3. 생략
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액
(1) 청구법인은 문화상품권과 외식ㆍ레져시설 이용상품권을 발행하여 판매하는 제3자형 상품권발행사업자로 상품권 구입자가 상품권가맹사업자(약 1만명)로부터 재화나 용역을 제공받고 사용한 상품권 판매대금을 가맹사업자에게 결제함에 있어 상품권 액면금액의 일정비율(평균 5%수준)에 해당하는 금액을 "수수료"로 징수하고 있는 사실이 청구법인이 가맹사업자인 청구외 (주)○○○문고, (주)○○○랜드, ○○○수산(주) 피자○○○ 등과 맺은 약정서 등에 의하여 확인되고 이러한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 다툼이 없다
(2) 청구법인은 각 과세기간의 부가가치세 신고시 위 수수료 수입금액을 매출액으로 하여 신고하는 한편, 상품권 발행에 소요된 제작비용과 판매촉진을 위한 광고선전비 등에 대한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제하여 신고하였다. 이에 대하여 처분청은 청구법인이 상품권가맹사업자로부터 받는 수수료는 면세재화인 상품권의 판매이익에 해당하는 것이고, 청구법인의 주 수입금액도 상품권 판매대금과 관련된 자금운용에 따른 이자소득으로 부가가치세가 면세되는 점을 들어 위 부가가치세 매입세액의 공제를 배제하였다.
(3) 살피건대, 상품권발행자가 상품권가맹사업자와 약정에 의하여 상품권발행자가 발행한 상품권액면금액과 상품권가맹사업자가 상품권소지자에게 재화 또는 용역을 제공하고 받은 상품권을 상품권발행자에게 제시하고 지급받은 금액의 차액은 상품권발행자의 상품권 발행수익으로서 부가가치세법 제7조 제1항 의 규정에 따라 부가가치세가 과세되는 용역의 대가에 해당된다 할 것이므로, 상품권발행자의 상품권 발행수익과 관련된 매입세액은 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 매출세액에서 공제받을 수 있는 것인 바(재경부 소비 46015-120, 2002.5.2.도 같은 뜻임), 청구법인의 수수료는 제3자발행형 상품권의 발행ㆍ판매와 관련하여 가맹사업자로부터 약정에 의하여 수취하는 것으로 이는 일반 상품권을 구입하여 판매하는 상품권유통업자의 판매이익과는 달리 과세사업에서 발생한 수익에 해당된다. 따라서, 청구법인이 부가가치세 과세사업인 상품권 발행ㆍ판매업을 영위하는 사업자에 해당함에도 처분청이 청구법인을 단순히 상품권유통업을 영위하는 면세사업자인 상품권유통업자로 보아 이 건 과세함은 부당하다. 또한, 처분청은 청구법인의 주 수입원이 상품권 판매대금의 자금운용에 따라 발생되는 이자소득인 점에서 금융업을 영위하는 면세사업자로 보아야 한다는 의견이나, 청구법인은 금융업을 영위하는 사업자가 아니므로 청구법인의 이자소득은 사업소득이 아니라 금융기관에 자금을 예치함에 따라 발생되는 단순한 이자소득이므로, 이 건 과세기간중 상품권 발행ㆍ판매에 의한 수수료수입액보다 이자소득이 크다는 이유만으로 청구법인을 금융업을 영위하는 면세사업자로 보는 것은 부당하다.
(4) 위 사실 및 관련법령을 종합하여 보면, 청구법인은 과세사업자에 해당하므로 상품권가맹사업자로부터 받는 수수료수입에 대하여 이를 부가가치세가 과세되는 매출액으로 신고하면서 이에 대응하는 비용인 상품권 제작비용과 광고선전비 등에 대한 매입세액을 공제하여 신고한 것은 정당하다 할 것이므로, 처분청이 청구법인을 면세사업자로 보아 이 건 과세함은 잘못이 있다고 판단된다.