감면신청을 하지 아니하여 감면을 배제한 처분의 당부

심판청구번호 국심2002서 0350(2002. 9.27) � 청구법인은 1995.4월 설립되어 반도체현상액(제품명: ○○○)의 제조업을 영위하는 법인으로 설립자본금 ○○○원과 1997.10.28 유상증자액 ○○○원 중 각각 50%를 외국인이 투자하였고, 외국인 지분율을 50%로 한 조세감면을 신청하여 법인세를 신고납부하였다. 처분청은 위 유상증자액 ○○○원 중 ○○○원(이하 "쟁점증자금"이라 한다)에 대하여 외국인투자의 신고수리가 있은 날부터 2년이 지난 2001.11.16에야 감면신청(승인일: 2001.11.30)을 하였다 하여 증자일로부터 감면승인을 받기 직전 사업연도(1997.1.1∼2000.12.31)까지 조세감면을 배제하고, 감면비율을 재계산(○○○원/○○○원×100%=27.77%)하여 2001.12.10 청구법인에게 법인세 ○○○원(1999.1.1∼12.31사업연도 ○○○원, 2000.1.1∼12.31 사업연도 ○○○원, 1997.1.1∼1998.12.31 사업연도는 결손으로 감면받지 않았음)을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.1.15 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점증자금에 대하여 법정기일내에 외국인투자기업에 대한 조세감면신청을 하지 못하였으나, 다음과 같은 사유를 종합하여 볼 때 당해 감면을 배제한 처분은 부당하다. 첫째, 쟁점증자금의 증자일이 1997.10.28이므로 처분청이 2000.12.29 신설된 조세특례제한법 제121조 의 2 제10항의 규정을 적용하여 감면을 배제한 처분은 소급과세금지의 원칙에 위배된다. 둘째, 쟁점증자금 증자당시의 적용법규인 외자도입법에 감면신청을 하지 않는 경우에 감면대상에서 제외한다는 규정이 없는 반면, 청구법인은 설립자본금 중 외국인투자지분에 대하여 이미 감면신청을 하였을 뿐만 아니라 쟁점증자금에 대한 감면을 적용하여 1997사업연도분 부터 법인세신고를 한 바 있다. 셋째, 청구법인은 증자이후에도 외국인투자지분(50%)의 변동없이 기 감면대상으로 승인받은 동일한 제품(○○○)만을 생산, 판매하고 있으므로 쟁점증자금에 대한 감면을 부인할 경우 증자 전·후의 실체적요건이 동일함에도 증자 전의 감면비율과 다르게 되는 모순이 발생하고, 이는 무상증자의 경우 추가적인 감면승인 없이 증자전후의 감면비율에 변동이 없도록 한 재정경제부 예규(경총 41500-162, 1999.11.20)와 조세특례제한법 제121조 의 4 제2항과 비교하여 볼 때 조세평등주의에 위배되는 면이 있다. 넷째, 조세특례제한법 제121조 의 2의 입법취지가 외국인투자유치를 위한 인센티브제도이고, 청구법인이 생산하는 제품은 미국과 일본만이 보유하는 최첨단 기술제품으로 수입대체 및 수출 등에 의한 국가경제에 공헌한 점에 비추어 단순한 신고지연을 이유로 감면을 배제하면 외자도입촉진의 취지 등에도 부합되지 않는다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제121조 의 2 제6항의 규정에 의하면 외국인투자의 신고가 있는 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 함에도, 이를 신고하지 않았으므로 감면배제한 이 건 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 외국인투자에 대한 법인세 등의 감면신청을 법정기한내에 하지 않았다 하여 동 감면을 배제한 처분의 당부
• 나. 관계법령 구 외국인투자및외자도입에관한법률(1998.9.16폐지) 제14조【법인세등의 감면】① 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하고자 하는 외국인투자로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우에는 제2항 내지 제5항에 규정하는 바에 따라 법인세·소득세·취득세·재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력 강화에 긴요한 고도기술을 수반하는 사업

② 외국인투자기업에 대한 법인세 또는 소득세는 제1항의 규정에 의하여 법인세 또는 소득세의 감면대상이 되는 사업을 영위함으로써 발생한 소득에 한하여 다음 각호와 같이 감면한다.

