매입세액불공제하고 가산세 부과한 처분당부

심판청구번호 국심2001중 3035(2002. 4. 9) 2,183,880원의 부과처분은 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○외 1필지 지상 건물 5층∼7층 825.54㎡에 대한 매입세액 60,903,640원을 매출세액에서 공제하여 환급하는 것으로 그 과세표준과 세액을 경정하고, 가산세는 이를 취소합니다.

청구인은 주식회사 ○○○건설(이하 "청구외법인"이라 한다) 소유의 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○외 1필지(대지권 792.1㎡의 192.82/792.1) 지상 건물 5층∼7층 825.54㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)를 2001.3.30 청구인 명의로 소유권이전등기를 하고, 2001.4.24 공급가액 609,036,400원 상당의 세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받았으며, 2001.5.10 쟁점부동산을 사업장으로 하여 ○○○모텔이라는 상호로 숙박∙여관업 사업자등록을 신청하였고, 2001.7.25 쟁점세금계산서상의 매입세액 60,903,640원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)을 매출세액에서 공제하여 환급신청하였다. 처분청은 청구인에 대한 부가가치세 환급조사 결과, 쟁점부동산의 공급시기를 소유권이전등기일인 2001.3.30로 보아 사업자등록신청일인 2001.5.10부터 역산하여 20일이내에 해당되지 아니하고, 공급자인 청구외법인은 2000.9.30 직권 폐업된 법인이라 하여 쟁점매입세액을 불공제하고, 가산세 12,183,880원을 부과하여 2001.9.17 청구인에게 2001.1기분 부가가치세 12,341,500원을 결정하여 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.11.20 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점부동산의 소유권이전등기일은 2001.3.30이지만 쟁점부동산의 임차인이 2001.5.31까지 점유하고 있어 청구인이 쟁점부동산을 사용수익 가능한 날은 2001.5.31이다. 그러나 부가가치세법 제9조 제3항 에서 공급시기가 도래하기 전에 세금계산서를 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 재화의 공급시기로 보도록 규정하고 있으므로, 이 건의 경우 쟁점세금계산서 교부일인 2001.4.24이 재화의 공급시기이고, 청구인의 사업자등록신청일인 2001.5.10부터 역산하여 20일 이내이므로 쟁점매입세액을 등록전매입세액으로 보아 매출세액에서 불공제한 처분은 부당하다. 또한, 청구외법인은 부가가치세, 법인세 등의 신고의무를 성실히 수행한 실질사업자로서 그동안 경영악화 등의 자금난으로 세금을 체납한 사실은 있으나, 폐업법인이 아님에도 불구하고 처분청이 청구외법인에 대한 실태를 조사하지도 아니하고 쟁점세금계산서를 폐업된 법인으로부터 교부받은 것으로 보아 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제한 처분은 잘못이다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 사업용 고정자산을 취득하면서 2001.3.20 매매를 원인으로 2001.3.30 소유권이전등기를 하였고, 쟁점세금계산서는 2001.4.24 교부받았으며, 사업자등록은 2001.5.10 신청하였으므로, 쟁점부동산의 공급시기를 소유권이전등기일인 2001.3.30로 보아 사업자등록신청일인 2001.5.10부터 역산하여 20일이내에 해당되지 아니하여 사업자의 지위를 취득하기 전에 건물을 취득하여 매입세액을 공제신청한 것이므로 쟁점매입세액을 불공제한 처분은 잘못이 없다. 또한, 공급자인 청구외법인은 관할세무서장이 2000.9.30 직권폐업 처리한 법인으로 쟁점세금계산서 교부일인 2001.4.24에는 이미 사업자의 지위를 상실한 법인이므로 쟁점세금계산서를 폐업된 법인으로부터 교부받은 것으로 보아 과세한 처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 쟁점세금계산서를 등록전매입세액 및 폐업법인으로부터 교부받은 세금계산서로 보아 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제하고, 가산세를 부과한 처분의 당부
• 나. 관련법령 (1) 부가가치세법 제5조 【등 록】

① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.

(2) 같은 법 제9조 【거래시기】

① 재화가 공급되는 시기는 다음 각호에 규정하는 때로 한다.

2. 재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때

③ 사업자가 제1항 또는 제2항에 규정하는 시기가 도래하기 전에 제16조의 규정에 의한 세금계산서 또는 제32조의 규정에 의한 영수증을 교부하는 경우에는 그 교부하는 때를 당해 재화 또는 용역의 공급시기로 본다.

④ 제1항과 제2항에 규정하는 공급시기에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 같은 법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다.

(4) 같은 법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】

⑨ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다.

(5) 같은 법 제22조 【가산세】

① 사업자가 제5조 제1항에 규정하는 기한내에 등록을 신청하지 아니한 경우에는 사업개시일부터 등록을 신청한 날이 속하는 예정신고기간(예정신고기간이 경과한 경우에는 당해 과세기간)까지의 공급가액에 대하여 개인에 있어서는 100분의 1, 법인에 있어서는 100분의 2에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

• 다. 사실관계 이 건 관련 과세자료와 청구법인이 제시한 증빙 등에 의하여 다음 사실을 알 수 있다.

(1) 청구인은 2001.3.23 청구외법인인 ○○○건설(주) 대표이사 강○○○과 쟁점부동산 공급계약을 체결하고, 2001.3.30 청구인 명의로 쟁점부동산을 소유권이전등기(매매원인일: 2001.3.20)하였고, 2001.4.24 청구외법인으로부터 쟁점세금계산서를 교부받았으며, 2001.5.10 사업자등록을 신청한 사실이 관련 부동산의 등기부등본, 세금계산서 및 사업자등록신청서에 의하여 확인된다(다툼이 없는 사실).

