매압세액 공제의 적부

○○○세무서장이 2001.9.18. 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 청구법인이 2000.10.1.∼12.31. 기간동안 ○○○로부터 교부받은 세금계산서 8,684,048,585원에 대한 매입세액 868,404,870원을 매출세액에서 공제하여 그 과세표준과 세액을 경정합니다.

청구법인은 2000.2.11. "자산유동화에 관한 법률"에 의하여 설립된 ○○○로서 2000.10.1.∼12.31. 기간동안 ○○○로부터 동 법인의 ○○○영업소외 17개 사옥(이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 68,490,352,342원에 매입하여 임대하였으며, 건물부분의 공급가액 8,684,048,585원에 대한 매입세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다) 18매를 교부받고 매입세액 868,404,870원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)에 대해 매입세액공제 대상이 아닌 것으로 보고 매입세액불공제하여 2001.1.26. 처분청에 2000년 제2기 부가가치세 확정신고를 하였다. 이후, 청구법인은 쟁점매입세액이 임대용부동산 취득에 대한 매입세액이고 쟁점부동산 전체를 부동산임대업에 사용하고 있으므로 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 보아 2001.7.23. 처분청에 경정청구를 하였다. 처분청은 부가가치세법 제17조 제2항 제4호 규정 및 재정정제부 예규(재소비 46015-143, 2001.6.13)에 의거 쟁점매입세액은 부가가치세가 면제되는 용역을 공급하는 사업과 관련된 매입세액으로서 매출세액에서 공제하여야 할 매입세액에 해당되지 아니하는 것으로 보아 2001.9.18. 청구법인의 경정청구를 거부하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.9.26. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 2000.2.11. 설립되어 면세사업인 ○○○과 과세사업인 ○○○을 겸영하는 ○○○전문회사로서 ○○○으로 취득한 ○○○은 취득시부터 매각하기 전까지는 면세용역인 ○○○과는 독립된 별개의 과세사업인 ○○○을 영위하는 것이며, ○○○을 ○○○에서 제외하도록 규정한 부가가치세법시행령 제33조 제4항 규정이 신설되어 시행(2001.1.1)되기 이전에도 은행의 경우에는 부동산임대용역에 대하여 부가가치세 과세사업으로 보고 건물에 대한 매입세액을 공제해 왔으므로 은행과 업종이 동일한 청구법인이 쟁점부동산을 위 규정이 신설되기 이전에 취득하였다고 하더라도 쟁점부동산을 과세사업용으로 보아 그 취득에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다.
• 나. 처분청 의견

○○○가 부동산을 취득하는 것은 ○○○을 영위하기 위한 것이라기 보다는 그 목적사업인 ○○○을 수행하기 위한 것으로 보아야 할 것이고, ○○○의 유동화 관련 사업 및 ○○○은 부가가치세가 면제되는 것이므로 면세사업과 관련된 쟁점매입세액은 불공제하는 것이 타당하다. 또한 2000.12.29. 개정되기 이전의 부가가치세법시행령 제33조 제1항 제12의 3호에서 2000.12.31. 이전까지는 ○○○의 ○○○을 부가가치세가 면제되는 금융·보험용역으로 규정하고 있으므로 쟁점부동산을 면세사업에 관련된 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

○○○회사가 임대용부동산을 2000.12.31. 이전에 취득한 경우 당해 부동산 매입시 부담한 부가가치세 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령 < 부가가치세법, 2000.12.29. 법률 제6305호로 개정되기 전의 것> (1) 부가가치세법 제1조 【과세대상】

① 부가가치세는 다음 각호의 거래에 대하여 부과한다.

② 이하생략 (2) 부가가치세법 제12조 【면 세】

① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 제1조 【과세대상】

10. 금융·보험용역으로서 대통령령이 정하는 것 (3) 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액 < 부가가치세법시행령, 2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것> (4) 부가가치세법시행령 제1조 【재화의 범위】

③ 재화를 공급하는 사업의 구분은 통계청장이 고시하는 당해 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류표를 기준으로 한다. (5) 부가가치세법시행령 제2조 【용역의 범위】

① 법 제1조 제3항에 규정하는 용역은 다음 각호의 사업에 해당하는 모든 역무 및 기타 행위로 한다.

5. 부동산업·임대업 및 사업서비스업. 다만, 전·답·과수원·목장용지·임야 또는 염전임대업을 제외하며, 부동산매매업은 재화를 공급하는 사업으로 본다.

