공통매입세액의 안분 계산

○○○세무서장이 2001.3.10 청구법인에게 한 2000.1기 부가가치세 43,716,200원의 경정청구에 대한 거부처분은

1. ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○ 공장 신축에 대한 매입세액 55,917,001원중 946,671원과 창호공사관련 매입세액 32,371,332원중 11,175,792원, 일반관리비관련 매입세액 876,825원중 140,318원 계 12,262,781원을 면세사업관련 매입세액으로 불공제하는 것으로 하여 그 세액을 경정하고

2. 나머지 청구는 이를 기각합니다.

청구법인은 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○의 제조공장(이하 "제1공장"이라 한다)에서 플라스틱 샷시를 생산하면서 같은곳 ○○○에 같은 제품을 생산하는 제조공장(이하 "제2공장"이라 한다) 3,683.13㎡을 증축하여 2000.5.2 준공하였고, 청구법인은 플라스틱샷시를 제조하여 판매하면서 일부 자체 생산한 샷시를 투입하여 창호공사 건설업을 겸영하고 있는 바, 청구법인은 제2공장에 대한 부가가치세를 신고함에 있어서 총공급가액비율로 매입세액을 안분계산하여 2000.1기 부가가치세를 신고납부한 뒤, 2000.12.28 매입세액을 실지귀속에 따라 분류하고, 실지귀속이 불분명한 일반관리비 매입세액을 공급가액의 비율로 안분계산한 면세관련 매입세액을 매출세액에서 불공제함에 따른 환급세액 43,716,200원을 환급하여야 한다는 경정청구를 하였다. 처분청은 청구법인의 위 경정청구에 대하여 제2공장의 매입세액은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용된 경우에 해당하여 매입세액의 실지귀속이 불분명한 경우에 해당하므로 당초 부가가치세 확정신고시 총공급가액 대비 면세공급가액의 비율에 의하여 매입세액을 안분계산한 당초신고내용이 정당하다고 보아 2001.3.10 청구법인에게 경정청구 거부통지를 하였다 청구법인은 이에 불복하여 2001.5.15 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 부가가치세법상 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하고, 실지귀속이 불분명한 경우에 안분계산하도록 규정하고 있는 바, 당초 청구법인의 무지로 총공급가액비율에 의하여 매입세액을 안분계산하여 신고하였으나, 대부분의 매입세액이 제조부분, 창호공사부분, 면세부분 등으로 실지귀속이 명확히 확인되므로 매입세액을 실지귀속에 따라 먼저 제조업관련매입과 건설업관련매입으로 먼저 구분하고, 건설업관련 매입액을 다시 과세사업과 면세사업으로 구분하여 면세사업에 관련된 매입세액을 계산하여 경정청구하였으며, 면세공급분은 제2공장이 준공(2000.5.2)되기 이전에 공급된 것이므로 쟁점시설투자액은 안분계산대상이 아니며, 면세공급에 전용된 플라스틱샷시는 제1공장에서 제조된 것이므로 실지귀속에 따라 안분하여 매입세액을 재계산하여야 함에도 과세와 면세의 총공급가액비율로 안분계산함이 타당하다고 보아 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인의 플라스틱샷시를 생산하는 제조업과 창호공사업은 하나의 사업단위로 이루어지고 있으므로 제조업과 건설업으로 구분하여 실지귀속에 따라 공통매입세액을 안분계산하여야 한다는 청구법인의 주장은 받아들일 수 없고, 청구법인은 신축된 제2공장의 제조부분과 과세사업과 면세사업을 겸영하고 있는 창호공사와의 연관성을 부인하기 위하여 창호공사에 투입되는 원재료는 제1공장에서 생산된 제품으로 대체하였다고 수정신고를 하였으나, 이는 제2공장의 시설투자에 대한 매입세액의 안분계산을 피하기 위한 수단으로 당초 부가가치세 신고시 정상적으로 신고된 내용을 수정하여 신고한 것으로 보여지고, 제2공장이 2000.5.2 준공되었고, 창호제작을 위한 원재료 매입이 2000.1기 중 324,775,000원 발생하였는 바, 청구법인은 제1공장에서 생산된 자재만으로 제2공장에서 공급한 창호공사에 투입하였다고 보아 제2공장의 면세공급분에 대한 원재료 상당액을 제1공장의 자가공급으로 하여 수정신고하였으나 제조업과 건설업을 겸영하고 있는 상황에서 제1공장의 자재만 사용하고 제2공장에서 생산된 자재는 사용하지 아니하였다는 청구주장은 진실성이 결여되어 있으므로 청구법인의 경정청구는 받아들이기 어렵다.

