결정취소 후 불복청구기간 경과로 자진납부세액을 환급하지 아니한 처분의 당부

처분청이 2001.1.13 청구인에게 한 1997년 귀속분 양도소득세 5,087,390원의 부과처분은 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 대지 122㎡ 및 같은 동 ○○○ 대지 91.2㎡를 과세대상에서 제외하여 당해 과세표준과 세액(환급)을 경정한다.

청구인은 ○○○시 ○○○구 ○○○동 ○○○ 대지 122㎡ 및 같은 동 ○○○ 대지 91.2㎡ (이하 "쟁점토지"라 한다)를 1997.10.24 청구외 학교법인○○○학원(이하 "○○○학원"이라 한다)의 ○○○시 서구청(이하 "서구청"이라 한다)에 대한 공유재산 대부료 체납액에 물납하는 것으로 하여 서구청에 소유권이전등기하여 주고 1998.6.1 1997년 귀속분 양도소득세 확정신고시 쟁점토지에 대한 1997년도분 양도소득세 5,087,390원을 자진신고납부하였다. 처분청은 쟁점토지에 대한 양도소득을 청구인이 1997년도중 양도한 다른 토지의 양도소득과 합산하여 2001.1.13 청구인에게 누진과세에 따른 1997년도분 양도소득세 5,105,750원을 결정고지하였다가 2001.5.8 ○○○지방국세청장의 이의신청 결정내용에 따라 쟁점토지의 양도가 과세대상이 아닌 것으로 인정하여 합산과세에 따른 2001.1.13자 증액고지세액 5,105,750원만을 결정취소하고, 청구인이 1998.6.1 자진신고납부한 세액 5,087,390원은 불복청구기간의 경과를 이유로 환급하지 아니하였다. 청구인은 위 처분에 불복하여 2001.6.30 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지의 양도가 과세대상이 아님에도 이를 과세대상으로 잘못알고 1998.6.1 쟁점토지의 양도소득세 5,105,750원을 신고납부한 사실이 있는 바, 동 착오납부한 세액은 처분청이 청구인의 1997년도분 양도소득을 합산하여 누진과세한 2001.1.13자 양도소득세 5,105,750원의 고지처분에 흡수되었기 때문에 합산고지분과 함께 취소하여 환급결정함이 타당함에도, 처분청은 2001.1.13자 고지분은 취소결정 하면서, 청구인이 당초 착오로 신고납부한 세액 5,087,390원에 대하여는 불복청구기간이 도과하였다는 사유로 환급하지 아니하고 각하결정함은 부당하므로 잘못 신고납부된 세금은 환급조치함이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인이 쟁점토지를 서구청에 물납하고 양도소득세를 자진신고 납부한데 대하여 자진신고분 시인하여 결정한 당초 결정은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구인이 착오로 쟁점토지의 양도소득세를 자진신고납부한데 대하여 처분청이 쟁점토지의 양도소득과 기 과세한 다른 토지의 양도소득을 합산과세함에 따른 누진세액을 증액경정 납부고지하였다가, 쟁점토지의 양도소득이 과세대상이 아님을 이유로 감액결정하면서 납부고지세액만을 취소하고 청구인이 자진납부한 세액을 환급하지 아니한 처분의 당부.
• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관계법령을 본다. 소득세법 제88조 제88조 【양도의 정의】① 제4조 제3호 및 이 장에서 “양도”라 함은 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자등으로 인하여 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. 이 경우 부담부증여(상속세 및 증여세법 제47조 제3항 본문에 해당하는 경우를 제외한다)에 있어서 증여자의 채무를 수증자가 인수하는 경우에는 증여가액 중 그 채무액에 상당하는 부분은 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것으로 본다. 국세기본법 제14조 【실질과세】② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인이 1997.10.24 쟁점토지를 서구청에 소유권이전한 사실이 등기부등본에 의하여 확인되고, 청구인은 쟁점토지의 소유권이전에 대하여 이를 소득세법상의 유상양도에 해당하는 것으로 보아 1998.6.1 처분청에 양도소득세 5,087,390원을 자진 신고납부한 사실이 확인된다.

