창업중소기업에 대한 감면세액계산

심판청구번호 국심2002부 0271(2002.12.30) >1. 처분개요 청구법인은 제조/선박의장품의 업종을 영위하는 법인으로서 1996사업연도 ~1999사업연도 창업중소기업감면세액을 계산하면서 이자소득·유형자산처분손익·고정자산처분손익 등을 감면대상소득으로 계산하여 법인세과세표준 및 세액신고를 하였다. 처분청은 이자소득·유형자산처분손익·고정자산처분손익 등은 감면대상 소득금액에 해당하지 아니하므로 이를 제외하고 감면대상소득을 재계산하여 2001.10.11 청구법인에게 법인세 부족징수액 1996사업연도 ○○○원, 1997사업연도 ○○○원, 1998사업연도 ○○○원, 1999사업연도 ○○○원, 합계 ○○○원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2002.1.7 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의한 중소제조업에 대한 감면대상소득을 계산함에 있어 지급이자는 차입한 자금의 실제용도를 기준으로 구분하여 계산하는 것이나 과세사업의 개별익금으로 구분되는 수입이자에 직접 대응되는 차입금이자에 대하여는 과세사업의 개별손금으로 구분하여 계산하는 것으로 해석(법인 460123-1565, 2000.7.13)하고 있는 바, 청구법인의 경우도 수입이자발생의 원천이 금융기관의 관행에 의한 양건예금형식으로 불입된 적금에서 발생하였고, 일부적금은 관련차입금에 담보로 질권이 설정되어 있으며, 일부는 받을어음을 금융기관에서 할인한 일시적인 예금에서 수입이자가 발생하여 그 적금과 관련된 차입금이 직접 대응되는 것으로 볼 수 있으므로 수입이자를 과세사업의 개별익금으로 분류하는 것에 대응하여 관련 차입금에 관한 지급이자도 과세사업의 개별손금으로 분류하여야 하고, 받을어음에 대한 할인료(1996년 ○○○원, 1997년 ○○○원, 1998년 ○○○원) 또한 정기예금이자가 과세사업의 개별익금으로 분류되는 것에 대응하여 과세사업의 개별손금으로 볼 수 있으므로 위의 지급이자 및 받을어음 할인료를 과세사업의 개별손금으로 분류하여 감면세액을 계산하여야 한다.
• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 법인세신고시 발생소득 전부에 대한 50%를 감면세액으로 계산하여 세액공제한 법인으로서 수입이자의 발생원천을 확인한 바, 보통예금구좌나 당좌예금구좌의 여유자금으로 정기예금이나 양도성예금증서 등을 구입하여 만기해약시 발생한 이자수입으로서 청구법인의 주장과는 상이한 자금원천이고, 보통예금계좌에서 자금을 인출하여 정기예금이나 양도성예금증서를 구입한 행위는 어음할인등 이자비용 부담분과는 별개의 행위이며, 거래처로부터 수취한 받을어음의 할인은 채권매각손실로 감면사업에 관련된 비용으로 수입이자에 직접 대응하는 비용이 아니다.

(2) 지급이자의 개별손금여부는 차입금의 실제 사용용도에 의하도록 되어 있는 데 청구법인이 제시한 이자비용 지출내용을 검토한 바, 지출원천이 운전자금대출과 당좌대월이자로 감면대상소득에 직접 대응되는 비용이므로 개별익금인 수입이자에 직접 대응하는 것이라는 청구법인의 주장은 타당성이 없다. (3) 조세특례제한법 제6조 제1항 에 의하면, 창업중소기업 등에 대한 세액감면은 기업의 정상적인 영업활동과 관련하여 발생한 소득이어야 하므로 수입이자와 유가증권처분손익 등의 비정상적인 소득은 감면대상소득이라 할 수 없으며, 이러한 수입이자 등에 직접 대응되는 차입금이라는 구체적인 증빙자료도 없이 사업과 관련된 이자비용을 수입이자와 직접 대응하는 경비로 보아야 한다는 청구법인의 주장은 이유 없고, 수입이자를 개별익금으로 본 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 창업중소기업에 대한 감면세액계산시 차입금에서 발생한 지급이자 및 받을어음할인료를 과세사업의 수입이자에 대한 개별손금으로 분류하여 감면세액을 계산할 수 있는지 여부
• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】 ① 2003년 12월 31일 이전에 다음 각호의 1에 해당하는 중소기업(이하 “창업중소기업”이라 한다)을 창업하거나 중소기업창업지원법 제16조 의 2의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 대통령령이 정하는 농어촌지역(이하 이 조에서 “농어촌지역”이라 한다)에서 창업한 중소기업

2. 농어촌지역외의 지역(수도권정비계획법에 의한 과밀억제권역 및 성장관리권역으로서 대통령령이 정하는 지역을 제외한다)에서 창업한 중소기업으로서 특허받은 국내기술의 개발성과를 기업화하는 사업 등 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 기술집약형 중소기업 3.벤처기업육성에 관한 특별조치법에 의한 벤처기업전용단지 및 벤처기업집적시설에서 창업하는 중소기업으로서 대통령령이 정하는 벤처기업

② 창업중소기업의 범위는 제조업, 광업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업(종합유선방송법에 의한 종합유선방송국 및 프로그램공급업과 방송프로그램제작업에 한한다. 이하 같다)，대통령령이 정하는 엔지니어링사업(이하 "엔지니어링사업" 이라 한다), 대통령령이 정하는 정보처리 및 컴퓨터운용관련업(이하 “정보처리 및 컴퓨터운용관련업”이라 한다)과 대통령령이 정하는 물류산업(이하 “물류산업”이라 한다)을 영위하는 중소기업으로 한다.

