토지양도시에 잘못한 실지거래가액으로 신고한 경우 토지양도차익의 산정방법

심판청구번호 국심2002서 1479(2002. 9.12)

○○○세무서장이 2002.5.1 청구인에게 한 1997연도분 양도소득세 ○○○원 및 농어촌특별세 ○○○원의 부과처분은 청구인이 1997.12.29 양도한 ○○○도 ○○○시 ○○○ 답 등 13필지 토지면적 46,872㎡의 양도차익에 대하여 취득 및 양도당시의 기준시가로 산정하여 그 과세표준 및 세액을 경정합니다.

청구인은 ○○○도 ○○○시 ○○○ 소재 답 외 12필지 토지 46,872㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 ○○○도 ○○○시의 ○○○산업단지조성사업으로 ○○○시에 수용(1997.12.29)되어 양도됨에 따라, 1998.5.31 실지거래가액(양도가액은 보상가액 ○○○원중 ○○○공파대종회에 지급한 ○○○원을 차감한 ○○○원, 취득가액은 환산가액 ○○○원)으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 확정신고를 하였다가, 1998.11.14 양도가액을 보상가액인 ○○○원으로 하고, 취득가액은 취득시기를 의제취득일(1985.1.1)로 한 의제취득가액 ○○○원으로 양도차익을 산정하여 수정신고(산출세액 ○○○원)하였고, 양도소득세 감면에 대한 농어촌특별세는 자경농지라는 이유로 비과세 처리하여 무신고하였다. 처분청은 청구인이 신고한 쟁점토지의 실지거래가액을 조사하여 청구인이 신고한 양도가액을 부인하고 조사·확인된 ○○○원을 양도가액으로 하고 취득가액은 환산가액인 ○○○원으로 하여 양도차익을 산정하였고, 당초 자경농지를 사유로 비과세처리한 것에 대해 자경농지에 해당되지 아니한다 하여 2002.5.1 청구인에게 1997년도분 양도소득세 ○○○원 및 농어촌특별세 ○○○원을 각각 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2002.5.8 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 양도하고 실지거래가액으로 양도소득세 확정신고를 한 후, 신고내용에 오류가 있어 수정신고를 하였는바, 신고한 가액이 실지거래가액으로 확인되면 그에 의하고, 신고가 없거나 신고가 있더라도 신고한 가액이 실지거래가액으로 확인되지 아니하는 경우는 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고, 조사에 의하여 달리 실지거래가액이 확인되더라도 실지거래가액으로 양도차익을 산정하는 것이 아니라 할 것(대법2000두314, 2000.7.28, 국심2001중513 합동회의, 2001.7.14 같은 뜻)인바, 이 건의 경우, 청구인이 신고한 실지거래가액이 처분청의 조사에 의하여 사실과 다르게 확인되었으므로 공평과세원칙에 의거 양도당시 및 취득당시의 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 과세함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 처분청은 이 건의 양도소득세과세표준과 세액 결정시 양도차익의 산정은 청구인이 신고시 선택한 방법을 좇아 양도가액은 확인된 실지거래가액(수용보상금)에 의하였고, 취득가액은 확인할 수 없어 관련법령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액으로 한 것으로, 청구인이 실지거래가액으로 신고한 양도차익을 산정하는 방법에 따른 적법한 결정이다. 또한, 청구인은 신고한 실지거래가액이 사실과 다르게 확인되었다고 주장하나, 이는 이중계약서 작성사실 등 별도의 거래사실이 확인되어 청구인의 당초 신고의도와는 다르게 실지거래가액이 달리 확인되었다고 보기 어렵고, 단지 양도가액을 신고한 수용보상금의 일부가 누락되어 이를 합산한 것에 불과하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 양도차익을 실지거래가액으로 신고를 한 것에 대해 조사에 의하여 확인된 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 과세한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제96조 (1999.12.28, 법률 제6,051호로 개정되기 전의 것)【양도가액】양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

(2) 같은 법 제97조(1999.12.28, 법률 제6,051호로 개정되기 전의 것)【양도소득의 필요경비계산】① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

(3) 같은 법 제100조(1999.12.28, 법률 제6,051호로 개정되기 전의 것)【양도차익의 산정】① 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다.

(4) 같은 법 시행령 제166조(1999.12.31 대통령령 제16,664호로 개정되기 전의 것) 【양도차익의 산정】① 법 제100조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 제3항 각호 및 제157조 제4항·제5항에 규정된 자산을 양도하는 경우 또는 제4항 각호의1(제3호의 경우에는 상속 또는 증여받은 자산의 경우에 한한다)의 경우를 말한다.

② 법 제100조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 가액을 말한다.

1. 제3항 각호 또는 제157조 제5항에 규정된 자산을 양도한 경우에는 다음 각목에 의하여 계산한 가액

• 가. 양도당시의 실지거래가액만 확인되는 경우의 취득가액 양도당시의 실지거래가액 × 취득당시의 기준시가 / 양도당시의 기준시가

④ 법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 “당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

1. (생 략)

2. 조세부담을 회피할 목적으로 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 국세청장이 정하는 기준에 해당하는 경우 및 법 제104조 제3항에 규정된 자산을 양도하는 경우

3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제6항의 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다.

