임시주주총회에서 사업손실준비금을 적립하고 재무제표를 정정한 경우 손금인정 여부

심판청구번호 국심2001중 2754(2002. 3. 7) 198,700원 및 2000사업연도 법인세 75,367,050원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 전자제품 제조업을 영위하는 "협회등록중소기업"으로 1999사업연도 및 2000사업연도 결산시 조세특례제한법 제8조의2 규정에 의한 "협회등록중소기업에 대한 사업손실준비금"(이하 "쟁점준비금"이라 한다)을 1999사업연도에 1,533,286,295원, 2000사업연도에 1,953,148,421원, 합계 3,486,434,716원을 각각 신고조정에 의하여 손금산입하였으나, 당해사업연도 이익잉여금 처분시 쟁점준비금 상당액을 적립금으로 적립하지 아니하고 법인세과세표준 및 세액을 신고·납부하였다가, 이 건 처분전 2001.6.20 임시주주총회에서 이익잉여금처분을 정정하여 쟁점준비금 상당액을 적립금으로 적립한 후 2001.6.27 이익잉여금처분계산서와 대차대조표를 정정하여 신고하였다. 처분청은 쟁점준비금을 신고조정에 의한 방법으로 손금산입하는 경우 당해사업연도의 이익처분시 동 준비금상당액을 적립금으로 적립하여야함에도 적립하지 아니하였다하여 쟁점준비금 중 쟁점준비금으로 인한 법인세감면상당액을 이연법인세대(부채)로 계상한 금액을 차감한 금액 1999사업연도 1,007,636,939원, 2000사업연도 892,110,421원을 각각 손금불산입하여 2001.7.5 청구법인에게 1999사업연도 법인세 374,198,700원, 2000사업연도 법인세 75,367,050원을 결정·고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.9.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법 제8조의2 에 의한 "한국증권업협회에 등록된 중소기업의 사업손실준비금"의 손금산입규정은 경영손실의 위험 감소를 지원하여 코스닥시장의 신규등록과 거래활성화를 유도하기 위하여 협회등록중소기업이 이익을 실현하였을 때 준비금을 적립하고(세무상 손비인정) 향후 손실발생시 적립된 준비금과 상계하도록 하는 일종의 과세이연제도이며, 법인세법 제61조 에서 쟁점손실준비금을 세무조정계산서에 계상하는 경우 당해사업연도의 이익처분에 있어서 당해준비금을 적립금으로 적립하도록 규정한 취지는 당해준비금 상당액을 사외유출시키지 않고 손실보전에 사용하도록 하기 위한 것인 점을 고려할 때 청구법인이 당해사업연도 이익잉여금 처분시 쟁점준비금 상당액을 착오로 적립하지는 아니하였으나 쟁점준비금 상당액이 사외유출되지 아니하고 이익잉여금으로 남아 있으며, 이 건 처분전인 2001.6.20 임시주주총회에서 쟁점준비금 상당액을 전액 적립하는 이익처분을 결의하여 2001.6.27 재무제표를 정정하여 제출하였으므로 수정된 이익처분에 의하여 쟁점준비금 상당액이 적립되어 있음이 확인됨에도 처분청이 이를 인정하지 아니하여 청구법인에게 스스로 시정할 수 있는 기회를 부여하지 아니하는 것은 배당금에 대한 수정결의는 인정하면서 이익처분에 대한 수정결의를 인정하지 아니하는 것으로 불합리하게 보이고, 또한, 기술개발준비금 등을 적립하지 아니한 경우에도 수정신고기한내에 추가로 적립하고 신고하는 경우 이를 허용하고 있는 점에 비추어 과세형평에 어긋나는 부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 법인세법 제61조 제1항 에서 "조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우에는 그 금액 상당액이 당해사업연도의 이익처분에 의하여 적립금으로 적립되어 있는 경우 손금으로 계상한 것으로 본다"라고 규정하고 있고, 적법한 절차에 따라 결산을 확정하고 법인세과세표준을 신고한 후에 당초의 확정된 재무제표를 정정하여 수정신고를 하거나 경정 등의 청구를 할 수 없다 할 것이므로(같은 뜻, 국세청 징세46101-204, 2001.2.28) 쟁점준비금에 상당하는 적립금을 법인세 신고기한이 지난 후 추가 적립하여 이익잉여금처분계산서와 대차대조표를 정정하여 제출한 것은 이를 인정할 수 없다.

