장기보유특별공제액의 적정성 여부

심판청구번호 국심2001서 1622(2001.10.29) 원의 부과처분은 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○ 대지 428㎡(청구인 지분 1/2)에 대한 장기보유특별공제를 양도차익의 100분의 15로 계산하여 그 과세표준과 세액을 경정하고,

2. 나머지 청구는 이를 기각한다.

청구인은 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○ 대지 428㎡(이하 "전체토지"라 한다) 및 건물 198㎡(이하 "전체건물"이라고 하며 전체토지와 함께 "전체부동산"이라 하고, 그 중 청구인지분 1/2을 "쟁점부동산"이라 한다)을 1997.8.14 양도하고 1997.10.30 실지거래가액에 의한 양도소득세를 신고하였다. 이에 대하여 처분청은 토지는 기준시가에 의하여, 건물은 확인된 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 2001.6.1 청구인에게 1997년도 귀속분 양도소득세 26,478,030원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.7.7 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 청구인이 쟁점부동산을 양도하고 양도차익을 실지거래가액으로 계산하여 신고하면서 취득 및 양도당시의 실지거래가액에 대한 증빙을 갖추어 신고하였음에도 처분청이 신고가액을 부인하고 쟁점부동산 중 토지의 양도차익을 기준시가로 과세함은 부당하다.

(2) 청구인은 쟁점부동산을 취득 및 양도하기까지 토지는 8년 5월을 보유하였고 건물은 3년 4월을 보유한 것이므로, 장기보유특별공제율을 적용함에 있어 토지는 15%를 적용하여 공제하여야 함에도 처분청이 10% 상당액 만을 공제한 것은 부당하다.

(3) 전체건물의 취득가액으로 신고한 79,294,250원중 13,200,000원은 건축비용으로 청구외 (주)○○○건설에 실제지급한 것임에도 (주)○○○건설의 개업전 거래분에 해당된다고 보아 부인함은 부당하다.

• 나. 처분청 의견 소득세법 제96조 제1호 단서 및 동법시행령 제166조 제4항에 의거 실지거래가액에 의한 양도차익을 산정함에 있어 『양도자가 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하는 경우』에 있어 증빙서류라 함은 단순한 매매계약서 뿐만 아니라, 금융자료 등 양도양수에 소요된 자금거래내역이 있어야 하나, 청구인은 그에 대한 증빙을 제시하지 못하므로 기준시가에 의해 양도소득세를 결정한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

(1) 쟁점부동산중 토지의 취득당시 실지거래가액이 확인되는지 여부

(2) 위 토지에 대한 장기보유특별공제액 계산이 적정한지 여부.

(3) 건물의 취득가액으로 청구인이 주장하는 신축공사비 13,200천원을 부인한 처분의 당부.

• 나. 관련법령 이 건 과세요건 성립당시의 관계법령을 본다 소득세법 제95조 【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하 “양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하 “양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.

② 제1항에서 "장기보유특별공제액" 이라 함은 제94조 제1호에 규정하는 자산(제104조 제3항에 규정하는 미등기양도자산을 제외한다)으로서 그 자산의 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 다음 각호의 구분에 따라 계산한 금액을 말한다.

1. 당해 자산의 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 것 양도차익의 100분의 10

2. 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 것 양도차익의 100분의 15

3. 당해 자산의 보유기간이 10년 이상인 것 양도차익의 100분의 30 소득세법 제96조 【양도가액】 양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 실지거래가액에 의한다. 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정】

④ 법 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 “당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1.~ 2. (생 략)