② 제1항의 사업구분은 통계청장이 고시하는 당해 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류표에 의하되, 제1항에 규정하는 사업과 유사한 사업은 한국표준산업분류표에 불구하고 동항의 사업에 포함되는 것으로 본다. (6) 부가가치세법시행령 제33조 【금융·보험용역의 범위】

① 법 제12조 제1항 제10호에 규정하는 금융·보험용역은 다음 각호에 규정하는 사업을 하는 자가 제공하는 것으로 한다.

12의 3. 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사업과 동법에 의한 자산관리자가 자산유동화와 관련하여 공급하는 자산관리용역 < 부가가치세법시행령, 2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정된 것> (7) 부가가치세법시행령 제33조 【금융·보험용역의 범위】

① 법 제12조 제1항 제10호에 규정하는 금융·보험용역은 다음 각호에 규정하는 사업에 해당하는 역무로 한다.

15. 자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사 및 자산관리자가 행하는 자산유동화사업 및 자산관리사업

④ 제1항의 규정에 불구하고 다음 각호의 1에 해당하는 용역은 이를 금융·보험용역으로 보지 아니한다.

(8) 부칙 제1조【시행일】이 영은 2001년 1월 1일부터 시행한다. < 자산유동화에 관한 법률, 2000.1.21. 법률 제6181호로 개정된 것>

(9) 제2조【정의】

1. "자산유동화"라 함은 다음 각목의 1에 해당하는 행위를 말한다.

• 가. 유동화전문회사가 자산보호자로부터 유동화자산을 양도받아 이를 기초로 유동화증권을 발행하고, 당해 유동화자산의 관리·운용·처분에 의한 수익이나 차입금 등으로 유동화증권의 원리금 또는 배당금을 지급하는 일련의 행위

5. "유동화전문회사"라 함은 제17조 및 제20조의 규정에 의하여 설립되어 자산유동화업무를 영위하는 회사를 말한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 부가가치세법시행령 제33조 제4항 규정이 신설되어 시행(2001.1.1)되기 이전에도 은행의 경우에는 ○○○에 대하여 금융업과는 별개의 부가가치세 과세사업으로 보고 건물에 대한 매입세액을 공제해 왔으므로 은행과 업종이 동일한 청구법인의 ○○○에 대하여도 부가가치세 과세사업으로 보아 그 취득에 따른 매입세액을 공제하여야 한다고 주장한다.

(2) 처분청은 2000.12.29. 개정되기 이전의 부가가치세법시행령 제33조 제1항 제12의 3호에서 2000.12.31. 이전까지 ○○○의 ○○○을 부가가치세가 면제되는 금융·보험용역으로 규정하고 있었으므로 쟁점부동산을 면세사업에 관련된 것으로 보아 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고 청구법인의 경정청구를 거부한 사실이 확인되는 바, 청구법인이 제출한 제무제표 등 증빙에 의하여 위 관련법령 개정일 이전에 취득한 임대용부동산에 대하여도 부가가치세 과세사업으로 보고 그 취득에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제할 수 있는지 여부에 대해 살펴본다. (가) 청구법인은 ○○○에 따라 2000.2.11. 설립된 ○○○로서 ○○○으로 사업자등록을 하고 2000.2.15. 사업을 개시하여 ○○○인 ○○○로부터 2000.10.1.∼12.31. 기간동안 쟁점부동산을 매입하여 임대사업을 영위하고 있으며, 청구법인은 2000.10.10. ○○○와 자산관리위탁계약을 체결하여 동 법인으로부터 양도받은 유동화자산의 관리를 자산유동화에 관한 법률에 따라 동 법인에 위탁하였다. (나) 청구법인은 쟁점부동산을 매입한 후 위 18개 사옥의 소재지를 관할하는 세무서장으로부터 업종을 ○○○으로 사업자등록증을 각각 교부받았으며 2000년 제2기, 2001년 제1기 및 제2기 부가가치세 확정신고시 ○○○와 관련하여 임차인들로부터 부가가치세를 거래징수하여 신고·납부하였고, ○○○로부터 쟁점부동산을 매입하여 매입세금계산서를 교부받고 부가가치세를 부담하였으며, 이에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. (다) 부가가치세법 제12조 (면세) 제1항 제10호에서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역에 대해 "금융·보험용역으로서 대통령령이 정하는 것"으로 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제33조(금융·보험용역의 범위) 제1항 제12의 3호(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것)에서 "자산유동화에 관한 법률에 의한 ○○○과 같은 법에 의한 자산관리자가 자산유동화와 관련하여 공급하는 자산관리용역"을 규정하고 있으며, 부가가치세법시행령 제1조 (재화의 범위) 및 제2조(용역의 범위)에서 재화 또는 용역의 사업구분은 통계청장이 고시하는 당해 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류표에 의하도록 규정하고 있다. 이에 대하여 우리 심판원에서 2002.5.11. ○○○의 표준산업분류와 관련하여 통계청장에게 유권해석을 의뢰하였는 바, 통계청장은 2002.5.16.자 회신에서 금융기관이나 자산관리공사 등으로부터 부동산을 구입하여 이를 기초로 증권을 발행하고 일반투자자들에게 증권을 판매하여 마련한 자금으로 부동산구입 비용을 충당하고 구입한 부동산을 임대 및 처분한 수익금으로 증권을 구입한 투자자에게 상환하는 것이 주된 산업활동인 경우에는 ○○○(코드번호: 701)"에 해당한다고 회신하였다. (라) 따라서 부가가치세법상의 사업구분은 법령에서 달리 규정하는 경우를 제외하고 한국표준산업분류표에 의하도록 규정하고 있고 동 분류표에 의하면 부동산임대업과 금융·보험업은 별개의 독립된 사업으로 구분되어 있음을 알 수 있으며, 통계청장의 위 회신내용에 의하면 부가가치세법 제12조 및 같은 법 시행령 제33조의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 금융·보험용역의 범위에 ○○○은 제외되는 것으로 판단된다.

