지방이전중소기업에 대한 세액감면

심판청구번호 국심2001중 1697(2001.12.12) � 청구법인은 인천광역시 ○○구 ○○○동 ○○○ 소재에서 화학약품제조업과 산업폐기물처리업을 영위하다가 1995.5.11 인천광역시 ○○구 ○○○동 ○○○ 대지 6,777.90㎡상에 건축물 6개동 3,047.30㎡를 신축(이하 "쟁점사업장"이라 한다.)하여 사업장을 이전하였다. 처분청은 청구법인이 법인세 신고시 지방이전 중소기업에 대한 법인세 감면신청세액 1998사업연도 212,733,154원과 1999사업연도 474,068,074원, 합계 686,801,228원에 대하여 산업폐기물처리시설이 구조세감면규제법 제46조의 규정에 의한 공장시설에 해당하지 아니한다고 보아 감면신청세액을 부인하는 등하여 2001.4.19 청구법인에게 1998사업연도 법인세 245,774,720원 및 농어촌특별세 9,023,960원과 1999사업연도 법인세624,291,790, 합계 879,090,470원을 결정고지 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.7.12 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 쟁점사업장에 투입시설, 소각로, 집진설비 등 100억 여원에 상당하는 대규모시설을 설치하였으며, 산업폐기물처리업은 산업폐기물을 고도의 기술과 장치로 소각하여 환경에 무해한 대기로 방출하는 사업으로서 수도권이외의 지역에서 영위하는데 적합한 사업이므로 조세감면의 특례가 적용되어야 한다. 청구법인의 쟁점사업장은 공장저당법에 따라 공장으로 간주되어 공장저당권이 설치되어 있고, 건축물도 건축법상 공장으로 분류되어 있으며, 공업배치및공장설립에관한법률에서는 부대시설로서 폐기물처리시설을 공장의 범위에 포함하고 있으므로 구조세감면규제법에 의하여 조세감면을 하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 구조세감면규제법상 공장의 지방이전 특례대상이 되는 공장이라 함은 제조장 또는 자동차관리법에 의한 자동차 종합정비업과 소형자동차정비업의 사업장으로 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말하는 것으로서 폐기물처리업에 사용되는 폐기물처리시설과 그 부속토지는 공장의 범위에 포함되지 아니한다. 폐기물처리업은 지방세법시행규칙 제78조 의 7 및 지방세법 별표3 에서 규정하고 있는 공장에서 발생되는 사업의 범위에 해당하지 아니하므로 지방이전 중소기업에 대한 조세감면을 배제한 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 쟁점사업장이 구조세감면규제법 제46조의 규정에 의한 공장시설에 해당하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 구조세감면규제법상 감면요건 성립 당시 시행된 법령은 다음과 같다. 구조세감면규제법 제46조【지방이전중소기업에 대한 세액감면】

① 수도권 안에서 공장시설을 갖추고 사업을 영위하는 중소기업이 대통령령이 정하는 바에 따라 수도권외의 지역으로 그 공장을 전부 이전(본점 또는 주사무소가 수도권 안에 소재하는 경우에는 당해 본점 또는 주사무소도 함께 이전하는 경우에 한한다)하여 사업을 개시한 때에는 이전후의 공장에서 발생하는 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도 개시일부터 3년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을, 그 다음 2년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 소득세 또는 법인세의 100분의 30에 상당하는 세액을 감면한다.(1993.12.31개정)

② 제1항의 규정의 적용을 받고자 하는 자는 대통령령이 정하는 바에 따라 그 감면신청을 하여야 한다.(1993.12.31개정) 같은 법 시행령 제46조 【지방이전중소기업에 대한 세액감면】

① 법 제46조 제1항의 규정에 의하여 세액을 감면받을 수 있는 경우는 수도권 안에 소재하는 공장시설의 소유자가 그 공장시설을 수도권외의 지역으로 이전하기 위하여 조업을 중단한 날부터 소급하여 1년 이상 계속 조업(대기환경보전법·수질 환경보전법 또는 소음·진동규제법에 의하여 배출시설이나 오염물질배출방지시설의 개선·이전 또는 조업정지명령을 받아 조업을 중단한 기간은 이를 조업한 것으로 본다)한 실적이 있는 공장을 수도권외의 지역으로 이전하여 사업을 개시한 경우로서 다음 각호의 1에 해당하는 경우로 한다.

