매입세액공제 여부

심판청구번호 국심2001중 2373(2002. 1. 8) 요 청구인은 비철금속가공처리업을 영위하는 사업자로서 1998년 제1기∼2000년 제2기 과세기간 중 조세특례제한법 제108조 및 같은법시행령 제110조에서 정한 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액공제특례의 규정에 따라 총 53,679,422원을 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 하여 부가가치세를 신고하였으며, 이에 대하여 처분청은 청구인의 사업이 제조업에 해당함에도 불구하고 청구인이 폐기물관리법상 폐기물재생처리업허가 등을 받지 아니하였으므로 위의 특례규정상의 요건을 충족하지 아니한다는 이유로 매입세액공제를 부인하고 가산세를 포함하여 2001.6.10 청구인에게 1998년도 제1기분∼2000년도 제2기분 부가가치세 66,252,944원을 경정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.7.4 이의신청을 거쳐 2001.9.12 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 비철금속가공처리업(제조업)으로 사업자등록을 하였을 뿐, 사실은 단순히 재생재료를 수집판매하는 도소매 사업자에 불과하므로 폐기물관리법에 의한 허가를 득하였는지의 여부에 관계없이 재활용폐자원의 매입세액을 공제해 주어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 비철금속가공처리업(제조업)으로 사업자등록을 계속 유지하면서 부가가치세 신고시에도 비철금속가공처리업으로 신고하여 왔을 뿐만 아니라, 개업 이래 비철금속가공처리를 위한 공장등록 신청을 지속적으로 해 온 사실에 다툼이 없으며, 달리 청구인이 제조업이 아닌 재생재료수집 및 판매만을 주된 사업으로 해왔다고 인정할 만한 아무런 증거를 제시하지 못하므로 청구인의 사업을 제조업으로 보아 이 건 부가가치를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 비철금속가공처리업을 주된 사업으로 영위하는 청구인이 폐기물관리법상 폐기물재생처리업허가 등을 받지 않았다 하여 관련매입세액공제를 부인하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분의 당부
• 나. 관계법령 조세특례제한법 제108조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】

① 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자가 국가·지방자치단체 기타 대통령령이 정하는 자로부터 재활용폐자원 및 중고품을 취득하여 제조 또는 가공하거나 이를 공급하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 의 규정에 의한 매출세액에서 매입세액으로 공제할 수 있다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 재활용폐자원 및 중고품을 수집하는 사업자의 범위, 재활용폐자원 및 중고품의 범위, 매입세액공제방법 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 같은법시행령 제110조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】

① 법 제108조 제1항에서 “기타 대통령령이 정하는 자”라 함은 부가가치세 과세사업을 영위하지 아니하는 자(면세사업과 과세사업을 겸영하는 경우를 포함한다)와 부가가치세법 제25조 에 규정된 간이과세자를 말한다.

③ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 사업자의 범위는 다음과 같다.

1. 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업 허가를 받은 자 또는 폐기물재생처리신고를 한 자

5. 기타 재활용폐자원등을 수집하는 사업자로서 재정경제부령이 정하는 자

④ 법 제108조의 규정에 의하여 매입세액공제를 받을 수 있는 재활용폐자원 등의 범위는 다음과 같다.

8. 자동차관리법에 의한 자동차(중고자동차에 한한다)

9. 기타 재활용폐자원등으로서 재정경제부령이 정하는 것 같은법시행규칙 제50조 【재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례】

① 영 제110조 제3항 제5호에서 “재정경제부령이 정하는 자”라 함은 재생재료 수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 자를 말한다.

② 영 제110조 제4항 제9호에서 “재정경제부령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 것을 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 우선 관련법령 규정을 보면 전시 조세특례제한법 제108조 및 같은법시행령 제110조 등에서 조세특례제한법상 재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례로서 관련 매입세액을 매출세액에서 공제받기 위하여는 단순히 재생재료수집 및 판매를 주된 사업으로 하는 이른바 도·소매업자가 아닌 경우, 폐기물관리법에 의하여 폐기물재생처리업 허가를 받거나 폐기물재생처리신고를 필하여야 한다고 규정하고 있음을 알 수 있다.

(2) 청구인이 폐기물관리법에 의한 허가 등을 받지 아니한 사실에 대하여는 다툼이 없으며, 청구인이 단순히 재생재료수집 및 판매(도소매업)만을 주된 사업으로 하였는지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 청구인은 1995.6.1 개업한 이래 2000.3.21∼2000.12.4의 기간(신고에 의해 도·소매업으로 정정해 놓은 기간)을 제외하고는 이 건 심리일까지 계속 사업내용을 비철금속가공처리업(제조업)으로 하여 사업자등록을 유지해온 사실과 매출액 전액을 제조업에서 발생한 것으로 하여 부가가치세를 신고한 사실이 처분청의 당초 조사서 및 그 부속서류의 각 기재내용과 처분청의 회신공문(대호 번호없이 2001.11.24자로 회신해온 것)에 의하여 확인된다. (나) 부가적인 판단사항으로, 처분청의 탐문조사결과에 의하면 청구인은 자신이 영위하고 있는 사업과 관련하여 ○○도 ○○시장의 공장등록 및 폐기물재생처리업허가 등을 얻기 위해 계속 신청하는 등의 노력을 기울여 온 사실이 확인된다.

(3) 이러한 사실을 놓고 볼 때 청구인은 비철금속가공처리업자로서 비록 그 사업내용에 물리 또는 화학적 공정이 명백히 포함되어 있지는 않지만 그 실질에 있어서는 한국표준산업분류표에서 정하고 있는 『재활용폐자원을 절단, 분쇄 등 가공처리하여 특정제품 제조공정에 투입하기 적합한 원료상태로 생산판매하는 산업활동』으로서 제조업을 영위한 것으로 인정된다.

(4) 사실이 이러하므로 처분청이 청구인의 사업이 제조업에 해당함을 전제로 청구인에게 조세특례제한법 제108조 등에서 정하고 있는 『재활용폐자원 등에 대한 부가가치세매입세액 공제특례』를 배제하고 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.(국심 2001구1214, 2001.10.16 같은 뜻)

(5) 한편 청구인은 이 건 부가가치세를 추징한 처분이 신의성실의 원칙 등에 반하여 위법부당하다는 주장이나, 앞에서 살펴본 바와 같이 청구인이 문제된 매입세액을 공제가 가능한 것으로 잘못 판단하여 부가가치세를 신고하여 온 점이 명백한 만큼 청구인에게 귀책사유가 인정되므로 이 건 부가가치세 경정처분이 국세기본법 제15조 등에서 정하고 있는 신의성실의 원칙 등에 위배된다고 보기도 어렵다 할 것이다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.