(3) 한편, 대법원은 판례에서 부가가치세법시행령(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제33조 제1항 제12의 3호 규정에 의한 유동화전문화사업에 대하여 유동화전문회사가 유동화자산과 관련하여 제공하는 용역 중 유동화자산을 기초로 유동화증권을 발행하고 유동화자산의 관리·운용·처분에 의한 수익금으로 유동화증권의 원리금 또는 배당금을 지급하는 행위는 부가가치세 면제대상인 금융업에 포함된다고 할 것이지만, 유동화자산인 건물을 관리하는 수단으로 제3자에게 임대하는 행위자체는 구 부가가치세법 제12조, 구 부가가치세법시행령 제33조 제1항 에 의한 부가가치세가 면제되는 금융용역에 해당하지 아니한다고 판시하고 있다(대법원 2004두9418, 2004.12.9. 같은 뜻임)

(4) 위 사실관계 및 관련법령의 취지 등을 종합해 볼 때, 첫째, 부가가치세법상의 사업구분은 법령에서 달리 규정하는 경우를 제외하고는 한국표준산업분류표에 의하도록 규정하고 있고, 자산유동화사업에 대하여 ○○○의 한국표준산업분류표에 대한 회신내용에 의하면, 자산유동화사업을 "부동산임대 및 공급업"으로 분류하고 있는 점, 둘째, 대법원 판례에서 유동화자산인 건물을 관리하는 수단으로 제3자에게 임대하는 행위자체는 부가가치세법(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전의 것) 제12조, 같은 법 시행령 제33조 제1항 규정에 의한 부가가치세가 면제되는 금융용역에 해당하지 아니하는 것으로 판시하고 있는 점, 셋째, 위 규정은 특정재화 또는 용역의 공급과 특정재화의 수입에 대하여만 제한적으로 면세하도록 열거하고 있으므로 그 면세대상 사업의 범위를 정한 같은 법 시행령 제33조 제1항 제12의 3호 규정에 의한 ○○○의 사업은 그 본질적 요소가 포함된 본래의 의미의 ○○○의 사업만을 지칭하는 것으로 해석되는 점, 넷째, 같은 법 시행령 제33조 제1항의 규정은 개정전(2000.12.29. 대통령령 제17041호로 개정되기 전)이나 개정후 규정 모두 유동화전문회사와 금융·보험사업자가 제공하는 용역을 동일하게 부가가치세가 면제되는 용역으로 규정하고 있음에도 과세관청은 금융기관의 ○○○을 금융업과 별개의 독립된 과세용역으로 보아 부가가치세를 과세해 온 점 등으로 보아 위 규정 개정전에 취득한 부동산에 대하여 특별히 자산유동화전문회사의 ○○○만을 부가가치세 면제용역으로 해석할 수는 없는 것으로 보이는 바, 2001.1.1. 이후 시행하는 위 개정 규정은 그동안 금융기관 등이 제공하는 부동산임대용역을 과세해 온 사실에 대한 확인적 규정으로 보는 것이 타당하다 하겠다. 따라서 처분청이 위 개정후 규정을 창설적 규정으로 보고 개정전 규정에서 2000.12.31. 이전까지는 ○○○의 ○○○을 부가가치세가 면제되는 금융·보험용역으로 규정하고 있다고 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 당초처분은 타당성이 결여된 것으로 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.