1. 제4항 제1호 및 제2호의 경우 부동산의 취득 또는 양도의 경위와 그 이용실태 등에 비추어 단기매매차익을 목적으로 하지 아니하거나 부정한 방법으로 거래한 것이 아니라고 인정되는 경우

2. 제4항 제3호의 경우 신고한 실지거래가액이 거래증빙등에 의하여 확인되지 아니하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 다툼이 없는 사실관계 (가) 청구인은 1997.12.29 쟁점토지가 ○○○시의 ○○○공업단지로 수용되어 양도하고, 양도가액은 수용보상가액인 ○○○원 중 ○○○공파대종회에 지급한 ○○○원을 차감한 ○○○원으로 하고, 취득가액은 환산가액인 ○○○원으로 하여 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 양도소득세 확정신고(1998.5.31)를 하였다가, 위 양도소득세 신고에 대해 과소신고를 사유로 양도소득세 수정신고(1998.11.14)를 하면서 양도가액은 ○○○공파대종회에 지급했던 ○○○원을 포함한 ○○○원으로 하고 취득가액은 환산가액인 ○○○원으로 하여 실지거래가액으로 다시 신고를 하였다. (나) 쟁점토지의 당초 수용보상가액은 ○○○원이었으나, 청구인의 이의제기로 수용보상가액이 ○○○원으로 되었다가, 이의재결심의시 ○○○원이 증가되어 청구인은 쟁점토지의 수용보상가액으로 총 ○○○원을 수령하였다. (다) 처분청의 쟁점토지 양도에 대한 실지조사시 2001.9.3 청구인은 쟁점토지의 양도에 대해 기준시가로 양도차익을 산정하여 줄 것을 요구하는 경정청구를 하였으나, 2002.1.10 처분청은 조사·확인한 실지거래가액으로 과세하겠다는 세무조사결과 통지서를 청구인에게 송달하였고, 2002.3.20 청구인의 과세적부심사청구에 대해 처분청은 청구인이 당초 신고시 선택한 실지거래가액으로 결정하는 것이 타당하다고 보아 청구인의 주장을 채택하지 아니하였다. (라) 처분청은 2002.5.1 처분청이 조사·확인한 실지거래가액(양도가액은 ○○○원으로 ○○○원 증액, 취득가액은 환산가액인 ○○○원으로 ○○○원 감액)으로 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세 및 농어촌특별세를 과세하였는바, 청구인의 신고내역과 처분청의 결정내역은 다음과 같다. <청구인의 당초 신고, 수정신고 및 처분청의 결정내역>

○○○

(2) 처분청은 청구인이 신고한 실지거래가액이 청구인의 신고의도와 다르게 확인된 것이 아니라 수용보상금 일부가 계상누락된 것을 합산한 것에 불과하므로 실지거래가액으로 양도차익을 산정하여 과세하는 것이 타당하다는 주장이고, 청구인은 당초 신고한 실지거래가액이 처분청의 조사시 사실과 다르게 확인되고 있어 실지거래가액이 불분명한 경우에 해당되므로 공평과세측면에서 기준시가로 양도차익을 산정하여 과세하여야 한다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다.

(3) 소득세법(1999. 12. 28. 법률 제6051호로 개정되기 전의 것) 제96조 제1호 및 제97조 제1항 제1호 가목에 의하면, 제94조 제1호 등의 규정에 의한 자산의 경우 양도가액 또는 취득가액은 당해 자산의 양도당시 기준시가에 의하되 다만, 대통령령이 정하는 경우에 실지거래가액에 의하도록 규정하고 있고, 이에 따라서 소득세법시행령(1999.12.31. 대통령령 제16664호로 개정되기 전의 것) 제166조 제4항에서 조세부담을 회피할 목적으로 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전 등 부정한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우나, 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우에는 예외적으로 실지거래가액에 의할 수 있도록 규정하고 있다.

(4) 위의 각 규정은 일정한 자산을 양도한 경우에 그 양도차익을 산정함에 있어서 종래의 실지거래가액 과세원칙으로부터 기준시가 과세원칙으로 전환하였음을 선언한 것으로서, 일정한 자산을 양도한 경우에 양도자가 실지거래가액이라 하여 신고한 가액이 실지거래가액으로 확인되는 경우 당해 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하고, 그와 같은 신고가 없거나 신고가 있었다 하더라도 당해 신고한 실지거래가액이 실지거래가액으로 확인되지 아니하면 그 때는 다시 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고, 비록 조사 등에 의하여 달리 실지거래가액이 확인된다 하더라도 그 확인되는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 것은 아니라 할 것(같은 뜻: 국심2001중513, 2001.7.14 합동회의)이다.

(5) 그렇다면 이 건은, 처분청도 인정하듯이 당초 청구인의 실지거래가액 신고가 이 건 부동산의 취득 또는 양도 경위로 보아 조세부담을 회피할 목적으로 허위계약서의 작성 등의 부정한 방법으로 양도소득세를 신고한 경우로 보이지 아니하고, 청구인이 당초 신고한 양도당시의 실지거래가액도 확인되지 아니하므로, 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 과세하여야 하는 것임에도, 처분청에서 조사·확인되는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 위 법리를 오인한 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.