[요지] 청구법인이 토지를 취득하기 위하여 지출한 비용이 토지의 취득가액으로 인정하여 양도차익을 산정함이 타당한 것으로 판단한 사례임
[요지] 청구법인이 토지를 취득하기 위하여 지출한 비용이 토지의 취득가액으로 인정하여 양도차익을 산정함이 타당한 것으로 판단한 사례임
[주 문] OO세무서장이 2001.12.19 청구법인에게 한 1999.9.1～2000.8.31 사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOO원의 부과처분은
1. 청구법인이 OO도 OO시 OOO OOO OOOO외 11필지의 토지 15,694㎡를 양도하고 OO건설(주)와 (주)OO개발로부터 지급받은 금액중 O,OOO,OOO,OOO원을 토지의 양도가액에서 제외하는 것으로 하고, 2000.3.31 OO건설(주)에 양도한 4필지 농지 5,417㎡를 미등기양도자산에서 제외하는 것으로 하며, 계약변경으로 인하여 매도인에게 추가지급한 토지매입대금 OOO,OOO,OOO원과 중개수수료 OOO,OOO,OOO원 및 가처분등기비용 O,OOO,OOO원 합계 OOO,OOO,OOO원을 취득원가에 산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정하고
2. 나머지 청구는 기각합니다.
[이 유]
1. 처분개요 청구법인은 OOOO시 OO구 OOO OOOOOOO에서 주택건설사업을 영위하는 법인으로 1999.11.22 OO도 OO시 OOO OOO OOOOOOOO외 2필지 6,298㎡를 청구외 김OO으로부터, 1999.12.22 같은곳 OOOOOO외 4필지 5,286㎡를 청구외 김OO으로부터, 같은곳 OOOOOO외 3필지 4,110㎡를 청구외 김OO로부터, 합계 15,694㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 각각 취득하였으나 주택건설사업계획승인에 필요한 최소한의 토지면적(30,000㎡)을 확보하지는 못하였다. 이에 청구법인과 OO건설(주)은 공동으로 주택건설사업계획을 신청하였다가 청구법인은 사업계획을 포기하고 OO건설(주) 단독명의로 2000.2.3 사업계획이 승인되었으며, 또한 청구법인과 (주)OO개발은 공동으로 주택건설사업계획승인신청서를 OO시에 제출하여 2000.4.26 공동사업자로 주택건설사업계획이 승인되었으나, OO건설(주)와 (주)OO개발(이상의 법인을 이하 “청구외법인들”이라 한다)이 청구법인에게 소유토지를 양도하도록 종용함에 따라 청구법인은 2000.3.31 쟁점토지중 7필지 6,560㎡를 O,OOO,OOO,OOO원(사업권 이익 O,OOO,OOO,OOO원 포함)에 OO건설(주)에게, 2000.5.9. 5필지 9,134㎡를 O,OOO,OOO,OOO원(사업권 이익 O,OOO,OOO,OOO원 포함)에 (주)OO개발에게 각각 양도하고 양도차익중 O,OOO,OOO,OOO원(이하 “쟁점사업권이익금”이라 한다)을 잡이익으로 계상하여 1999.9.1～2000.8.31사업연도(이하 “1999사업연도”라 한다)에 대한 법인세를 신고ㆍ납부하였다. 처분청은 청구법인이 1999.12.28 김OO외 2인으로부터 쟁점토지를 O,OOO,OOO,OOO원에 취득하여 청구법인 명의로 소유권이전등기를 하지 아니하고 2000.1.31과 2000.5.9 OO건설(주)와 (주)OO개발에 양도하고도 법인세법 제99조의 규정에 따라 계산한 특별부가세 과세표준을 신고하지 아니하였다는 국세청장의 감사지적에 따라 (1)양도가액에 쟁점사업권이익금을 포함시키고, (2)미등기양도자산으로 보아 30%의 세율을 적용하며, (3)계약변경에 따라 추가지급한 토지대금과 중개수수료 등을 취득원가에 반영하지 아니하고 특별부가세 과세표준과 세액을 경정하여 2001.12.19 청구법인에게 1999사업연도 법인세 O,OOO,OOO,OOO원을 고지하였다 청구법인은 이에 불복하여 2002.3.15 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인과 청구법인들은 주택신축분양업을 영위하는 법인들로서 3개 건설회사 각자가 확보한 토지면적이 OO시가 고시한 최소한의 주택부지개발면적 30,000㎡에 미달하여 누구든 부족한 토지면적을 타사로부터 구입하지 않으면 단독으로 사업승인을 받을 수 없는 상황이었다. 이에 청구법인은 (주)OO개발과 쟁점토지중 5필지 9,134㎡을 합쳐 1999.12.21 공동사업계약을 체결하고 사업을 추진하던중 2000.4.26에 사업계획승인을 획득하였으나 청구외법인들이 단독 시행의사를 강력히 표하고 사업권양도를 요구함에 따라 2000.5.9 사업권양도양수계약을 체결하고 토지양도가액외 분양예상수익의 일부를 보상해준다는 명목으로 (주)OO개발로부터 O,OOO,OOO,OOO원, OO건설(주)로부터 O,OOO,OOO,OOO원을 각각 분양사업을 포기한 보상금으로 받았던 것이다. 국세청 예규(법인22601-851, 법인46012-923)에서 명시한 바와 같이 이 건 사업권 보상금 수입은 별도의 독립된 가치의 수입금액임이 명백하므로 특별부가세 과세대상이 되지 아니함에도 쟁점사업권이익금을 토지의 양도대가로 보아 법인세를 과세한 처분은 부당하다.