③ 제1항의 규정을 적용받고자 하는 내국인은 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.

(2) 같은법시행령 제5조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】① 법 제6조 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 농어촌지역”이라 함은 농어촌발전특별조치법 제2조 제4호 의 규정에 의한 농어촌중 별표 7 제1호의 수도권을 제외한 지역을 말한다.

② ~⑩ (생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 조세특례제한법 제6조 에서 규정하고 있는 창업중소기업에 해당되어 당해사업에서 발생한 소득에 대한 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액감면대상에 해당된다는 데 대하여는 당사자간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 1996~1999사업연도의 창업중소기업감면세액을 계산하면서 이자소득·유형자산처분손익·고정자산처분손익 등을 감면대상소득으로 계산하여 법인세과세표준 및 세액신고를 하였고, 처분청은 이자소득 등을 감면대상소득에서 제외하고 세액을 재계산하여 법인세부족징수액 ○○○원을 추가경정고지한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(3) 청구법인은 양건성예금에 따른 수입이자를 과세사업의 개별익금으로 분류하는 것에 대응하여 관련차입금에 대한 지급이자도 과세사업의 개별손금으로 분류하여야 하며, 관련지급이자금액의 산정이 현실적으로 어렵지만 지급이자율이 적금수입이자율보다 상대적으로 높으므로 지급이자금액중 적어도 정기적금에 대한 수입이자금액에 상당하는 금액을 관련차입금의 지급이자금액으로 보아 과세사업의 개별손금(받을어음할인료도 과세사업의 개별손금으로 분류)으로 보아야 한다고 주장하므로 이에 대하여 본다. (가) 청구법인의 재무제표에 의하면 각 사업연도별 수입이자와 지급이자는 다음과 같다.

○○○ (나) 청구법인은 차입금에 대한 양건성예금형식으로 불입된 정기적금에 대한 수입이자 1997사업연도 ○○○원, 1998사업연도 ○○○원, 1999사업연도 ○○○원, 합계 ○○○원과 받을어음할인후 동일자에 정기예금에 예치하여 발생한 수입이자와 대응하는 받을어음할인료 1996사업연도 ○○○원, 1997사업연도 ○○○원, 1998사업연도 ○○○원, 합계 ○○○원은 각 사업연도의 수입이자에 대응하는 지급이자상당액에 해당하므로 이를 개별손금으로 계산하여야 한다고 주장하고 있는 바, 위의 금액은 각 사업연도의 양건성예금관련 수입이자와 지급이자의 관련성을 규명하기가 현실적으로 어려우므로 금융기관에 지급하는 지급이자의 이자율이 금융기관으로부터 수입하는 수입이자의 이자율보다 일반적으로 높으므로 지급이자중 최소한 수입이자에 상당하는 금액을 수입이자에 대응하는 개별비용으로 계산하고 있음을 제출된 심리자료에 의하여 알 수 있다. (다) 처분청의 이 건 심판청구에 대한 답변서에 의하면 청구법인의 수입이자의 발생원천이 보통예금 또는 당좌예금의 여유자금으로 정기예금이나 양도성예금증서를 구입하여 발생하였고, 받을어음할인액도 채권매각손실로 수입이자에 대응하는 비용으로 볼 수 없으며, 지급이자가 발생한 차입금의 주용도가 운전자금대출 또는 당좌대월로 조사되고 있다. (라) 감면대상 소득계산시 수입이자·유가증권처분익은 개별익금사항으로 구분하고, 지급이자는 차입금의 실제 사용용도를 기준으로 사실판단하는 것이 타당하므로(같은 뜻, 조세특례제한법기본통칙 6-0…3 및 법인세법기본통칙 2-1-14…8) 지급이자는 차입금의 실제 사용용도에 의하여 지급이자가 과세사업의 개별익금인 수입이자와 대응되는 경우에는 과세사업의 개별손금으로 볼 수 있다 하겠다.(국심96서3925, 1997.6.11 같은 뜻),

(4) 위의 사실관계와 관련법령을 종합하여 볼 때, 청구법인의 경우 위에서 본 바와 같이 차입금의 차입목적이 운전자금대출 또는 당좌대월로써 당해법인의 고유사업과 관련되어 있고, 차입금의 사용용도가 수입이자와 직접 관련되었는지의 여부가 불분명할 뿐만 아니라 수입이자와 이에 대응하는 지급이자의 구체적 관련성을 규명하기가 현실적으로 어렵다는 사실을 청구법인 스스로 인정하고 있는 이 건에 대하여 조세특례제한법 제6조 의 감면대상 소득계산시 지급이자가 수입이자에 직접 대응되는 사실이 입증되지 않음에 따라 지급이자중 수입이자상당액을 개별익금인 수입이자에 대한 개별손금으로 보기는 어렵다 할 것이므로 처분청이 차입금과 관련된 지급이자 등을 감면대상사업의 손금으로 구분하여 과세한 처분에는 달리 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.