(2) 쟁점토지의 양도과정을 보면 청구인은 청구인의 처(박○○○)가 이사장으로 재직한 ○○○학원이 서구청에 대해 체납된 공유재산대부료를 갚지 못하게 되는 등 어려움에 처하게 되자 청구인의 재산인 쟁점토지를 체납대부료로 충당하도록 1997.8.25 학교법인에 출연하였으나, 학교법인으로의 등기이전절차가 생략된 채 1997.10.24 서구청으로 직접 소유권을 이전하는 것으로 하여 물납처리된 사실 등이 학교법인의 이사회회의록 등에 의하여 확인되고, 1997.10.28 서구청이 ○○○학원에게 물납처리된 결과를 통보한 사실 등이 확인된다.

(3) 이 건 불복청구 경위를 보면 처분청은 1998.6.1 청구인이 자진신고납부한 양도소득세에 대하여는 신고시인 결정하는 한편, 이를 청구인이 1997년도중 양도한 다른 토지의 양도소득(기결정분)과 합산하여 누진과세함에 따라 증액산정된 양도소득세 5,087,390원을 2001.1.13 청구인에게 고지하자, 청구인은 당초 청구인이 1998.6.1 자진신고납부한 양도소득세는 과세대상이 아님에도 잘못 신고납부된 것이므로 2001.1.13자 증액고지된 세액은 취소하여야 하고, 자진신고납부한 세액은 환급하여야 한다는 사유로 ○○○지방국세청에 2001.3.22 이의신청을 제기한 결과, 동 이의신청결정에서 쟁점토지는 유상양도된 것이 아님을 인정하여 합산과세에 따른 2001.1.13자 고지세액은 취소하는 것으로 결정하였으나, 나머지 청구인이 자진 신고납부한 세액은 불복청구기간이 경과하였다는 이유로 각하결정함에 따라 환급하지 아니하였다.

(4) 청구인은 2001.1.13자 처분청의 합산과세에 따른 과세처분은 청구인이 1998.6.1자 자진신고납부분에 대한 처분청의 신고시인결정을 포함하여 경정된 것이므로, 2001.1.13자 고지처분을 취소한 결정은 1998.6.1자 자진신고분에 대한 처분청의 결정에도 미치는 것으로 보아야 하고 따라서 청구인의 1998.6.1자 자진신고납부세액은 환급되어야 한다는 주장이므로 이를 살펴본다. 과세관청이 과세표준과 세액을 결정한 후 그 과세표준과 세액에 탈루 또는 오류가 있는 것이 발견되어 이를 증액하는 경정처분이 있는 경우, 그 증액경정처분은 당초 처분을 그대로 둔 채 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 초과하는 부분만을 추가확정하는 처분이 아니고 재조사에 의하여 판명된 결과에 따라서 당초 처분에서의 과세표준과 세액을 포함시켜 전체로서의 과세표준과 세액을 결정하는 것(국심98서2820,1999.4.20, 대법원95누7758, 1995.11.10 등 같은 뜻임)이므로, 증액경정처분을 하게되면 먼저 된 당초처분은 증액경정처분에 흡수되어 당연히 소멸하게 된다. 따라서 납세자는 증액부분만이 아니고 당초처분에 의한 과세표준과 세액에 대하여도 그 처분의 하자를 주장할 수 있으며, 이는 당초처분이 불복기간 경과 등으로 확정되어 불가변력이 생긴 경우에도 마찬가지이다(대법원 91누1547, 1991.10.8 등 같은 뜻) 위 사실관계에서 본 바와 같이 처분청의 2001.1.13자 합산과세처분에는 쟁점토지가 유상양도된 것으로 보아 청구인이 1998.6.1 자진신고납부한 세액을 포함하여 경정결정한 것임이 확인되고 있는 바, 쟁점토지가 양도소득세 과세대상이 아닌 것으로 판단되는 이상 2001.1.13자 증액경정 처분은 합산과세에 따른 누진세액 상당액인 납부고지세액만큼 취소할 것이 아니라 청구인이 자진 신고납부한 세액까지 함께 취소함이 타당하다. 그렇다면, 청구인이 1998.6.1 자진신고납부한 양도소득세 5,087,390원은 과세원인이 없음에도 잘못 신고납부된 것이므로 처분청은 동 금액을 청구인에게 환급조치함이 타당하다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.