부가가치세 면제용역 해당 여부

심판청구번호 국심2001서 1154(2001.11.23)

○○○세무서장이 2001.4.1 청구법인에게 한 부가가치세 1998년 2기분3,315,000원, 1999년 1기분 7,229,250원, 1999년 2기분 8,629,550원, 2000년 1기분 3,701,100원의 부과처분은 이를 취소한다

청구법인은 ○○시 ○○구 ○○○동 ○○○에서 컴퓨터부품판매 및 소프트웨어 개발을 영위하는 법인으로서 1998.9.14-2000.2.29까지 ○○○시스템하우스주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에 150,000,000원에 상당하는 ○○○투자증권 대외계시스템 구축 프로그램개발용역(이하 “쟁점용역”이라 한다)을 제공한 후 이는 전자계산조직을 이용한 시스템 분석 및 프로그램개발용역에 해당한다고 보아 부가가치세가 면제되는 용역으로 신고하였다. 처분청은 청구법인이 제공한 쟁점용역은 청구외법인의 지도감독하에 수행한 용역이므로 자기 책임하에 독립된 자격으로 개발한 용역이라고 볼 수 없다고 하여 부가가치세 면제대상이 아닌 것으로 보아 2001.4.1 청구법인에게 부가가치세 1998년 2기분 3,315,000원, 1999년 1기분 7,229,250원, 1999년 2기분 8,629,550원, 2000년 1기분 3,701,100원을 경정 고지하였다(처분청은 당초 1998년 1기분 3,315,250원, 1999년 1기분 15,824,020원, 2000년 1기분 3,701,100원을 고지하였으나 2001.10.13 위와 같이 경정함). 청구법인은 이에 불복하여 2001.5.12 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점용역에 대한 프로그램개발은 청구법인이 책임을 지고 독립된 자격으로 수행하였으며, 소유권도 용역료를 받고 인도하기 전 까지는 청구법인에게 귀속될 뿐만 아니라 제3자로부터 특허권 등에 대한 침해 청구가 있을 때에는 청구법인이 최종방어 책임을 지기로 하고 개발하였기 때문에 면세되는 용역에 해당하므로 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 쟁점용역 계약서에 의하면“청구외 법인은 쟁점용역을 효율적으로 지도 감독하기 위하여 필요한 자료를 요청할 수 있으며, 정기적인 용역수행 상황보고를 요구할 수 있다”라고 되어 있는 점등으로 보아 청구법인이 자기 책임하에 독자적으로 쟁점용역을 개발했다고는 볼 수 없고, 발주자인 청구외법인의 지도감독하에 쟁점용역을 제공한 것으로 보이므로 과세되는 용역의 공급으로 보아 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점용역이 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램 개발 용역으로서 부가가치세가 면제되는지 여부
• 나. 관련법령 부가가치세법제12조 【면 세】제1항에는 『다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다. 1.∼12. (생략)

13. 저술가·작곡가 기타 대통령령이 정하는 자가 직업상 제공하는 인적용역 』이라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제35조 【인적용역의 범위】에는 『법 제12조 제1항 제13호에 규정하는 인적용역은 독립된 사업(수개의 사업을 겸영하는 사업자가 과세사업에 필수적으로 부수되지 아니하는 용역을 독립하여 공급하는 경우를 포함한다)으로 공급하는 다음 각호에 규정하는 용역으로 한다.

1. (생략)

2. 개인·법인 또는 법인격 없는 사단·재단 기타 단체가 독립된 자격으로 용역을 공급하고 대가를 받는 다음에 규정하는 인적용역 (가)∼(다) (생략) (라) 학술연구용역·기술연구용역과 전자계산조직을 이용한 시스템분석 및 프로그램개발용역』이라고 규정하고 있다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1998.9월 청구외법인과 체결한 프로젝트계약서에 의해 1998.9.14∼2000.2.29까지 ○○○투자증권 대외계시스템 구축을 위한 소프트웨어 개발용역을 제공한 사실이 청구법인이 청구외법인에 제출한 프로젝트계약서, 기능설계명세서, 구조설계명세서, 유지보수가이드 등의 산출물에 나타나 있다.

