농지의 대토에 해당하는지 여부

○○○세무서장이 2000.11.9 청구인에게 한 1998년 귀속 양도소득세 744,298,030원의 부과처분은

1. 조세감면규제법 제55조 제1항 및 같은 법 제119조 제2 항 규정에 의거 8년 자경농지의 양도에 따른 양도소득세 3억원을 감면하여 이를 경정한다.

2. 나머지 청구는 기각합니다.

청구인은 1970.2.2 ○○○시 ○○○구 ○○○동(구 ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○리) ○○○ 답 4,393㎥(이하 "쟁점토지"라 한다)를 취득하여 쟁점토지의 용도지역이 1993.12.24 ○○○도시계획(용도지역, 시설) 결정으로 도시계획법상 일반상업지역으로 편입되고, 1995.3.1 쟁점토지의 행정구역이 ○○○시에 편입된 후, 1995.11.17 ○○○도시계획(○○○2토지구획정리사업) 결정으로 토지구획정리사업이 진행중인 쟁점토지를 1998.4.28 양도하고, 1999.2.25 ○○○도 ○○○시 ○○○면 ○○○리 ○○○ 답 2,502.3㎡, 같은 리 ○○○ 답 3,907.6㎡, 합계 6,409.9㎡를 취득하여 소득세법 제89조 제4호 에 규정하는 농지의 대토로 인하여 발생한 소득이라 하여 양도소득세 비과세 신청하였다. 처분청은 쟁점토지가 1995.3.1 ○○○시에 편입되어 양도일 현재 소득세법 시행령 제153조 제4항 제1호 에 규정하는 광역시 지역에 있는 농지에 해당되며, 쟁점토지가 도시계획법에 의한 일반상업지역에 편입된 날을 ○○○도시계획(용도지역, 시설)결정고시일인 1993.12.24이후 쟁점토지가 ○○○시에 편입된 1995.3.1로 보아 쟁점토지 양도일(1998.4.28) 현재 도시계획법에 의한 일반상업지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지에 해당되어 소득세법상 농지에서 제외되는 농지이므로 농지의 대토로 인한 비과세 양도소득이 아니라고 보아 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여 2000.11.9 청구인에게 1998년 귀속 양도소득세 744,298,030원을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.1.31 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 쟁점토지가 편입된 ○○○도시계획(용도지역, 시설)지역은 ○○○종합개발계획의 일환으로 진행되는 사업으로 사업시행면적이 3,390,000㎡로 소득세법 시행규칙 제70조 제2항 에 규정하는 사업시행면적이 1,000,000㎡를 초과하는 대규모개발사업지역에 해당되며, 1995.3.1 ○○○시에 편입된 후 1995.11.17 ○○○시장이 ○○○도시계획(○○○2토지구획정리사업) 결정·고시하여 2000.3.25 사업시행이 인가된 지역으로 소득세법 시행령 제153조 제4항 제1호 단서에 규정하는 대규모개발사업지역에 해당되며, 쟁점토지는 위 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 상업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행으로 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 되는 농지에 해당되어 소득세법상 농지에서 제외되는 토지에 해당되지 아니하므로 양도소득세 비과세대상이며, 농지의 대토로 볼 수 없는 경우에도 청구인이 쟁점토지를 1970.2.2 취득하여 8년 이상 농지거주지에 거주하면서 자경한 사실이 인정되므로 양도소득세를 감면하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 소득세법 시행령 제153조 제4항 제1호 단서에 규정하는 대규모개발사업지역은 사업인정 고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말하는 바, 당해 사업시행지역은 위 대규모개발사업지역에 해당되지 아니하므로 쟁점토지는 위 규정의 "농지에서 제외되는 농지"에서 제외되지 아니한다. 따라서, 양도일 현재 농지로 보지 아니하는 쟁점토지의 양도에 대하여 농지의 대토로 보아 양도소득세를 비과세하거나 또는 8년자경 농지의 양도로 보아 양도소득세를 감면할 수 없다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점토지가 대규모개발사업지역의 단계적 사업시행으로 인하여 감면유효기간(도시계획구역에 편입한 후 3년)이 경과한 토지에 해당하는지 여부,

(2) 쟁점토지를 양도일 현재 농지로 보는 경우 소득세법 시행령 제153조 제2항 및 제3항에 규정하는 대토요건을 충족하는지 여부,

(3) 쟁점토지의 양도를 농지의 대토로 보지 아니하는 경우 조세감면규제법 제55조에 규정하는 8년 자경농지에 해당되는지 여부를 가리는데 있다.

• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립 당시의 관련세법 규정은 다음과 같다. 소득세법 제89조 【비과세양도소득】 다음 각호의 소득에 대하여는 양도소득에 대한 소득세(이하 "양도소득세"라 한다)를 부과하지 아니한다.

4. 대통령령이 정하는 경우에 해당하는 농지의 대토로 인하여 발생하는 소득 같은 법 시행령 제153조【농지의 비과세】

② 법 제89조 제4호에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 경작상의 필요에 의하여 대토하는 농지(제4항 각호의 1에 해당하는 농지를 제외한다)로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우를 말한다.

1. 종전의 농지의 양도일로부터 1년 내에 다른 농지를 취득하여 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우 또는 새로운 농지의 취득일부터 1년 내에 종전의 농지를 양도하고 새로이 취득한 농지를 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작한 경우

2. 새로 취득하는 농지의 면적이 양도하는 농지의 면적이상이거나 그 가액이 양도하는 농지의 가액의 2분의 1 이상인 경우

③ 제1항 제3호 단서 및 제2항 제1호에서 "농지소재지"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 지역을 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구(자치구인 구를 말한다. 이하 이 항에서 같다)안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역

④ 제1항 또는 제2항의 규정에 의하여 동 각 항에 규정된 농지에서 제외되는 농지는 다음 각호와 같다.

1. 양도일 현재 특별시·광역시(광역시에 있는 군을 제외한다) 또는 시지역(지방자치법 제3조 제4항 의 규정에 의한 도·농 복합형태의 시의 읍·면지역을 제외한다)에 있는 농지 중 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역 안의 농지로서 이들 지역에 편입된 날로부터 3년이 지난 농지. 다만, 다음 각목의 1에 해당하는 대규모개발사업지역(사업인정고시일이 동일한 하나의 사업시행지역을 말한다)안에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 주거지역·상업지역 또는 공업지역에 편입된 농지로서 사업시행자의 단계적 사업시행 또는 보상지연으로 이들 지역에 편입된 날부터 3년이 되는 농지를 제외한다.

• 나. 사업시행면적이 재정경제부령이 정하는 규모이상인 지역 같은 법 시행규칙 제70조【농지의 범위 등】

② 영 제153조 제4항 제1호 나목에서 "총리령이 정하는 규모"라 함은 다음 각 호의 1의 것을 말한다.

1. 사업시행면적이 100만제곱미터 조세감면규제법 제55조【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】

① 다음 각호의 1에 해당하는 자가 8년 이상 계속하여 직접 경작한 토지로서 농지세의 과세대상이 되는 토지 중 대통령령이 정하는 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

1. 대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자 같은 법 시행령 제54조【자경농지에 대한 양도소득세 등의 면제】

② 법 제55조 제1항 제1호에서 "대통령령이 정하는 바에 따라 농지소재지에 거주하는 거주자"라 함은 8년 이상 다음 각호의 1에 해당하는 지역에 거주하면서 경작한 자를 말한다.

1. 농지가 소재하는 시·군·구안의 지역

2. 제1호의 지역과 연접한 시·군·구안의 지역 조세감면규제법 제119조【양도소득세 감면의 종합한도】

② 제55조(1996년 1월1일 이후 양도분에 한한다) 및 제63조 제1항 단서 중 개발제한구역에서의 토지 등의 양도 분에 대하여 감면할 양도소득세액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다.