(2) 쟁점토지는 OO시 예규 제4호 등에 공고된 바와 같이 동지역에서 공동주택을 신축하고자 하는 주택신축사업자는 순수주택부지 30,000㎡ 이상의 토지를 취득하고 국토이용계획변경과 사업계획을 승인받을 경우에만 농지에 대한 소유권이전등기가 가능하도록 제한되어 있어 쟁점토지는 대부분 농지로서 위의 조건을 충족하지 못하여 소유권이전등기가 불가능한 경우로 미등기 양도자산에 해당되지 아니한다.
(3) 다른 건설업체들이 사업부지를 확보하고자 청구법인에 매매한 양도인들에게 접근하여 당초 계약을 해지하면 토지대금을 증액하여 줄 것이라고 회유함에 따라 매도인들이 청구법인에게 계약을 해지하여 줄 것을 요구함에 따라 청구법인은 부득이 1999.9.13(등기 제77106호) OO지방법원 의정부지원에 부동산 처분금지 가처분신청(가처분결정 99카합832)을 하는 한편, 이와는 별도로 양도인들과 토지매매대금 증액건을 협의하여 최종 평당 10만원정도를 증액하기로 합의하였고 이에 따라 변경계약을 다시 체결하였던 것으로서, 당초 매매대금(O,OOO,OOO,OOO원)이외에 추가로 OOO,OOO,OOO원을 지급하였음이 부동산매매계약서와 어음기입장, 무통장입금증 등에 의하여 확인되고, 부동산중개수수료로 OO원, 가처분등기비로 O,OOO,OOO원을 지급하였으므로 양도차익 계산시 취득원가로 공제되어야 한다.
(1) 쟁점토지를 청구법인으로부터 매입한 (주)OO개발의 관리부장(문OO)과 OO건설(주)의 주택사업부 과장(최OO)은 “ 청구법인은 사업에 관여한 사실이 없고, 단지 토지를 매입하고 관할관청의 사업승인을 받기 위하여 토지 소유자인 청구법인과 공동사업 형태로 계약만 취하였다”고 진술하고 있으며, 관할관청의 사업승인도 받지 아니한 상태에서 공동사업계약을 체결하면서 토지대금과 사업수익금액을 확정하여 계약하고 대금을 수령한 사실로 볼 때 공동사업에 따른 이익금의 분배로 볼 수 없고 토지양도대금으로 보아야 하며, 소유하고 있는 토지를 공동사업에 출자함으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 경우에는 출자계약을 체결한 날에 자산이 양도된 것으로 보아 특별부가세가 과세되는 것이므로(법인46012-310,1996.1.30) 청구법인이 토지양도대가로 수령한 금액 전체를 토지의 양도가액으로 보아 특별부가세를 과세한 당초처분은 정당하다.