(2) 처분청은 2000.9.15 ○○○지방국세청장으로부터 통보된 과세자료를 처리하면서 쟁점용역계약서 제5조에 "청구외법인은 용역수행을 효율적으로 지도 감독하기 위하여 필요로 하는 자료를 청구법인에게 요청할 수 있으며, 일정한 양식에 의거 정기적인 용역수행 상황보고를 요구할 수 있다"고 되어 있는 점등으로 보아 독립된 자격으로 용역을 제공하지 아니하고 청구외법인의 지도 감독하에 용역을 제공하였다고 보았다. 또한, 처분청은 독립된 자격으로 용역을 제공할 경우의 도급계약금 산정은 일괄계약금 으로 산정 되는데, 쟁점용역 계약금 산정은 파견된 직원을 기준으로 1인당 표준가격을 합산한 금액으로 산정 하였기 때문에 쟁점용역계약은 직원파견을 위한 계약으로 보아야 한다는 의견이나 이 부분에 대하여 구체적인 증빙자료는 제시하지 아니하고있다.

(3) 청구법인이 청구법인의 인력을 활용하여 독립된 자격으로 설계하고 개발하였다면서 제출한 산출물에 의하면 1단계부터 6단계까지 각 단계별로 아래표와 같이 개발하였음을 알 수 있다. 쟁점용역 단계별 산출물 현황 1단계 2단계 3단계 4단계 5단계 6단계 단계명 착 수 개념정의 분 석 설 계 개 발 구 현 산출물 프로젝트 계획서 시스템 청사진등 기능설계 명세 등 구조설계 명세 등 프로그램 유지보수가이드 쟁점용역 개발에 참여한 청구법인의 인적구성을 보면, 프로그램 개발 3년6월∼11년6월 경력이 있는 직원4명이 참여하였으며, 그 중 1인은 정보처리기사 1급자격을 소지하였음이 청구법인이 제출한 프로젝트 계획서와 국가기술자격증 사본에 의해 확인된다.

(4) 청구법인이 법적·경제적으로 독립된 지위에서 개발했다고 주장하는 계약내용을 살펴보면, 쟁점용역 프로젝트계약서 제9조, 제12조, 제13조 등에 “대금을 전액 결제 할 때까지 쟁점용역 산출물의 소유권은 청구법인에게 있고, 프로그램개발 및 자료개발에 관한 저작권은 청구법인과 청구외법인이 공동 보유하며, 청구법인이 제공한 제품에 대하여 제3자로부터 특허 또는 저작권 침해 청구가 있을 때 청구법인은 자기 비용으로 청구외법인을 방어하고 그러한 침해청구에 대한 법원의 최종 결정에 따라 총비용을 부담하여야 하고, 청구외법인은 특허 또는 저작권 침해청구가 있거나 있을 것으로 예상되는 제품에 대하여 청구법인이 수정하거나 바꾸는 것을 결정할 수 있도록 허락한다”라고 되어 있다.

(5) 청구법인은 청구외법인의 선급금 25,500,000원의 채권확보 와 쟁점용역계약의 이행보증용으로 청구외법인에게 『이행(선급금)보증보험증권』 및 『이행(계약)보증보험증권』을 제출한 사실로 보아 청구법인이 독립하여 쟁점용역을 수행한 사실을 알 수 있으며, 발주자인 청구외법인도 2001.10.11 작성한 사실확인서에서 청구법인과 단순한 인력지원이 아닌 독립적으로 쟁점용역 시스템을 구축하도록 계약하였음을 확인하고 있다.

(6) 위의 사실을 종합하여 보면, 쟁점용역은 청구법인이 독립된 자격으로 청구법인의 인력을 활용·개발하여 청구외법인에게 제공한 것으로 인정되므로 청구법인의 주장은 이유가 있는 것으로 판단된다. (국심2001서526, 2001.10.18, 같은 뜻임)

이 건 심판청구는 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.