• 다. 판단

(1) 쟁점토지가 대규모개발사업지역의 단계적 사업시행으로 인하여 감면유효기간(도시계획구역에 편입한 후 3년)이 경과한 토지에 해당되는지 여부를 살펴본다. 첫째, 처분청은 쟁점토지가 도시계획법에 의한 일반상업지역에 편입된 날을 ○○○시에 편입된 날인 1995.3.1로 보고, 이후 3년이 경과된 토지를 양도하였으므로 조세감면규제법 시행령 제54조 제1항 에 규정에 의하여 양도일 현재 감면되는 농지에서 제외되는 농지로 보아 이 건 과세처분한 사실이 처분청의 결의서 및 조사복명서에 의하여 확인된다. 둘째, 쟁점토지 일대는 1993.12.24 ○○○도시계획(용도지역, 시설) 결정으로 도시계획법 상 일반상업지역으로 편입되었고, 1995.3.1 쟁점토지의 행정구역이 ○○○시에 편입되었으며, 1995.11.17 ○○○도시계획(○○○2토지구획정리사업)결정, 2000.3.25 사업시행 인가를 받아 2000.7.21 쟁점토지에 대한 구획정리사업이 착공된 사실이 당 심판원의 심리자료 요청에 대한 ○○○시 도시개발본부장의 회신공문(○○○, 2001.3.23)에 의하여 확인된다. 셋째, 쟁점토지가 편입되어 있는 ○○○도시계획사업의 사업시행면적이 3,390,000㎡인 사실은 ○○○도 고시 제1993-○○○호(관보 1993.12.31)에 의하여 확인되며, 1993.3.8 위 도시계획지역 내 토지의 형질변경행위 허가가 제한되었다가 1994.5.27 해제된 사실 및 쟁점토지지역이 ○○○시로 편입된 후 1995.8.24 ○○○1·2·3 토지구획정리사업지구내 건축허가가 제한된 사실 및 ○○○1·2·3 토지구획정리사업지구의 사업시행면적이 소득세법 시행규칙 제70조 제2항 제1호 에 규정하는 100만제곱미터를 초과하는 사실이 위 ○○○시 도시개발본부장의 회신공문 (○○○, 2001.3.23)에 의하여 확인된다. 위 확인된 사실을 종합하여 판단하여 보면 쟁점토지는 대규모 개발사업지역안에서 개발사업의 시행으로 인하여 도시계획법에 의한 상업지역에 편입된 농지임을 알 수 있고, 행정구역의 변경, 사업시행자의 단계적 사업시행(○○○2지구 토지구획사업) 등 청구인의 귀책사유가 아닌 사유로 감면유효기간이 경과한 것이 인정되고, 쟁점토지에 대하여 1995.8.24 이후 양도일까지 건축허가가 제한되어 있어 양도일 현재까지 사실상 농지 이외의 용도로 사용하기는 어려웠을 것으로 인정되는 점 및 쟁점토지에 대한 구획정리사업이 양도일 이후인 2000.7.21에서야 착공되어 2000.8.21 환지계획이 인가된 점을 고려하면 위 규정에 의한 대규모개발사업의 단계적 시행으로 인하여 상업지역에 편입된 후 3년이 경과된 농지에 해당된다 할 것이므로 쟁점토지는 위 규정에 의하여 농지로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(2) 쟁점토지의 양도가 소득세법상의 농지의 대토에 해당되어 양도소득세를 비과세할 수 있는 것인지 여부를 살펴본다. 첫째, 청구인의 주민등록등본에 의하면 청구인은 쟁점토지 취득 이후 1979.2.8까지와 1980.11.18부터 1988.1.14까지등 쟁점토지 소재지에 약 18년간 거주한 것으로 나타나고 있으며, 청구인의 양도일 현재 주민등록상 주소지는 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○임이 주민등록등본에 의하여 확인된다. 둘째, 청구인은 쟁점토지를 양도한 후 1년 이내에 양도토지보다 큰 면적의 농지를 취득한 사실이 등기부등본에 의하여 확인되고 있으므로 소득세법 시행령 제153조 제2항 에 규정하는 대토요건은 갖춘 것으로 확인되고 있고, 처분청도 이를 인정하고 있는 사실이 처분청의 조사복명서에 의하여 확인된다. 셋째, 청구인은 쟁점토지 취득 후 양도일까지 농지소재지에 거주하면서 자경하였음을 주장하면서 자녀교육목적으로 1988년 ○○○로 주민등록을 이전하였으나 청구인의 남편 ○○○가 1992.9월경부터 폐결핵과 위장병 치료 등 요양을 이유로 ○○○도 ○○○에서 청구외 ○○○과 동거하며 주유소를 운영하여 사실상 청구인 단독세대로 1991.7월부터 ○○○도 ○○○군 ○○○리 ○○○에 거주하여 오다가 1994.11월 경 위 지번상에 상가건물을 신축하여 부동산 임대에 공하면서 임대건물의 관리 및 농사일을 위해 청구인 홀로 ○○○도 ○○○군 ○○○동 ○○○에 1994.11월∼1998.4월 기간 동안 거주하였고 1998.7월 이후 현재까지 ○○○시 ○○○구에 거주하고 있음을 주장하면서 관련 증빙을 제시하고 있으나 위와 같은 사실 및 증빙만으로 주민등록상의 기재내용을 부인하고 청구인이 1988년 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○번지로 주민등록을 이전한 이후 쟁점토지 양도일까지 쟁점토지소재지에 거주한 것으로 사실을 확정하기는 어려운 것으로 판단된다. 소득세법 제89조 제4호 에서 규정하는 농지의 "대토"라 함은 자경농민이 경작상 필요에 의하여 경작하던 농지를 양도하고 그에 상응하는 다른 농지를 취득하여 3년 이상 농지소재지에 거주하면서 경작하는 경우를 말하는 것으로 양도당시 농지소재지에 거주하면서 농지를 자경하는 자경농민에 한하여 비과세를 적용하여야 할 것이므로 이 건과 같이 양도당시 쟁점토지 소재지에 거주하면서 직접 쟁점토지를 자경하였다고 보기 어려운 청구인에 대하여는 이를 적용하기 어려운 것으로 판단된다.

