위장매입액 중 어음거래 내역에 의하여 거래 관련성이 있다고 보여지는 부분에 대하여 재조사할 것을 결정한 사례
위장매입액 중 어음거래 내역에 의하여 거래 관련성이 있다고 보여지는 부분에 대하여 재조사할 것을 결정한 사례
심판청구번호 국심2001중 2710(2002. 4.17) 1기~1999년 2기분 부가가치세 340,313,720원, 1996~1999사업연도분 법인세 1,209,953,830원, 1997~1999년 귀속 원천징수 근로소득세 1,047,943,160원의 부과처분은
1. 청구법인이 1997~1999사업연도중 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ군 ○○○ 수해복구공사, ○○○ 하천공사 등과 관련하여 청구외 ○○○건설 등 15개 중기업체로부터 받은 것으로서, 처분청이 가공자료로 본 공급가액 2,154,807,200원 상당의 세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)와 관련하여 청구법인의 공사현장에서 중기알선용역을 제공하고 수수료를 받았다는 청구외 신○○○과 청구법인의 공사현장에서 청구법인이 발행한 어음을 할인하였다는 청구외 이○○○, 한○○○, 최○○○ 등의 통장에 입금된 금액의 내역을 다시 확인하고, 청구법인의 법인소득금액 계산상 손금으로 인정할 사항을 재조사하여 그 과세표준 및 세액을 경정하고
2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.
처분청은 청구법인에 대한 ○○○지방국세청의 법인제세 특별조사 결과에 따라, 청구법인이 자료상으로 기 고발된 청구외 ○○○건설중기 등 중기사업자들로부터 1997~1999사업연도중 받은 2,347,521,200원 상당의 매입세금계산서 중 2,154,807,200원 상당의 쟁점세금계산서를 가공자료로 보아 부가가치세 매입세액 불공제하고, 법인소득금액 계산상 손금불산입한 다음, 대표자에게 상여처분하고 청구법인이 1982년 취득한 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 등 대지 5필지 1,241.17㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 비업무용 부동산으로 보아 쟁점토지의 취득·보유와 관련된 지급이자와 종합토지세 등을 손금불산입하였다. (쟁점과 관련이 없는 부분은 제외) 위 사실 등을 반영하여 처분청은 2001.6.19 청구법인에게 기재의 1997년 1기~1999년 2기분 부가가치세 340,313,720원, 1996~1999사업연도분 법인세 1,209,953,830원, 1997~1999년 귀속 원천징수 근로소득세 1,047,943,160원을 각각 부과하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.9.15 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 쟁점세금계산서는 공급자가 사실과 다른 점은 인정하나 청구법인이 중기임차료를 지급하고 받은 세금계산서로 중기임차료에 대한 대가로 지불된 지급어음이 청구법인의 당좌계좌에서 결제된 사실이 확인되며, 이 건 실질공급자는 청구외 신○○○이므로 청구외 신○○○에게 과세하는 것은 별론으로 하더라도 쟁점세금계산서는 전액 청구법인의 손금으로 인정되어야 한다
(2) 쟁점토지는 도시재개발구역내의 토지로 청구법인의 고유목적사업에 사용하기 위하여 최선의 노력을 하였으나, 재개발 요건의 미비로 허가를 받지 못하는등 부득이한 사유에 의하여 고유목적사업에 사용하지 못한 경우이므로 이를 비업무용 부동산으로 보는 것은 부당하다.
(1) 당초 조사과정에서 청구법인이 중기사업자들로부터 받아온 거래사실확인서가 전부 허위로 판명이 되었고, 청구외 신○○○과 청구법인은 당시의 작업일보나 중기차량출입대장 등 장부를 보관하고 있지 아니하며, 청구법인이 중기임차료로 지불하였다는 지급어음의 배서자가 자료상이거나 청구법인의 임원 가족들로 실거래처에 지급되었다는 입증을 하지 못하고 있으므로 당초 처분은 정당하다.
(2) 쟁점토지는 취득당시에 이미 재개발구역으로 고시된 토지로 재개발 요건을 충족하지 못하여 재개발 승인이 나지 아니하였고, 그 후에 고유목적사업에 사용하기 위하여 일부 노력이 있었다는 사실만으로 비업무용 판정시 예외를 인정하기는 어려우므로 당초 처분은 정당하다.
