면세사업용 자산인지 여부

심판청구를 기각합니다.

청구인 황○○○, 전○○○, 최○○○, 최○○○, 노○○○, 김○○○, 황○○○, 이○○○, 원○○○, 김○○○, 황○○○, 노○○○ 및 홍○○○(이하 "청구인들"이라 한다)는 ○○○도 ○○○시 ○○○동 ○○○ 대지 1,173.9㎡를 취득하고 그 위에 지상 7층, 지하 1층의 의료시설용 건물(연면적 4,337.24㎡로서 이하 "쟁점건물"이라 한다)을 신축하여 2000.11.1 부동산 임대업 사업자등록을 한 후 2000년 제2기분 부가가치세 확정신고시 매입세액 203,929,036원을 조기환급 받았다. 처분청은 부가가치세 환급에 따른 현지확인조사 결과 청구인들이 신고한 매입세액이 전액 면세(의료사업) 관련 매입세액임을 확인하고 2001.5.8 청구인들에게 2000년 제2기분 부가가치세 233,192,850원을 경정고지하였다. 청구인들은 이에 불복하여 2001.5.17 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구인들이 쟁점건물을 병원으로 신축하였다고 하여 면세사업용 건물이라고 보았으나 의료법은 의사만이 국내에 1개소에 한하여 병원을 개설할 수 있도록 규정하고 있고, 국민의료보험공단은 사업자등록 명의자에 한하여 국민의료보험공단에서 요양기관으로 지정해 주고 있으며, 부가가치세법 제5조 와 같은법시행령 제7조는 법령에 의하여 허가를 받아야 하는 사업의 경우에는 사업허가 내용에 따라 사업자등록을 하도록 되어 있어 명의자 과세를 하고 있다. 따라서 부가가치세법이 영리목적에 불구하고 재화나 용역을 독립적으로 공급하는 자를 납세의무자로 하고 있으므로 사업목적이 병원이라고 하여 면세사업자로 판단한 것은 부당한 바, 청구인들 13인 중 병원 개설자인 5인은 과세와 면세 겸업자로 봄이 타당하고, 나머지 8인은 쟁점건물을 지분으로 소유하고 있더라도 부동산임대사업자로 봄이 타당하므로 처분청이 청구인들 전원을 면세사업자로 보아 부가가치세를 추징한 처분은 위법한 것이므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인들이 작성한 공동사업 약정서의 내용이 공동으로 병원을 개설하기 위한 것으로 되어 있어, 이익분배방법, 병원경영에 관한 사항 등을 규정하고 있고, 청구인들의 출자금 중 토지 및 건물취득비외에 병원개설과 관련되어 지출된 것(장비구입, 가구, 비품, 간판비 등)으로 보이는 금액이 12억원 이상이 되는 점을 볼 때 청구인들은 의료사업을 공동으로 영위하기 위하여 공동출자한 것으로 판단된다. 청구인들 중 황○○○외 4인만이 의료사업을 하는 것처럼 의료기관 개설신고를 하고 사업자등록을 신청한 것은 의료법상 의료기관(병원)을 개설할 수 있는 자는 의료인으로 한정되어 있어 비의료인이 포함된 13인 공동으로 병원을 개설할 수 없기 때문인 것으로 보이며 청구인들이 2001.4.2 쟁점건물의 일부를 청구외 조○○○에게 임대하였다 하여 이를 근거로 처음부터 부동산임대사업을 목적으로 청구인들이 공동출자하였다고 볼 수 없으므로 이는 면세사업(의료사업)자가 2001.4.2 과세사업(부동산임대업)을 일부 개시한 것으로 보아야 할 것이다. 그러하다면 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용하여야 하는 것이고, 청구인들이 쟁점건물을 신축한 것은 의료사업을 위한 제반업무를 수행하기 위한 일환으로 보아야 할 것이므로 청구인들은 의료사업을 하는 공동사업자로 판단되는 바, 쟁점건물의 신축과 관련하여 발생된 매입세액은 전액 면세관련 매입세액으로서 매출세액에서 공제되는 매입세액으로 볼 수 없다.