(2) 청구법인이 쟁점토지에 대한 소유권이전등기가 어려운 사유로 들고 있는 OO시 예규 제4호(1999.5.7)를 보면 “OO시 준도시 취락지구로의 국토이용계획 변경운용지침은 공동주택 개발사업의 체계적인 개발을 유도하기 위하여 준농림 지역을 준도시 취락지구로 변경하고자 할 경우에 적용되는 것”으로 법인세법에 규정하고 있는 취득에 관한 등기가 불가능한 경우에 해당되지 아니하므로 쟁점토지의 양도에 대하여 미등기양도한 것으로 보아 미등기양도자산에 대하여 적용되는 100분의 30의 세율을 적용하여 과세한 처분은 정당하다.
(3) 처분청에서 쟁점토지에 대하여 청구법인의 장부상 취득가액과 양도가액을 확인한 결과 양도가액과 취득가액이 각각 OO,OOO,OOO,OOO원과 O,OOO,OOO,OOO원으로 기장되어 있음이 확인되는 바, 청구법인이 추가로 지출하였다는 비용의 증빙은 과세후 불복청구단계에서 제출된 증빙이므로 신빙성있는 증빙으로 받아들이기 어렵다.
3. 심리 및 판단
① 특별부가세의 과세표준은 다음 각호의 1에 해당하는 자산(이하 “토지 등 이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다.
1. 토지(지적법에 의하여 지적공부에 등록하여야 할 지목에 해당하는 것을 말한다)
② 제1항에서 양도 라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지 등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부 증여(상속세 및 증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다.
③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다.
1. 취득가액. (단서생략)
2. 토지 등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용
④ 제3항의 규정을 적용함에 있어서 취득가액이 분명하지 아니한 경우에는 제102조 제2항의 규정에 의한 가액을 취득가액으로 한다.
⑫ 소득세법 제100조 제1항의 규정은 제1항의 규정에 의한 양도차익의 계산에 관하여 이를 준용한다. 같은법 제101조 【세 율】
① 법인의 토지 등의 양도에 대한 특별부가세는 제99조의 규정에 의한 과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.
1. 미등기 양도토지 등의 경우 과세표준의 100분의 30
2. 제1호외의 경우 과세표준의 100분의 15
③ 제1항 제1호에서 미등기 양도토지 등 이라 함은 토지 등을 취득한 법인이 그 취득에 관한 등기를 하지 아니하고 양도하는 토지 등을 말한다. 다만, 대통령령이 정하는 토지 등은 제외한다. 같은법시행령 제143조【미등기양도에서 제외되는 자산】 법 제101조 제3항에서 대통령령이 정하는 토지 등 이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.
1. 장기할부조건으로 취득한 자산으로서 그 계약조건에 의하여 양도당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산
2. 법률의 규정 또는 법원의 처분에 의하여 양도당시 그 자산의 취득에 관한 등기가 불가능한 자산
3. 법 제100조 제1항 제2호의 규정에 의한 토지 농지법 제6조【농지의 소유제한】
① 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 이를 소유하지 못한다.
② 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 불구하고 자기의 농업경영에 이용하지 아니하는 농지라도 이를 소유할 수 있다.
6. 제36조 제1항의 규정에 의한 농지전용허가(다른 법률에 의하여 농지전용허가가 의제되는 인가ㆍ허가ㆍ승인 등을 포함한다)를 받거나 제37조 또는 제45조의 규정에 의한 농지전용신고를 한 자가 당해 농지를 소유하는 경우 주택건설촉진법 제33조【사업계획의 승인 및 건축허가 등】
⑤ 국민주택사업주체가 제1항에 의하여 사업계획의 승인을 얻은 때에는 제4항 각호에 의한 허가ㆍ인가ㆍ결정ㆍ승인ㆍ지정 또는 신고를 받은 것으로 보는 외에 다음 각호에 의한 허가ㆍ인가ㆍ협의ㆍ동의ㆍ해제ㆍ승인ㆍ면허 또는 명령을 받은 것으로 보며 제4항 후단의 규정은 이 경우에 준용한다.
5. 농지법 제36조의 규정에 의한 농지전용의 허가 또는 협의 법인세법시행령 제140조【특별부가세의 과세표준계산】
① 법인이 각 사업연도에 2 이상의 자산을 양도한 경우에 있어 서 법 제99조 제1항에 의한 특별부가세의 과세표준은 당해 사업연도에 양도한 자산별로 법 제99조 제3항에 의하여 계산한 양도차익을 합산한 금액으로 한다. 이 경우 양도한 자산 중 법 제99조 제3항 제1호 및 제2호의 합계액이 당해 자산의 양도가액을 초과하는 자산이 있는 때에는 그 초과하는 금액을 차감하여 특별부가세의 과세표준을 계산한다.
