기부채납 주차시설 제공 용역의 부가가치세 면제 여부

심판청구번호 국심2002부 1405(2002. 9.19)

○○○세무서장이 청구법인이 2001.12.31 1997년 제2기부터 2001년 제2기까지의 부가가치세를 환급경정청구한 것과 관련하여 2002.3.9 경정거부 통지한 것에 대하여는

• 가. 1997년 제2기부터 2000년 제1기까지의 경정청구는 이를 각하하고,
• 나. 나머지 경정거부처분은 이를 취소합니다.

청구법인은 ○○○시 ○○○구청으로부터 노외주차장시설을 건설하여 기부채납하는 것을 조건으로 사업시행자 지정을 받고, 1997.10.15 노외주차장(이하 "쟁점주차장"이라 한다)을 준공하여, 1998.3.3 ○○○시 ○○○구청에 기부채납한 후 쟁점주차장을 이용하여 주차용역을 제공하였으며, 동 용역제공의 수입금액에 대하여 1997년 제2기부터 2001년 제2기까지의 부가가치세를 신고·납부하였으나, 쟁점주차장에 대한 주차용역의 제공이 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호 에 의하여 부가가치세가 면세되는 것으로 판단하고, 2001.12.31 자진신고·납부한 1997년 제2기부터 2001년 제2기까지 부가가치세의 환급을 처분청에 경정청구하였다. 처분청은 청구법인이 제공하는 쟁점주차장을 이용한 용역의 제공(이하 "쟁점용역"이라 한다)은 부가가치세 면제대상에 해당되지 아니하는 것으로 보아 2002.3.9 경정청구 거부통지처분을 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.5.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호 에서 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역은 부가가치세를 면제한다고 규정되어 있으므로, 청구법인이 준공하여 ○○○시 ○○○구청에 기부채납한 쟁점주차장을 이용하여 제공된 쟁점용역은 동 법령의 규정을 적용받아 부가가치세 면제대상이나, 청구법인은 쟁점용역의 제공을 부가가치세 과세대상으로 오인하여 부가가치세를 자진신고·납부하였으므로 기 납부한 부가가치세는 환급되어야 하고, 환급을 거부한 이 건 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 1998.8.31 개정된 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호 의 사회간접자본시설에 대한 부가가치세의 면제 규정은 당해 개정법령 부칙에 이 법 시행후 최초로 공급하는 분부터 적용한다고 되어 있는 바, 이는 개정일 이후 기부채납한 시설의 운용수익에 대하여는 부가가치세를 면제 적용하겠다는 의미이므로, 개정일 이전인 1998.3.3 이미 기부채납된 쟁점주차장의 이용용역에 대하여 부가가치세를 면제할 수 없어 이 건 처분은 정당하다. 또한 경정청구는 당해 과세기간의 신고기한으로부터 2년이내에 청구하여야 하나, 청구법인은 2년을 도과하여 경정청구한 부분이 있으므로 이를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 본안심리 대상인지 여부

(2) 지방자치단체에 기부채납한 쟁점주차장시설을 이용한 용역의 제공이 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호 에 규정된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역에 해당하여 부가가치세 면제 대상인지 여부

• 나. 쟁점(1)과 관련하여

(1) 관련 법령 (가) 국세기본법(2000.12.29 법률 제6303호로 개정되기 전의 것) 제45조의 2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (1994. 12. 22 신설) (나) 국세기본법(2000.12.29 법률 제6303호의 개정된 것) 제45조의 2 【경정등의 청구】

① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 2년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다. (2000.12.29 개정)

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때 (다) 같은 법 부칙 (2000.12.29 법률 제6303호로 개정된 것)

① 【시행일】 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제2조 제18호의 개정규정은 2001년 7월 1일부터 시행한다.

② 【수정신고 및 경정청구에 관한 적용례】 제45조 제1항 제3호 및 제45조의 2 제1항의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세기간분부터 적용한다.

(2) 사실관계 및 판단 청구법인은 1997년 제2기부터 2001년 제2기까지의 자진신고납부한 아래의 부가가치세에 대하여 2001.12.31 처분청에 경정청구하였는 바, 동 경정청구가 적법한 것인지 여부에 대하여 살펴본다.

○○○ (가) 부가가치세법 제18조 및 제19조에는 사업자는 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 그 과세기간 종료후 25일 이내에 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업장 관할세무서장에게 신고납부하도록 규정되어 있고, 국세기본법 제45조 의 2의 규정에 의하면 과세표준신고서를 법정기한내에 제출한 자는 법정신고기한 경과 후 2년(종전에는 1년) 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있도록 규정되어 있으며, 같은 법 부칙(2000.12.29 법률 제6303호)에는 같은 법 제45조의 2 제1항의 개정규정은 이 법 시행일인 2000.12.29일이 속하는 과세기간분부터 적용한다고 규정되어 있다. (나) 위의 규정에 따르면, 청구법인은 1997년 제2기부터 2000년 제1기까지의 경정청구는 신고기한 경과후 1년이내에 하여야 하고, 2000년 제2기부터 2001년 제2기까지는 신고기한 경과후 2년이내 하여야 하는 바, 이 건 경정청구일이 2001.12.31이므로 1997년 제2기부터 2000년 제1기까지의 경정청구는 경정청구기간인 1년을 초과하여 청구한 것으로 판단된다. (다) 납세자가 국세기본법 제45조 의 2에 규정한 경정청구기간을 경과하여 경정청구한 경우는 경정청구로 인정될 수 없고 단순한 민원의 성격을 가지며, 처분청이 거부처분한 경우 동 거부처분 역시 민원회신에 불과하므로 이를 심판청구의 대상이 되는 처분으로 볼 수 없다 할 것이므로 경정청구기간을 경과한 부분에 대하여는 이를 각하하는 것이 타당하다 할 것(국심 2000서 60, 2000. 6. 22 같은 뜻임)이다.

