토지매입비 관련 매입세액불공제 여부

심판청구번호 국심2001서 2287(2001.11.29) �

○○○연립재건축조합(이하 "재건축조합"이라 한다)은 1996.9.13에 36세대가 모여 결성한 주택조합으로 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○ 등 5,583㎡(인접 지번 ○○○ 3,233㎡는 시공회사로부터 취득자금을 차입하여 매입) 대지상에 청구외 ○○○건설(주)와 주택건설공사계약을 체결하여 총 220세대의 공동주택 및 상가를 신축하여 주택 184세대 및 상가를 일반에게 분양하고, 1997년 제1기∼2001년 제1기 과세기간 동안 부가가치세 과세분 매출 3,596,106천원, 부가가치세 과세분 매입 5,545,625천원, 환급세액 95,795천원을 환급신고(1997년 제1기∼1998년 제2기 과세기간 동안 기경정으로 34,167천원 감액하여 환급)하였다. 처분청은 재건축조합의 부가가치세 과세분 매출보다 부가가치세 과세분 매입이 더 많은 모순점을 규명한 결과, 재건축조합이 시공회사로부터 차입하여 구입한 토지매입비 5,021,250,000원이 건설공사비에 포함되어 과다하게 계상되었다고 보아 이를 건설공사비에서 제외하여 과·면세 매입세액을 안분계산하여 113,253,180원을 매입세액 불공제하고, 분양수입금액 신고누락금액 91,723,495원을 매출에 가산하여 2001.6.1 재건축조합의 조합장인 청구인에게 2000년 제1기 부가가치세 143,684,730원을 부과처분하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.8.23 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 재건축사업 공사가계약서의 공사계약조건 제1장 제2조 제2항 "을의 공사비 투자범위는 … 추가토지매입비 및 부대비용 기타 모든 업무비용을 포함한다"라는 규정에 근거하여 건설공사비에 토지매입비가 포함된 것으로 보았으나, 위 조항의 규정은 "추가토지매입부대비용"의 잘못된 표현이며, 공사가계약서 제1장 제2조 제1항 "을의 공사비는 본조 제3항에 명시된 조합원분담금과 조합원 36세대에게 분양하고 남은 잔여 아파트분 분양대금으로 하며, 위 금액은 공사비 및 사업비로 전액 ○○○건설(주)에 귀속된다"는 규정에 의하여 조합원이 부담하는 건설공사비는 "지분제"로서 조합원들이 추가하여 건설공사비를 부담한 사실도 없으며, 위 공사계약서의 특약사항 제1조 제2항에 "추가토지매입비는 ○○○건설(주)에서 대여한다"라고 규정하고 있으며, 추가토지매입비는 시공회사가 청구법인에게 그 취득자금을 대여하였다가 1997.8.12 청구법인의 조합원 분담금 및 분양계약금 등으로 우선 변제된 것으로 추가매입한 토지매입비 5,021,250천원이 건설공사비로 과다계상된 것으로 본 당초처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 재건축공사가계약서의 공사계약조건 제1장 제2조 제2항의 "추가토지매입비 및 부대비용"은 "추가토지매입부대비용"의 잘못된 표현이라고 주장하나, 이는 설득력이 없는 주장이며, 이 건 재건축공사계약은 조합원이 부담하는 공사도급금액의 변동을 피하기 위한 "지분제"계약이라고 주장하고 있으나, 1999.5.4 도급금액 19,453,746,760원으로 계약서를 작성하였다가, 1999.6.30 도급금액 21,140,536,851원으로 재작성한 사실에 비추어 청구주장을 받아들이기 어렵고, 추가토지매입비는 시공회사로부터 차입하여 1997.8.12 변제한 것이라는 주장도 재건축조합이 조합원의 분담금 및 분양대금외에 별도로 지급한 사실이 없으므로 차입금을 상환한 것으로 보기도 어렵다. 따라서 시공회사로부터 차입한 추가토지매입비 상당액은 조합원의 분담금과 일반분양대금으로 변제된 것으로 청구법인이 지급한 건설공사비에 포함되어 지급된 것으로 본 당초처분은 잘못이 없다.

• 가. 쟁점 재건축조합이 시공회사에 지급한 공사비 중 토지매입비가 포함되어 있다하여 관련 부가가치세 매입세액공제를 부인한 처분의 당부를 가리는데 있다.
• 나. 관련 법령 이 건 과세요건 성립 당시의 관련세법 규정은 다음과 같다. 부가가치세법 제17조 【납부세액】

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액. 같은 법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】

① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 "공통매입세액"이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다.(단서 생략) 면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 × 면세공급가액/총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해과세기간 중 과세사업과 면세사 업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다. 1∼2. (기재 생략)

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율 같은 법 시행령 제61조의 2【공통매입세액의 정산】 사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 대한 납부세액을 확정신고하는 때에 다음 각호의 산식에 의하여 정산한다.(단서 생략)

2. 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우 가산 또는 공제되는 세액 = ｛총공통매입세액 × 〔1 - 면세사용면적/총사용면적〕- 기공제세액｝ 부가가치세법 제21조 【경정】

① 사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사 업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때.

