양도소득계산시 신축공사비 등이 취득가액에 포함는지 여부

○○○세무서장이 2001.9.16 청구인에게 한 1999년 귀속 양도소득세 69,786,640원의 부과처분 중

1. ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○ 임야 498㎡와 같은 리 ○○○ 공장용지 4,132㎡ 및 위 지상 공장 913.64㎡의 양도에 따른 양도차익을 계산함에 있어서 같은 리 ○○○ 소재 대지 4,132㎡의 지목변경에 따른 취득세 농어촌특별세 3,063,700원과 같은 소재지 공장신축에 따른 등록세 및 교육세 771,840원, 합계 3,835,540원을 취득가액에 포함하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 기각합니다.

청구인은 1999.5.14 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○ 임야 498㎡와 같은 리 ○○○ 공장용지 4,132㎡ 및 위 지상 공장 913.64㎡(이하 "쟁점부동산"이라 한다.)을 같은 리 ○○○ 소재 (주)○○○기업에 양도하였으며, 1999.11.22 및 1999.11.23 같은 리 ○○○ 소재 임야 6,776㎡ 및 같은 리 ○○○ 임야 1,652㎡(이하 "쟁점외부동산"이라 한다.)를 각각 양도하였다. 처분청에서는 쟁점외부동산에 대한 양도소득세를 경정함에 있어서 쟁점외부동산의 필요경비 등 78,312,976원과 쟁점외부동산의 양도소득금액에 가산한 쟁점부동산의 양도소득금액 중 공장건물에 대한 감가상각비 62,120,722원, 보유중인 토지에 대한 사도개설비 해당분 12,564,945원, 합계 74,685,667원을 각각 부인하여 2001.9.16 청구인에게 1999년 귀속 양도소득세 69,786,640원을 결정고지 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.11.26 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청에서는 쟁점부동산의 양도소득금액을 경정하면서 쟁점부동산 중 공장건물의 취득가액을 395,000,000원으로 하여 양도차익을 계산하였으나, 청구인이 1994.4.2 청구외 ○○○주택(○○○, 정○○○ 이하 "○○○주택"이라 한다)에 지급한 신축공사비 50,000,000원과 1995.4.1 청구외 ○○○전기(○○○ 이하 "○○○전기"라 한다)에 지급한 전기공사비 15,000,000원, 쟁점부동산에 대한 취득세 등 공과금 5,604,340원, 합계 70,604,340원을 쟁점부동산의 취득원가에 산입하는 것이 타당하다.
• 나. 처분청 의견 청구주장 중 취득세 1,768,800원은 공장건물의 취득세로 확인되어 취득가액에 산입하였고, 공장건물의 취득가액 395,000,000원에 취득세 1,768,800원을 가산하여 감가상각비 부인액을 62,120,722원에서 53,167,018원으로 재계산하여 직권시정 하였다. 청구인은 1994.4.2 ○○○주택에 지급한 신축공사비 50,000,000원과 1995.4.1 ○○○전기에 지급한 전기공사비 15,000,000원을 공장건물의 취득원가에 산입하여야 한다고 주장하고 있으나, 신축공사비 50,000,000원은 공급자인 ○○○주택이 1994년 제2기 부가가치세 신고시 세금계산서를 제출하지 아니한 것으로 확인되고 있고, 매입세금계산서상의 사업장 소재지인 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○는 쟁점부동산 소재지와 다른 청구인의 사업장(○○○공예사 ○○○)으로 확인되므로 쟁점부동산의 취득가액과는 관련이 없고, 전기공사비 15,000,000원은 공장건물의 신축공사를 청구외 ○○○건설(○○○, 조○○○)에 일괄도급한 것으로 나타나고 있어 쟁점부동산에 별도의 전기공사비가 발생할 여지가 없는 것으로 확인되므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도차익을 계산함에 있어서 신축공사비 등을 취득원가에 포함하여야 하는지 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관련법령 이 건 양도소득세 과세요건 성립일 현재 시행된 법령은 다음과 같다. 소득세법 제96조 【양도가액】양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다.(1995.12.29단서개정) 같은 법 제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.(1995.12.29단서개정) 나.(생 략)

2. 대통령령이 정하는 설비비와 개량비

3. 대통령령이 정하는 자본적지출액

② 양도자산 보유기간 중에 그 자산에 대한 감가상각비로서 각 연도의 부동산임대소득금액·사업소득금액 또는 산림소득금액의 계산에 있어서 필요경비에 산입하였거나 산입할 금액이 있는 때에는 이를 제1항의 금액에서 공제한 것을 그 취득가액으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 정하는 바에 의한다(1996.12.30개정)

