법인세신고일 이후에 기업발전적립금을 적립하였다하여 법인세 과세한 처분의 당부(경정)

[참조결정] 국심2000중0138 / 국심1998서2364

[주 문] OO세무서장이 2001.7.4 청구법인에게 한 법인세 1999사업연도 276,314,680원 및 2000사업연도 258,333,950원, 합계 534,648,630원의 부과처분은 청구법인이 1999사업연도의 이익잉여금처분에 있어서 기술개발준비금 200,000,000원을 적립한 것으로 하여 손금산입하고, 1999사업연도 및 2000사업연도 이익잉여금처분에 있어서 기업발전적립금 1,500,000,000원과 2,000,000,000원을 각각 적립한 것으로 하여 적정유보초과소득에 대한 과세표준과 세액을 경정한다.

[이 유]

1. 처분개요 청구법인은 사무용가구 제조업을 영위하는 비상장법인으로서 1999사업연도 법인세신고시 신고조정에 의하여 기술개발준비금 2억원을 손금산입하고, 이익잉여금처분에 의한 준비금적립을 누락하였다가 2000.4.17 임시주주총회에서 기술개발준비금을 적립하여 2000.5.3 법인세 수정신고를 하였으며, 1999사업연도 및 2000사업연도 법인세신고시 적정유보초과소득에 대한 법인세 신고를 누락하였다가 2001.6.22 임시주주총회에서 1999사업연도 1,500,000,000원, 2000사업연도 2,000,000,000원의 기업발전적립금을 적립하여 2001.6.27 법인세 수정신고를 하였다. 처분청은 청구법인이 1999사업연도 법인세 신고시 신고조정에 의하여 기술개발준비금 200,000,000원을 손금산입하면서 이익잉여금처분에 의한 준비금적립을 누락하였고, 1999사업연도 및 2000사업연도의 자기자본이 100억원을 초과하는데도 적정유보초과소득에 대한 법인세신고를 누락하였다고 보아 2001.7.4 청구법인에게 법인세 1999사업연도 276,314,680원, 2000사업연도 258,333,950원, 합계 534,648,630원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.9.26 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2000.3.31 1999사업연도 법인세를 신고하면서 신고조정에 의하여 기술개발준비금을 손금산입하였으나, 업무미숙으로 이익잉여금처분에 의한 준비금적립을 누락하여 2000.4.17 임시주주총회시 이익잉여금처분에 의한 기술개발준비금 200,000,000원을 적립하여 2000.5.3 법인세 수정신고를 하였으며, 이는 국세청에서도 국세기본법에 의한 수정신고기간내에 수정신고할 수 있는 것으로 해석(징세46101-3207, 1995.6.19)하였으므로 손금에 산입하는 것이 타당하다. 청구법인은 1999사업연도 및 2000사업연도 이익잉여금을 처분하면서 기업발전적립금으로 1999사업연도 1,500,000,000원, 2000사업연도 2,000,000,000원을 적립하여 법인세를 신고하였어야 하나 종사직원의 업무미숙으로 임의적립금으로 일괄하여 1999사업연도 3,000,000,000원, 2000사업연도에 3,800,000,000원을 적립하여 법인세 신고를 하였다. 적정유보소득에 대한 법인세과세는 비상장대법인의 과다한 사내유보를 통한 주주의 배당소득세 회피를 방지함으로서 상장법인 주주와의 세부담 불균형을 시정하기 위한 것으로서 청구법인의 경우 1999사업연도 및 2000사업연도 임의적립금 3,000,000,000원과 3,800,000,000원을 적립하면서 단지 종사직원의 업무미숙으로 기업발전적립금을 적립하지 아니한 것이나, 처분청에서 2001.6.27까지 수정신고를 하도록 안내한데 대하여 2001.6.22 임시주주총회를 개최하여 이익잉여금처분에 의하여 1999사업연도 1,500,000,000원, 2000사업연도 2,000,000,00원의 기업발전준비금을 적립하여 2001.6.27 법인세 수정신고를 하였다. 조세특례제한법에 의한 세액감면의 경우 기업합리화적립금을 적립하도록 하고 있는 바, 이를 적립하지 아니한 경우에는 처분청의 결정이나, 경정이 있기 전까지 적립할 경우 감면세액을 추징하지 아니한다는 것이 국세심판원의 결정(국심 98서2364, 1999.12.30) 및 대법원 판례(대법 95누17014, 1996.2.23)의 입장인 것은 기업합리화적립금의 적립목적을 달성하는데 지장이 없기 때문이며, 본 처분의 경우도 기업합리화적립금의 경우와 다를 바가 없으므로 처분청의 결정이나 경정전까지기업발전적립금을 적립하였으므로 기업발전적립금을 유보소득에서 공제하여 적정유보초과소득을 계산하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 법인이 적정유보초과소득에 대한 법인세신고를 누락한 경우 임시주주총회의 결의에 의하여 임의적립금을 기업발전적립금으로 수정하여 적립한 경우 적정유보초과소득 계산시 유보소득에서 공제할 수 없으며, 법인이 적법한 절차에 따라 결산을 확정하고 법인세 과세표준신고를 한 후에는 당초에 확정된 재무제표를 정정하여 수정신고하거나 경정 등의 청구를 할 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