1. 제1항 제1호에 규정된 사업의 경우에는 당해 사업을 개시한 후 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 과세연도(사업개시일부터 5년이 되는 날이 속하는 과세연도까지 당해 사업에서 소득이 발생하지 아니한 때에는 5년이 되는 날이 속하는 과세연도)부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 당해 사업소득에 대한 법인세 또는 소득세 상당액(총산출세액에 제1항 제1호에 규정된 사업을 영위함으로써 발생한 소득이 총과세표준에서 차지하는 비율을 곱한 금액을 말한다)에 외국인투자비율을 곱한 금액(이하 이 항에서 “감면대상세액”이라 한다)의 전액을, 그 다음 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 감면대상세액의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일(증자의 경우에는 외국인투자의 신고수리가 있은 날부터 2년이 되는 날)까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 같은 법 제16조【증자의 조세감면】① 외국인투자기업이 증자하는 경우에 당해 증자분에 대한 조세감면에 대하여는 제14조 및 제15조의 규정을 준용한다. 다만, 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 조세감면신청에 대하여는 주무부장관과의 협의를 생략할 수 있다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 사업개시일은 자본증가에 관한 변경등기를 한 날로 한다. 같은 법 제17조【조세의 추징】① 세무서장은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 제14조 제2항의 규정에 의하여 감면된 법인세 또는 소득세를 추징한다.

1. 제18조 제1항의 규정에 의하여 등록이 말소된 경우

2. 신고수리된 내용이나 신고수리에 따른 조건을 이행하지 아니한 경우

3. 외국투자가가 이 법에 의하여 소유하는 주식 또는 지분을 대한민국 국민 또는 대한민국 법인에게 양도하는 경우

4. 외국인투자기업이 폐업하는 경우 같은 법 시행령 제15조【법인세등의 감면결정】① 재정경제부장관은 법 제14조 제6항의 규정에 의한 조세감면신청이 있는 때에는 당해 신청이 제13조의 규정에 의한 조세감면기준에 해당되는지의 여부등을 검토하여 20일 이내에 감면 여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다. 다만, 공장시설지역의 미확정으로 제13조의 규정에 의한 조세감면기준에 해당되는지의 여부를 결정할 수 없을 때에는 동조의 규정에 의한 조세감면기준에 해당되는 경우에 한하여 감면하는 조건으로 감면결정을 할 수 있다. 같은 법 시행규칙 제2조【신주등의 취득에 의한 외국인투자의 신고등】② 법 제7조 제2항의 규정에 의한 신고를 하고자 하는 자는 별지 제1호의 2 서식의 배당금출자신고서 2부에 다음 각호의 서류를 첨부하여 수탁은행장에게 제출하여야 한다. 조세특례제한법(1999.5.24 법률 제5982호로 정부조직법 부칙에 의하여 개정된 것, 이하 같다) 제121조의 2【외국인투자에 대한 법인세 등의 감면】① 다음 각호의 1에 해당하는 사업을 영위하기 위한 외국인투자(외국인투자촉진법 제2조 제1항 제4호 의 규정에 의한 외국인투자를 말한다. 이하 이 장에서 같다)로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항에 규정하는 바에 따라 법인세·소득세·취득세·등록세·재산세 및 종합토지세를 각각 감면한다.

1. 국내산업의 국제경쟁력강화에 긴요한 산업지원서비스업 및 고도의 기술을 수반하는 사업

⑥ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정에 의한 감면을 받고자 할 때에는 당해 외국인투자기업의 사업개시일이 속하는 과세연도의 종료일(증자의 경우에는 외국인투자의 신고가 있은 날부터 2년이 되는 날)까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 한다. 다만, 제8항의 규정에 의하여 조세감면결정을 받은 사업내용을 변경한 경우 그 변경된 사업에 대한 감면을 받고자 할 때에는 당해 변경사유가 발생한 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 조세감면내용 변경신청을 하여야 하며, 이에 따른 조세감면내용 변경결정이 있는 경우 그 변경결정의 내용은 당초 감면기간의 잔여기간에 한하여 적용된다.

⑧ 재정경제부장관은 제6항의 규정에 의한 조세감면신청 또는 조세감면내용 변경신청을 받거나 제7항의 규정에 의한 사전확인신청을 받은 때에는 주무부장관과 협의하여 그 감면·감면내용변경·감면대상 해당여부를 결정하고 이를 신청인에게 통지하여야 한다. 다만, 제4항, 제5항, 제12항 제3호 및 제4호의 규정에 의한 취득세·등록세·재산세 및 종합토지세의 감면에 대하여는 당해 사업장을 관할하는 지방자치단체의 장과 협의하여야 한다.

⑨ 외국인투자촉진법 제2조 제1항 제7호 사목 또는 동법 제6조의 규정에 의한 외국인투자에 대하여는 제2항 내지 제5항 및 제12항의 규정을 적용하지 아니한다.

