신고한 실지거래가액을 부인하고 확인된 실지가액를 적용한 처분의 당부

심판청구번호 국심2001중 2118(2001.11.13) � 청구외 ○○○공사는 용인○○○지구 택지개발사업용으로 2000.4.18. 청구인소유의 ○○○도 ○○○시 ○○○읍 ○○○ 공장건물 465.6㎡(이하 "쟁점공장건물"이라 한다)를 협의수용하였고, 2000.7.18. 동소재 공장용지 990㎡(이하 "쟁점공장용지"라 한다)를 협의수용하였으며, 2000.9.6. ○○○도 ○○○시 ○○○읍 ○○○ 답 643㎡(이하 "쟁점농지"라한다)를 협의수용하였다. 청구인은 쟁점공장건물과 쟁점공장용지 및 쟁점농지(이하 "쟁점부동산"이라 한다)의 양도에 대하여 각각 2000.5.19., 2000.7.19., 2000.9.8. 기준시가로 양도소득세를 계산하여 부동산양도신고를 하면서 세액은 납부하지 아니하였다. 청구인은 2000.9.28. 다시 쟁점공장건물은 부동산양도신고시와 다르게 실지거래가액으로 양도소득을 계산하고, 쟁점공장용지와 쟁점농지는 부동산양도신고시와 동일하게 기준시가로 양도소득을 계산한 후, 쟁점농지는 8년자경농지로 하여 양도소득세를 면제하여 확정신고하고, 양도소득세 9,657,144원을 자진납부하였다. 처분청은 2001.5.10. 쟁점공장용지와 쟁점공장건물의 양도차익을 기준시가로 계산하여 양도소득세 36,303,670원과 농어촌특별세 1,674,210원 합계 37,977,880원(이하 "쟁점세액"이라 한다)을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.8.6. 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점부동산의 양도소득에 대하여 2000.9.28. 양도소득세 9,657,120원과 농어촌특별세 745,030원을 신고납부하였으나 처분청은 이에 대하여 다시 기준시가에 의해 2001.5.11. 양도소득세 36,303,670원 및 농어촌특별세 1,674,210원 합계 37,977,880원을 중복과세하였으므로 이는 취소되어야 한다.
• 나. 처분청의견 청구인은 쟁점공장용지와 쟁점토지의 양도소득을 기준시가로 계산하고, 쟁점공장건물은 실지거래가액으로 계산하여 양도소득세를 신고·납부하였으나 쟁점공장건물은 양도 및 취득당시의 실지 거래가액이 확인되지 아니하므로 쟁점공장건물도 기준시가에 의해 양도소득세를 과세하는 것이 타당하며, 중복과세되었다고 하는 청구인의 주장은 처분청이 2001.9.1 쟁점농지를 8년자경농지로 인정하여 양도소득세 12,033,167원를 면제하고, 기납부세액 9.657,120원을 공제하여 양도소득세를 23,041,741원으로, 농어촌특별세를 1,818,586원으로 경정하였으므로 중복과세되지 아니하였다.

• 가. 쟁점 처분청이 쟁점부동산의 양도에 대하여 양도소득세를 중복과세하였는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 소득세법(2000.12.29 개정전의 것을 말한다)제96조【양도가액】

① 제94조제1호 및 동조 제2호의 규정에 의한 자산의 양도가액은 당해 자산의 양도당시의 기준시가에 의한다. 다만, 다해 자산이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.

1. 제89조제3호의 규정에 의한 고급주택의 기준에 해당하는 주택(이에 부수되는 토지를 포함한다)인 경우

2. 제94조제2호의 규정에 의한 자산중 대통령령이 정하는 것인 경우

3. 제104조제3항의 규정에 의한 미등기양도자산인 경우

4. 취득후 1년 이내의 부동산인 경우

5. 허위계약서의 작성, 주민등록의 허위이전등 부당한 방법으로 부동산을 취득 또는 양도하는 경우로서 대통령령이 정하는 기준에 해당하는 경우 6.양도자가 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 증빙서류와 함께 제110조제1항의 규정에 의한 확정신고기한까지 납세지 관할 세무서장에게 신고한 경우(이하 생략) 같은법 제97조【양도소득의 필요경비 계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는것으로 한다.