• 가. 쟁점

(1) 청구법인이 법인세 과세표준신고일 이후 임시주주총회의 결의에 의하여 기술개발준비금을 적립하여 수정신고를 한 경우 이를 인정할 수 있는지 여부와

(2) 청구법인이 법인세 과세표준신고일 이후 임시주주총회의 결의에 의하여 임의적립금을 기업발전적립금으로 변경적립하고 수정신고를 한 경우 적정유보초과소득 계산시 기업발전적립금을 공제할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 조세특례제한법 제9조【기술개발준비금의 손금산입】

① 제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 기술의 개발 또는 혁신에 소요되는 비용에 충당하기 위하여 기술개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도의 수입금액에 다음 각호의 율을 곱하여 산출한 금액의 범위안에서 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다.(1998.12.28개정)

1. 대통령령이 정하는 자본재산업(이하 자본재산업 이라 한다) 및 기술집약적인 산업에 있어서는 100분의 5

2. 제1호외의 산업에 있어서는 100분의 3 법인세법 제61조【준비금의 손금계상 특례】

① 내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다.(1998.12.28개정)

② (생 략) 같은 법 제56조【적정유보초과소득에 대한 법인세】

① 내국법인(주권상장법인·협회등록법인 및 비영리내국법인을 제외한다)으로서 다음 각호의 1에 해당하는 법인에 있어서 대통령령이 정하는 각 사업연도의 유보소득이 적정유보소득을 초과하는 경우에는 그 초과하는 금액(이하 “적정유보초과소득”이라 한다)에 100분의 15를 곱하여 산출한 세액을 적정유보초과소득에 대한 법인세로 하여 산출세액에 이를 가산한다.(1998.12.28개정)

1. 각 사업연도종료일 현재의 대통령령이 정하는 자기자본(이하 이 조에서 “자기자본”이라 한다)이 100억원을 초과하는 법인

② 제1항의 규정에 의한 적정유보소득은 각 사업연도의 소득금액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액의 100분의 50에 상당하는 금액과 당해 법인의 자기자본의 100분의 10에 상당하는 금액중 큰 금액으로 한다. 1.～3. (생 략)

4. 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 기업발전적립금으로 적립한 금액

③ 제2항 제4호의 규정에 의하여 적립한 기업발전적립금은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 제외하고는 이를 계속하여 적립하여야 한다.

1. 이월결손금의 보전

2. 자본에의 전입

④ 제2항 제4호의 규정에 의하여 적립한 기업발전적립금을 제3항 각호의 용도외의 용도로 처분하는 경우에는 당해 처분금액에 100분의 18을 곱하여 산출한 금액을 처분일이 속하는 사업연도의 법인세에 가산하여 납부하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다. 같은 법 시행령 제93조【적정유보초과소득의 계산】

① 법 제56조 제1항에서 “대통령령이 정하는 각 사업연도의 유보소득”이라 함은 법 제14조의 규정에 의한 각 사업연도의 소득에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액을 말한다. 1.(생 략)

2. 법 제56조 제2항 각호의 금액

3. 잉여금처분에 의한 배당·상여 및 퇴직급여(1998.12.31개정)

4. 제106조의 규정에 의하여 배당·상여·기타 소득 및 기타 사외유출로 처분된 금액. 다만, 법인세와 주민세를 기타 사외유출로 처분한 경우 그 상당액을 제외한 금액으로 한다.(1998.12.31개정)