1. 양도차익을 실지거래가액에 의하는 경우에 있어서 그 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서 및 동호 나목 본문의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액(1996.12.30개정) 2.(생 략) 같은 법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다.(단서생략) 같은 법 시행령 제166조【양도차익의 산정 등】

① ∼③(생 략)

④ 법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 "당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.(1995.12.30개정) 1.∼2.(생 략)

3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우(1995.12.30개정)

• 다. 사실관계 및 판단 첫째, 처분청에서 제시한 이 건 과세기록을 보면, 처분청에서 쟁점외부동산에 대한 양도소득세를 경정함에 있어서 쟁점외부동산의 필요경비 등 78,312,976원과 쟁점외부동산의 양도소득금액에 가산한 쟁점부동산의 양도소득금액 중 공장건물에 대한 감가상각비 62,120,722원, 보유중인 토지에 대한 사도개설비 해당분 12,564,945원, 합계 74,685,667원을 각각 부인하여 과세한 것으로 나타나고 있다. 둘째, 이에 대하여 청구인은 1994.4.2 ○○○주택에 지급한 신축공사비 50,000,000원과 1995.4.1 ○○○전기에 지급한 전기공사비 15,000,000원, 쟁점부동산에 대한 취득세 등 공과금 5,604,340원, 합계 70,604,340원을 쟁점부동산의 취득원가에 산입하는 것이 타당하다고 주장하고 있다. 셋째, 처분청에서는 쟁점부동산의 취득세 1,768,800원은 공장건물의 취득세로 확인되어 취득가액에 포함하여 직권시정하였고, 신축공사비 50,000,000원과 전기공사비 15,000,000원, 합계 65,000,000원은 쟁점부동산 중 공장건물의 신축공사와 관련없는 비용이므로 당초 처분은 정당하다고 주장하고 있다. 넷째, 쟁점부동산의 취득원가와 관련하여 청구인이 제시하고 있는 입증자료를 보면, 1994.4.2 청구인이 교부받은 세금계산서(공급가액 50,000,000원)상의 공급자인 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ읍 ○○○리 ○○○ 소재 ○○○주택(○○○ 대표 정○○○)은 세금계산서 교부일(1994.4.2) 이전인 1993.12.31에 이미 폐업하였고, 위 매출세금계산서에 대한 부가가치세 신고도 하지 아니한 것으로 확인되고, 위 세금계산서상의 공급받는자는 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○ 소재 ○○○공예사(○○○, 송○○○)로써 쟁점부동산 소재지인 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○ 소재 ○○○공예사(○○○, 송○○○)와 다른 청구인의 사업장으로 확인되고 있어 쟁점부동산의 취득원가로 보기 어렵다 할 것이고, 1995.4.2 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○ 소재 ○○○전기(○○○, 최근식)로부터 교부받은 세금계산서(공급가액 15,000,000원)상의 전기공사비는 청구인과 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ읍 ○○○리 ○○○ 소재 ○○○건설(○○○, 조○○○)이 쟁점부동산의 공장신축에 관한 신축 및 토목공사를 395,000,000원에 체결하여 공사를 완공함에 따라 처분청에서 공사원가 395,000,000원을 쟁점부동산의 취득원가로 인정한 점으로 보아 위 공사내역에 전기공사가 포함되었다고 보는 것이 일응 타당한 점이 있다할 것이므로 ○○○전기로부터 교부받은 세금계산서상의 공급가액 15,000,000원은 쟁점부동산의 취득원가로 보기 어렵다고 판단된다. 한편, 쟁점부동산의 대하여 ㅇㅇㅇ시장이 발행한 지방세세목별과세증명서를 보면, 쟁점부동산 중 ㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○ 임야 4,132㎡를 공장용지로 지목을 변경하면서 1995.8.31 취득세 및 농어촌특별세 3,063,700원을 납부하였고, 1995.4.13 같은 리 ○○○ 상의 공장신축(498㎡)에 따른 취득세 및 농어촌특별세 1,768,800원과 등록세 및 교육세 771,840원, 합계 2,540,640원을 납부한 것으로 확인되고 있는 바, 처분청에서 위 취득세 및 농어촌특별세 1,768,800원만 취득가액에 포함하여 감액경정한 것으로 확인되므로 취득가액에 포함하지 아니한 위 취득세 및 농어촌특별세 3,063,700원과 등록세 및 교육세 771,840원, 합계 3,835,540원을 취득가액에 포함하여 감액경정하는 것이 타당하다고 판단된다.
• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.