• 다. 쟁점(2)와 관련하여

(1) 관련 법령 (가) 조세특례제한법(1999.8.31 법률 제5996호로 개정되기 전의 것) 제106조 【부가가치세의 면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (단서생략)

5. 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제22조의 규정에 의하여 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (나) 같은 법 부 칙 (1999.8.31 법률 제5996호) 제1조 【시행일】 이 법은 공포한 날부터 시행한다. 다만, 제126조의 2의 개정규정은 공포일이 속하는 달의 다음 달 1일부터 시행한다. 제8조 【부가가치세등에 관한 적용례】

① 제106조의 개정규정은 이 법 시행후 최초로 공급하는 분부터 적용한다. (다) 같은 법 시행령(1999.10.30 대통령령 제16584호로 개정되기 전의 것) 제106조 【부가가치세 면제 등】

⑤ 법 제106조 제1항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법 제2조 제2호의 규정에 의한 제1종시설을 이용하여 제공하는 것을 말한다. (라) 같은 법 제106조(1999.12.28 법률 제6045호로 개정되기 전의 것) 【부가가치세의 면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (단서생략)

민간투자법 제4조 제1호 의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역으로서 대통령령이 정하는 것 (마) 같은 법 시행령(1999.10.30 대통령령 제16584호로 개정된 것) 제106조 【부가가치세 면제 등】

⑤ 법 제106조 제1항 제5호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 사회간접자본시설에 대한 민간투자법 제4조 제1호 의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 것을 말한다. (바) 같은 법(1999.12.28 법률 제6045호로 개정된 것) 제106조 【부가가치세의 면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (단서생략)

(아) 같은 법 부 칙 (1999. 12. 28 법률 제6045호) 제1조 【시행일】 이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다.(단서생략) 제15조 【사회간접자본시설 사용료에 관한 경과조치】 이 법 시행당시 종전의 제106조 제1항 제5호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제받은 재화 또는 용역에 관하여는 종전의 규정을 적용한다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인은 ○○○시 ○○○구청으로부터 노외주차장시설을 건설하여 기부채납하는 것을 조건으로 사업시행자 지정을 받아 1997.10.15 준공하고, 1998.3.3 사회간접시설에 대한 민간투자법(이하 "민간투자법"이라 한다) 제4조 제1호 방식에 의하여 동 노외주차장시설을 ○○○시 ○○○구청에 기부채납하였으며, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (나) 이 건 심판청구와 관련하여 본안심리 대상기간인 2000년 제2기부터 2001년 제2기 예정분까지의 경정청구와 관련되어 적용할 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호 는 1999.12.28 법률 제6045호의 개정시 삭제되었으나, 같은 법 부칙 제15조에는 이 법 시행당시 종전의 제106조 제1항 제5호의 규정에 의하여 부가가치세를 면제받은 재화 또는 용역에 관하여는 종전의 규정을 적용한다고 되어 있으므로, 동 규정의 개정일 이전에 쟁점용역이 부가가치세 면제대상 용역인지를 본다. (다) 종전의 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호 (1999.8.31 법률 제5996호로 개정되기 전의 것)에서는 사회간접자본시설에 대한 민간자본유치촉진법(이하 "민간자본유치촉진법"이라 한다)에 규정하는 제1종 시설을 기부채납하는 경우에 동 시설을 이용하여 제공하는 용역 또는 재화에 대하여 부가가치세를 면제하도록 규정하고 있었으나, 민간자본유치촉진법이 민간투자법으로 개정되고 위 감면규정이 1999.8.31 법률 제5996호로 개정되면서 민간자본유치촉진법상 제1종 및 제2종 시설의 구분없이 민간투자법 제4조 제1호 의 규정에 의한 방식으로 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역에 대해서는 부가가치세가 면제되도록 규정되었다. (라) 또한, 같은 법(1999.8.31 법률 제5996호로 개정된 것) 부칙 제1조에는 이 법은 공포한 날부터 시행한다고 되어있고, 제8조에는 제106조의 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 공급하는 분부터 적용한다고 규정되어 있다. (마) 그렇다면, 위 조세특례제한법 제106조 제1항 제5호 (1999.8.31 법률 제5996호로 개정된 것)의 규정은 국가 또는 지방자치단체에 귀속된 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역에 대해 부가가치세가 면제되도록 개정된 것이므로, 동 규정에 의한 부가가치세 면제대상은 사회간접자본시설의 기부채납이 아니라 사회간접자본시설을 이용하여 제공하는 재화 또는 용역임을 알 수 있고, 그 적용시기도 같은 법 부칙 제8조에서 이 법 시행후 최초로 공급하는 분부터 적용한다고 규정되어 있어, 청구법인이 동 규정의 시행일인 1999.8.31 이후에 쟁점주차장을 이용하여 제공하는 용역분부터는 쟁점주차장의 기부채납시기와 관계없이 부가가치세가 면제된다고 보아야 할 것이다. 따라서, 처분청이 쟁점용역의 공급을 부가가치세 면제대상이 아니라고 보아 이 건 청구법인의 관련 부가가치세 환급을 위한 경정청구를 거부한 처분은 관련규정의 법리를 오인한 잘못이 있으므로, 청구법인의 경정청구 중 적법하게 경정청구한 2000년 제2기부터 2001년 제2기 예정분에 대한 처분청의 경정거부처분은 이를 취소하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장은 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.