토지의 매매대금 중 잔금 일부가 잔금지급약정일에 청산된 것으로 인정할 수 있는지 여부

○○○세무서장이 2001.4.4 청구인에게 결정·고지한 1998년 귀속 양도소득세 397,727,150원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면 ○○○리 ○○○ 임야 10,790㎥(이하 "쟁점토지"라 한다) 및 같은 리 ○○○(이하 "쟁점외토지"라 한다) 3필지의 토지를 청구외 (주)○○○트레이딩(현 ○○○, 이하 "매수법인"이라 한다)에게 양도하고 1996.11.16을 양도일로 하여 1999.5.7 양도소득세 49,727,610원을 신고·납부하였다. 처분청은 쟁점토지의 소유권이전 등기접수일인 1998.10.19을 양도시기로 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 2001.4.4 청구인에게 1998년 귀속 양도소득세 397,727,150원을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.6.20 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1996.9.14 쟁점토지를 쟁점외토지 2필지와 함께 양도하기로 매수법인과 매매계약을 체결하고 동 일자에 계약금 200,000,000원, 1996.9.24 중도금 300,000,000원, 1996.11.16 잔금 940,000,000원을 수령하여, 합계 1,440,000,000원에 쟁점토지 및 쟁점외토지 모두 매수법인에 양도하였으며, 위 잔금약정일에 쟁점토지 및 쟁점외토지의 매매대금이 모두 청산된 사실이 매매계약서, 거래상대방의 거래사실확인서, 1996.11.15 청구인이 부동산매도용으로 발급받은 인감증명서, 매수법인의 통장 출금내역에 의하여 확인됨에도 잔금약정일에 잔금이 청산된 것으로 확인되지 아니한다하여 쟁점토지의 소유권이전 등기접수일인 1998.10.19 을 쟁점토지의 양도시기로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점토지 매수법인의 1996.12월말 결산서에 이 건 거래와 관련하여 선급금 1,390,000,000원으로 계상되어 있어 잔금 50,000,000원이 미지급상태임을 알 수 있고, 1996.11.15자 50,000,000원의 매수법인의 통장출금액이 청구인에게 잔금으로 지급된 것인지 여부가 분명하지 아니하여 1996.11.16에 잔금이 청산된 것으로 확인되지 아니한다 할 것이므로 쟁점토지의 소유권이전 등기접수일을 양도시기로 본 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점토지의 매매대금 중 잔금 일부 50,000,000원이 잔금지급약정일에 청산된 것으로 인정할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 이 건 과세요건 성립당시 관련법령은 다음과 같다. 소득세법 제98조 【양도 또는 취득의 시기】 자산의 양도차익을 계산함에 있어서 그 취득시기 및 양도시기에 관하여는 대통령령으로 정한다. 소득세법 시행령 제162조 【양도 또는 취득의 시기】

① 법 제98조의 규정에 의한 취득시기 및 양도시기는 다음 각호의 경우를 제외하고는 당해 자산의 대금을 청산한 날로 한다.

1. 대금을 청산한 날이 분명하지 아니한 경우에는 매매계약서에 기재 된 잔금지급약정일. 다만, 잔금지급약정일이 확인되지 아니하거나 매매계약서에 기재된 잔금지급약정일로부터 등기접수일까지의 기간이 1월을 초과하는 경우에는 등기부·등록부 또는 명부 등에 기재된 등기접수일로 한다