3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일 이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 사실관계를 본다. (가) 전체부동산의 등기부등본에 의하면, 청구인은 1989.4.11 청구외 최○○○와 공동으로 전체토지를 청구외 한○○○으로부터 매매를 원인으로하여 취득(당초 취득면적은 545㎡이었으나 도로로 편입되어 양도당시는 428㎡가 되었음)하여 1993.12.7 동 지상위에 상가(근린생활시설)를 공동으로 신축하여 보유하다가 1997.8.14 청구외 최○○○에게 양도한 사실이 확인된다. (나) 쟁점부동산의 양도에 대한 청구인의 신고내역을 보면 전체부동산에 대한 실지양도가액은 520,000,000원으로 하고, 그 취득가액은 425,794,250원(전체토지 매입비 346,500,000원, 전체건물신축비 79,294,250원)으로 하여 이 중 청구인 지분(1/2)에 해당하는 가액으로 신고하였고, 처분청은 이 건 양도소득세를 결정함에 있어 전체부동산의 실지양도가액은 인정되나, 전체토지의 취득가액이 불분명하다고 보아 토지의 양도차익은 기준시가에 의하여 산정하고 건물의 양도차익은 실지거래가액에 의거 산정하였음이 청구인의 양도소득세신고서 및 처분청의 결정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점1에 대하여 본다 청구인은 청구외 최○○○와 공동으로 전체토지를 취득함에 있어 등기상 소유권자인 청구외 한○○○이 아닌 미등기전매자인 청구외 신○○○으로부터 매입한 것이라고 주장하면서, 그 증빙으로 청구외 신○○○과 작성한 전체토지의 매매계약서와 확인서를 제시하고 있으므로 이를 살펴보면, 청구인이 제시한 위 토지매매계약서는 중개인 없이 쌍방합의로 작성된 것으로 동 계약서상 매매대금으로 346,500,000원이 실지거래가액인지의 여부가 금융자료 등 객관적인 증빙에 의하여 확인되지 아니하여 청구인이 주장하는 위 취득가액을 실지거래가액으로 인정하기는 어렵다고 본다. 따라서, 처분청이 쟁점부동산중 토지의 취득가액이 불분명한 것으로 보아 당해 양도차익을 기준시가로 계산하여 과세한 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 쟁점2에 대하여 본다 청구인은 처분청이 쟁점부동산중 토지에 대한 장기보유특별공제액을 산출하여 공제함에 있어 공제율을 15%로 계산하여야 함에도 10%로 잘못 적용하였다고 주장하므로 이를 살펴본다. 이 건 양도소득세 결정결의서에 의하면, 처분청은 쟁점부동산에 대한 장기보유특별공제액을 산출하여 공제하면서 토지분과 건물분 구분없이 공히 10%의 공제율을 적용한 사실이 확인되는 바, 쟁점부동산중 토지의 등기부등본에 의하면 청구인이 당해토지를 1989.4.11 취득하여 1997.8.14 양도하므로서 8년 5월 보유한 사실이 확인되고 있다. 전시한 소득세법 제95조 제2항 2호 에 의하면 양도자산의 양도소득금액을 산정함에 있어 당해 자산의 보유기간이 5년 이상 10년 미만인 자산의 경우에 있어서는 양도차익의 100분의 15를 장기보유특별공제액으로 공제하도록 하고 있는 바, 위에서 본 바와 같이 청구인이 쟁점부동산의 토지에 대하여는 8년 5월을 보유한 사실이 확인되고 있으므로 이에 해당하는 공제율인 100분의 15를 적용하여야 할 것임에도, 처분청이 보유기간이 3년 이상 5년 미만인 자산의 양도에 적용하는 공제율인 100분의 10을 적용하여 공제한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

(4) 쟁점(3)에 대하여 본다. 청구인이 전체건물의 신축공사비를 79,294,250원으로 하여 청구인지분 건물의 취득가액을 신고한데 대하여, 처분청이 동 공사비 중 (주)○○○건설에 지급한 13,200,000원을 취득가액으로 인정하지 아니함은 부당하다고 주장하므로 이를 살펴보면, 청구인은 (주)○○○건설에 13,200,000원의 공사비용을 지급하였다는 증빙으로 (주)○○○건설의 견적서와 입금표를 제시하고 있으나, 동 공사비 지급사실이 금융증빙 등 객관적인 증빙으로 확인되지도 아니할 뿐 아니라, 국세청의 전산자료(사업자기본사항조회)에 의하면 (주)○○○건설은 1994.10.27 개업하였음이 확인되는 반면에 건물은 1993.12.7 소유권보존등기(1993.11.23 준공)한 사실 등을 보건대 그 신빙성이 결여되므로, 청구인이 공사비용으로 (주)○○○건설에 지급하였다는 13,200,000원을 취득가액으로 인정하지 아니한 처분청의 결정은 잘못이 없다고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 일부 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.