불복청구단계에서 세액공제를 주장할 수 있는 것이므로 청구법인이 공제받지 못한 쟁점2공장시설투자에 대한 임시투자세액공제를 2000사업연도 법인세 불복청구와 함께 다투고 있는 이 건의 경우 조세특례제한법 제26조 제2항 에서 "임시투자세액공제를 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다"고 규정하여 임시투자세액공제는 세액공제신청을 필수적인 요건으로 규정하고 있지 아니하므로 쟁점2공장의 1999년도 시설투자액에 대한 임시투자세액을 2000사업연도 법인세에서 공제함이 타당한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 청구법인의 쟁점1공장시설투자액에 대한 2000사업연도 임시투자세액공제를 배제하고 쟁점2공장의 1999년도 시설투자액에 대한 임시투자세액을 2000사업연도 법인세로 공제신청한 경정청구를 거부한 이 건 처분은 법리를 오인한 잘못이 있다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.