거래상대방의 일방적인 확인서만으로 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액불공제한 처분의 당부(취소)

[주 문] OO세무서장이 청구법인에게 한 1997년 제2기분 부가가치세 18,655,000원, 1998년 제1기분 부가가치세 751,660원, 1998년 제2기분 부가가치세 2,600,000원, 1999년 제1기분 부가가치세 12,279,410원의 부과처분은 이를 취소합니다.

[이 유]

1. 처분 개요 청구법인은 시멘트설비기계 제조업을 영위하는 법인으로 1997.1.20 사업장을 현소재지로 이전하면서 공장설비의 설치를 위하여 1997.4.25 OOO(상호: OO기계공업, 사업자등록번호: OOOOOOOOOOOO, 소재지: 인천광역시 서구 OO동 OOO)과 기계장치 등의 설비제작 도급계약을 체결하였으며, 이에 따라 1997.7.2～1999.4.2의 기간동안 OOO으로부터 기계장치 등을 공급받고 12건 376,616,000원의 매입세금계산서를 교부받았던 바, 처분청은 OOO이 청구법인에게 교부한 매입세금계산서 중 실물을 공급하지 않았다고 주장하는 5건 248,632,000원의 매입(이하 “쟁점매입”이라 한다)에 대한 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보고 부가가치세 매입세액을 불공제하여 2000.12.18 1997년 제2기분 부가가치세 18,655,000원, 1998년 제1기분 부가가치세 751,660원, 1998년 제2기분 부가가치세 2,600,000원, 1999년 제1기분 부가가치세 12,279,410원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.12.19 이의신청을 거쳐 2001.4.2 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점매입은 OOO과 도급계약서를 체결하고 공급받은 것이며, 대금결제도 OOO에게 하였으므로 OOO이 교부한 쟁점매입에 대한 세금계산서는 정당한 세금계산서이고, 처분청이 쟁점매입의 실지 공급자로 본 OOO는 알지도 못하는 사람이며 거래한 사실도 없는 바, 정당하게 실물을 공급받고 교부받은 쟁점매입에 대한 매입세금계산서를 사실과 다른 세금계산서라 하여 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다. 설사 OOO가 쟁점매입을 공급하였다 하더라도 청구법인은 그 사실을 알지 못하고 OOO과 쟁점매입에 대한 거래를 하였으므로 선의의 거래당사자에 해당되는 것으로 쟁점매입의 매입세액은 공제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점매입에 대한 세금계산서를 교부한 OOO이 쟁점매입은 OOO가 공급하였다고 확인하고 있고, 청구법인은 쟁점매입을 OOO으로부터 공급받았다고 주장만 할 뿐 명확한 증빙은 제시하지 못하고 있으므로 청구법인의 주장은 인정하기 어렵고, 청구법인을 선의의 거래당사자로 보기 위하여는 쟁점매입을 공급한 OOO와 쟁점거래처를 동일한 사업자로 알고 공급받은 사실이 있어야 하나, 그러한 사실이 발견되지 않아 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정할 수 없으므로 쟁점매입에 대한 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서로 매입세액 불공제한 처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

• 가. 쟁점 세금계산서를 교부한 공급자가 실제 공급자가 달리 있다고 주장하는 쟁점매입과 관련된 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 있는 지의 여부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 (납부세액) 제2항 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 처분경위를 보면 OOO은 기계장치를 제작하는 사업자로서 OOO세무서장이 1996.12.31자 직권으로 폐업조치하였으나, OOO이 실형(實兄)인 OOO(이하 “OOO등”이라 한다)와 함께 1996.12.31 이후에도 계속 사업을 영위한 사실을 확인하고 부가가치세를 신고하지 않은 것에 대하여 조사하는 과정에서 쟁점매입과 관련된 매출은 OOO등이 매출한 것이 아니라는 진술을 받아 이를 처분청에 통보함에 따라 이 건 처분되었음을 과세자료통보 공문 등 관련 자료에 의하여 확인된다.

