과세특례자로 유형 전환된 것으로 보아 재고납부세액을 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구인은 경기도 ○○군 ○○면 ○○○리 ○○○ 대지 409㎡를 취득하여 1997.11.3 건축허가를 득하여 위 지상에 지상 3층의 겸용주택 726.99㎡(3층주택 242.33㎡ 포함; 이하 "쟁점사업장"이라 한다)를 청구외 ○○○건설산업(주)에 도급금액 340,000,000원을 지급하고 신축하여 1998.10.26 준공검사를 필하고 부동산 임대업을 시작한 자로 1998.2기 부가가치세 과세표준을 2,590,682원으로 하여 부가가치세 33,740,932원을 환급신고하였다. 처분청은 청구인의 쟁점사업장에 대한 1998과세연도의 수입금액(연환산과표 17,094천원)이 과세특례범위에 해당된다 하여 1999.7.1부로 과세특례자로 유형전환된 것으로 보아 쟁점부동산의 건물(주택부분제외)에 대한 재고납부세액을 경정하여 2001.1.20 청구인에게 1999.2기분 부가가치세 18,484,180원을 고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.1.20 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 1998년 부가가치세 과세표준이 일반사업자의 기준금액에 미달하는 것을 확인하고 일반과세자를 적용받기 위하여 구 부가가치세법 시행령 제78조 제1항 의 규정에 맞게 1999.6.18 과세특례포기신고서를 처분청에 제출하였음에도 처분청에서는 문서접수대장에 청구인의 과세특례포기신고서가 접수되지 아니하였다고 보아 쟁점부동산에 대한 재고납부세액을 경정고지하였으나, 납세자가 세무서에 문서를 접수함에 있어서 문서접수부에 등재여부까지 확인할 의무가 없는 것으로 청구인의 과세특례포기신고는 법령에 의한 정상적인 신고로서 3개 과세기간이 경과되는 동안 일반사업자로서의 부가가치세 신고납부의무를 이행하여 왔고, 처분청에서는 이에 대하여 어떠한 이의를 제기함도 없어 청구인은 과세특례포기신고서가 정상적으로 처리되어 일반사업자 지위가 계속유지되는 것으로 알고 있었는데 유형전환일로부터 3개 과세기간이 경과한 지금에 와서 재고납부세액을 경정고지한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 1999.6.18 쟁점사업장에 대한 과세특례포기신고서를 처분청에 접수하였다는 주장이나, 민원서류를 접수하게 되면 국세청 TIS상 접수번호를 부여하기 위하여 반드시 접수한 민원의 종류, 일자, 민원인의 주민등록번호나 사업자등록번호가 전산에 수록되어 언제라도 조회가 가능하도록 제도화되어 있고, 청구인의 1999.6.1∼1999.6.30 기간중의 민원처리를 조회한 바, 과세특례포기신고서가 접수된 사실이 없으므로 법정신고기간내에 과세특례포기신고서를 접수하였다는 청구주장은 인정하기 어렵고, 부가가치세법 제30조 및 동법시행령 제74조의 4와 제78조에 의거 1999.7.1부터 과세특례자로 유형전환한 것으로 보아 재고납부세액을 경정고지한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점사업장에 대한 과세유형이 1999.7.1 과세특례자로 전환된 것으로 보아 재고납부세액을 과세한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제25조 【간이과세 및 과세특례】제1항에서『다음 각호의 1에 해당하는 개인사업자에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과징수한다.(단서 생략).』고 규정하고, 그 제2호에서 『직전 1역년의 공급대가가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 “과세특례자”라 한다),』를 규정하고, 같은조 제2항에서 『직전년 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급대가의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있는 때에는 이를 1월로 한다.』고 규정하고 같은법 제30조【간이과세 또는 과세특례의 포기】제1항에서『간이과세자 또는 과세특례자가 일반과세자에 관한 규정을 적용받고자 하는 경우에는 제25조 제1항의 규정에 불구하고 제4장 내지 제6장의 규정을 적용받을 수 있다. 이 경우 그 적용을 받고자 하는 달의 전달 20일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다.』고 규정하고, 같은법 제26조의2【재고매입세액가산】에서 『일반과세자가 간이과세자 또는 과세특례자로 변경되는 경우에는 당해 변경당시의 재고품 및 감가상각자산(제17조 제1항 내지 제3항의 규정에 의하여 공제받은 경우에 한한다)에 대하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 제26조 제2항의 규정에 의한 납부세액에 가산하여야한다.』고 규정하고 있다. 