⑩ 외국투자가 또는 외국인투자기업이 제6항의 규정에 의한 감면신청기한이 경과한 후 감면신청을 하여 제8항의 규정에 의하여 감면결정을 받은 경우에는 그 감면신청일이 속하는 과세연도와 그 후의 잔존감면기간에 한하여 제1항 내지 제5항 및 제12항의 규정을 적용한다. 이 경우 외국인투자가 또는 외국인투자기업이 제8항의 규정에 의하여 감면결정을 받기 이전에 이미 납부한 세액이 있는 때에는 당해 세액은 이를 환급하지 아니한다. 조세특례제한법 부칙 (2000. 12. 29 법률 제6297호로 개정된 것) 제1조 【시행일】 이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제6조·제72조의 2 제2항 및 제88조의 6의 개정규정은 공포한 날부터 시행하고, 제72조 제1항 및 제4항의 개정규정 중 기부금에 관한 부분은 2003년 1월 1일부터 시행하며, 제106조의 2의 개정규정은 2002년 1월 1일부터 시행하고, 제121조의 2 제9항·제121조의 5 제1항 제1호·제2항 제1호 및 제3항 제3호의 개정규정은 2001년 2월 1일부터 시행한다. (2001. 12. 29 단서개정) 제2조 【일반적 적용례】 ① 이 법 중 소득세 및 법인세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 개시하는 과세연도분부터 적용한다. 제27조 【외국인투자기업 등의 신청기한 이후의 조세감면 또는 면제신청에 관한 적용례】 제121조의 2 제10항 또는 제121조의 6 제3항의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 조세의 감면 또는 면제를 신청하는 분부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 설립자본금 중 외국인투자액 ○○○원(외국인 지분 50%)에 대하여는 1995.7.18 외국인투자및외자도입에관한법률(이하 "외자도입법"이라 한다) 제14조 제7항 및 같은법시행령 제15조 제1항의 규정에 의하여 재정경제부장관으로부터 조세감면승인을 받은 반면, 1997.10.28 유상증자액 중 외국인 지분인 쟁점증자금에 대하여는 1997.10.3 외국인 증액투자신고수리를 받고 1997.10.28 당해 자본증가에 관한 변경등기를 하였으나, 이에 대한 조세감면신청(감면승인일: 2001.11.30)은 2001.11.16 한 것으로 재정경제부장관의 공문(경총 41500 -605, 2001.11.30) 등에 의하여 확인된다.

(2) 처분청은 청구법인이 쟁점증자액에 대한 조세감면신청을 투자신고수리일(1997.10.3)로부터 2년을 경과하여 2001.11.16에 함으로써 조세특례제한법 제121조 의 2 제6항의 규정을 위배하였다 하여 당해 감면을 배제하였다. 먼저, 1997.10.28 증자등기한 쟁점증자금의 감면 여부를 1999.5.24 개정된 조세특례제한법을 적용하여 결정한 것이 적법한지를 본다. 조세감면신청기간이 경과한 이후에 조세감면신청을 하는 경우에는 외국인투자의 자본증가에 관한 변경등기일이 속하는 날에 시행중인 법령의 내용에 따라 조세감면결정 및 조세감면혜택이 이루어지게 되므로 쟁점증자금에 대한 감면 여부는 증자등기일 당시(1997.10.28)의 시행법률인 외자도입법을 적용하여 결정함이 타당하다 할 것이다. 다음, 외자도입법상 법정기일내에 감면신청을 하지 아니하였다 하여 동 감면을 배제한 처분이 외자도입법상 적법한지를 본다. 외자도입법 제14조 제6항에 의하면 외국인투자기업이 증자에 대한 감면을 받고자 할 때에는 외국인투자의 신고수리가 있은 날부터 2년이 되는 날까지 재정경제부장관에게 감면신청을 하여야 하는 바, 위 감면신청은 재정경제부장관이 당해 신청에 대하여 제13조의 규정에 의한 조세감면기준에 해당되는지의 여부등을 검토하여 감면 여부를 결정하도록 외자도입법시행령 제15조 제1항에서 규정하고 있는 점 등으로 보아 이는 필수적인 요건으로 해석된다. 그렇다면, 청구법인이 쟁점증자금의 증자 이후에 설립자본금 중 외국인투자지분에 대하여 기(1995.7.18) 감면승인받은 내용과 동일하게 외국인투자지분율 50%로서 반도체현상액(○○○)을 생산·판매하는 것으로 하여 2001.11.30 쟁점증자금에 대한 감면승인을 받았다 하더라도, 쟁점증자금에 대한 감면신청을 투자신고수리일(1997.10.3)로부터 2년이 지난 후인 2001.11.16에야 하였으므로 당해 조세감면요건이 충족된 것으로 볼 수 없으며, 따라서 청구법인의 증자일로부터 감면승인을 받기 직전 사업연도(1997.1.1∼2000.12.31)에 대하여 조세감면을 배제하고 이 건 법인세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.