수정세금계산서의 매입세액 공제가능 여부

심판청구를 기각합니다.

청구법인은 2001.1.25경 2000년 제2기 확정분 부가가치세를 신고하면서 청구외 (주)○○○통운(이하 "청구외법인"이라 한다)으로부터 교부받은 2000.10.5자 세금계산서(이하 "당초세금계산서"라 한다)의 매입세액 64,478,505원을 포함한 환급세액 83,591,560원을 신고하였다. 처분청은 이에 대하여 2001.2월경 서면조사를 실시한 결과, 당초세금계산서는 청구외법인이 2000.10.5자로 택배사업부를 청구법인에게 양도한데 대한 것으로서 공급가액 1,047,383,670원이 발행되었어야 하나 644,785,049원이 발행됨으로써 402,598,621원(이하 "쟁점금액"이라 한다) 만큼 과소발행되었다 하여 청구외법인의 관할 ○○○세무서장에게 자료통보하고, 청구법인에게는 2001.2.21 신고한 환급세액대로 환급통보하였다. 한편, 청구법인은 청구외법인으로부터 쟁점금액상당액의 세금계산서(이하 "추가세금계산서"라 한다)를 2000.10.5자로 소급하여 교부받아 추가환급세액 40,259,860원(이하 "쟁점세액"이라 한다)으로 하여 2001.2.15 경정청구(이하 "1차경정청구"라 한다)를 하였고, 처분청은 이에 대하여 2001.4.25 환급불가함을 통지하였다. 청구법인은 다시 당초세금계산서와 추가세금계산서는 적서로 작성하여 취소하고, 청구외법인으로부터 공급가액을 1,047,383,670원으로 한 2000.10.5자 수정세금계산서(이하 "쟁점수정세금계산서"라 한다)를 교부받아 쟁점세액을 추가환급세액으로 하여 2001.7.23. 경정청구(이하 "2차경정청구"라 한다)를 하였으며, 처분청은 2001.9.11. 2차경정청구에 대하여도 환급불가함을 통지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.11.24 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 부가가치세법시행령 제59조 의 규정에 의하면, 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정 사유가 발생한 경우에는 같은법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지는 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있는 바, 처분청이 당초 환급세액을 통지한 것은 청구법인이 신고한 내용대로 환급이 되어 과세표준이나 환급세액을 달리하여 경정한 것이 아니므로 그 후 적법하게 교부받은 쟁점수정세금계산서를 기초로 한 이 건 2차경정청구에 대하여 처분청이 이를 거부한 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 당초 환급세액으로 하여 확정신고한 서류에 대하여 서면조사시 보완요구를 한 결과, 청구외법인이 쟁점금액 만큼 세금계산서를 과소발행한 사실이 발견되어 청구외법인의 관할세무서에 과세자료로 통보한 바 있는데, 청구법인은 그 후 쟁점금액 만큼 추가 발행된 세금계산서를 교부받아 1차경정청구를 하였으나, 이는 과세기간 후에 교부된 사실과 다른 세금계산서에 해당되어 환급불가함을 통지하였으며, 2차경정청구 또한 당초 환급통지 및 1차경정청구에 대한 환급불가통지 후에 수정발행된 세금계산서를 기초로 하여 경정청구한 것이므로 이를 거부한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점수정세금계산서가 적법한 기간내에 수정·교부되었다고 보아 매입세액을 공제할 수 있는지의 여부
• 나. 관련법령 이 건 부과처분과 관련한 법령은 다음과 같다. 국세기본법 제45조【수정신고】① 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 관할세무서장이 각 세법의 규정에 의하여 당해 국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하여 통지하기 전까지 과세표준수정신고서를 제출할 수 있다.

1. 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액에 미달하는 때 제45조의 2【경정등의 청구】① 과세표준신고서를 법정기한내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할 세무서장에게 청구할 수 있다.