(1) 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 부가가치세를 과세하고 법인소득금액 계산상 손금불산입 후 대표자에게 상여로 과세한 처분의 당부와
(2) 쟁점토지를 법인의 고유목적사업에 사용하지 아니한 비업무용 부동산으로 보아 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
② 제1항에서 “익금”이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다.
③ 제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다. 같은법 제32조 【결정과 경정】 ⑤ 제26조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 신고하거나 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 의하여 처분한다. 같은법 시행령 제94조의 2 【소득처분】 ① 법 제32조 제5항의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.
1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음과 같이 이익처분에 의한 상여·배당·기타 소득·기타 사외유출로 한다. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다.
1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것 같은법 시행령 제43조의 2 【지급이자의 손금불산입】① 법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산등”이라 한다)을 말한다.
1. 부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산 같은법 시행규칙 제18조 【지급이자의 손금불산입】② 영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항의 규정에 의한 비업무용 부동산 등은 부동산(제4항 제12호에 규정된 매매용 부동산을 제외한다)을 취득한 후 1년(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 2년) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다.
⑤ 다음 각호의 1에 해당하는 부동산은 제2항 내지 제4항의 규정에 불구하고 비업무용 부동산으로 보지 아니한다.
1. 당해 부동산의 취득 후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산(그 사용이 금지 또는 제한된 기간에 한한다)과 문화재보호법에 의하여 지정된 보호구역안의 부동산(그 지정된 기간에 한한다)
(1) 청구법인은 1968.3.1 개업한 일반종합건설업체로, 처분청은 ○○○지방국세청장의 청구법인에 대한 법인세 특별조사 결과에 따라, 청구법인이 1997~1999사업연도 중 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ군 ○○○ 수해복구공사, ○○○ 및 ○○○ 하천공사시 중기임차료를 지급하고 청구외법인 ○○○건설주식회사 대표이사 신○○○으로부터 받았다는 청구외 ○○○건설 등 15개 중기업체 명의의 매입세금계산서 378건 2,347,521,200원을 자료상으로 확정된 업체로부터 받은 자료로서, 이 중 실물거래임이 확인된 192,714,000원을 제외한 쟁점세금계산서 2,154,807,200원을 실물거래가 없는 가공자료로 보아 공사원가를 부인하고 청구법인이 1982.12.30 취득(소유권 이전등기 1988.10.13)한 쟁점토지를 부득이한 사유없이 고유목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 비업무용 부동산 취득·보유와 관련된 지급이자 341,843,944원과 부동산에 대한 종합토지세 117,198,800원을 법인소득금액 계산상 손금불산입하여, 2001.6.19 청구법인에게 이 건 법인세 등을 경정하였다.
