부동산 저가 임대시 적정임대료의 산정 여부

심판청구번호 국심2001중 1748(2001.10.19) 40,700원, 1996년 제2기 부가가치세 1,007,890원, 1997년 제1기 부가가치세 1,084,920원, 1997년 제2기 부가가치세 1,034,990원, 1998년 제1기 부가가치세 705,790원, 1998년 제2기 부가가치세 655,300원, 1999년 제1기 부가가치세 1,213,220원, 1999년 제2기 부가가치세 984,680원, 2000년 제1기 부가가치세 759,450원, 2000년 제2기 부가가치세 328,110원, 합계 8,715,050원의 부과처분 중

1. 1999년 제1기, 1999년 제2기, 2000년 제1기, 2000년 제2기 귀속 부가가치세 부과처분은 취소한다.

2. 나머지 청구는 기각합니다.

청구인은 1992년 6월부터 자신의 소유인 경기도 성남시 중원구 ○○○동 ○○○ 소재 토지 668.1㎡ 및 건물 3,031㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 청구인이 대표이사인 청구외 (주)○○○입시연구사에 임대보증금 1억5천만원, 월임대료 150만원으로 임대하는 것으로 하여 매 과세기간의 부가가치세 과세표준을 신고하여 오다가 2000.12.15 청구인과 특수관계자에 해당하는 위 법인에 대한 임대수입금액이 정상거래가 보다 낮았음을 인정하고 임대보증금 6억원, 월임대료 150만원으로 임대계약을 갱신하고, 2001.1.26 위 갱신된 계약조건에 의하여 1996년 제1기∼2000년 제2기 과세기간의 부가가치세 과세표준을 수정신고·납부하였다. 처분청은 청구인이 조세의 부담을 부당히 감소시킬 목적으로 특수관계자인 청구외 (주)○○○입시연구사에게 시가에 현저히 미달하는 임대료를 받고 임대한 것으로 보아 부가가치세법 제13조 제1항 3의2에 규정하는 용역의 시가를 국유재산법 제26조 제1항 제5호 의 규정에 의하여 산정한 적정임대료로 재계산하여 2001.4.17 청구인이 당초 신고·납부 및 수정신고·납부한 세액을 기납부세액으로 공제하여 1996년 제1기 940,700원, 1996년 제2기 1,007,890원, 1997년 제1기 1,084,920원(3,294,110원 - 2,209,190원), 1997년 제2기 1,034,990원, 1998년 제1기 705,790원, 1998년 제2기 655,300원, 1999년 제1기 1,213,220원, 1999년 제2기 984,680원, 2000년 제1기 759,450원, 2000년 제2기 328,110원, 합계 8,715,050원의 부가가치세를 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.7.12 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인이 청구인과 특수관계에 있는 청구외 (주)○○○입시연구사에게 쟁점부동산을 저가로 임대하였다 하더라도 국세기본법 제45조 제1항 제1호 의 규정에 의하여 처분청의 부가가치세 경정결정 전에 적정한 부동산임대 공급가액으로 수정신고·납부하였으므로 부당하게 낮은 가액으로 임대한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 취소하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인 및 청구인과 특수관계에 있는 청구외 (주)○○○입시연구사는 1995년 이후 보증금 150,000,000원, 월 임대료 1,500,000원으로 쟁점부동산 임대계약을 체결하여 이에 따라 청구인의 부가가치세 및 종합소득세 신고 및 위 법인의 법인세과세표준신고시 손금산입한 사실이 확인되는 바, 청구인 및 청구외 (주)○○○입시연구사가 처분청으로부터 특별조사를 받는 기간 중인 2000.12.15 보증금 600,000,000원, 월 임대료 1,500,000원으로 임대계약을 변경하여 이에 따라 1996.1기부터 소급하여 부가가치세과세표준을 수정신고하였다 하더라도 변경된 임대계약은 변경일 이후부터 효력이 미치는 것으로 부동산의 저가임대 사실이 치유된 것으로 볼 수 없으므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 특수관계자에게 부동산을 저가임대한 경우 국유재산법에 의하여 적정임대료를 산정하여 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 이 건 과세요건 성립 당시 관련법령은 다음과 같다. 부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 "공급가액"이라 한다)으로 한다. 다만 부가가치세는 포함하지 아니한다. 3의 2. 용역의 공급에 대하여 부당하게 낮은 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 용역의 시가.(1999.12.28 개정전 규정과 같은 뜻) 같은 법 시행령 제50조【시가의 기준】

① 법 제13조 제1항 각호에 규정하는 시가는 사업자와 특수관계있는 자(소득세법 시행령 제98조 제1항 각호 또는 법인세법 시행령 제87조 제1항 각 호에 규정된 자를 말한다)외의 자와의 정상적인 거래에 있어서 형성되는 가격으로 한다(1998.12.31 개정전 규정과 같은 뜻) 소득세법 시행령 제98조 【부당행위계산의 부인】

① 법 제41조 및 법 제101조에서 "특수관계 있는 자"라 함은 다음 각호의1의 관계에 있는 자를 말한다.