같은법시행령 제74조【간이과세 및 과세특례의 범위】제1항에서『개인사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 법 제25조 제1항 제2호의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다』고 규정하고, 그 제1호에서『대리·중개·주선·위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 4,800만원에 미달하는 때』를 규정하고 같은법시행령 제74조의 2【간이과세·과세특례 및 일반과세의 적용시기】제1항에서 『법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 법 제25조 제1항 제1호 또는 제74조 제1항 각호에서 규정하는 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해의 다음 해의 제2과세기간으로부터 그 다음 해의 제1과세기간까지로 한다. 다만, 신규로 사업을 개시한 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다.』고 규정하고, 같은조 제2항에서 『제1항의 경우에 당해 사업자의 관할세무서장은 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며, 사업자등록증을 정정하여 과세기간개시 전일까지 교부하여야 한다.』고 규정하고, 같은조 제3항에서 『제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법 제25조의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법 제25조의 규정에 의하여 간이과세자 또는 과세특례자에 관한 규정을 적용한다.』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 경기도 ○○군 ○○면 ○○○리 ○○○ 대지 409㎡를 취득하여 1997.11.3 건축허가를 득하여 청구외 ○○○건설산업(주)에 도급금액 340,000,000원을 지급하고 지상 3층의 겸용주택 726.99㎡(3층 주택 242.33㎡ 포함)를 신축하여 1998.10.26 준공검사를 필하고 부동산 임대업을 시작한 자로 1998.2기 부가가치세 과세표준을 2,590,682원으로 하여 부가가치세 33,740,932원을 환급신고한 사실이 세금계산서, 부가가치세 신고서 등에 의하여 확인되고, 처분청은 청구인의 쟁점사업장에 대한 1998과세연도의 수입금액(연환산과표 17,094천원)이 과세특례범위에 해당된다 하여 1999.7.1부로 과세특례자로 유형전환된 것으로 보아 쟁점부동산의 건물(주택부분제외)에 대한 재고납부세액을 경정하여 이 건 과세한 사실이 부가가치세 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구인은 1999.6.18 쟁점사업장에 대한 과세특례포기신고서를 처분청에 접수하였다고 주장하면서 처분청의 접수인이 날인되지 아니한 과세특례포기신고서를 제시하고 있고, 과세유형전환일로부터 3개 과세기간이 경과된 지금에 와서 재고납부세액을 경정고지한 처분은 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 처분청에서 과세근거로 제시하고 있는 납세자별 민원현황조회(2001.6.11)에 의하면 조회대상기간인 1999.6.1∼6.30 기간 중 청구인의 주민등록번호(○○○)나 사업자등록번호(○○○)로 민원서류 접수현황이나 발급현황을 조회하였으나 접수된 민원이 없는 것으로 확인되므로 납세자의 모든 민원서류 발급 및 접수현황이 전산수록되어 관리하고 있는 국세청의 전산민원씨스템에 비추어 과세특례포기신고서를 법정기한내에 제출하였다는 청구주장은 인정하기 어려운 것으로 판단되고 사업자의 자진신고납부를 근간으로 하는 부가가치세제에 있어서 단지 과세관청이 수회에 걸쳐 청구인이 일반과세자의 지위에서 한 부가가치세 신고서를 접수하였다는 사실만으로 청구인의 과세유형을 일반사업자로 인정한 공적인 견해를 표명한 것으로 볼 수 없다(대법원 94부 10719, 1994.12.2, 국심 99서2401, 2000.4.25 합동회의, 같은 뜻)할 것이며, 청구인의 과세유형이 1999.7.1부터 과세특례로 전환되고 이에 따라 1999년 2기 부가가치세 신고(2000.1.25까지)시 관련 법령의 규정에 의해 재고납부세액을 계산하여 납부세액에 가산하여 납부하여야 하나 이를 반영하지 아니한 데 대하여 이 건 과세한 처분이 청구인에게 상당한 기간동안 일반사업자임을 신뢰하도록 한 것으로 볼 수는 없다 할 것이며, 신의성실원칙에 위배된다고도 볼 수 없다 할 것이다.(국심2000중1051, 2000.6.17 같은 뜻) 그러므로 법정신고기한내에 과세특례포기신고서를 제출하지 아니한 청구인이 부가가치세법 시행령 제74조 의 2 제1항 규정에 의해 1999.7.1부터 과세유형이 과세특례자로 전환되어 같은 령 74조의 4 규정에 의해 재고납부세액을 계산하여 1999년 2기 예정 및 확정신고시 납부세액에 가산하여 납부하지 아니하여 청구인에게 재고납부세액을 경정고지한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.