(2) 쟁점(1): 청구법인은 쟁점세금계산서의 공급자가 사실과 다른 점은 인정하나, 청구법인이 실제로 중기용역을 공급받은 후, 중기임차료를 지급하고 받은 사실이 확인이 되는데도 이를 청구법인의 손금으로 인정하지 아니함은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 처분청이 쟁점세금계산서를 가공자료로 보아 법인소득금액 계산상 손금불산입한 근거는 다음과 같다. 처분청은 당초 청구법인이 자료상으로 확정된 청구외 ○○○건설 등 15개 업체로부터 수취한 매입세금계산서 378건 2,347,521,200원 전액을 가공자료로 보고, 청구법인에게 소명을 요구하였던 바 청구법인이 제출한 위 중기임차료의 거래일자별 매입매출장(외상매입장)의 외상매입내역, 지급어음대장의 어음지급처리내용, 출금전표, 입금표 등 거래와 관련된 회계장부 및 증빙서류상의 매입거래처가 전부 자료상으로 고발된 중기사업자로 기재되어 있어, 위 자료상 명의의 세금계산서에 대하여 공사원가임을 확인할 수 있는 작업일지나 대금거래내역 등을 청구법인에게 추가 요구하였다. 청구법인은 조사 종결단계에서 위 세금계산서 378건에 대한 소명자료로서 청구법인이 실질사업자라고 주장하는 69명의 실거래확인서(314건, 1,955,256,000원)를 제출하였고, 처분청은 확인서를 제출한 중기사업자 69명중 연락이 가능한 52명에 대한 대인조사를 실시한 결과 청구외 ○○○중기 이○○○ 등 3명은 청구법인이 시공한 ○○○, ○○○ 현장에서 작업한 사실을 일관되게 진술하고 있고, 각 사업자의 중기보유대수와 부가가치세 신고금액 등으로 보아 실거래사실이 인정되어 192,714,000원은 실제공사원가로 인정하고 나머지 금액에 대하여 청구외 ○○○종합중기 조○○○ 등 49명은 청구법인이 시공한 현장에서 작업한 사실은 일부 인정하고 있으나, 청구법인이 제출한 거래사실확인서는 본인들이 작성한 것이 아니라 청구법인에서 작성한 것을 서명만 하여 준 것이며, 본인들은 정상적인 세금계산서만 발급하였을 뿐, 본인들이 신고한 금액 이외에는 세금계산서를 발행한 사실이 없다고 진술하고 있어 실제 공사원가 투입사실을 부인하였다. 과세전적부심사 청구시 청구법인은 ○○○ 수해복구현장은 청구외법인 ○○○건설주식회사 신○○○에게 중기운반차량 알선 및 중기용역공급에 대한 대금지급을 일임하였다고 주장하면서 청구외 신○○○의 확인서를 제출하였는 바, 동 확인서에 의하면, 청구외 신○○○은 문산, 파주 등지에 연고가 있는 관계로 1997~1999년사이 청구법인의 토사석 운반대행을 의뢰받아 본인이 친분관계가 있는 중기회사 등을 통하여, 수해복구 등 긴급공사 등을 수행하였으며, 중기회사들로부터 공사금액의 약 3~4%를 수수하여 본인의 사무실 운영 및 기타경비로 사용하였고, 공사대금은 본인 사무실 직원 및 청구법인의 현장직원이 확인하여 준 물량을 근거로 중기차주로부터 세금계산서를 수취하고, 청구법인으로부터 공사대금을 수령하였으며, 공사대금 중 어음지급분에 대하여는 중기회사의 요청으로 할인하여 주었는데, 할인해 준 사람들 중 일부는 청구법인의 임직원 및 친척이 포함되었고, 나머지는 다른 사채업자를 통하여 할인하여 주었다고 기재되어 있다. 이에 대하여 처분청은 청구외 신○○○이 청구법인에게 중기를 알선한 사실과 청구법인으로부터 대금을 수령하여 중기사업자에게 전달한 사실은 일관되게 진술하면서도, 본인이 알선해 준 중기용역의 총액과 청구법인에 대한 중기사업자의 공사대금이 얼마인지도 모르고, 그 당시 공사현장에 투입되었던 공사차량에 관한 작업일보 등 공사대금청구와 지급에 관한 증빙서류가 없는 것으로 확인하고 청구외 신○○○을 실질사업자로 보기 어렵다며, 청구법인의 주장을 인정하지 아니하였다. (나) 청구법인은 이 건 중기용역 제공관련 청구법인의 거래상대방은 청구외 신○○○이라며 다음과 같은 요지의 주장을 한다. 