• 다. 사실관계 및 판단 첫째, 청구인은 매매계약서상의 잔금지급약정일에 정상적으로 잔금이 청산되었다고 주장하면서 쟁점토지의 매매계약서 및 매수법인 대표이사 김○○○의 거래사실확인서 및 통장사본을 제시하고 있는 바, 1996.9.14 계약금 200,000,000원은 매수법인이 ○○○은행 당좌예금계좌(○○○)에서 1996.9.13 출금한 10,000,000원 및 ○○○은행 당좌계좌(○○○)에서 출금한 190,000,000원으로 지급하였으며, 1996.9.24 중도금 300,000,000원은 매수법인이 ○○○은행 당좌예금계좌(○○○)에서 1996.9.24 출금한 300,000,000원으로 지급하였으며, 1996.11.16 잔금 940,000,000원은 매수법인이 ○○○은행 당좌예금계좌(○○○)에서 1996.10.2 출금한 350,000,000원과 1996.11.16 출금한 540,000,000원 및 ○○○은행 당좌계좌(○○○)에서 출금한 50,000,000원으로 지급한 것으로 주장하고 있고, 청구인이 제시한 매매계약서 기재사항에 의하면 매매물건은 쟁점토지 및 쟁점외토지이며, 매매가액은 1,440,000,000원으로 1996.9.14 계약금 200,000,000원, 1996.9.24 중도금 300,000,000원, 1996.11.16 잔금 940,000,000원을 지급하기로 약정한 사실, 매도인의 융자금 5억원은 매수인이 지급할 잔금 중 일부로 1996.10.20까지 우선반제하기로 한 사실, 쟁점토지의 4,993평 중 4,500평만을 매수법인과 매매계약을 체결하고, 나머지 493평은 지적도를 첨부하여 제외하기로 한 사실이 확인되고, 계약서의 기재내용이 허위인 것으로는 보이지 아니하며 위 대금지급증빙 내용과 일치하는 것으로 보인다. 둘째, 쟁점외토지의 소유권이전 등기는 1997.5.12에 이루어졌으며, 이를 위하여 작성한 검인계약서상에 쟁점토지를 명시하였다가 등기이전에 필요한 인·허가(토지거래허가)를 득하지 못하여 이를 삭제하고 추후 등기이전절차를 이행하기로 한 사실이 검인계약서 사본에 의하여 확인된다. 셋째, 청구인이 부동산매도용으로 1996.11.15 인감증명서를 발급받은 사실이 ㅇㅇ도 ㅇㅇ군 ㅇㅇ면장이 발행한 인감증명서에 의하여 확인된다. 넷째, 매수법인의 쟁점토지 및 쟁점외토지의 취득과 관련한 회계기록을 살펴보면 1996.11.18 1,390,000,000원을 선급금으로 계상하였다가, 쟁점외토지의 소유권이전 등기 후 1997.5.19 위 선급금 중 쟁점외토지 대금 397,370,000원, 건설가계정에 계상한 농지전용부담금 26,797,100원, 선급금으로 계상한 쟁점외토지의 등기·등록비용 15,962,779원을 토지계정으로 대체하였고, 쟁점토지의 소유권이전 등기 후 1998.10.26 위 토지선급금으로 계상한 금액 1,390,000,000원 중 잔액 992,630,000원, 선급금으로 계상한 중개수수료 5,000,000원, 청구외 (주)○○○ 인터내쇼날에 대한 물품대 선급금 62,000,000원, 합계 1,059,630,000원을 토지계정에 대체한 사실이 쟁점토지 매수법인의 장부기록에 의하여 확인된다. 다섯째, 매수법인은 청구인에게 1996.11.16 잔금 940,000,000원을 지급하는 등 쟁점토지 및 쟁점외토지의 매매대금 전액을 지급하였음을 이유로 하여 쟁점토지에 대하여 부동산 처분금지 가처분신청한 사실이 ○○○지방법원 ○○○지원 제1민사부 부동산처분금지가처분 결정문(97카합1515, 1997.4.28)에 의하여 확인된다. 여섯째, 매수법인이 토지관련 선급금으로 계상한 1,390,000,000원외 토지대금으로 지급하였다고 주장하는 50,000,000원과 관련하여 1996.11.16에 62,000,000원이 청구외 (주)○○○ 인터내쇼날에 대한 물품대 선급금을 지급한 것으로 계상되어 있었으나, 1998.10.26 토지계정에 대체되었음이 매수법인의 장부기록에 의하여 확인되며, 1996.11.16이후 매수법인과 청구외 (주)○○○ 인터내쇼날과의 거래사실이 없었음이 국세청 통합전산망 조회결과 위 (주)○○○ 인터내쇼날의 매출처별세금계산서합계표에 의하여 확인된다. 일곱째, 쟁점토지 매수법인의 회계기록에 의하면 쟁점토지의 잔금지급약정일 이후 쟁점토지의 소유권이전 등기일까지 청구인에게 추가로 지급한 금원은 확인되지 아니하며, 매수법인이 쟁점토지를 취득한 후 ㅇㅇ도에 협의매각하고 이에 대한 양도소득세 신고시에 쟁점토지의 취득일자를 1996.11.18로 하여 신고한 사실이 매수법인의 2000사업연도 특별부가세과세표준 및 세액계산서에 의하여 확인된다. 위에서 확인한 이러한 사실들을 모아 판단하여 보면 처분청은 매수법인이 1996.11.15 거래통장에서 50,000,000원을 출금하였다는 사실만으로는 청구인에게 쟁점토지의 잔금으로 지급된 사실을 확인할 수 없으며, 매수법인의 1996.12.31말 현재 결산서상에 쟁점토지 등의 매입과 관련하여 "파주물류창고 중도금 등" 선급비용으로 1,390,000,000원만 계상된 점에 비추어 1996.11.16 잔금 50,000,000원이 청산된 것으로 보지 아니하고 있으나, 쟁점토지를 1996.9.14을 매매원인일로 하여 소유권이전 등기한 사실이 등기부등본에 의하여 확인되며, 매수법인의 당초 물품대 선급금으로 회계처리하였던 금액을 토지계정에 대체한 사실, 위 물품대 선급금지급 상대방과의 거래사실이 없어 당초 물품대 선급금으로 기표한 것은 옳지 않은 것으로 보이는 점, 매수법인의 회계기록에 의하여 쟁점토지의 잔금지급약정일 이후 쟁점토지의 소유권이전 등기일까지 청구인에게 추가로 지급한 금원이 확인되지 아니하는 점, 매수법인의 부동산처분금지 가처분신청서에도 1996.11.16 잔금이 전부 청산되었다고 주장하는 점, 매수법인이 쟁점토지를 양도하고 신고한 특별부가세과세표준 및 세액계산서에 쟁점토지의 실제취득일을 1996.11.18로 기재하고 있는 점에 비추어 매매계약서상 잔금지급약정일인 1996.11.16에 대금이 청산된 것으로 보는 것이 타당하다고 판단된다. 따라서 소득세법 시행령 제162조 제1항 규정에 의하여 잔금지급약정일에 잔금이 모두 청산된 것으로 보아 대금청산한 날을 양도시기로 보아야 하므로 이 건 처분을 취소하는 것이 타당하다고 판단된다.

그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.