④ 법 제56조 제1항 제1호에서 대통령령이 정하는 자기자본 이라 함은 제54조 제1항 제1호 본문의 규정에 의한 금액을 말한다. (1998.12.31개정)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 1999사업연도 법인세 과세표준신고 후 임시주주총회의 결의에 의하여 기술개발준비금을 적립하여 이를 수정신고를 한 경우 적정한 신고로 볼 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다. 첫째, 이 건에 관한 조세특례제한법 제9조 제1항에는 제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 기술개발준비금을 손금으로 계상한 때에는 당해 과세연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다고 규정하고 있고, 법인세법 제61조에는 내국법인이 조세특례제한법에 의한 준비금을 세무조정계산서에 계상한 경우로서 그 금액상당액이 당해 사업연도의 이익처분에 있어서 당해 준비금의 적립금으로 적립되어 있는 경우 그 금액은 손금으로 계상한 것으로 본다고 규정되어 있다. 둘째, 청구법인이 제시한 법인세 신고자료를 보면, 청구법인은 1999사업연도 각사업연도소득금액을 신고조정에 의하여 기술개발준비금 200,000,000원을 손금에 산입하여 2000.3.31 법인세 신고를 하였으나, 이후 이익처분에 의한 기술개발준비금 적립을 누락한 것을 발견하여 2000.4.17 임시주주총회를 개최하여 임의적립금 3,000,000,000원 중 200,000,000원을 기술개발준비금으로 변경적립하고, 2000.5.3 이익잉여금처분계산서 변경내용을 수정신고한 것으로 확인되고 있다. 셋째, 기술개발준비금을 법인세신고시 신고조정에 의하여 손금에 산입하는 경우 잉여금처분시 준비금으로 적립하는 이유는 준비금에 상당하는 금액을 배당가능이익에서 차감하는 것으로서 이는 잉여금의 사외유출을 방지하고, 기업자금의 사내유보를 도모하기 위한 것인 바, 청구법인의 경우 법인세 신고시에는 이익처분에 의한 기술개발준비금 적립을 누락하였으나, 법인세 신고일로부터 1개월 여만에 기술개발준비금 적립이 누락된 사실을 발견하여 수정신고하였고, 수정신고시까지 잉여금의 사외유출이 없었던 점 등에 비추어 보면, 기술개발준비금의 적립목적이 달성된 것으로 볼 수 있다할 것이므로 처분청에서 1999사업연도 기술개발준비금을 손금부인하여 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

(2) 청구법인이 법인세 과세표준신고일 이후 임시주주총회의 결의에 의하여 임의적립금을 기업발전적립금으로 변경적립하고 수정신고를 한 경우 적정유보초과소득 계산시 유보소득에서 기업발전적립금을 공제할 수 있는지 여부에 대하여 살펴본다. 첫째, 처분청의 과세기록에 의하면 청구법인의 자기자본이 1999사업연도 말에는 11,293,732,019원, 2000사업연도 말에는 19,693,510,570원으로서 법인세법 제56조 제1항 제1호의 규정에 의한 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세대상법인에 해당하고, 청구법인이 1999사업연도 및 2000사업연도 법인세 신고를 한 후 2001.6.22 임시주주총회를 개최하여 1999사업연도 임의적립금 3,000,000,000원 중 1,500,000,000원, 2000사업연도 임의적립금 3,800,000,000원 중 2,000,000,000원을 기업발전적립금으로 변경적립하고, 2001.6.27 이익잉여금처분계산서에 의한 기업발전적립금 변경적립 내용을 수정신고한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 서로 다툼이 없다. 둘째, OO지방국세청에서 법인세 서면분석결과 청구법인이 1999사업연도 기술개발준비금 200,000,000원 및 1999사업연도 및 2000사업연도 적정유보초과소득에 대한 기업발전적립금의 적립누락에 따른 법인세를 2001.6.27까지 수정신고하도록 “법인세 수정신고 검토결과 안내서”를 2001.6.14 발송한 것으로 확인되고 있다. 셋째, 청구법인이 처분청의 수정신고 안내에 따라 2001.6.27 처분청에 제출한 법인세 과세표준 수정신고서를 보면, 1999사업연도에는 기업발전적립금 1,500,000,000원을 적립하여 차감하여 적정유보초과소득을 △118,080,692원인 것으로 산출하였고, 2000사업연도에는 기업발전적립금 2,000,000,000원을 적립하여 적정유보초과소득을 △64,385,436원인 것으로 산출함으로서 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세대상에 해당하지 아니하는 것으로 수정신고 하였음이 확인되고 있다. 넷째, 법인세법 제56조 제1항에서 규정하고 있는 적정유보초과소득에 대한 법인세 과세제도의 취지는 비상장 대법인 등이 과다한 사내유보를 통한 배당소득세의 회피행위를 방지함으로써 정상적으로 배당을 하는 상장법인의 주주와의 세부담의 불균형을 시정하기 위한 것이라 할 것인 바, 비록, 법인세신고일 이후라고 하더라도 이 건 과세처분전에 이익잉여금을 기업발전적립금으로 적립하고, 국세기본법상 수정신고기한내에 수정신고 하였다면 동 제도의 목적은 달성하였다고 할 것이므로 1999사업연도 및 2000사업연도 기업발전적립금 1,500,000,000원 및 2,000,000,000원은 적정유보초과소득 계산시 공제되는 기업발전적립금으로 인정(국심2000중138, 2000.10.4 같은 뜻)함이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.