청구법인은 1968.3.1 설립이래 주로 관급공사를 전문으로 취급하여 왔으며, 1997~1999사업연도중 파주, 문산 등 수해복구시 토사석 대행업자인 청구외법인 ○○○건설주식회사 신○○○에게 건설중기용역을 일임하고, 청구외 신○○○이 중기사업자로부터 수취하여 준 세금계산서를 근거로 법인세 및 부가가치세 신고를 하였던 것으로 청구외 신○○○이 운영하고 있던 청구외법인 ○○○건설주식회사가 1997.6.1 사업자등록은 하였으나, 건설업면허는 1998.11.3 취득한 관계로 직접 세금계산서를 발급하지 못하고 중기사업자들로부터 수취한 세금계산서를 청구법인에게 제출하였던 것이고, 청구법인은 청구외 신○○○을 신뢰하고 청구외 신○○○이 수취하여 온 세금계산서와 대금결제시 사업자등록확인원, 사업자등록증 사본 등 제증빙이 제출 완료된 자에 한하여 대금을 지급하였던 것으로 이 과정에서 청구법인은 최대한의 주의의무를 이행하였던 것이나, 처분청의 법인세 특별조사내용과 같이 거래상대방이 자료상으로 판명되었다는 이유만으로 실거래 사실을 부인함은 부당하고 청구외 신○○○이 청구법인의 공사현장에 중기용역을 제공한 사실은 청구외 신○○○이 처분청에 제출한 사실확인서, 법원 판결문(○○○지방법원 의정부지원 제3민사부 판결, 98가합17654, 1999.7.14)과 청구법인에서 발행한 어음의 할인금액이 입금된 청구외 신○○○의 예금거래내역조회표 등에 의하여 확인되며 위 중기임차료를 청구법인이 지급한 사실은 청구법인의 어음발행내역, 관련어음 이서내용, 청구법인의 당좌계좌에서 위 어음금액이 지급된 내역 등을 보면 확인이 가능함에도 이를 부인함은 부당하다고 주장하고 있다. (다) 청구법인은 청구법인의 주장사실을 입증하기 위하여 청구외 신○○○의 거래사실확인서와 청구법인의 공사현장에서 중기용역을 제공하였다는 중기사업자 4인의 사실확인서, 청구외 신○○○이 청구법인의 공사현장에서 실제로 공사한 사실을 입증하기 위한 법원판결문 사본과 청구법인에서 발행한 어음의 할인금액이 입금되었다는 청구외 신○○○의 예금거래내역조회표, 청구법인에서 발행한 어음을 할인하였다는 청구외 이○○○ 등 3인의 사실확인서와 어음할인관련 거래통장 등을 증거자료로 제시하고 있는 바 청구외 신○○○의 거래사실확인서에 의하면, 청구외 신○○○은 처분청 조사당시와 마찬가지로 1997~1999사업연도 중 청구법인의 공사현장에 중기용역을 알선하고 수수료로 중기용역대금의 3~4%를 수수하였음을 일관되게 주장하고 있으나, 본인이 알선해 준 중기용역의 구체적인 내역과 중기사업자별 공사대금내역, 그 당시 공사현장에 투입되었던 공사차량에 관한 작업일보 등 공사대금청구와 지급에 관한 증빙서류를 보관하고 있지 아니하며, 청구법인의 공사현장에서 중기용역을 제공하였다는 중기사업자 청구외 ○○○건기 김○○○ 등 4인의 거래사실확인서에 의하면, 청구외 김○○○ 등 4인은 처분청 조사당시에는 과다한 세금부과와 사법처리가 두려워 다른 사람 명의의 세금계산서 발급사실을 부인하였으나, 이후 본인들이 다른사람 명의의 쟁점세금계산서 중 일부를 발급한 것이 사실이라고 주장하고 있어, 처분청 조사당시와 심판청구시의 주장내용이 상이하고, 본인들이 발급한 세금계산서가 쟁점세금계산서 중 구체적으로 얼마인지에 대한 자료는 제시하지 못하고 있다. 그러나, 청구법인이 제출한 법원판결문(○○○민사지방법원 ○○○지원 제3민사부 98가합17654, 1999.7.14, 청구법인이 1997~1998년 ○○○ 수해복구 공사시 제방구간에 대한 표토제거작업으로 인해 지반이 침하되었음을 이유로 ○○○ 주변 영농후계자 청구외 허○○○ 등 9명이 국토관리청과 청구법인을 상대로 제기한 손해배상청구소송 판결문)에 의하면, 청구외 신○○○은 1996~1998사업연도중 청구법인이 시행한 ○○○ 제방공사시 중장비를 이용하여 표토제거작업과 제방보강공사를 한 사실이 일부 나타나고 있고 청구법인에서 발행한 어음의 할인금액이 입금되었다는 청구외 신○○○의 ○○○은행 ○○○지점 ○○○계좌(이하 "○○○은행계좌"라 한다) 및 ○○○지부 ○○○계좌(이하 "○○○계좌"라 한다)에 대한 예금거래내역조회표에 의하면, 1998.5.15~2001.12.23 기간 중 청구외 신○○○의 위 ○○○은행계좌에 3,610,125,000원, ○○○계좌에 671,845,000원 합계 4,281,970,000원이 입금된 사실이 확인되는 바, 위 입금액은 청구법인에서 발행된 어음을 할인하였다는 이○○○, 안○○○ 등 어음할인업자와 사채업자들이 입금한 것으로 할인금액이 모두 현금으로 입금되었기 때문에 쟁점세금계산서와 직접 관련된 입금액이 구체적으로 얼마인지는 확인하기 어려운 점은 있으나, 청구외 신○○○이 청구법인의 공사현장에서 일부 어음할인을 알선한 사실은 확인된다. 