(2) 쟁점부동산의 공급계약서에 의하면, 청구인은 2001.3.23 청구외법인과 쟁점부동산의 공급가액을 797,999,800원(토지 188,963,400원, 건물 609,026,400원, 부가가치세 60,902,640원 별도)으로 하는 매매계약을 체결하고, 같은 날 계약금 79,799,980원, 2001.4.4 중도금 250,000,000원, 2001.4.20 잔금 468,199,820원을 지급하기로 약정한 사실이 확인된다.

(3) 쟁점부동산의 임차자인 김○○○가 쟁점부동산을 사용한 내역을 살펴보면, 김○○○는 쟁점부동산을 임차하여 2000.1.29 숙박업(상호:○○○모텔,사업자등록번호:○○○)을 개업하여 2001.5.31 폐업하였고, 전세보증금은 250,000,000원(월세 7,000,000원)으로 되어 있으며, 2001.1.1∼2001.5.31 과세기간에 대한 부가가치세(매출과세표준 66,309,090원, 매입세액 41,319,895원, 납부세액 2,498,920원)를 신고 납부한 사실이 김○○○의 국세청 전산자료(사업자기본사항조회, 부가가치세 일반과세자료)에 의하여 확인된다.

(4) 쟁점부동산의 등기부등본 및 금융기관의 대출금 원장에 의하면, 청구인은 2001.4.4 쟁점부동산을 담보로 제공하고 ○○○금고에서 청구인 명의로 3억원, 한○○○(청구인의 처) 명의로 3억원, 한○○○(처의 친척) 명의로 1억원 합계 7억원을 대출받아 이들 명의의 예금통장에 각각 대출받은 금액을 입금하였다가 같은 날 현금으로 모두 인출되었고, 채무자 청구외법인에 대한 ○○○의 근저당권(채권최고액 390,000,000원)이 2001.4.6자 말소된 사실이 관련 등기부등본, 대출금 원장 및 은행통장에 의하여 확인된다.

(5) 또한, 청구인은 2001.5.24 ○○○지점으로부터 청구인 명의로 8억원을 대출받아 이를 청구인의 통장에 입금하고, 같은 날 706,984,730원, 2001.5.25자 93,000,000원이 대체전표로 인출되었으며, 2001.5.24 인출금 706,984,730원에 대한 대체전표에 의하면, 704,334,230원이 ○○○금고에 입금되었고, 2001.5.25 인출금 93,000,000원에 대한 대체전표에 의하면, 청구인의 예금통장에서 처 예금통장에 90.272,819원이 입금되었으며, 청구인은 2001.5.31 김○○○에게 임대보증금 잔액 71,000,000원을 지급하였다고 주장하면서, 2001.5.31자 처의 예금통장에서 현금출금 70,000,000원, 청구인의 예금통장에서 1,000,000원이 인출된 금융자료를 제시하고 있고, 김○○○의 남편 차○○○이 2001.5.31 청구인으로부터 임대보증금 잔금 71,000,000원을 수령하였다는 영수증을 제시하고 있다.

(6) 한편, 청구외법인에 대한 세적을 살펴보면, 청구외법인은 1994.3.14 개업하여 2000.9.30 직권폐업으로 2001.1.17처리되었으나, 청구외법인은 2001.1.1∼3.31 과세기간분(매출과표 196,408,669원, 매입세액 570,000원, 납부세액 19,583,865원)과 2001.4.1∼6.30 과세기간분(매출과표 1,199,321,860원, 매입세액 0원, 납부세액 119,932,186원)에 대한 부가가치세를 신고한 사실이 국세청 전산자료(법인사업자 기본사항조회 및 휴·폐업자 상세조회)에 의하여 확인되고 있고, 청구외법인은 현재도 계속사업자임을 알 수 있다.

• 라. 판단 살피건대, 부가가치세법 제9조 (거래시기) 제1항 제2호에서 "재화의 이동이 필요하지 아니한 경우에는 재화가 이용가능하게 되는 때"를 공급시기로 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 쟁점부동산의 소유권이전등기일은 2001.3.30이나, 임차인인 김○○○가 2001.5.31까지 쟁점부동산에서 ○○○모텔이라는 상호로 숙박·여관업을 운영하고 부가가치세를 신고 납부한 사실이 있고, 청구인과 임차자인 김○○○와의 금융거래 정황 등을 미루어 볼 때, 청구인은 2001.5.31부터 쟁점부동산을 실질적으로 사용·수익하였던 것으로 볼 수 있고, 따라서, 청구인이 쟁점부동산을 실질적으로 사용·수익한 날인 2001.5.31을 쟁점부동산의 공급시기로 봄이 타당하다. 그러나, 청구인은 본 건에 대한 공급시기로 본 2001.5.31이전인 2001.4.24에 쟁점세금계산서를 청구외법인으로부터 교부받았으므로 부가가치세법 제9조 제3항 의 규정에 의하여 쟁점부동산의 공급시기는 2001.4.24이 되는 것이며, 청구인은 사업자등록신청일인 2001.5.10로부터 역산하여 20일 이내에 쟁점부동산에 대한 세금계산서를 교부받았고, 또한, 처분청이 폐업법인으로 보았던 청구외법인도 2001.1기(2001.1.1∼6.30)과세기간에 대한 부가가치세를 신고한 사업자임이 확인되고 있으므로, 부가가치세법시행령 제60조 의 규정에 의거 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하고, 가산세를 부과한 처분 역시 잘못이라고 판단된다.
• 마. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.