양도차손의 통산

심판청구번호 국심2002서 0064(2002. 5.17) �

• 가. 청구인은 2000.4.4∼2000.12.20 양도소득세율이 다른 여러 종목의 주식을 양도한 결과, 양도소득세율이 10%(중소기업)인 (주)○○○(경기도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○) 주식 527,500주와 (주)○○○(서울특별시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○) 주식 692,989주 및 (주)○○○스튜디오(서울특별시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○) 주식 20,000주의 양도에서 각 15,579,923,500원, △1,562,832,350원, △5,403,000,000원의 양도소득금액과 결손금이 발생하였고, 양도소득세율이 20%(일반기업)인 (주)○○○기술투자(서울특별시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○)의 주식 993,256주 및 ○○○통신(주)(서울특별시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○)의 주식 1,153,190주의 양도에서 각 7,122,475,080원, △3,517,410,800원의 양도소득금액과 결손금이 발생하였으며, 양도소득세율이 40%(대주주 등이 1년 미만 보유한 주식)인 ○○○매직(주)(서울특별시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○) 주식 240,000주의 양도에서 840,000,000원의 양도소득금액이 발생하였다.
• 나. 청구인은 2001.5.31 양도소득세 과세표준확정신고를 하면서 위 양도주식의 양도당시 발생한 결손금을 각 세율별로 통산하여 2000년 귀속 양도소득세 1,908,921,000원을 납부였다가, 2001.10.9 양도주식을 세율별 구분 없이 높은 세율이 적용되는 주식부터 순차로 결손금을 통산하여 산출하면 양도소득세가 1,305,665,000원이 되므로 위 확정신고를 한 양도소득세와의 차액상당액 603,256,000원은 청구인이 초과하여 납부한 세액이므로 환급하여야 한다고 경정청구를 제기하였다.
• 다. 처분청은 위 경정청구에 대하여 청구인이 과세표준확정신고당시 세율별로 결손금을 통산하여 산출한 양도소득세를 납부한 것이 정당하다고 보아 2001.10.25 청구인에게 경정청구 거부통지를 하였다.
• 라. 청구인은 이에 불복하여 2001.12.24 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 과세표준확정신고당시 세율별로 결손금을 통산하여 신고하였으나, 소득세법 제102조 에서 결손금은 각 호별로 구분계산 하여 통산하도록 규정하고 있을 뿐 세율별로 구분하여 통산하라는 규정이 없음에도 국세청의 내부적인 행정사무처리규정에 불과한 소득세법기본통칙 92-1에 의하여 결손금을 동일한 세율별로만 통산하여야 한다고 보는 것은 입법미비에 의한 불이익을 납세자에게 전가하는 것이므로 조세법률주의에 위배되고, 양도소득세에는 이월결손금 공제제도가 없어 납세자에게 일방적으로 불리하며 중소기업 및 일반기업의 구분은 가변적임에도 중소기업 주식의 양도에서 발생하는 결손금을 다른 중소기업 주식의 양도차익에서만 공제하여야 한다고 해석하는 것은 법령의 규정 또는 위임규정 없이 소득세법 제102조 를 확대하여 해석한 것이므로 청구인이 주식을 양도하여 발생한 결손금을 세율별 구분 없이 높은 세율부터 통산하여 산출한 양도소득세와 청구인이 신고한 양도소득세와의 차액상당액을 초과납부세액으로 환급하여야 한다는 정당한 경정청구를 거부한 처분에는 잘못이 있다.
• 나. 처분청 의견 세율이 다른 여러 종목의 주식을 동일한 과세기간에 양도한 경우 그에 따라서 발생한 결손금을 동일한 세율의 양도소득금액에서 먼저 공제하여야 하는지에 대하여 관련법령에서 명확하게 규정하고 있지 아니하나, 소득세법기본통칙 92-1에 주식 외의 양도자산에 대한 결손금을 통산하는 경우 먼저 동일한 세율별로 구분하여 양도차익과 결손금을 가감하여 계산하는 것인 바, 청구인이 양도한 주식도 이를 준용하는 것이 타당하므로 이와 다른 청구인의 경정청구를 거부한 처분은 달리 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 동일한 과세기간에 세율이 다른 여러 종목의 주식을 양도한 후 각 양도차익과 결손금이 발생한 경우 결손금을 동일한 세율별로 통산하여야 하는지 여부
• 나. 관련법령 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득 제102조【양도소득금액의 구분계산 등】양도소득금액은 다음 각호의 소득별로 구분하여 계산한다. 이 경우 소득금액을 계산함에 있어서 발생하는 결손금은 이를 다른 호의 소득금액과 통산하지 아니한다.