(2) 또한 OOO등은 2000.1.12에 쟁점매입과 관련된 기계장치를 청구법인에게 공급하지 않았다고 OOO세무서 조사공무원에게 확인하였으나, 그 후 청구법인에게는 2000.4.28과 2000.6.29에 동 확인내용을 번복하여 쟁점매입과 관련된 기계장치 등을 OOO이 OOO에게 하도급을 주어 제작하였지만 청구법인에게 공급한 것은 OOO이라고 확인서를 작성하여 주었고, 2001.5.3에 이를 다시 번복하여 OOO세무서 조사공무원에게 쟁점매입과 관련된 공급자는 OOO라고 확인하고 있다.

(3) 처분청 및 OOO세무서장은 청구법인과 OOO이 체결한 도급계약서에 의하여 청구법인이 기계장치 등을 공급받은 사실과 OOO이 교부한 세금계산서 중 쟁점매입과 관련된 부분을 제외한 나머지 부분은 실질적인 매입세금계산서로 정당한 것으로 인정하고 있으나, 쟁점매입과 관련된 부분에 대하여는 실제 공급자가 OOO라는 OOO등의 진술에 의거하여 사실과 다른 것으로 보고 이 건 처분하였던 바, OOO는 OOO등의 진술에 의하여 이름만 나타날 뿐 인적사항이나 사업내역 및 실존 인물이라고 인정할 수 있는 자료 등이 없어 쟁점매입과 관련된 기계장치를 공급하였다는 사실을 확인 할 수 없고, 청구법인이 보관하고 있는 장부 및 증빙에 쟁점매입과 관련된 제반사항이 OOO과 거래한 것으로 기록되어 있으며, 쟁점매입에 대한 결제대금을 현금 등으로 지급하여 동 금액의 수령자가 OOO이라는 사실이 명확하게 금융자료 등에 의하여 확인되지는 않으나, 동 금액을 OOO이 수령하지 않고 OOO가 수령하였다는 사실 역시 확인되지 않고 있다.

(4) 위의 사실이외에도 이 건 처분의 유일한 과세근거가 된 OOO등의 진술은 상대방에 따라 번복되고 있어 그 신빙성이 입증되지 않으며, 동 진술은 OOO등이 제세 신고누락에 대한 세무조사시에 진술한 것으로 이 부분에 대한 입증자료도 제시되지 않은 것으로 보아서는 OOO등이 매출누락에 대한 세금을 회피하기 위하여 쟁점매입과 관련된 기계장치 등을 청구법인에게 공급하지 않았다고 하였을 수도 있는 점에서 쟁점매입과 관련된 OOO등의 진술은 인정하기 어려운 것으로 보인다. 사실이 이러하다면, 과세관청이 객관적인 입증도 없이 청구법인 본인도 아닌 거래상대방의 일방적인 확인서만으로 과세한 처분은 근거과세의 원칙상 허용되기 어렵다고 판단된다.

(5) 설령, 쟁점매입과 관련된 기계장치 등을 OOO등의 주장과 같이 OOO가 공급하였다 하더라도, OOO등이 OOO는 OOO등의 사업장내에서 작업을 하였다고 스스로 진술하고 있어 청구법인으로서는 OOO등과 OOO를 별개의 사업자로 구분하기 어려웠을 것으로 보이는 점과 모든 계약체결과 거래명세표의 교부 및 대금의 지불과 관련된 입금표 등이 OOO등의 명의로 되어있는 점 등을 감안할 때 청구법인이 쟁점매입과 관련된 기계장치를 공급받음에 있어 OOO가 실지 공급자라는 사실을 알 수 없었을 것이므로 청구법인은 선의의 거래당사자에 해당되어 경정에 의한 불이익한 처분을 할 수 없는 것으로 보인다.

(6) 따라서 쟁점매입과 관련된 세금계산서를 교부한 OOO을 쟁점매입과 관련된 기계장치의 실제 공급자로 보아 과세하는 것은 별론으로 하더라도, 청구법인이 쟁점매입을 OOO이 아닌 OOO로부터 공급받았다는 사실은 인정하기 어려우므로 쟁점매입과 관련된 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액 불공제한 처분은 잘못이라고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.