[요지] 건물의 신축과 관련된 매입세액은 그 면적에 의하여 안분하는 것이 실지귀속에 따른 것이라 하겠으므로 감가상각대상자산의 매입세액 전체를 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 증가하였다는 사유로 그 귀속이 불분명하다고 보아 감가상각대상자산의 매입세액 전체에 대해 매입세액을 재계산하여 과세한 처분은 부당함
[요지] 건물의 신축과 관련된 매입세액은 그 면적에 의하여 안분하는 것이 실지귀속에 따른 것이라 하겠으므로 감가상각대상자산의 매입세액 전체를 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 증가하였다는 사유로 그 귀속이 불분명하다고 보아 감가상각대상자산의 매입세액 전체에 대해 매입세액을 재계산하여 과세한 처분은 부당함
[주 문] OO세무서장이 2001.2.1 청구법인에게 한 2000.1기 부가가치세 8,248,480원의 부과처분은
1. 1999.2기 매입세액중 기계장치 매입세액 14,588,000원은 재계산대상에서 제외하고, 공장신축에 대한 매입세액 30,540,729원중 517,086원을 면세사업관련 매입세액으로 불공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고
2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.
[이 유]
1. 사실 청구법인은 충청남도 금산군 금성면 OO리 OOOOO의 제조공장(이하 “제1공장”이라 한다)에서 플라스틱 샷시를 생산하면서 같은곳 OOOOO에 프라스틱샷시 창호가공공장 480㎡를 1998.6.10 준공하여 가동하다가 3,683.13㎡의 프라스틱샷시 제조공장(이하 “제2공장”이라 한다)을 증축하여 2000.5.2 준공하였고, 청구법인은 플라스틱샷시를 제조하여 판매하면서 일부 자체 생산한 프라스틱샷시를 창호공사 건설에 투입하여 과세사업과 면세사업(국민주택규모 이하의 창호공사)를 겸영하고 있는 바, 제2공장에 관련된 부가가치세를 신고함에 있어서 1998.1～1999.2기분 매입세액을 전액 과세사업관련 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 2000.1기에 청구법인의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 증가되었으므로 1998.1～1999.2기 기간 중 감가상각대상자산에 대한 매입세액을 재계산하여야 한다는 대전지방국세청장의 감사지적에 따라 1998.1～1999.2기 매입세액을 재계산하여 2001.2.1 청구법인에게 2000.1기분 부가가치세 8,248,480원을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.5.15 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
3. 심리 및 판단
4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액
⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다. 부가가치세법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】①사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액× 면세공급가액 / 총공급가액
④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.
1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율
2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율
3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 같은법 시행령 제63조【납부세액 또는 환급세액의 재계산】①법 제17조제5항의 규정에 의한 납부세액 또는 환급세액의 재계산은 법 제17조 제1항, 제61조, 제61조의 2의 규정에 의하여 계산한 매입세액이 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면전에 대한 면세사용면적의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간(그 후의 과세기간에 재계산한 때에는 그 재계산한 기간)의 그 비율보다 증가되는 경우의 감가상각자산에 한하여 적용한다.
④ 제49조의 규정이 적용되는 경우에는 제1항 및 제2항의 규정을 적용하지 아니한다.
(1) 청구법인은 제2공장과 관련하여 1998.1～1999.2기 기간중 감가상각대상자산의 매입세액을 전액 과세사업관련 매입세액으로 공제하여 부가가치세를 신고하였고, 제2공장에 480㎡의 프라스틱샷시 창틀 조립공장을 1998.6.10 준공한 뒤, 지하1층 지상3층 3,683.13㎡의 제조공장을 2000.5.2 증축하여 준공하고, 2000.1기 제2공장의 총매입세액을 과세와 면세의 총공급가액비율로 안분계산하여 부가가치세를 신고납부하였음이 부가가치세 신고서, 부가가치세 매입세액 불공제명세서, 건축물관리대장 등에 의하여 확인되고 처분청은 청구법인 제2공장에서 2000.1기에 면세매출액 192,600,000원이 발생되어 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 증가하였으므로 제2공장의 1998.1기～1999.2기 감가상각대상자산의 매입세액 52,978,428원을 재계산하여야 한다는 대전지방국세청장의 감사지적에 따라 동 매입세액을 아래와 같이 재계산하여 이건 과세하였음이 감사지적서, 부가가치세 경정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다. 매입세액의 재계산 내용 기별 자산의 종류 당초 매입세액 불공제세액 1998.1 건물 7,701,199 739,315 1999.1 기타자산 148,500 11,880 1999.2 건물 30,540,729 4,397,864 기계장치 14,588,000 1,750,560 계 52,978,428 6,899,619
(2) 청구법인은 증축된 제2공장의 제조공장이 2000.5.2 준공되었고 2000.1기 면세매출액 192,600,000원은 그 공장이 준공되기 이전에 공급되었으므로 1998.1～1999.2기 제2공장건물과 기계장치의 매입세액은 면세사업에 겸용되지 아니하였으므로 매입세액의 재계산대상이 아니라고 주장하면서 건축물관리대장, 매출계산서 등을 제시하고 있으므로 이에 대하여 살펴본다. (가) 제2공장의 건축물관리대장에 의하면, 건물 480㎡가 1998.6.10 준공되어 프라스틱 창틀 조립 및 가공공장으로 사용되고 있으며, 2000.5.2 지하 1층～지상 3층 3,683.13㎡의 제조공장이 준공되어 지층～2층은 제조공장으로 사용되고, 3층 면적(389.67㎡)은 사무실로 사용되고 있음이 확인된다. (나) 청구법인이 제시하고 있는 매출계산서에 의하면, 2000.1기 중 국민주택규모 이하의 창호공사 관련 매출액(면세분)은 192,600,000원으로 청구법인의 제2공장이 준공되기 전(2000.3.13～2000.5.3)에 매출되었음이 확인된다.