② 법 제99조 제3항에서 취득가액 이라 함은 다음 각호의 금액을 합계한 금액을 말한다.
1. 제72조 제1항(동항 제3호 및 제4호의 규정은 현물출자의 경우에 한한다) 내지 제3항 및 동조 제4항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 취득가액. 다만, 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 익금산입금액을 제외하고 동조 제3항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함한다.
⑤ 소득세법시행령 제162조의 규정은 법 제99조 제6항의 취득시기및 양도시기에 관하여 이를 준용한다.
(1) 청구법인은 1999.11.22 OO도 OO시 OOO OOO OOOOOOOO외 2필지 6,298㎡를 김OO으로부터, 1999.12.22 같은곳 OOOOOO외 4필지 5,286㎡를 김OO으로부터, 같은곳 OOOOOO외 3필지 4,110㎡를 김OO로부터, 합계 15,694㎡(쟁점토지)를 각각 취득하였다. 그러나 주택건설사업계획승인에 필요한 최소한의 토지면적(30,000㎡)를 확보하지 못하여 청구법인은 OO건설(주)과 공동으로 주택건설사업계획을 신청하였다가 사업계획이 승인되기전 청구법인이 사업계획을 포기함으로써 OO건설(주)의 단독명의로 2000.2.3 사업계획을 승인받았다. 또한 청구법인은 (주)OO개발과 공동으로 주택건설사업계획승인신청서를 OO시에 제출하여 2000.4.26 공동사업자로 주택건설사업계획을 승인받았다. 이후 청구법인은 2000.3.31 쟁점토지중 7필지 6,560㎡를 O,OOO,OOO,OOO원(사업권 이익 O,OOO,OOO,OOO원 포함)에 OO건설(주)에게, 2000.5.9. 5필지 9,134㎡를 O,OOO,OOO,OOO원(사업권 이익 O,OOO,OOO,OOO원 포함)에 (주)OO개발에게 각각 양도하고 양도차익중 쟁점사업권이익금 O,OOO,OOO,OOO원을 잡이익으로 계상하여 1999사업연도에 대한 법인세를 신고하였음이 공동사업계약서, 1999사업연도의 손익계산서와 법인세 과세표준 및 세액신고서 등에 의하여 확인된다. 처분청은 청구법인이 김OO외 2인으로부터 쟁점토지를 O,OOO,OOO,OOO원에 취득하여 청구법인 명의로 소유권이전등기를 하지 아니하고 2000.1.31과 2000.5.9 청구외법인들에 양도하고도 법인세법 제99조의 규정에 따라 계산한 특별부가세 과세표준을 신고하지 아니하였다는 국세청장의 감사지적에 따라 양도가액에 쟁점사업권이익금을 포함하고, 임의로 제시받은 당초취득계약서상의 매수금액을 취득원가로 하여 양도차익을 산정하고 미등기양도자산에 대하여 적용되는 세율 30%를 적용하여 이 건 과세한 사실이 조사복명서, 법인세 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.
(2) 먼저 쟁점(1)에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점사업권이익금은 인근토지의 매매실례가액에 비추어 토지의 양도대가라고 보기 어렵고 청구법인이 쟁점토지에 대한 주택건설사업을 포기한 대가로 토지가액과 구분하여 별도로 받은 것이므로 특별부가세 과세대상이 아니라고 주장하면서 공동사업계약서, 사업권양도양수계약서, 총계정원장 중 잡이익계정원장, 인근 토지에 대한 매매계약서, 청구외법인의 선급금계정원장, 사실확인서, 주택신축분양계획(안)과 평면도, 배치도 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인이 제시하고 있는 (주)OO개발과의 공동사업계약서(1999.12월)에 의하면 청구법인과 (주)OO개발은 공동사업계획을 체결하고 청구법인이 쟁점토지중 같은곳 OOOO외 4필지 9,134㎡에 대하여 (주)OO개발에게 국토이용계획 변경 및 주택건설사업승인신청에 필요한 일체를 제공하는 대가로 (주)OO개발이 청구법인에게 O,OOO,OOO,OOO원(계약체결시 OOO,OOO,OOO원, 2000.1.6. O,OOO,OOO,OOO원)을 무이자로 대여하되 본 사업의 사업승인을 득한 