기말재고누락 및 가공경비로 보아 손금불산입하여 과세한 처분의 당부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 의료용기기 제조업을 영위하는 법인으로서, 1999사업년도 제조원가명세서상 원재료비 259,668,520원(이하 "쟁점금액"이라 한다)을 경상시험연구비로 대체하고 손금산입하여 법인세를 신고하였다. 처분청은 법인세 조사결과 경상시험연구비로 대체한 쟁점금액 중 대체내역서에 의하여 물품내역이 확인되는 116,231,694원은 기말재고누락으로 보아 익금산입(유보)하고, 나머지 143,436,826원은 가공원가로 보아 손금불산입(상여)하여, 2001.1.3 청구법인에게 1999사업연도 법인세 71,141,490원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.4.23 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 의약품 원료를 수입하거나 국내에서 매입하여 의약품 중간재를 제조하여 의약품 제조업체에 판매하는 영세한 법인으로서, 벤처기업으로 지정받기 위하여는 중앙연구소(지정설치허가 1999.5.6)를 설치운영하고 경상시험연구비로 매출액 대비 5%이상을 계상하여야 하는 바, 실험용으로 사용하는 원재료등을 원재료수불부에 일일이 기장할 수 없어 일부를 원재료수불부에 기장하다가 결산시 대체분개를 하여 법인세 신고를 하였으며, 처분청은 1999사업연도 원재료비에서 경상시험연구비로 기말에 결산대체 분개하였다 하여 116,231,694원을 재고누락으로 보아 손금불산입하고 유보처분하였으나, 처분청에서 조사당시 실지재고조사를 실시하고 재고가 없음에도 유보처분하였으므로 다음 사업연도 결산시 분식회계를 초래하게 되며, 실지재고조사와 공정에 투입된 원재료 수불사항을 확인하여 재고누락 여부를 판단하여야 함에도, 단순히 기말에 결산대체 분개하였다 하여 재고누락으로 보아 동 금액을 손금불산입하고 유보처분한 것은 부당하고, 처분청이 경상시험연구비 중 143,436,826원은 기말에 원재료수불부에 기장누락하였다 하여 가공경비로 보아 상여처분하였으나, 만일 청구법인이 경상시험연구비로 대체하지 않고 원재료비로 원가처리하였다면 이를 원재료로 사용한 근거도 없고 기말재고도 없다 하여 원재료비 전체를 가공경비로 간주하여 상여처분할 수 없는 것이며, 이는 원재료를 사외로 반출하여 판매하였거나 당초에 가공매입한 것으로 보아 부인한 것이므로 반출 및 판매사실을 확인하여야 함에도 확인없이 가공경비로 보아 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 손익계산서상 경상시험연구비중 116,231,694원은 기말에 원재료수불부상에서 임의대체한 것으로, 이에 대하여 청구법인은 지출사실에 대한 아무런 증빙도 제시하지 못하고 있으며, 원재료계정에서 대체된 우라실외 25개 품목은 화학제품의 특성상 일정기간 경과후 효용가치가 떨어지는 성질이 있어 제품 제조과정에 원재료로 투입이 불가능한 재고로 재고자산 폐기 및 감모 등으로 회계처리에 의한 결산조정절차에 의하여 비용으로 계상하여야 하며, 경상시험연구비중 143,436,826원은 시험연구비로 지출된 근거가 없이 유출된 것으로, 청구법인은 손금처리한 경상시험연구비에 대하여 객관적인 입증자료를 제시하지 못하므로 쟁점금액을 기말재고누락 및 가공경비로 보아 손금불산입하여 과세한 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 쟁점금액을 기말재고누락 및 가공경비로 보아 손금불산입하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 법인세법 제19조 제1항 에서 『손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다』고 규정하고, 제2항에서 『제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다』고 규정하고 있으며, 같은 법시행령 제19조에서『법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액과 그 부대비용』이라고 규정하고 있다. 또한, 같은 법 제66조 제2항에서 『납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때』라고 규정하고, 제3항에서 『납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다(단서 생략)』고 규정하고, 같은 법 제112조에서 『납세의무있는 법인은 장부를 비치하고 복식부기에 의하여 이를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 중요한 증빙서류를 비치·보존하여야 한다(단서 생략)』고 규정하고, 같은 법 제116조 제1항에서 『법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다』고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1999사업연도 제조원가명세서상 원재료비 259,668,520원(쟁점금액)을 경상시험연구비로 대체하여 법인세를 신고하였음이 법인세 신고서에 의하여 확인되고, 처분청은 법인세 조사결과 경상시험연구비로 대체한 쟁점금액 중 대체내역서에 의하여 물품내역이 확인되는 116,231,694원은 기말재고누락으로 보아 익금산입하고, 나머지 143,436,826원은 가공원가로 보아 손금불산입하여 이 건 과세하였음이 조사서 및 법인세 결정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점금액은 실험용으로 사용한 원재료를 원재료수불부에 기장하지 않다가 기말 결산시 대체 분개한 것이므로 쟁점금액은 손금산입하여야 한다고 주장하는 바, 이에 대하여 살펴본다. 전시법령에 의하면, 납세의무있는 법인은 장부를 비치하고 복식부기에 의하여 이를 기장하여야 하며, 장부와 관계있는 증빙서류를 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 비치·보존하여야 한다고 규정하고 있는 바, 청구법인은 제조원가명세서상 원재료비계정에서 쟁점금액을 손익계산서상 경상시험연구비로 대체한 사실외에는 원재료수불부 등 쟁점금액의 사용내역을 확인할 수 있는 일체의 증빙을 제시하지 못하므로 쟁점금액을 기말재고누락 및 가공경비로 보는 것이 부당하다는 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. 따라서 처분청에서 쟁점금액을 기말재고누락 및 가공경비로 보아 손금불산입하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 없다 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.