(3) 전시의 부가가치세법 제17조 및 같은법 시행령 제61조와 제63조에 의하면 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 계산하는 것이고, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 안분계산하는 것이며, 매입세액이 공제된 후 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율이 당해 취득일이 속하는 과세기간의 그 비율보다 증가되는 경우의 감가상각자산에 대하여는 납부세액 또는 환급세액을 재계산하는 것인 바, (가) 제2공장의 건물중 1998.6.10 준공된 건물(480㎡)은 프라스틱샷시 조립공장으로 사용되고 조립된 프라스틱 샷시가 일부는 완제품으로 판매되고, 일부는 청구법인이 공사하는 창호공사에 투입되므로 동 프라스틱샷시 조립공장의 신축과 관련된 매입세액 및 기타 감가상각대상자산의 매입세액은 공통매입세액에 해당된다 할 것이므로 2000.1기에 제2공장의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 증가되었으므로 매입세액을 재계산한 당초처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단되고 (나) 청구법인의 1999.2기 기계장치 매입세액 14,588,000원은 프라스틱샷시 제조를 위한 기계장치의 구입에 따른 매입세액이며, 동 기계장치를 이용하여 생산된 프라스틱샷시가 과세대상 재화이므로 동 매입세액은 과세관련 매입세액으로 보아야 할 것임에도 처분청이 동 기계장치 매입세액에 대하여 실지귀속을 확인하지 아니하고 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 것으로 보아 매입세액을 재계산한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다. (다) 청구법인이 2000.5.2 준공한 제2공장의 지하1층～ 2층은 프라스틱샷시를 제조하는 기계장치들이 설치된 공장으로 사용되고 있음이 건축물관리대장 등에 의하여 인정된다. 그러하다면 동 지하1층～지상 2층은 과세대상 재화인 프라스틱샷시의 제조를 위한 건물로서 동 건물의 신축과 관련된 매입세액은 과세사업관련 매입세액에 해당되므로 매출세액에서 공제되어야 할 것이다. 그러나 제2공장 중 3층은 관리사무실로 사용되고 있음이 건축물관리대장에 의하여 인정되고, 청구법인의 제2공장에서의 매출액을 살펴보면 프라스틱샷시 제조판매액과 건설업인 창호공사매출액으로 구성되어 있고, 청구법인의 2000.1기 창호공사 매출액에는 과세매출액 365,277,083원과 국민주택규모이하의 주택에 대한 면세매출액 192,600,000원으로 구성되어 있음이 청구법인의 부가가치세신고서 등에 의하여 확인된다. 그러하다면 청구법인이 관리사무실로 사용하는 3층은 부가가치세 측면에서 보면 과세사업(제조업, 국민주택규모이상의 주택에 대한 창호공사업)과 면세사업(국민주택규모 이하의 주택에 대한 창호공사업)에 공통으로 사용된다고 하겠으므로 3층 관리사무실에 관련된 1999.2기 매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액비율이 증가한 2000.1기에 매입세액을 재계산함이 타당한 것으로 판단된다. 그런데 건물의 신축과 관련된 매입세액은 그 면적에 의하여 안분하는 것이 실지귀속에 따른 것이라 하겠으므로 제2공장 신축관련 총매입세액을 면적에 의하여 우선 각층으로 안분한 후 지하1층～지상2층의 매입세액은 전액 과세관련 매입세액으로 하고, 3층 사무실에 해당되는 매입세액은 공통매입세액으로 하여 총공급가액에 대한 면세공급가액비율이 증가된 2000.1기에 매입세액을 재계산하여야 할 것이다. 따라서, 처분청이 청구법인 제2공장의 1998.1～1999.2기 기간중 감가상각대상자산의 매입세액 전체를 2000.1기에 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율이 증가하였다는 사유로 감가상각대상자산의 매입세액에 대한 과세와 면세의 실지귀속을 구분하지 아니하고 그 귀속이 불분명하다고 보아 감가상각대상자산의 매입세액 전체에 대해 매입세액을 재계산하여 과세한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.