2. 과세표준신고서에 기재된 결손금 또는 환급세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정후의 결손금액 또는 환급세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때 부가가치세법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우 그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다. 1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액을 제외한다. 제21조【경정】① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때 부가가치세법시행령 제59조【수정세금계산서】법 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 제60조【매입세액의 범위】① 법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다. 1의 2. 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서에 대한 매입처별세금계산서합계표를 국세기본법시행령 제25조 의 3의 규정에 의하여 경정청구서와 함께 제출하여 제70조에 규정하는 경정기관이 경정하는 경우

② 법 제17조 제2항 제1호의 2 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

3. 재화 또는 용역의 공급시기 이후에 교부받은 세금계산서로서 당해 공급시기가 속하는 과세기간내에 교부받은 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계 청구법인 및 처분청이 제시하는 서류에 의하여 살펴본다. (가) 처분청은 2001.2월경 청구법인이 2000년 제2기 확정분 부가가치세를 환급신고한데 대하여 이를 서면조사하면서 청구외법인으로부터 교부받은 당초세금계산서에 대한 대금지급명세와 관련증빙서류 등을 2001.2.10까지 제출하도록 요구한 결과, 당초세금계산서는 청구법인이 2000.10.5자로 인수한 청구외법인의 택배사업부문의 공급가액이 착오에 의하여 쟁점금액(402,598,621원) 만큼 과소발행된 것으로 확인되어 2001.2.14 청구외법인의 관할인 ○○○세무서장에게 과세자료로 통보하였으며, 청구법인에게는 신고된 세액대로 2001.2.21 환급을 통보한 사실이 확인된다. (나) 한편, 청구법인이 쟁점금액에 대하여 세금계산서를 추가로 교부받아 2001.2.15 1차경정청구를 하였으나, 2001.4.25 처분청으로부터 사실과 다른 세금계산서라고 하여 환급불가 통지를 받고, 당초 세금계산서 및 추가세금계산서는 모두 취소(적서로 작성)하고 1,047,383,670원으로 작성된 쟁점수정세금계산서를 교부받아 2001.7.23 이 건 2차경정청구(환급세액 40,259,862원)를 한 것에 대하여도 처분청은 2001.9.11 당초 확정신고에 대한 서면조사시 보완요구한 후 환급결정통지 및 2001.4.25 1차경정청구에 대한 환급불가통지를 한 이후에 발행된 쟁점수정세금계산서에 의한 환급신청세액은 환급불가하다고 통지한 사실이 확인된다. (다) 그리고, 청구외법인은 2001.2.15 쟁점금액에 대하여 가산세 12,077,958원을 포함한 52,337,820원을 추가납부할 세액으로 하여 수정신고를 하였으나, 이를 무납부함에 따라 ○○○세무서장이 위 수정신고에 대하여 신고납부불성실가산세 계산오류의 차이 966,236원을 가산한 53,304,060원을 경정결의하여 2001.3.15 청구외법인에게 고지하였음이 관련서류에 의하여 확인되며, 위와 같은 사실관계에 대하여는 다툼이 없다.

(2) 판단 부가가치세법시행령 제59조 에서 수정세금계산서의 교부시한으로 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 법 제21조의 규정에 의하여 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다고 되어 있으며, 다만, 당초 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우와 같이 당초부터 확정되어 있는 공급가액이 착오에 의하여 쟁점금액 만큼 과소하게 기재되어 세금계산서가 교부된 경우는 과세관청이 그 과소분에 대한 과세표준과 세액을 경정하여 통지하기 전까지는 수정교부가 가능하나, 그 이후에 수정교부된 것은 적법한 수정세금계산서로 볼 수 없다 할 것이다. 그리고, 당초 착오에 의하여 교부된 세금계산서의 수정교부시한을 경정통지가 있기 전까지로 한정한 것은 수정교부대상이 되는 재화나 용역의 과세물건이 적법하게 과세되어 확정된 이후에는 수정하여 교부할 수 없도록 한 취지로 보이는 바, 이 건의 경우 당초세금계산서를 교부한 청구외법인이 쟁점금액에 대하여 2001.2.15 수정신고하면서 무납부하고, 그에 따라 ○○○세무서장이 2001.3.15 수정신고 무납부세액에 가산세 과소계산액을 추가하는 내용의 경정결의를 하여 고지함으로써 쟁점금액은 적법하게 과세되어 확정되었다 할 것이므로 청구법인이 그 후에 적법한 기한내에 수정·교부된 것이 아닌 쟁점수정세금계산서를 근거로 이 건 2차경정청구를 한데 대하여 처분청이 이를 거부통지한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인 주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.