2. 제94조 제3호 및 동조 제4호의 규정에 의한 소득 제104조【양도소득세의 세율】① 거주자의 양도소득세는 당해연도의 양도 소득과세표준에 다음 각호의 세율을 적용하여 계산한 금액(이하“양도소득산출세액”이라 한다)을 그 세액으로 한다.

1. 제94조 제1항 제1호·제2호 및 제4호의 규정에 의한 자산 중 다음 제2호 및 제3호에 규정된 것을 제외한 자산 〈양도소득세과세표준〉6천만원 초과 〈세 율〉1천500만원＋6천만원을 초과하는 금액의 100분의 40

5. 제94조 제4호의 규정에 의한 자산

• 가. 중소기업 외의 법인의 대통령령이 정하는 대주주 등(이하 이 장 및 제160조 제6항에서“대주주 등”이라 한다)이 1년 미만 보유한 것 제1호의 규정에 의한 세율
• 나. 중소기업의 주식 또는 출자지분 양도소득과세표준의 100분의 10
• 다. 가목 및 나목 외의 자산 양도소득과세표준의 100분의 20
• 다. 판단 (1) 소득세법 제94조 에는 양도소득세 과세대상을 부동산, 부동산에 관한 권리, 주식, 기타자산의 양도소득으로 분류하고 있고, 제102조에는 양도소득금액을 부동산(기타자산을 포함)과 주식으로 나누어 규정하고 있다. 한편 소득세법 제104조 에서 부동산은 자산별, 보유기간별로 분류하고 주식은 종류별, 보유기간별로 분류하여 양도소득세율을 차등적용 하도록 하고 있고, 제102조에서 부동산 양도소득금액과 주식 양도소득금액에서 발생한 결손금은 자산별로 분류하여 이를 다른 자산의 양도소득금액에서 통산하지 아니하도록 규정하고 있다.

(2) 위와 같이 양도소득세는 먼저 부동산과 주식으로 나누어 양도소득금액을 계산하고 당해 양도소득금액에서 양도소득기본공제를 차감하여 과세표준을 산정하고 양도소득세율을 적용하여 양도소득세를 계산한다.

(3) 이 건과 같이 1과세기간에 세율이 다른 여러 종류의 주식을 양도하고 주식의 종류별로 양도차익과 양도차손이 발생한 경우 당해 결손금을 어떻게 통산하여 양도소득금액을 산정하여야 하는지에 대하여 본다. (4) 소득세법 제104조 제1항 제5호 에서 주식의 종류별로 양도소득세율을 달리 규정하고 있으므로 양도소득세액 산정의 기초가 되는 양도소득금액 및 양도소득세과세표준은 먼저 동일한 세율이 적용되는 주식의 양도차손익을 통산하고 그 다음에 다른 세율이 적용되는 주식의 양도차손익과 통산하는 것이 합리적이라 할 것이다.(소득세법기본통칙 92―1 같은 뜻임)

(5) 그렇다면 납세자에게 유리하게 주식양도에서 발생한 결손금은 동일한 세율이 아니라 높은 세율이 적용되는 양도차익에서 먼저 통산할 수 있다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

이 건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.