날로부터 30일이내에 토지대금으로 O,OOO,OOO,OOO원과 이익금으로 O,OOO,OOO,OOO원 계 O,OOO,OOO,OOO원을 지급받기로 하며 토지대금과 이익금은 청구법인에게 대여한 대여금과 상계처리하기로 약정되어 있음을 알 수 있다 (나) 청구법인이 제시하고 있는 (주)OO건설과의 공동사업계약서(1999.12월)에 의하면 청구법인과 OO건설(주)는 공동사업계획을 체결하고 청구법인이 쟁점토지중 같은곳 OOOO외 6필지 6,560㎡에 대하여 국토이용계획 변경 및 주택건설사업승인신청에 필요한 일체를 OO건설(주)에 제공하는 대가로 OO건설(주)는 청구법인에게 O,OOO,OOO,OOO원(계약체결시 OOO,OOO,OOO원, 2000.1.15. O,OOO,OOO,OOO원, 2000.1.31 O,OOO,OOO,OOO원)을 무이자로 대여하되 본 사업의 사업승인을 득한 날로부터 30일이내에 토지대금으로 O,OOO,OOO,OOO원과 사업이익금으로 O,OOO,OOO,OOO원 계 O,OOO,OOO,OOO원을 지급하기로 하며 토지대금과 사업이익금은 청구법인에게 대여한 대여금과 상계처리하기로 약정한 것으로 기재되어 있다 (다) OO시장은 2000.2.3 OO건설(주) 소유토지인 같은곳 OOOOOOOO외 54필지 30,072㎡(청구법인 소유토지 6,560㎡포함)에 대하여 460세대의 주택건설사업계획을 OO건설(주)명의로 승인하였고, 2000.4.26 청구법인 소유토지인 같은곳 OOOOOO외 4필지 9,134㎡와 (주)OO개발 소유토지인 같은곳 OOOOOOOO 외 22필지 대지 20,079㎡에 대하여 사업규모 329세대의 주택건설사업계획을 청구법인과 (주)OO개발 명의로 승인한 사실이 OO시장의 사업계획승인서에 의하여 확인된다. (라) 청구법인이 (주)OO개발과 약정한 사업권양도양수계약서에 의하면 청구법인은 위 OO시장으로부터 (주)OO개발과 공동으로 승인받은 주택건설사업계획의 청구법인 지분을 (주)OO개발에 2000.5.9 양도양수한 것으로 기재되어 있다. (마) 청구법인이 쟁점토지를 양도하고 토지양도가액과는 별도로 사업권이익이라고 기장한 금액을 OO건설(주)는 공동사업해지보상금이라는 계정과목으로 토지대금과 구분하여 기장하였음이 선급금계정원장에 의하여 확인되고, (주)OO개발 대표이사는 토지대금과 별도로 공동사업해지보상금조로 지급하였다고 확인하고 있다. (바) 청구법인은 쟁점사업권이익금을 쟁점토지의 양도대가로 보는 경우 평당 거래가액이 O,OOO,OOOOO,OOO,OOO원으로 산출되어 소재지와 지목 및 거래시기가 비슷한 인근토지의 평당거래가액(평당 O,OOO,OOOOO,OOO,OOO원)과 비교하여 보면 가격차이가 너무 커서 쟁점사업권이익금을 모두 토지의 양도가액으로 보는 것은 부당하다고 주장하면서 아래와 같이 인근토지의 매매에 대한 계약서 사본을 제시하고 있다. 인근 유사토지 매매실례(부동산매매계약서)
• 취득자: OO건설(주) (OO O OO)
• 취득자: OO개발(주) (OO O OO) (사) 청구법인이 제시하고 있는 관련기업의 법인세와 종합소득세 신고서 및 주식등 변동상황명세표에 의하면, 청구법인과 대표이사가 투자한 관련법인으로 (주)OOOOOO(OOOOOOOOOOOO)이 있고, 청구법인의 대표이사(지OO)가 운영하는 사업체로 OOOOOO(OOOOOOOOOOOO), OO(OOOOOOOOOOOO), OOOO(OOOOOOOOOOOO)등이 있으며 신고한 2000년도 귀속 수입금액이 대부분 OOOOOOOOO원인 것으로 확인된다. (아) 1999.5.16자와 1999.7월에 수정하여 작성한 청구법인의 주택신축분양계획(안)에 의하면 청구법인은 쟁점토지상에 지하1층 지상 19층의 3가지 평형(35평, 45평, 51평)의 아파트 1,014세대를 신축하기로 계획하였음이 아파트 배치도와 평면도 등 설계도에 의하여 확인된다. (자) 위의 사실을 종합하여 보면, 아파트 신축분양사업을 영위하는 법인이 주택신축용 토지와 사업권을 양도함에 있어서 토지가액과 별도의 보상금을 구분하여 받기로 한 경우 그 사업권이 토지의 시가와 별도의 독립된 가치로 인정되는 때에는 특별부가세 과세대상에 포함되지 