• 가. 제94조제1호 및 동조 제2호의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산이 제96조제1항 각호의 1에 해당하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요되는 실지거래가액에 의한다.
• 나. (생략)
• 다. 가목 단서 또는 나목의 경우에 있어서 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 제114조제5항의 규정에 의한 가액(이하 생략) 같은법 제114조【양도소득과세표준의 결정·경정 및 통지】

① ∼④ (생략)

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하는 경우로서 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 당해 자산의 양도당시 또는 취득당시의 실지거래가액을 인정 또는 확인할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는바에 따라 양도가액 또는 취득가액을 매매사례가액, 감정가액, 환산가액(실지거래가액, 매매사례가액 또는 감정가액을 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다) 또는 기준시가등에 의하여 추계조사하여 결정한다. 같은법시행령 제176조의2【추계결정 및 경정】

① (생략)

② 법 제114조제5항에서 "대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 취득가액"이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 취득가액을 말한다.

1. 제157조제4항 및 제5항의 규정에 의한 주식등이나 제158조제1항 각호의 규정에 의한 기타 자산의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액(이하 생략)

2. 법 제96조제1항 제1호내지 제5호의 규정에 의한 토지 및 건물과 제162조의2 제1항의 규정에 의한 부동산을 취득할 수 있는 부동산을 취득할 수 있는 권리의 경우에는 다음 산식에 의하여 계산한 가액(이하 생략) 조세특례제한법 제63조 【공공사업용토지등에 대한 양도소득세등의 감면】 ⸁ 다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 "토지등"이라 한다)로서 당해 토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일전에 양도한 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년이전에 취득한 토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 25(토지등의 양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 35)에 상당하는 세액을 감면한다. 1.공공용지의취득및손실보상에관한특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 3.(생략) 같은법 제69조【자경농지에 대하 양도소득세등의 면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상(비과세·감면 및 소액부징수의 대상이 되는 토지를 포함한다)이 되는 토지등 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

1. 대통령령이 정하는 농지소재지에 거주하는 거주자 2.·3. (생략)

② (생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 2001.5.10. 쟁점공장용지와 쟁점공장건물의 양도소득을 기준시가로 계산하여 양도소득세 산출세액을 48,404,905원으로 계산하고, 이중 25% 12,101,226원을 감면세액으로 공제한 후 착오로 기납부세액 9,657,120원을 공제하지 아니하고 쟁점세액을 결정고지하였으나, 처분청은 청구인이 2001.8.6. 쟁점세액에 대하여 심판청구한 후인 2001.9.1. 쟁점농지에 대한 양도소득을 과세표준에 포함하고, 그에 대한 산출세액 12,033,160원을 면제하여 쟁점부동산의 양도소득에 대하여 양도소득세를 32,698,865원으로, 양도소득세 감면분에 대한 농어촌특별세를 2,564,616원으로 하여 총세액을 35,263,481원을 결정하고, 동세액에서 이미 신고납부된 양도소득세 9,657,120원 및 농어촌특별세745,030원 합계 10,402,150원을 공제하여 쟁점세액을 24,861,331원으로 경정감하였으며, 이러한 사실은 처분청이 제출한 경정결의서등에 의해 확인된다.

(2) 청구인은 쟁점공장건물의 양도소득을 실거래가액으로 신고하였고, 처분청이 이를 기준시가로 재계산하였는 바, 처분청의 양도소득금액의 계산이 적정하였는지 여부를 살펴본다. 청구인은 2000.9.28. 쟁점부동산의 양도소득세를 신고·납부하면서 쟁점공장건물의 양도당시 실거래가액을 115,744,490원으로, 취득당시 실거래가액으로 239,807,200원을 신고하였는 바, 양도당시 실거래가액은 청구인이 청구외 ○○○공사와 체결한 지장물보상합의서 및 청구외 ○○○공사가 발급한 수용확인원등에 의해 확인되나 취득당시의 실지거래가액에 대하여는 청구인이 신고당시 관련증빙을 제출하지 아니하였고, 심리일 현재까지도 입증자료의 추가제출이 없어 사실여부가 확인되지 아니한다. 따라서 처분청이 쟁점공장건물의 취득당시 실거래가액이 확인되지 아니함을 이유로 쟁점공장건물의 양도소득을 기준시가에 의해 계산하여 양도소득세를 과세한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 위 (1)과 (2)에서 살펴본 바와 같이 처분청은 쟁점세액에 대한 계산상의 오류를 이미 경정하였고, 쟁점공장건물의 실거래가액이 확인되지 아니하여 기준시가에 의하여 양도소득을 계산하였으므로 쟁점세액이 중복과세되었으므로 취소되어야 한다고 하는 청구인의 주장은 이유가 없다고 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.