또한, 청구법인의 공사현장에서 청구법인이 발행한 어음을 할인하였다는 청구외 이○○○ 등 3인의 어음할인 관련 거래통장과 청구법인의 당좌결제계좌 입출금내역에 의하면 쟁점세금계산서와 관련된 할인어음 중 상당금액이 청구외 이○○○ 등 3인의 계좌에 최종입금된 사실이 확인되고, 위 금액은 청구외 이○○○ 등의 계좌 입금일의 다음날 청구법인의 당좌결제계좌인 ○○○은행 ○○○지점 ○○○계좌 및 ○○○은행 ○○○지점 ○○○계좌에서 출금된 사실이 확인된다. 청구외 이○○○은 청구법인의 현장소장인 청구외 한○○○의 처로서 처분청 조사당시부터 어음할인사실을 일관되게 주장하고 있는 바, 청구법인이 발행한 어음을 수시로 할인하여 준 것으로 확인되며(어음만기에 본인의 통장에 보관어음 결제액이 입금됨), 쟁점세금계산서 중 57건 378,972,000원을 이서하였다는 것으로, 이 중 상당액을 본인의 어음결제계좌인 ○○○은행 ○○○지점 ○○○계좌에 입금하였다가 결제된 어음금액을 주기적으로 본인의 같은은행 저축예금통장인 ○○○계좌에 이체한 사실이 확인된다. 청구외 이○○○은 위 금액을 본인의 주택구입자금 등으로 사용하였다는 것으로, 위 ○○○은행 ○○○계좌에서 1999.5.28 254백만원을 인출하여 본인의 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 소재 ○○○(48평형) 구입자금(총 460백만원)으로 사용하고, 1999.7.30 20백만원 및 1999.8.20 111백만원을 추가로 인출하여 위 아파트 세입자의 전세보증금 반환에 사용한 것으로 보이고(청구외 이○○○의 계좌입출금내역, 아파트 매매계약서 및 대금지급영수증 등) 1999.12.30 200백만원을 인출하여 ○○○은행에 정기예금(○○○)으로 예치하였다는 것으로, 위 ○○○은행 계좌에는 1999.12.30 300백만원이 예치되어 2000.5.10 및 2001.5.11 해약 후 재예치 형식으로 심판자료 조사일 현재 300백만원이 예치되어 있는 것으로 조사되고 있다. 청구외 안○○○는 청구법인의 이사인 청구외 송○○○의 처로서 처분청 조사당시부터 어음할인사실을 일관되게 주장하고 있는 바, 청구법인이 발행한 어음을 수시로 할인하여 준 것으로 확인되며(어음만기에 본인의 통장에 보관어음 결제액이 입금됨), 쟁점세금계산서중 20건 125,928,000원을 이서하였다는 것으로, 이 중 상당액이 본인의 ○○○은행 ○○○지점 ○○○계좌에 최종 입금된 사실이 확인된다. 청구외 최○○○은 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ○○○동 ○○○에서 건설도소매업(토목골재)을 운영하는 사업자로 1997~1999년 사이 ○○○ 및 ○○○등 수해복구공사를 수행중인 청구법인에서 중장비관련 사업을 하던 청구외 신○○○으로부터 장비대금중 일부를 어음으로 수령하고, 일부 어음은 할인하여 청구외 신○○○에게 현금을 지불하였다는 확인서를 제출하고 있는 바, 본인이 청구외 신○○○으로부터 장비대금으로 받거나 현금으로 할인해 준 어음은 총 40건, 266,499,200원이며, 이 중 쟁점세금계산서와 관련된 어음은 7건, 50,193,000원이라고 주장하고 있는 바, 이 중 상당액이 만기일에 청구외 최○○○의 ○○○은행 ○○○지점 ○○○계좌에 입금된 사실이 확인된다. 위와 같이 청구법인의 중기사용료 지급액 중 상당액은 현금이나 당좌수표로 지급되었고, 일부는 약속어음으로 지급된 것으로, 청구법인이 현금지급한 금액은 최종수령인이 누구인지 확인하기 어려우나, 약속어음을 발행한 금액은 약 3개월 후 청구법인의 위 당좌계좌에서 지급되었고, 어음금액 중 일부는 청구외 이○○○ 등 3인이 할인하여 청구외 이○○○ 등의 통장에 최종 입금된 사실이 확인된다. (라) 한편, 청구법인은 ○○○은행 등 관련금융기관에 이 건 사실을 확인할 금융자료를 추가로 요청하고 있으나, 금융기관의 사정으로 자료확인이 늦어지고 있다고 주장하고 있다. (마) 따라서, 위 청구외 이○○○ 등 3인의 계좌에 입금사실이 확인되는 금액과 본인이 어음할인을 주도하였음을 주장하는 청구외 신○○○의 계좌에 입금된 금액 중 일부는 쟁점세금계산서와의 직접적인 관련성이 전혀 없다고 볼 수 없으므로, 이를 다시 확인하여 쟁점세금계산서와의 직접적인 관련성이 확인되는 금액에 대하여는 청구외 신○○○ 또는 어음금액의 최종 귀속자인 청구외 이○○○ 등에게 과세하는 것은 별론으로 하더라도 이를 청구법인의 손금으로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.