• 가. 쟁점 당해사업연도 이익처분시 착오로 사업손실준비금에 상당하는 적립금을 적립하지 아니하였으나, 법인세과세표준 신고후 임시주주총회에서 사업손실준비금에 상당하는 적립금을 적립하고 당초의 재무제표를 정정하여 제출한 경우 손금으로 인정할 수 있는지 여부
• 나. 관련 법령 이 건 과세요건 성립당시 관련법령은 다음과 같다. 조세특례제한법 제8조의2 【협회등록중소기업에 대한 사업손실준비금의 손금산입】

① 증권거래법 제172조 의 2의 규정에 의하여 한국증권업협회에 등록된 중소기업(이하 이 조에서 "협회등록중소기업"이라 한다)이 사업손실을 보전할 목적으로 준비금(이하 이 조에서 "사업손실준비금"이라 한다)을 손금으로 계상한 때에는 당해 사업연도의 소득금액의 100분의 50의 범위안에서 이를 손금에 산입한다.(1999.8.31 신설) 같은 법 부칙 제3조【준비금 등에 관한 적용례】

① 제8조의 2의 개정규정은 이 법 시행일이 속하는 과세연도 분부터 적용한다. 법인세법 제61조 【준비금의 손금계상 특례】

① 내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액 상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.(1998.12.28)