4. 당해 거주자 및 그와 제1호 내지 제3호에 규정하는 자(친족, 종업원, 기타 생계를 같이 하는 자)가 소유한 주식 또는 출자지분의 합계가 총발행주식수 또는 총출자지분의 100분의 50이상이거나 당해 거주자가 대표자인 법인.

② 법 제41조에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 때를 말한다.

2. 특수관계 있는 자에게 금전 기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율 등으로 대부하거나 제공한 때(단서 생략).

④ 제2항 제2호 내지 제5호의 규정에 의한 소득금액의 계산에 관하여는 법인세법 시행령 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용한다(1998.12.31 신설). 법인세법 시행령 제89조 【시가의 범위 등】

④ 제88조 제1항 제6호(시가보다 낮은 임대료로 제공) 및 제7호(시가보다 높은 임차료로 차용)의 규정에 의한 자산 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 다음 각목의 금액 중 큰 금액(1998.12.31 개정).

• 가. 당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액.
• 나. 당해 자산의 감가상각비 및 공과금·수선비 등 그 자산을 유지·관리함으로써 발생하는 비용의 합계액. 국유재산법 시행령 제26조 【사용료율과 평가방법】

① 법 제25조 제1항의 규정에 의한 연간사용료는 당해 재산의 가액에 다음 각호의 요율을 곱한 금액으로 하되, 월할 또는 일할계산할 수 있다. 다만, 다른 법령에서 국유재산의 사용료에 대하여 달리 규정하고 있는 경우에는 그 법령에 의한다.(1996. 6. 15 개정)

3. 기타의 경우: 1천분의 50 이상

② 제1항의 규정에 의하여 사용료를 계산함에 있어서의 재산가액은 다음 각호의 방법에 의하여 산출한다. 이 경우 제1호의 규정에 의한 재산가액은 사용·수익허가기간 중 연도마다 결정하고, 제2호의 규정에 의한 재산가액은 결정후 3년 이내에 한하여 이를 적용할 수 있다.

1. 토지의 경우: 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 해당 토지의 개별공시지가(해당 토지의 개별공시지가가 없는 경우에는 동법 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 금액을 말한다)를 적용한다.

2. 토지외의 재산 또는 집합건물의 구분소유권(대지사용권을 포함한다)의 경우: 제37조의 규정을 준용하여 산출하되, 1개 감정평가법인의 평가액으로 한다.

• 다. 사실관계 및 판단 첫째, 청구인과 청구외 (주)○○○입시연구사는 소득세법 시행령 제98조 에 규정하는 특수관계에 해당된다는 사실에 대하여는 처분청과 청구인간에 서로 다툼이 없다. 둘째, 청구인은 쟁점부동산을 청구외 (주)○○○입시연구사에 임대보증금 1억5천만원, 월임대료 150만원으로 임대하는 것으로 하여 매 과세기간의 부가가치세 과세표준을 신고하였고, 2000.12.15 임대보증금 6억원, 월임대료 150만원으로 임대계약을 갱신하고, 이에 의하여 1996년 제1기∼2000년 제2기 과세기간의 부가가치세 과세표준을 수정신고·납부한 사실이 2000.12.15 작성된 임대차계약서 및 청구인의 당해 과세기간의 부가가치세 과세표준 수정신고서에 의하여 확인된다. 셋째, 청구인은 청구인 및 청구외 (주)○○○입시연구사에 대하여 처분청의 세무조사결과 경정처분을 예상하고 2000.12.15 변경한 위 임대계약서에 근거하여 1995사업연도 이후 부가가치세 과세표준을 수정신고한 것으로 보이나, 변경된 임대조건은 2000.12.15 이후부터 그 효력이 발생하는 것으로 보는 것이 타당한 것으로 보인다. 넷째, 처분청은 쟁점부동산이 특수관계자에 해당되지 아니하는 제3자간의 임대실례가 없고 쟁점부동산과 지목, 입지조건, 노후정도, 이용상황, 사용범위 등이 유사한 건물이 없다하여 국유재산법 시행령 제26조 규정에 의하여 토지는 개별공시지가, 건물은 (국유재산법 관련규정에 의하면 감정가액으로 평가하여야 하나) 재산세과세시가표준액에 의하여 평가한 쟁점부동산 가액에 1,000분의 50을 적용하여 적정임대료를 산정하였음이 처분청의 조사서 등에 의하여 확인된다. 다섯째, 청구인이 신고한 각 과세기간의 부가가치세 과세표준 및 처분청이 시가로 산정한 부가가치세 과세표준은 다음과 같으며, 청구인이 수정신고한 부가가치세 과세표준도 처분청이 산정한 시가(적정임대료)보다 낮은 대가인 것으로 확인된다. (단위:원) 구분 당초신고과표 수정신고과표 경정과표 고지세액 비고 96.1기 15,731,506 35,926,027 42,918,127 940,700 96.2기 15,786,885 36,221,917 42,918,127 1,007,890 97.1기 15,694,520 35,778,082 43,145,501 1,084,920 97.2기 15,805,479 36,221,917 43,145,501 1,034,990 98.1기 15,694,520 35,778,082 39,986,047 705,790 98.2기 15,805,479 36,221,917 39,986,047 665,300 99.1기 14,578,767 31,315,068 35,081,973 1,213,220 99.2기 14,671,232 31,684,931 35,081,973 984,680 00.1기 14,594,262 31,438,356 34,580,898 759,450 00.2기