(3) 쟁점(2): 청구법인은 쟁점토지를 청구법인의 고유목적사업에 사용하지 못한데에는 불가피한 사유가 있었음에도 처분청이 이를 비업무용 부동산으로 보아 과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 쟁점토지는 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 소재 대지 1,214.17㎡로 쟁점토지 소재지는 1979.9.21 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구청장으로부터 재개발구역으로 지정고시되었고, 1980.5.19 및 1983.10.14 재개발구역 사업계획에 의하여 ○○○ 제1구역 제35지구에 속한다는 결정이 있었던 지역이다. 청구법인은 1982.12.30 쟁점토지 소유자들과 매매계약을 체결하고, 1983.5.2 쟁점토지를 포함한 인근 토지 9필지 2,401㎡ 지상에 도시재개발방법으로 청구법인의 사옥을 신축하기 위하여 ㅇㅇㅇ시에 재개발사업 인가신청을 하였으나, 동 인가신청은 재개발 동의 인원은 2/3를 초과하였음에도, 재개발 동의 면적이 2/3에 미달되어 반려되었다. (청구법인은 쟁점토지는 청구법인이 직접 매수하고, 같은곳 ○○○ 대지 159.3㎡는 토지소유자 이○○○으로부터 재개발에 대한 동의를 얻었으나, 나머지 3필지 972.8㎡에 대하여는 토지소유자로부터 재개발에 대한 동의를 얻지 못함) 청구법인은 1983.5월 쟁점토지의 재개발과 관련하여 동의를 얻은 면적이 법정수에 4.2%미달하므로 도시재개발법 제14조 제1항 의 규정에 의하여 ㅇㅇㅇ시장에게 재개발심의회의 심의를 하여 주도록 요청하고, 1988.10.13 쟁점토지를 청구법인의 명의로 소유권 이전등기를 하였다. 청구법인은 1992.7.2 쟁점토지 인근 토지소유자들의 동의를 얻지 못하여 재개발이 지연되고 있으므로 청구법인 소유의 5필지에 대하여 단독으로 건축허가가 가능한지 여부에 대한 확인신청을 하였고, 1992.7.14 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구청장은 청구법인 소유의 5필지만으로 단독 건축허가가 불가하고, 기 결정된 재개발사업계획에 적합할 경우에만 건축허가가 가능함을 통보하였다.(마포구청 건축30420-4281, 1992.7.14) 1992.10.17 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구청장이 쟁점토지를 비업무용 부동산 취득으로 보아 높은 세율의 취득세 부과통보를 하자, 청구법인은 소송을 제기하였고, 동 취득세등 부과처분 취소소송은 1993.12.9 ○○○고등법원 제2특별부 판결(93구14129, 1993.12.9)결과 청구법인이 승소하였는 바, 판결취지를 살펴보면, 쟁점토지에 대한 건축허가 금지 등은 청구법인이 쟁점토지를 취득하기 전인 1979.9.21에 이미 재개발지구로 지정됨에 따라 단독개발이 불가능하여진 결과로서 "토지취득 후" 관계법령의 규정에 의하여 건축 또는 사용이 금지된 토지에는 해당되지 아니함이 명백하나 청구법인은 토목·건축 등을 사업목적으로 하는 종합건설면허를 가진 법인으로서 재개발사업을 시행하거나 이 사건 토지를 개발하여 사옥 등을 신축 보유하는 것은 원고의 고유목적사업으로 볼 수 있고 청구법인이 쟁점토지를 매수 취득하기 전후에 걸쳐 청구법인이 이를 직접 사용하기 위한 노력을 하였으나, 청구법인 소유의 5필지 단독으로는 건축허가가 불가함을 통보받았다는 것이니, 결국 청구법인이 쟁점토지를 자신의 고유업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 하였으나 위와 같은 사정으로 그 기한을 넘긴 경우라 할 것이어서 쟁점토지를 청구법인의 고유업무에 사용하지 못한 데에는 정당한 이유가 있는 경우라 볼 수 있다며, 청구법인의 주장을 인정하였다. 