창업중소기업 등 세액감면을 배제한 처분의 당부

국 세 심 판 원 국세심판관회의 결 정

(1) 개인기업에서 법인으로 전환된 청구법인을 조세특례제한법 제6조 제2항 의 규정에 의한 창업벤처중소기업으로 보아 세액감면을 해줄 수 있는지 여부 청구번호 국심2002부 2936(2003. 3. 5) 청 구 인 ㈜○○○정보기술

○○○시 ○○○구 ○○○ 대표이사 문○○○ 대리인 세무사 김○○○

○○○시 ○○○구 ○○○ 처 분 청 ○○○세무서장

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 대표이사 문○○○가 "○○○정보기술"이라는 상호로 영위하던 개인사업을 1998.6.1 법인으로 전환한 기업으로 컴퓨터프로그램, 자동화기기 생산업 등을 영위하면서, 1999.10.22 기업부설연구소를 설립하고, 2000.5.30 부산·울산 중소기업청장으로부터 벤처기업 확인을 받았다. 청구법인은 2000사업연도 법인세 신고시 조세특례제한법 제6조 제2항 의 규정에 의거 창업벤처중소기업에 대한 감면세액으로 ○○○원을 신고하였다가, ○○○지방국세청장의 법인세신고 서면분석결과 위 세액감면이 잘못 적용되었다는 지적을 받자, 2002.6.29 위 감면세액을 배제하여 2000사업연도 법인세를 수정신고하였다 처분청은 청구법인이 수정신고만 하고 세액을 납부하지 아니하자 다른 경정사항을 포함하여 2002.7.15 청구법인에게 2000사업연도 법인세 ○○○원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.10.5 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1999.10.22 기업부설연구소를 설립하여 컴퓨터프로그램개발등에 대한 기술개발을 하고 있고, 2000.5.30 지방중소기업청장으로부터 벤처기업 확인을 받아 창업중소기업등에 대한 법인세액 감면신청을 하였는데, 처분청은 청구법인이 1998.6.1 개인기업에서 법인전환하였다 하여 창업중소기업에 해당하지 아니하는 것으로 판단하여 이 건 법인세 등을 과세하였다. 그러나 1999.8.31 개정된 조세특례제한법 부칙 제2조 제1항에서 1999.8.31 이후 최초로 창업하거나 벤처기업으로 확인을 받은 분부터 창업중소기업 세액감면을 적용받도록 규정하고 있으므로 개인사업을 영위하다가 법인으로 전환한 경우에도 조세특례제한법 제6조 에 의한 창업중소기업 세액감면규정을 적용하여야 하고, 더구나 청구법인의 경우 개인사업에서 법인으로 전환되었다고는 하나 업무영역을 확대하는 등 그 실질내용면에서는 새로 창업한 것과 다를 바 없으므로 창업중소기업 세액감면규정을 적용하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제6조 제4항 (2000.12.29 신설)의 규정에 의하면 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 창업으로 보지 아니하도록 규정하고 있고, 같은법 부칙 제4조에서는 같은법 제6조의 개정 규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도(2000사업연도)부터 적용한다고 규정하고 있어 개인기업에서 법인전환하여 2000.5.30 벤처기업으로 지정받은 청구법인은 창업중소기업 세액감면규정의 적용대상에 해당하지 아니한다.

• 가. 쟁점 개인기업에서 법인으로 전환된 청구법인을 조세특례제한법 제6조 제2항 의 규정에 의한 창업벤처중소기업으로 보아 세액감면을 해줄 수 있는지 여부
• 나. 관련법령

(1) 구 조세특례제한법(2000.12.29 법률 제6297호로 개정되기 전의 것) 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】②벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업후 2년이내에 동법 제25조의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 "창업벤처중소기업"이라 한다)의 경우에는 그 확인받은 날 이후 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 제1항의 규정을 적용받는 경우를 제외한다.