(3) 쟁점토지가 양도소득세가 비과세되는 농지의 대토에 해당되지는 아니하더라도 조세감면규제법 제55조에 규정하는 8년이상 자경농지에 해당되는지 여부를 살펴본다. 첫째, 위에서 살펴본 바와 같이 양도일 현재 쟁점토지는 농지의 범위에 포함되는 것으로 판단되고, 청구인의 쟁점토지 보유기간은 1970.2.2이후 양도일까지 약 28년간에 달하며, 쟁점토지 보유기간 중 1970.2.2이후 1988.1.5까지 약 18년간 청구인이 농지소재지에 거주한 사실이 인정된다. 둘째, 청구인은 쟁점토지 취득 이후 양도일까지 쟁점토지를 직접 경작하여 왔다는 사실에 대한 증빙으로써 청구인의 남편 ○○○가 1973.4.30부터 조합원으로 되어있는 ○○○조합의 조합원 명부, 동조합 조합장이 청구인의 남편 ○○○에게 발행한 영농자재구입권, 동 조합이 청구인에게 비료를 판매한 사실이 기록되어 있는 비료판매일계표(1997.4.16, 1997.7.22 등), 농지위원 및 인근 주민이 인감증명서를 첨부하여 청구인이 쟁점토지 취득이후 양도일까지 자경한 사실을 확인하는 내용의 농지경작사실확인서 등을 제시하고 있는 바, 비록 위에서 본 바와 같이 쟁점토지 양도당시 재촌사실이 인정되지 아니한다 하더라도 쟁점토지의 지목이 "답"으로 되어있는 점이나 쟁점토지 소재지가 쟁점토지 취득이후 20여년 이상 농촌지역이었다는 사실 등을 감안할 때 청구인이 쟁점토지 소재지에 주민등록이 등재되어 있던 기간인 1970.2.2 이후 1988.1.5까지 약 18년간의 재촌자경은 인정된다. 셋째, 청구인은 쟁점토지를 양도하고 세액면제신청서를 제출하지 아니하였는 바, 조세감면규제법상 8년 이상 자경농지에 대한 양도소득세는 그 면제요건이 충족되면 당연히 면제되고 면제신청이 있어야만 면제되는 것은 아니라 할 것이고, 그 면제신청에 관한 규정은 양도인으로 하여금 양도소득세 등의 과세표준과 세액을 결정함에 필요한 서류를 정부에 제출하도록 협력의무를 부과한 것에 불과하므로 납세의무자로부터의 소정의 기한 내의 세액면제신청서의 제출이 없더라도 조세감면규제법 제55조 제1항 소정의 면제요건에 해당하는 경우에는 양도소득세를 면제하여야 할 것이다.(같은 뜻, 대법원 97누10628, 1997.10.24) 따라서 청구인이 쟁점토지 양도일 현재 쟁점토지 소재지에 거주하면서 직접 자경한 것으로 보기는 어렵다 할 것이나 청구인은 쟁점토지 보유기간 중 재촌자○○○간이 8년 이상이 되는 것으로 확인되고 있으므로 양도소득세가 면제되어야 할 것이다(같은 뜻, 재산1264.5-922, 1984.3.14). 다만, 조세감면규제법 제119조 제2항의 규정에 의하여 감면할 양도소득세액이 과세기간별로 3억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니하므로 이 건의 경우에도 3억원을 한도로 감면하여야 할 것이다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.