청구법인은 쟁점토지를 청구법인의 고유업무에 사용하지 못한데에는 부득이한 사유가 있었음을 입증하기 위하여 2001.2.6 ㅇㅇㅇ시장에게 청구법인이 1983.5월 신청한 재개발심의회의 심의신청 건이 2001.1.31현재까지 유보되고 있음을 확인하여 달라는 내용의 사실확인요청을 하였는 바 2001.2.17 ㅇㅇㅇ시장은 위 사실확인요청에 대하여 ○○○ 1구역 도시개발구역결정 및 사업계획 결정고시 문서는 관보에 고시하여 보관하고 있으나, 청구법인이 사실확인 요청한 내용은 기한이 너무 오래 경과되어 현재 확인이 곤란하다고 회신하였음이 확인된다. (나) 비업무용 부동산에 대한 관련법령의 규정내용을 살펴보면, 1998.12.31 이전에는 구 법인세법 제18조 의 3, 같은법 시행령 제43조의 2 제1항, 같은법 시행규칙 제18조의 3항의 규정에 의하여 나대지 상태의 토지는 취득후 1년 이내에 당해 법인의 고유업무에 사용하지 아니할 경우에는 비업무용으로 보도록 규정하였고, 1999.1.1이후부터는 법인세법 제27조 제1호, 같은법 시행령 제49조 제1항 제1호, 같은법 시행규칙 제26조 제1항 제7호의 규정에 의하여 유예기간이 취득후 3년 이내로 연장되었으며, 구 법인세법시행규칙 제18조 의 규정에 의하면, 당해 부동산 취득후 1년 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산은 비업무용 부동산으로 보되, 부동산의 취득후 법령의 규정에 의하여 사용이 금지 또는 제한된 부동산은 비업무용으로 보지 아니하도록 규정하고 있다. (다) 이 건 쟁점토지의 경우, 당초 관계법령의 규정에 의하여 건축 또는 사용이 금지된 토지를 취득하였고, 그 후 청구법인은 1983.5월 쟁점토지를 ㅇㅇㅇ시장에게 재개발심의회의 심의를 하여 주도록 요청하고, 1992.7.14 마포구청장으로부터 청구법인 소유의 5필지만으로 단독 건축허가가 불가함을 통보받은 다음, 1993.12.9 쟁점토지가 청구법인의 고유업무에 사용하지 못한데에는 부득이한 사유가 인정된다는 법원의 판결이 있은 이후, 쟁점토지를 청구법인의 고유업무에 사용하기 위하여 추가적인 노력을 한 흔적을 발견할 수 없고, 위 판결문의 취지에 나타난 업무에 사용하지 못한 부득이한 사유가 이 건 과세당시까지 계속 존재한다고 볼 근거 또한 없다. (라) 따라서, 이 건 처분청이 쟁점부동산 취득 후 법령상의 제한이나 부득이한 사유없이 쟁점토지를 청구법인의 고유목적사업에 사용하지 아니한 것으로 보아 이 건 법인세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
그러므로 이건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 청구법인에 대한 과세내역
• 중기임차료 0 0 342,277,200 1,588,243,000 224,287,000 2,154,807,200
• 노 무 비 0 0 165,315,000 70,055,000 14,200,000 249,570,000
• 기 타 0 0 34,636,363 72,000,000 105,242,511
• 지급이자 (68,356,,826) 114,434,647 41,549,392 53,926,191 63,576,888 341,843,944
• 종토세 (19,005,560) 19,368,270 25,139,000 25,007,720 28,678,250 117,198,800 법인세액 44,835,110 61,156,050 259,693,600 716,346,130 172,758,050 1,209,953,830 * 1995년도분 법인세는 과세시효임박으로 조사결과통지전 부과처분(2001.3월)
결정 내용은 붙임과 같습니다.