• 가. 쟁점 과세와 면세의 공급가액비율로 매입세액을 안분계산함이 타당하다고 보아 청구인의 경정청구를 거분한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】②다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다. 같은법시행령 제61조【매입세액의 안분계산】①사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액× 면세공급가액 / 총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 지하1층 지상3층 3,683.13㎡인 제2공장을 2000.5.2 증축하여 준공하고 당초 매입세액을 과세와 면세의 총공급가액비율로 안분계산하여 2000.1기 부가가치세를 신고납부한 뒤 2000.12.28 매입세액을 실지귀속에 따라 과세와 면세관련 매입세액으로 분류하고, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 일반관리비 매입세액을 총공급가액비율로 안분계산하여 2000.1기 부가가치세 43,716,200원이 환급되어야 한다는 경정청구를 한 사실이 부가가치세 신고서, 부가가치세 경정청구서 등에 의하여 확인되고 처분청은 청구법인의 제2공장에 대한 2000.1기 매입세액은 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 그 실지귀속을 구분할 수 없는 것으로 보아 매입세액을 공급가액비율로 안분계산한 당초신고내용이 타당하다는 사유로 2001.3.10 경정청구를 거부통지하였음이 부가가치세경정청구에 대한 회신공문(세이46220-355, 2001.3.7)에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 제2공장이 2000.5.2 준공되었고 면세매출액 192,600,000원은 그 공장이 준공되기 이전에 공급되었으므로 제2공장건물은 면세사업에 사용되지 아니하였고, 2000.1기 매입세액의 실지귀속이 아래와 같이 확인된다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. 2000.1기 매입세액의 구분 (단위: 원) 구분 예정 확정 계 건수 세액 건수 세액 건수 세액 고정 자산 매입 건물 79 38415,966 42 17,501,035 121 55,917,001 기계 16 81,092,000 26 50,225,549 42 131,317,549 계 95 119,507,966 68 67,726,584 163 187,234,550 일반매입 제조 40 7,303,566 82 53,187,561 122 60,491,127 건설 9 19,084,537 9 13,286,795 18 32,371,332 기타 4 289,026 4 587,850 8 876,876 비영업용소형승용 2 120,506 2 120,506 합계 148 146,185,095 165 134,909,296 313 281,094,391 (가) 제2공장의 건축물관리대장에 의하면 480㎡가 1998.6.10 준공되었고, 지하1층∼지상2층 공장 3,293.46㎡, 3층 사무실 389.67㎡ 합계 3,683.13㎡가 증축되어 2000.5.2 준공된 사실이 확인된다. (나) 청구법인이 제시하고 있는 매출계산서에 의하면, 2000.1기 중 국민주택규모 이하의 창호공사 관련 매출액(면세분)은 192,600,000원으로 청구법인의 제2공장이 준공되기 전에 공급되었음이 확인된다. 2000.1기분 매출계산서(면세분) (단위: 원) 일자 공급가액 매출처 2000.3.13 47,600,000 (주)○○○주택건설 2000.3.15 36,000,000 (주)○○○종합건설 2000.3.29 74,000,000 2000.5.03 35,000,000 계(4매) 192,600,000 (다) 청구법인의 2000.1기 부가가치세 신고시 세무서에 제출한 사업설비투자실적명세서에 의하면 아래와 같이 1,872,345,575원의 사업설비를 투자한 것으로 확인된다. 2000.1기 사업설비 투자실적명세서 (단위: 원) 기별 건수 설비종류 공급가액 세액 예정 79 건물 384,159,743 38,415,974 16 기계장치 810,920,000 81,092,000 95 소계 1,195,079,743 119,507,974 확정 42 건물 165,010,281 16,501,028 18 기계장치 433,400,000 43,340,000 2 차량운반구 66,590,909 6,659,091 6 기타유형자산 12,264,642 1,226,464 68 소계 677,265,832 67,726,583 계 163 1,872,345,575 187,234,557 (라) 