• 다. 사실관계 및 판단 첫째, 청구법인은 1999사업연도 및 2000사업연도의 이익잉여금 처분시 사업손실준비금을 적립하지 아니하였다가 이 건 처분전 2001.6.20 임시주주총회에서 이익잉여금처분을 수정결의하여 쟁점준비금 상당액을 적립한 후 2001.6.27 이익잉여금처분계산서와 대차대조표를 정정하여 제출한 사실이 주주총회의사록 및 과세표준수정신고서, 그 첨부서류인 수정후 재무제표에 의하여 확인된다. 둘째, 위 청구법인의 이익잉여금처분의 수정결의이전까지 당해사업연도의 법인소득금액을 계산함에 있어 세무조정시 손금산입한 쟁점준비금 상당액이 당초 이익잉여금처분시 적립금으로 적립되지 아니하였으나 사외유출됨이 없이 사내에 이익잉여금으로 유보되어 있었음이 당해사업연도의 청구법인의 재무제표 및 미처분이익잉여금처분계산서에 의하여 확인된다. 셋째, 청구법인은 당해사업연도의 결산서(대차대조표)에 쟁점준비금으로 인한 법인세감면 상당액을 반영하여 이연법인세대(부채)로 계상하고 있는 사실(1999사업연도 89,694,421원, 2000사업연도 486,090,666원)이 청구법인의 재무제표에 의하여 확인되며, 1999사업연도 이연법인세대 금액은 당해사업연도 사업손실준비금 1,706,653,754원으로 인한 이연법인세대 525,649,356원이 반영된 것이며, 2000사업연도 이연법인세대 금액은 당해사업연도 사업손실준비금 1,738,274,000원을 포함한 누적액 3,444,928,000원으로 인한 이연법인세대 1,061,038원이 반영된 것임이 청구법인의 회계감사보고서 및 처분청의 당해사업연도 법인세 계산근거에 의하여 확인된다. 넷째, 처분청은 2001.7.5 청구법인이 쟁점준비금으로 인한 법인세감면 상당액을 이연법인세대(부채)로 계상하고 있는 금액을 쟁점준비금에 대한 적립금으로 적립한 것으로 보아 이를 차감한 금액에 대하여 손금부인하였음이 처분청의 결정결의서에 의하여 확인되며, 이 건 처분전에 청구법인이 이익잉여금처분을 수정하여 수정된 이익잉여금처분계산서 등 재무제표를 수정신고한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 서로 다툼이 없다. 이러한 사실에 기초하여 청구법인이 적법한 결산확정 및 법인세과세표준을 신고한 후 당해사업연도의 이익처분시 착오로 적립하지 아니한 사업손실준비금에 상당하는 적립금을 처분청의 경정결정이전에 임시주주총회에서 쟁점준비금에 상당하는 적립금을 적립하고 당초의 재무제표를 정정하여 제출한 경우 손금으로 인정할 수 있는지 여부를 살펴본다. 법인세법 제61조 제1항 규정에 의하면 쟁점준비금 상당액이 이익처분시 적립금으로 적립된 경우에 한하여 손금으로 인정하는 것이므로 이익처분에 의하여 준비금 상당액을 적립금으로 적립하지 아니한 경우에는 준비금을 손금부인하는 것이나, 위 규정의 취지는 당해준비금을 손금인정함으로써 이로 인한 당해준비금 상당액의 법인소득을 사외유출시키지 않고 손실보전에 사용하도록 하기 위한 것인 점을 고려할 때, 과세처분전까지 당해준비금 상당액을 현실적으로 사외유출하지 아니하고 이익잉여금으로 사내유보하고 있고, 과세처분전에 스스로 이익잉여금처분을 수정결의하여 손실보전목적의 적립금을 추가 계상하였다면 법의 취지 및 입법목적에 부합되는 것으로 보아야 할 것이다. 한편, 처분청은 적법한 절차에 따라 결산을 확정하고 법인세과세표준을 신고한 후에는 당초의 확정된 재무제표를 정정하여 수정신고를 하거나 경정 등의 청구를 할 수 없는 것이라고 주장하고 있으나, 당초 적법한 절차에 따라 결산을 확정하였다고 하더라도 그 후 이익잉여금 처분에 오류를 발견하여 과세관청의 처분전에 주주총회의 수정결의에 의해 사업손실준비금을 적립하였다면 청구법인은 적법한 사업손실준비금을 적립한 것으로 보아야 하고 이를 과세관청에 신고하는 경우 비록 이익잉여금처분의 정정이 법인세과세표준이나 세액의 증감사항에 해당되지 아니하여 수정신고나 경정청구의 대상이 아니라 할지라도 과세처분전에 이미 손금산입한 쟁점준비금의 손금부인으로 인한 추징을 면하기 위하여 부득이 수정신고의 형태로 처분청에 이와 같은 사실을 알린 것이므로 과세관청은 추징할 수 없다고 보아야 할 것이다. (같은 뜻, 대법원95누17014, 1996.2.23) 또한, 청구법인은 한국증권업협회에 등록된 법인으로 2001.6.20 임시주주총회는 이사회의 결의, 권리주주확정을 위한 주주총회기준일의 결정, 명의개서정지공고, 권리주주의 확정, 주주총회소집통지서의 발송 등 적법 절차를 거치지 아니하여 적법한 절차에 의하여 소집된 주주총회로 볼 수 없고, 따라서 소집절차상 하자있는 임시주주총회에서 결의한 이익잉여금처분은 적법한 이익처분으로 볼 수 없다는 주장에 대하여 살펴보면 정당한 소집권자에 의하여 소집된 주주총회에서 정족수가 넘는 주주의 출석으로 출석주주 전원의 찬성에 의하여 이루어진 결의라면 설사, 일부 주주에게 소집통지를 하지 아니하였거나 법정기간을 준수하지 아니한 서면통지에 의하여 주주총회가 소집되었다 하더라도 그와 같은 주주총회소집절차상의 하자는 주주총회결의의 부존재 또는 무효사유가 아니라 단순한 취소사유에 불과하다 할 것이고(같은 뜻, 대법원92다21692, 1993.10.12), 취소할 수 있는 결의는 법정기한내에 제기된 소에 의하여 취소되지 않는 한 유효하다(같은 뜻, 대법원86다카553, 1987.4.28외 다수)할 것이므로, 청구법인의 경우 총주주 5,833명 중 직접연락 가능한 주주들에게 개별적으로 소집통지하여 상법상 주주총회 의결정족수인 발행주식총수의 1/4이상에 해당하는 11명(3,442,800주,45%)이 참석하여 결의한 이익처분의 수정결의는 적법한 것으로 판단된다. 따라서, 청구법인이 당초신고시 미적립한 쟁점준비금 상당액을 처분청의 과세처분전에 적립한 사실이 인정되고, 쟁점준비금 상당액이 배당 등 이익처분으로 사외유출되지 아니하고 사내에 계속 유보되어 있었음이 인정되므로 쟁점준비금 상당액을 과세처분 이전에 적법하게 적립한 것으로 보아 쟁점준비금을 손금인정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.