• 가. 쟁점 청구인들이 신축한 쟁점건물의 매입세액 공제와 관련하여 당해 건물을 과세사업인 임대용 건물로 볼 것인지(청구인) 아니면 면세사업인 의료사업용 건물로 볼 것인지(처분청)를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제5조 【등록】① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다.(1998.12. 28 개정) 부가가치세법 제12조 【면세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. (1~3호 생략)

4. 의료보건용역(수의사의 용역을 포함한다)으로서 대통령령이 정하는 것과 혈액(1980.12.13 개정) 부가가치세법 제17조 【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다. (1~3호 생략).

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액(1993.12.31 개정) 부가가치세법시행령 제29조 【의료보건용역의 범위】법 제12조 제1항 제4호에 규정하는 의료보건용역은 다음 각호에 규정하는 것(의료법 또는 수의사법의 규정에 의하여 의료기관 또는 동물병원을 개설한 자가 제공하는 것을 포함한다)으로 한다.(1995.12.30 개정)

1. 의료법에 규정하는 의사·치과의사·한의사·조산사 또는 간호사가 제공하는 용역(1988. 6. 9 개정) 의료법 제3조 【의료기관의 개설】② 다음 각호의 1에 해당하는 자가 아니면 의료기관을 개설할 수 없다. 다만, 제1호의 의료인은 1개소의 의료기관만을 개설할 수 있으며, 의사는 종합병원·요양병원 또는 의원을, 치과의사는 치과병원 또는 치과의원을, 한의사는 한방병원·요양병원 또는 한의원을 조산사는 조산원만을 개설할 수 있다.

1. 의사, 치과의사, 한의사 또는 조산사

3. 의료업을 목적으로 설립된 비영리법인

또는 특별법에 의하여 설립된 비영리법인

5. 정부투자기관관리기본법의 규정에 의한 정부투자기관·지방공기업법에 의한 지방공사 또는 한국보훈복지의료공단법에 의한 한국보훈복지의료공단

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인들이 병원을 공동으로 운영하고자 쟁점건물을 신축한 것, 신축과정에서 자금조달을 위하여 의료인 및 비의료인을 영입하게 된 것, 쟁점건물은 현재 청구인들 중 황○○○외 4인이 산부인과(○○○병원)로 전체를 사용하고 있고, 그 중 일부를 청구외 조○○○에게 소아과 의원으로 임대한 것, 청구인들 중 비의료인과 ○○○병원에 근무하는 의사 2인으로 인하여 쟁점건물 준공전에 병원개설이 불가능하자 부동산임대업으로 사업자등록을 한 것 등에 있어서는 청구인들과 처분청간에 다툼이 없는 것으로 판단된다.

(2) 청구인들은 의료법상의 제한으로 인해 쟁점건물의 신축에 투자한 13인 중 ○○○병원의 사업자등록을 한 황○○○외 4인을 제외한 나머지 8인(의사가 아닌 자, 의사로서 타 사업장에서 의료업을 영위하고 있는 자)은 쟁점건물의 신축을 부동산임대목적으로 하였는 바, 처분청이 전체를 의료사업으로 보아 이 건 환급세액을 추징한 처분은 부당하다고 주장하고 있다. 이에 대하여 처분청은 청구인 중 황○○○외 3인이 최초로 작성한 약정서는 4인이 공동으로 병원을 개설하기 위하여 필요한 사항을 약정한 것으로서 쟁점건물의 소유비율, 이익분배방법, 병원경영에 관한 사항 등이 약정되어 있고, 나중에 황○○○ 등 13인이 작성한 약정서에서는 쟁점토지 및 건물을 취득하기 위한 예산액(약 61억원)을 출자비율에 따라 출자의무를 이행한다. 등기시 건물의 취득비율은 지분율에 의한다고 되어 있으며, 기타 사항은 최초의 약정내용을 적용한다고 되어있는 점 및 이 건 공동사업자인 청구인들 13인 중 의료인이 9인이며, 비의료인이 4인 점 등 청구인들이 공동으로 병원을 경영하려고 한 의도가 명백함에 비해 청구인들의 부동산임대사업을 위한 활동내역은 전혀 볼 수 없으므로 청구인들은 의료사업에 공동출자한 것으로 보아야 하며, 부동산임대사업자로 볼 수 없다는 것이다.