청구법인은 2000.1기 건설관련 매입세금계산서 18매 323,713,317원(공급가액)중 2매의 매입세금계산서 34,389,382원(공급가액)만이 국민주택규모 이하의 아파트 창호공사와 관련된 매입액이라고 주장하나, 매입세금계산서중에는 유리대, 알미늄샷시등 원자재 매입액과 프라스틱창호 가공비가 포함되어 있음이 확인된다. (마) 청구법인의 2000.1기 제조관련 원재료 매입액은 604,911,270원임이 매입매출장 및 원재료 수불장에 의하여 확인되고 일반관리비관련매입은 책상등 사무용가구(2매 1,841,000원)와 정보통신이용료(1매 37,250원), 조정수수료(1매 2,800,000원), 회계감사비(1매 4,000,000원) 등 총 8,678,250원임이 세금계산서에 의하여 확인된다. (3) 부가가치세법 시행령 제61조 에 의하면 사업자가 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되는 매입세액의 안분계산은 실지귀속에 따라 계산하는 것이고, 실지귀속을 구분할 수 없는 경우에 안분계산하는 것이므로 청구법인의 주장과 같이 2000.1기 매입세액의 실지귀속이 확인되는지 여부에 대하여 본다. (가) 청구법인의 매입세액 중 기계장치 매입세액 131,317,549원은 프라스틱샷시 제조를 위한 기계장치의 구입에 따른 매입세액이며, 동 기계장치를 이용하여 생산된 프라스틱샷시가 과세대상 재화이므로 동 매입세액은 과세관련 매입세액으로 보아야 할 것이다. (나) 제조관련 매입세액 60,491,127원은 원재료와 부재료등 제조관련 매입세액임이 확인되므로 안분계산대상에서 제외함이 타당하다고 판단된다. (다) 청구법인이 2000.5.2 준공한 제2공장의 지하1층∼지상2층은 프라스틱샷시를 제조하는 기계장치들이 설치된 공장으로 사용되고 있음이 건축물관리대장 등에 의하여 인정된다. 그러하다면 동 지하1층∼지상 2층은 과세대상 재화인 프라스틱샷시의 제조를 위한 건물로서 동 건물의 신축과 관련된 매입세액은 과세사업관련 매입세액에 해당되므로 매출세액에서 공제되어야 할 것이다. 그러나 제2공장중 3층은 관리사무실로 사용되고 있음이 건축물관리대장에 의하여 인정되고, 청구법인의 제2공장의 매출액을 살펴보면 프라스틱샷시 제조판매액과 건설업인 창호공사매출액으로 구성되어 있고, 청구법인의 창호공사 매출액에는 과세매출액과 국민주택규모이하의 주택에 대한 면세매출액이 포함되어 있음이 청구법인의 부가가치세신고서 등에 의하여 확인된다. 그러하다면 청구법인이 관리사무실로 사용하는 3층은 부가가치세 측면에서 보면 과세사업(제조업, 국민주택규모이상의 주택에 대한 창호공사업)과 면세사업(국민주택규모 이하의 주택에 대한 창호공사업)에 공통으로 사용된다고 하겠으므로 3층 관리사무실에 관련된 매입세액은 과세사업과 면세사업으로 안분한 과세관련 매입세액이 매출세액에서 공제된다. 그런데 건물의 신축과 관련된 매입세액은 그 면적에 의하여 안분하는 것이 실지귀속에 따른 것이라 하겠으므로 2공장 신축관련 총매입세액을 면적에 의하여 우선 각층으로 안분한 후 지하1층∼지상2층의 매입세액은 전액 과세관련 매입세액으로 하고, 3층에 해당되는 매입세액은 공통매입세액으로 보아 다시 제2공장의 과세 및 면세관련 공급가액비율로 안분하여 과세관련 매입세액을 산출함으로써 제2공장신축에 따른 매출세액에서 공제되는 매입세액을 계산하여야 할 것이다. (라) 청구법인은 건설공사관련 매입세액 32,371,332원중 세금계산서 2매 3,438,938원만이 국민주택규모 이하의 아파트 창호공사와 관련된 매입세액이라고 주장하나, 2매 이외의 매입세금계산서 중에는 유리와 알미늄샷시 등 창호공사의 원자재매입액과 창틀가공비가 포함되어 있어 청구법인이 제시하고 있는 매입세금계산서만으로 매입한 원자재와 가공비가 면세사업인 국민주택규모 이하의 창호공사에 전혀 투입되지 않았다고 보기는 어려우므로 공통매입세액으로 봄이 타당하다 할 것이고, 건설공사관련 매입세액중 매출세액에서 공제되는 매입세액의 계산은 건설공사관련 매입세액을 면세매출액이 총 건설매출액에서 차지하는 비율에 따라 안분계산함이 타당한 것으로 판단된다. (마) 회계감사비와 조정수수료등 일반관리비와 관련된 매입세액 876,876원은 과세사업 또는 면세사업에 사용되었는지 여부가 명확하지 아니하여 실지귀속을 구분할 수 없으므로 과세와 면세의 총공급가액의 비율로 안분계산함이 타당한 것으로 판단된다. 따라서, 처분청이 청구법인의 경정청구에 대하여 매입세액의 실지귀속이 확인되지 아니한다고 보아 거부한 이 건 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호와 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.