토지의 자본적지출액의 매입세액공제 해당 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 자동차매매시장 상가 임대분양을 주업으로 하는 법인으로 "ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○"의 토지를 임차하여 토지조성공사 및 조립식 건물을 신축한 후, 중고자동차 매매상가를 조성하고, 2000년 2기 부가가치세 신고시 106,584,217원의 환급을 신청하였다. 처분청은 청구법인이 신고한 공사대금 1,000,000,000원중 133,950,887원을 토지조성과 관련된 자본적 지출액으로 보아 매입세액공제를 부인하고, 2001.2.14 청구법인의 2000년 2기분 부가가치세 환급세액중 14,734,590원을 감액 경정하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.3.14 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 타인의 토지위에 상가시설물을 신축하여 임대분양한 것으로 임대 분양가에 건물과 토지의 이용대금을 합산하여 분양하고 있는 바, 청구법인과 같이 과세사업을 영위하는 경우에는 토지조성을 위한 자본적 지출액도 부가가치세 매입세액으로 공제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 에 의하면, 토지 조성과 관련된 자본적 지출에 소요되는 부가가치세 매입세액은 사업성(과세 또는 면세) 여부에 관계없이 공제하지 않는 것이므로 당초 처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 부가가치세 과세사업자가 타인의 토지를 임차하여 토지조성을 위한 자본적 지출을 한 경우로서, 부가가치세 매입세액 공제의 대상이 되는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 구 부가가치세법 (2000.12.29 법률 제6305호로 개정되기 이전의 것) 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액

⑥ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. 같은 법 시행령 제60조【매입세액의 범위】 ⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 "대통령령이 정하는 토지관련 매입세액"이라 함은 토지의 조성등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액을 말한다.

• 다. 사실 및 판단

(1) 청구법인은 자동차매매시장 상가 임대분양 등 부동산업을 주업으로 하는 법인으로 "대전광역시 중구 ○○○동 ○○○외 12필지"를 청구외 ○○○외 9인에게서 임차한 후, 임차한 토지위에 (주)○○○종합시장이라는 중고자동차 매매시장의 부지조성 및 조립식 건물 신축하여 임대 분양함에 있어, 부지조성(정지공사, 성토공사 및 조경공사 등) 및 신축공사를 청구외법인 (주)○○○개발에 도급을 주어 2000.10.16∼2001.1.20까지 공사를 시행하고 공사도급금액 1,100,000,000원(부가가치세 100,000,000원 포함)에 대하여 부가가치세 매입세액공제 신고를 하였다.

(2) 처분청은 청구법인의 신고내용중 건축공사, 전기공사, 설비공사등 대부분의 공사원가에 대하여는 부가가치세 매입세액 공제를 인정하였으나, 토목공사중 구축물에 해당하는 포장공사비 등 137,727,076원을 제외한 98,529,816원(토공 38,673,380원, 배수공 17,577,941원, 구조물공 25,471,368원, 부대공 16,809,589원 기타 △2,462원)과 조경공사비 35,421,071원 합계 133,950,887원은 토지조성 관련 자본적 지출액으로 보아 부가가치세 매입세액 공제를 부인하였다.

(3) 청구법인이 제출한 "자동차 매매상사 임대분양 계약서"에 의하면, 임대인은 '청구법인'으로, 임차인은 '공란'으로 되어 있는 바, 동 매매상사(사무실 및 주차장 등)는 청구법인의 계산과 책임하에 제3자에게 임대 분양할 목적으로 조성되었음을 알 수 있다.

(4) 현행 부가가치세법은 전단계매입세액공제법에 따라 매출세액에서 매입세액을 차감하여 납부할 세액을 계산하고 있다. 이러한 전단계매입세액공제법의 구조하에서는 부가가치의 구성요소인 임금, 이자, 이윤, 토지등을 과세대상으로 하면 기업이 창출한 부가가치에 대하여 이중과세되는 현상이 발생한다. 이에 따라 부가가치세법은 부가가치의 구성요소인 토지등에 대하여는 부가가치세를 과세하지 않고 있다. 이에 따라 토지의 조성등을 위한 자본적 지출과 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다. 이는 토지는 면세대상이므로 그 후 토지를 매각하여도 매출세액이 발생하지 아니하므로 이에 대응하여 매입세액도 불공제하려는 것이다.

(5) 위 내용을 감안하여 관련법령을 적용하면, 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 및 같은 법 시행령 제60조 제6항의 취지는 토지가 면세재화이므로 토지조성관련 매입세액은 불공제하되, 당해 토지의 취득원가로 계상하여야 한다는 것을 명확히 하고자 하는데 있는 것으로서, 당해 토지위에서 시행하려는 사업이 과세사업이냐 면세사업이냐의 여부에 따라 당해 토지의 조성을 위한 자본적 지출액을 부가가치세 매입세액으로 공제할 것인가 공제하지 아니할 것인가의 여부가 결정되는 것은 아니라 할 것이다.

(6) 청구법인의 경우에는 타인의 토지를 임차하여 자기의 계산과 책임하에 토지의 가치를 증가시키는 공사를 한 후, 상가시설물을 신축하여 이를 제3자에게 임대 분양한 경우로서, 타인의 토지를 개발하여 주고 개발용역대가를 받는 경우가 아니므로, 위 토지조성관련 자본적 지출액을 토지의 이용대금에 합산하여 임대분양가액을 산정하는 것은 별론으로 하더라도 이 건 부가가치세 매입세액으로 공제하기는 어려운 것으로 판단된다.

(7) 따라서, 이 건 처분청이 청구법인의 토지조성관련 자본적 지출액에 대하여 부가가치세 매입세액 공제를 배제한 처분은 달리 잘못이 없다 할 것이다.

(8) 그러므로 이건 심판청구는 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.