③ 창업중소기업과 창업벤처중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업(종합유선방송법에 의한 종합유선방송국 및 프로그램공급업과 방송프로그램제작업에 한한다. 이하 같다), 대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업"이라 한다), 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업(이하 "정보처리 및 컴퓨터운용관련업"이라 한다)과 대통령령이 정하는 물류산업(이하 "물류산업"이라 한다)을 영위하는 중소기업으로 한다. 조세특례제한법 부칙 (1999.8.31 법률 제5996호) 제1조【시행일】이 법은 공포한 날부터 시행한다.(단서생략) 제2조【세액감면에 관한 적용례】① 제6조 및 제31조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 창업하거나 벤처기업으로 확인받는 분부터 적용한다. (단서생략) 조세특례제한법시행령(2000.12.29 대통령령 제17034호로 개정되기 전의 것) 제5조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】④ 법 제6조 제2항에서 "대통령령이 정하는 기업"이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 기업을 말한다.

1. 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 제1호·제3호 및 제4호의 규정에 의한 중소기업

(2) 조세특례제한법(2000.12.29 법률 제6297호로 개정된 것) 제6조【창업중소기업 등에 대한 세액감면】④ 제1항 내지 제3항의 규정을 적용함에 있어서 내국인이 합병·분할·현물출자 또는 사업의 양수를 통하여 기존사업을 승계 또는 인수하거나 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 창업으로 보지 아니한다. 같은법 부칙 (2000.12.29 법률 제6297호) 제1조【시행일】이 법은 2001년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제6조·제72조의 2 제2항 및 제88조의 6의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다(이하생략). 제4조【창업중소기업 등에 대한 세액감면에 관한 적용례】제6조의 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도부터 적용한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 대표이사 문○○○가 1992.3.17 설립하여 개인기업으로 운영하던 ○○○정보기술이 1998.6.1 법인으로 전환된 기업으로, 사업자등록상 업태·종목이 프로그램, 자동화기기, 컴퓨터의 제조 및 도·소매업으로 개인기업 때와 동일한 것으로 되어 있다.

(2) 청구법인은 1999.10.22 기업부설연구소를 설립하여 ○○○기술진흥협회장으로부터 인정을 받았으며, 2000.5.30 ○○○지방중소기업청장으로부터 벤처기업 확인을 받았다.

(3) 법인전환 전·후 개인기업 및 청구법인의 수입금액은 아래 표와 같다.

(4) 청구법인은 2000.5.30 벤처기업 확인을 받았고, 창업중소기업 등에 대한 세액감면을 규정하고 있는 구 조세특례제한법 제6조 의 규정은 동법 부칙 제2조에 의하여 법 시행일인 1999.8.31 이후 최초로 창업하거나 벤처기업으로 확인받는 분부터 적용한다고 규정하고 있으므로, 청구법인은 위 법 제6조의 규정에 의한 세액감면대상이라고 주장하나, 위 법 제6조에서 세액감면대상을 "창업벤처중소기업"으로 정하고 있으므로 1999.8.31 이후 벤처기업으로 확인받았다 하여 모두 세액감면대상이 되는 것이 아니라 그 중에서 "창업"된 벤처중소기업만이 세액감면대상이 되는 것이므로, 청구법인이 위 부칙규정을 들어 세액감면대상이라고 주장하는 것은 위 법리를 오해한 것이라 하겠다.

(5) 또한, 청구법인은 법인전환후 기업부설연구소를 설립하고 업무영역이 확대되는 등 그 실질내용이 창업에 해당한다는 주장이나, 청구법인이 개인기업때 사용하던 사업장(○○○시 ○○○구 ○○○)과 상호(○○○정보기술)를 그대로 사용하고, 업태·종목이 동일한 점 등에 비추어 볼 때, 비록 청구법인이 기업부설연구소를 설립하는 등 일부 사업영역을 확대하였다 하더라도 청구법인이 창업되었다고는 보기는 어려운 것으로 판단된다.

(6) 한편, 2000.12.29 신설된 조세특례제한법 제6조 제4항 에서 거주자가 영위하던 사업을 법인으로 전환하여 새로운 법인을 설립하는 경우에는 창업으로 보지 아니한다고 규정하고, 동법 부칙 제1조에서 위 개정규정은 이 법 공포일이 속하는 과세연도(2000사업연도)부터 적용한다고 규정하고 있으므로, 개인기업에서 법인으로 전환된 청구법인의 경우 위 규정에 의해서도 창업에 해당하지 아니한다 할 것이다.

(7) 따라서 청구법인이 2000사업연도에 창업벤처중소기업에 대한 세액감면대상에 해당하지 아니하는 것으로 보아 동 감면세액을 추징한 이 건 처분은 잘못이 없다 하겠다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.