• 다. 사실관계 및 판단 첫째, 재건축조합의 주택재건축신축판매와 관련한 일반분양수입금은 184세대 25,352,979,950원, 상가분양수입금 100,000,000원, 조합원 분담금 36세대 911,916,000원으로 총수입금액(조합원지분 포함)은 합계26,364,895,950원이며, 이에 대응하는 토지원가는 9,406,175,500원으로 계상하고 있는 사실이 재건축조합의 1999.9.13 현재 감사보고서 및 재무제표 등 결산서에 의하여 확인된다. 청구인은 2001.11.12 우리 심판원에 추가 제출한 1999.12.31 현재 손익계산서에 의하면 분양매출원가 중 용지비원가는 7,673,838,925원으로 계상된 것으로 확인되나, 이는 재건축조합이 20세대 이상의 일반분양을 하는 경우 관계기관의 분양가액의 승인을 사전 득하도록 되어있는 점에 비추어 볼 때 기 제출된 증거자료에 의하여 확인되는 용지비원가와 다른 금액을 신뢰하기는 어려운 것으로 보인다. 둘째, 위에서 살펴본 바와 같이 재건축조합의 결산서에서 확인되는 총수입금액(조합원지분 포함)에서 토지원가상당액을 차감한 금액 16,958,720,450원(부가가치세 포함)을 건물분에 대한 수입금액으로 볼 수 있으며, 재건축조합이 기타건축비로 계상한 보전등기료 및 분양수수료 등 614,499,613원, 조합운영비 114,008,110원, 합계 728,507,723원의 지출액을 감안하면 건물분 건설공사원가는 16,230,212,727원 이하일 것으로 보는 것이 타당하다. 셋째, 청구인은 재건축조합과 시공회사간의 도급계약은 소위 "지분제"계약으로서 재건축조합이 시공회사에 지급한 금액은 조합원 분담금 및 분양수입금 전액을 지급하는 조건으로 이외에 추가로 지급하는금액이 없다고 주장하고 있는 바, 이러한 계약조건하에서는 재건축조합은 토지원가 및 건축원가, 기타 조합관리비 등을 차감하면 순소득이 "0"이 되어야 함으로 시공회사 측에서 실제공사비를 얼마를 투입하였는지 상관없이 재건축조합측이 인식하여야 하는 공사비는 최대 16,230,212,727원이어야 하는 것으로 보임에도 재건축조합이 수취한 계산서 및 세금계산서(부가가치세 포함) 금액은 21,140,536,851원으로 4,910,324,124원 만큼 과다 수취한 것으로 분석된다. 넷째, 재건축조합의 총수입금액(조합원지분 포함) 26,364,895,950원 중 부가가치세 면세분에 해당하는 국민주택규모 이하 주택 관련 수입금액(조합원 지분 포함)은 19,111,935,700원이며, 부가가치세가 과세되는 국민주택규모 이상 주택 및 상가 관련 수입금액(조합원 지분 포함)은 7,252,960,250원임이 재건축조합의 1999.9.13 현재 결산서 중 "재무제표에 대한 주석"의 분양현황에 의하여 확인된다. 다섯째, 재건축조합은 시공회사로부터 공사비에 해당하는 부분을 과세·면세 수입금액 관련 매입세금계산서 및 계산서를 수취함에 있어서 분양면적을 기준으로 하여 안분하여 수취하고 공사비이외의 비용에 대하여는 세금계산서를 수취한 것으로 보이며, 이를 매 과세기간별 부가가치세 과세표준을 신고하면서 공사비는 분양면적비율로, 분양대행료는 일반분양분 중에서 과세분(조합원지분 제외) 및 면세분(조합원지분 제외)의 면적비율로 안분계산하여 매입세액을 계산한 것으로 보인다. 여섯째, 위에서 확인한 공사비 상당액 16,230,212,727원에서 분양대행료 765,000,000원(부가가치세 불포함)을 제외한 15,388,712,727원을 순수한 공사비지급액으로 보고, 재건축조합이 채택한 계산방식(과세분에 공한 토지와 면세분에 공한 토지의 비율)에 의하여 과세·면세 매입세액 안분계산하면 과세분 관련 공사비는 3,678,013,612원을 넘지 못하며, 관련 부가가치세 매입세액은 334,364,873원을 넘지 못하는 것으로 보이고, 분양대행료 765,000,000원(부가가치세 불포함)에 대한 매입세액은 조합원지분을 제외한 일반분양분 중에서 과세분과 면세분 분양면적비율로 안분계산하여 과세분과 관련된 매입세액 19,728,282원만 부가가치세 매입세액공제가 가능한 바, 재건축조합이 과세분 수입금액과 관련하여 부가가치세 매입세액공제 가능한 금액은 공사비 매입세액 334,364,873원과 분양대행료 매입세액 19,728,282원을 합한 354,093,155원으로 계산되며, 이 중 재건축조합의 과세분 수입금액에서 제외되는 조합원지분에 대한 매입세액은 추가로 매입세액불공제하여야 함으로 총과세분 면적 중 조합원지분에 상당하는 면적비율로 안분계산한 조합원 지분 관련 부가가치세 매입세액 52,765,674원을 추가로 차감하면 부가가치세 매입세액 공제가 가능한 금액은 301,227,481원이 되는 것으로 계산된다. 일곱째, 재건축조합이 매과세기간별로 부가가치세과세표준을 신고하면서 기공제한 매입세액은 총 421,239,825원임이 처분청의 조사서, 부가가치세 신고 및 결정상황표 등에 의하여 확인된다. 이러한 사실을 모아 판단하여 볼 때 위에서 재건축조합이 부가가치세 매입세액으로 공제가능한 금액은 301,227,481원이나, 재건축조합이 부가가치세 매입세액을 공제받은 금액은 421,239,825원으로 301,227,481원을 초과하는 금액 120,012,344원은 매입세액불공제하는 것이 타당한 것으로 판단되는바, 처분청은 실제로 이금액보다 적은 113,253,180원을 매입세액불공제하였으므로 당초처분이 부당하다고 할 수 없는 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 와 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.