않는 것이나, 양도일 현재 인근 유사토지의 매매실례가액 등과 비교하여 볼 때, 토지가액에 포함되는 가액을 단순히 사업권 명목으로 구분하여 계상한 것으로 인정되는 경우에는 토지 양도대가로 보아 특별부가세 과세대상에 포함되는 것인 바, 청구법인은 관련 건설업체를 여러 개 가지고 있는 주택건설법인으로서 아파트를 신축분양하기 위하여 쟁점토지를 매입하여 주택신축분양계획을 추진하다가 일정면적 이상의 토지를 확보하지 못하여 부득이 아파트건설부지로 인근토지를 확보한 청구외법인들과 연계하여 공동으로 주택건설사업계획에 대한 승인을 받는 과정이나 승인을 받고 난 뒤, 청구외법인들이 확보한 토지면적이 가장 적은 청구법인에게 쟁점토지와 쟁점토지에 대한 사업권 양도를 종용함에 따라 청구법인은 쟁점토지에 대한 아파트건설사업을 포기하게 되었고 그 건설사업을 포기한 대가로 청구외법인들로부터 별도로 쟁점사업권이익금을 지급받은 사실이 공동사업계약서와 공정증서, 사업권양도양수계약서, 정산합의서, 주택건설사업계획승인신청서, 주택건설사업계획승인서 등에 의하여 확인되고, 청구법인의 쟁점토지 양도일 이후에 거래된 인근토지의 거래시세가 평당 1,500천원을 초과하지 않은 사실이 확인되고 있는 이건의 경우, 공동사업계약서와 공정증서, 사업권양도양수계약서, 정산합의서 등과, 인근의 토지거래가액(평당 OOOO원정도) 및 청구외법인들의 토지매입에 대한 기장내용 등에 비추어 같은 주택신축분양업체인 청구외법인들로부터 쟁점토지 양도대가와는 별도로 주택신축분양사업을 포기한 대가로 아파트를 신축분양할 경우 예상되는 기대이익의 일부를 토지매매가액을 초과하여 지급받았다고 보는 것이 타당한 반면, 쟁점사업권이익금을 단순한 쟁점토지의 양도대가로 보기는 어려운 것으로 판단된다.
(3) 쟁점(2)에 대하여 본다. 청구법인은 쟁점토지가 대부분 농지로서 농지법에 의하여 소유권이전등기가 불가능하므로 쟁점토지의 양도에 대하여 특별부가세를 과세하는 경우에도 미등기양도자산에 적용되는 세율 30%를 적용하는 것은 부당하다고 주장하면서, 도시계획확인원, 토지대장, 사업계획승인서 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 쟁점토지에 대한 OO시장이 발행한 도시계획확인원(2002.5.10)과 토지대장에 의하면 쟁점토지중 지목이 대지와 잡종지인 2필지 1,143㎡를 제외한 14,551㎡는 도시계획구역 밖의 준농림지역내의 농지임이 확인된다. (나) OO도 OO시장의 2000.4.26자 사업계획승인서(승인번호 제2000-10)에 의하면 청구법인 소유토지인 같은곳 OOOOOO 외 4필지 9,134㎡ 와 (주)OO개발 소유토지 20,079㎡ 계 29,913㎡에 대하여 6개동 329세대에 대한 주택건설사업계획이 청구법인과 (주)OO개발 공동명의로 승인되었음이 확인된다. (다) 위의 법령과 사실을 종합하여 보면, 농지법상 도시계획구역 밖의 농지에 대하여는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유가 제한되나, 예외적으로 국민주택사업주체가 주택건설촉진법 제33조 제1항에 의하여 사업계획의 승인을 얻은 때에는 농지법 제36조의 규정에 의한 농지의 전용의 허가 또는 협의를 받은 것으로 보아 자기의 농업경영에 이용하지 아니하는 농지라도 이를 소유할 수 있도록 규정하고 있으므로 쟁점토지중 지목이 대지이거나 잡종지인 2필지 1,143㎡는 농지법의 적용대상이 되는 농지가 아니고 (주)OO개발에 양도한 농지 5필지 9,134㎡는 2000.4.26 청구법인과 (주)OO개발 공동명의로 주택건설사업계획이 승인된 토지로 2000.5.9 양도당시 소유권이전등기가 가능한 경우이므로 미등기 양도자산에 해당되지 아니한다는 청구주장은 이를 받아들이기 어려운 반면, 쟁점토지중 지목이 농지로서 OO건설(주)에 양도한 토지중 5,417㎡는 청구법인 명의로 주택건설사업계획이 승인되지 아니한 상태에서 양도된 농지로서 농지법에 의하여 양도당시 건설업을 영위하는 청구법인 명의로 소유권이전등기가 불가능한 토지에 해당되므로 이를 미등기양도자산으로 보아 과세한 처분은 잘못이 있다 하겠다.