• 31,684,931 34,580,898 328,110 계 8,715,050 이러한 사실과 관련법령을 종합하여 판단하여 보면, 청구인은 처분청이 산정한 쟁점부동산 임대용역의 시가에 비하여 수정신고한 임대공급가액이 평균 12.55% 정도의 차이 밖에 없으므로 부당하게 낮은 가액이 아니라고 주장하고 있으나, 국유재산법 시행령 제26조 에 규정하는 임대료율은 정부가 소유하고 있는 국유재산에 대하여 일반 사경제부분에 있어서의 지가와 임대료 수준을 종합적으로 감안하여 가장 합리적인 수준에서 책정하여 법제화한 것으로 보아야 할 것이므로 특별한 사정이 없는 한 이 건의 경우와 같이 마땅한 비교기준이 없을 때 사용될 수 있는 적당한 판단기준으로 보는데 무리가 없는 것으로 보이며(같은 뜻, 20002중2392, 2001.3.13외 다수), 청구인이 수정신고한 부가가치세 과세표준도 처분청이 시가로 보는 임대료 수준에 미달하며, 청구인이 2000.12.15 변경한 계약서는 이후부터 효력이 발생하는 것으로 보아야 하므로 당초처분은 정당한 것으로 판단된다. 다만, 부동산을 시가보다 낮은 이율로 임대하여 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 때"에는 1998.12.31 개정 소득세법 제41조 제4항 에서 법인세법 시행령 제89조 제3항 내지 제5항의 규정을 준용하도록 규정하고 있고, 법인세법 시행령 제89조 제4항 에서 (가) "당해 자산의 시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액"과 (나) "당해 자산의 감가상각비 및 공과금·수선비 등 그 자산을 유지·관리함으로써 발생하는 비용의 합계액" 중 큰 금액을 적정임대료로 보도록 규정되어 있어 개정법령이 적용되는 1999년 제1기 이후의 과세기간에 대한 적정임대료는 이에 따라 산정하여야 하며, (가)의 공식(쟁점부동산 시가 × 50/100 - 150,000,000원 × 6/12)에 의하 여 산출한 적정임대료는 1999년 제1기 및 제2기 각각 20,743,155원, 2000년 제1기 및 제2기 각각 20,366,319원, (나)에 의하여 산출한 금액은 청구인의 1999년 귀속 종합소득세 과세표준확정신고서에 첨부된 결산서 상 쟁점부동산 유지비용으로 계상된 세금과공과 11,278,189원 및 쟁점부동산에 대한 감가상각비 예상액(청구인은 미계상) 31,894,071원을 감안할 때 쟁점부동산 유지비용은 연간 43,172,260원으로 추정되므로 1999년 제1기 및 제2기 적정임대료는 21,586,130원으로 계산됨으로 이 중 큰 금액인 21,586,130원을 적정임대료로 보아야 할 것으로 판단되며, 청구인이 수정신고한 부가가치세 과세표준은 1999년 제1기 31,315,068원, 1999년 제2기 31,684,931원, 2000년 제1기 31,438,356원, 2000년 제2기 31,684,931원으로 1998.12.31 개정 소득세법 제41조 제4항 이 적용되는 1999년 제1기 이후 과세기간에 대하여는 청구인이 적정임대료수준보다 많은 임대수입금액으로 (수정)신고한 것으로 보아야 하므로 이 건 부과처분은 취소하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

• 라. 그러므로, 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.