1. 당해 공장을 수도권 외의 지역으로 이전한 후 이전일부터 1년 이내에 수도권 안에 소재하는 구공장을 다른 사람에게 양도하거나 구공장에 남아 있는 공장시설의 전부를 철거 또는 폐쇄하여 당해 공장시설에 의한 조업이 불가능한 상태에 있을 것

2. 수도권 안에 소재하는 공장을 양도 또는 폐쇄한 날(공장의 대지·건물을 임차하여 자기공장 시설을 갖추고 있는 경우에는 공장이전을 위하여 조업을 중단한 날을 말한다. 이하 이 호에서 같다)부터 1년 이내에 수도권외의 지역에서 사업을 개시할 것. 다만, 신공장을 신설하는 경우에는 구공장을 양도 또는 폐쇄한 날부터 3년 이내에 사업을 개시할 것

② 법 제46조 제1항의 규정을 적용받고자 하는 자는 과세표준신고와 함께 재정경제부령이 정하는 세액감면신청서를 소관세무서장에게 제출하여야 한다.

• 다. 사실 및 판단 쟁점사업장이 구조세감면규제법 제46조의 규정에 의한 공장시설에 해당하는지 여부에 대하여 살펴본다. 첫째, 처분청에서 제시한 이 건 과세기록을 보면, 청구법인은 인천광역시 ○○구 ○○○동 ○○○ 소재에서 화학약품제조업과 산업폐기물처리업을 영위하다가 1995.5.11 인천광역시 ○○구 ○○○동 ○○○ 대지 6,777.90㎡ 상에 건축물 6개동 3,047.30㎡를 신축하여 사업장을 이전하였고, 쟁점사업장이 구조세감면규제법 제46조의 규정에 의한 공장시설에 해당한다고 보아 1998사업연도∼1999사업연도 법인세과세표준 신고시 지방이전 중소기업에 대한 법인세 감면세액을 1998사업연도 법인세액의 50/100인 212,733,154원, 1999사업연도 법인세액의 30/100인 474,068,074원으로 하여 감면신청한 사실이 나타나고 있다. 둘째, 처분청은 청구법인에 대한 법인세 조사시 청구법인이 1995.5.11 사업장을 이전하여 화학약품제조업과 산업폐기물처리업을 영위하다가 1998.1.1 화학약품제조업은 타인에게 임대하였고, 산업폐기물처리업만 영위하고 있으나, 산업폐기물처리업은 지방세법시행규칙 제78조 의 7 및 지방세법 별표3 에서 규정하고 있는 공장에서 발생되는 사업의 범위에 해당하지 아니한다고 보아 구조세감면규제법 제46조의 규정에 의한 지방이전 중소기업에 대한 조세감면을 배제하고 이 건 법인세를 과세한 것으로 확인되고 있다. 셋째, 청구법인의 산업폐기물처리업이 이 건 법인세 감면법령인 구조세감면규제법 제46조 제1항의 규정에 의한 공장시설에 해당되는지 여부에 대하여 살펴보면, 구조세감면규제법시행령 제39조 제1항에는 공장의 범위를 제조장 또는 재정경제부령이 정하는 자동차정비공장으로서 제조 또는 사업단위로 독립된 것을 말한다고 규정하고 있고, 지방세법 제275조 제2항 에는 "공장의 범위를 행정자치부령으로 정한다"고 규정하고 있으며, 같은 법 시행규칙 제115조 제1항에는 별표3에 규정한 업종의 공장으로서 생산시설을 갖춘 건축물의 연면적 200㎡ 이상의 것이라고 규정하고 있으나, 지방세법 별표3에는 폐기물처리업이 열거되어 있지 아니하고 있다. 또한, 공업배치및공장설립에관한법률 제2조 및 같은 법 시행령 제2조 제1항 제1호에도 공장의 범위를제조업(물품의 가공·조립·수리업을 포함한다. 이하 같다)을 영위함에 필요한 제조시설(물품의 가공·조립·수리시설을 포함한다. 이하 같다) 및 시험생산시설이라고 규정하고 있고, 한국표준산업분류표상에도 폐기물처리업이 "공공수리 및 개인서비스업"으로 분류되고 있다. 넷째, 이와 같이 산업폐기물처리업은 한국표준산업분류표상 서비스업으로 분류하고 있고, 구조세감면규제법 및 제반 법령에서 공장의 범위를 "제조장 또는 자동차정비공장"으로 한정하여 규정하고 있는 점 등으로 볼 때 청구법인의 산업폐기물처리시설은 구조세감면규제법 제46조의 규정에 의한 공장시설로 보기 어렵다 할 것이므로 처분청에서 청구법인이 감면신청한 법인세 1998사업연도 212,733,154원과 1999사업연도 474,068,074원, 합계 686,801,228원을 감면배제하여 과세한 처분은 적법한 것으로 판단된다. 그러므로 이건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.