(4) 쟁점(3)에 대하여 본다. 처분청은 쟁점토지에 대한 매매금액이 변경되기 전의 당초계약서에 기재된 취득가액으로 양도차익을 산정하였으나 청구법인은 쟁점토지를 취득하면서 계약변경으로 OOO,OOO,OOO원을 추가지급하였고, 중개수수료로 OO원, 가처분등기비용으로 O,OOO,OOO원을 각각 지출하였다고 주장하면서 변경된 부동산매매계약서, 어음기입장, 예금통장사본, 무통장입금증 등 금융자료를 제시하고 있으므로 이에 대하여 본다. (가) 청구인이 제시하고 있는 변경된 매매계약서의 내용을 보면 아래와 같이 OOO,OOO,OOO원을 추가로 매도인들에게 지급하기로 약정하였음이 확인된다. 변경된 부동산매매계약서 내용 (OOO O) (나) 청구법인이 제시하고 있는 어음기입장 및 예금통장, 무통장입금증, 토지계정원장에 의하면 청구법인은 쟁점토지를 매입하면서 매입대금으로 김OO, 김OO, 김OO에게 아래와 같이 매입대금을 지급하였음이 확인된다. 김OO에 대한 토지대금 지급내역 및 증빙 (OO O OO) 김OO에 대한 토지대금 지급내역 및 증빙 (OO O OO) 김OO에 대한 토지대금 지급내역 및 증빙 (OO O OO) (다) 청구법인은 쟁점토지 매입당시 중개수수료로 OO원을 지급하였다고 무통장입금증 2매, 약속어음 1매를 제시하고 있는 바, 청구법인은 이OO에게 1999.6.5 OO,OOO,OOO원(입금계좌번호 OO OOOOOOOOOOOOOO)과 OO,OOO,OOO원(OO은행 계좌번호OOOOOOOOOOO)을 무통장입금하였고, 1999.9.29 어음으로 OO,OOO,OOO원(어음번호 자가OOOOOOOO)을 쟁점토지의 중개수수료로 각각 지급한 사실이 확인된다. (라) 청구법인은 1999.12.28 법무사 최OO(계좌번호 OOOOOOOOOOOO)에게 O,OOO,OOO원을 가처분 및 매매예약가등기 비용으로 송금하였으며 김OO으로부터 매입한 토지 5필지 5,286㎡에 대하여 청구법인 명의로 1999.12.29 가처분등기와 매매예약가등기가 경료되었다가 2000.4.4 말소된 사실이 토지등기부등본에 의하여 확인된다. (마) 위의 사실을 종합하여 보면, 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 위하여 지출한 비용이 김OO에게 O,OOO,OOO,OOO원, 김OO에게 O,OOO,OOO,OOO원, 김OO에게 O,OOO,OOO,OOO원을 지급하였고, 중개수수료로 이OO에게 OOO,OOO,OOO원, 가처분 및 가등기 비용으로 O,OOO,OOO원을 지급하였음이 확인되므로 동 금액을 쟁점토지의 취득가액으로 인정하여 양도차익을 산정함이 타당한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 쟁점토지의 양도차익을 산정함에 있어서 쟁점사업권이익금을 토지의 양도가액에 포함시키고, 매매대금이 변경되기 전의 취득계약서상의 금액만을 취득원가로 인정하여 쟁점토지 전체를 미등기양도한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.