(3) 청구인들의 출자금이 토지 및 건물취득비외에 장비구입 및 계약비 930백만원, 가구, 비품 및 간판비 293백만원 등 병원개설과 관련하여 지출된 점, 청구인들이 2001.4.2 쟁점건물의 일부를 청구외 조○○○에게 임대(전세보증금 150백만원)하였고, 조○○○이 ○○○소아과의원이라는 상호로 소아과의원을 영위하고자 사업자등록(○○○)을 하였으나 건물전체를 청구인 중 황○○○외 4인이 산부인과 전문병원으로 사용하고 있는 점, 청구인들이 제시한 2000.10.10자 제1차 출자자 의사록(출자자 7인 전원 참석)에도 출자자 중 비의료인과 타 의료기관에 근무하는 의료인들의 참여가 안되면 부동산 임대사업으로 병원경영에 참여하는 것으로 하겠다는 내용이 있는 점 등에 비추어 보아 처분청이 청구인들이 병원을 공동으로 운영하기 위하여 쟁점건물을 취득한 것으로 본 것은 달리 잘못이 없는 것으로 보이는 반면, 청구인들이 심판청구일 현재 쟁점건물의 소아과 임대부분에 대하여는 부동산임대소득신고를 하였으나 산부인과로 사용하고 있는 부분에 대하여는 소득신고를 한 사실이 없고, 부동산임대차계약서도 작성하지 아니하였으며, 병원수입에 대한 출자자 배당도 없다고 주장하는 점 등으로 보아 쟁점건물을 임대하였다는 청구인들의 주장은 신빙성이 없는 것으로 보인다.

(4) 그러하다면 부동산임대업을 하기 위하여 건물을 신축하고 의료업 영위자에게 임대하는 경우에는 매입세액이 공제가능하나 의료업 영위자가 의료업에 직접 사용할 병원건물을 신축하는 경우에는 매입세액의 공제가 불가한 것이고(국세청 예규 46015-1500,1988.7.4도 같은 뜻임), 건물신축판매 및 임대업을 영위하는 공동사업자가 분양 및 임대목적의 상가를 신축하여 각 사업자별로 부동산임대업 등을 영위하고자 출자지분 비율대로 각각 분할등기하여 각 사업자에게 소유권을 이전하는 경우에 공동사업체는 출자지분별로 분할등기한 때의 시가상당액을 과세표준으로 하는 세금계산서를 각 사업자에게 교부하여 부가가치세를 거래징수 하여야 하며, 이 경우 각 사업자가 분할등기에 의하여 취득한 상가를 과세사업에 사용하는 경우에는 교부받은 세금계산서의 매입세액을 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있는 것(국세청 예규 46015-1435, 1995.8.14도 같은 뜻임)인 바, 이 건과 같이 공동출자를 통해 건물을 신축하고 조합원으로서 지분을 소유하고 있는 출자자들이 이후 당해 건물을 구분등기하여 의료업과 임대업으로 구분하는 경우에는 임대업 부분에 대하여는 당해 매입세액을 공제할 수 있으나 구분등기를 하지 아니하는 경우에는 건물 전체를 면세사업인 의료업에 공한 것으로 보아 매입세액을 공제할 수 없다고 판단된다. 따라서 청구인들이 쟁점건물을 구분등기하지 아니하였고, 전시한 내용들을 종합하여 볼 때 청구인들이 병원을 공동으로 운영하고자 쟁점건물을 취득한 것으로 보이므로 처분청이 매입세액의 공제를 배제하고 이 건 추징한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

• 라. 결론 그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구인들의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.