[요지] 분양자들이 상가 분양당시 쟁점토지도 함께 분양하였다고 확인하고 있고, 쟁점토지(1개점포분 제외)의 소유권을 현재 121개 점포의 소유자들에게 각각 그 지분에 따라 이전해 준 점 등을 감안할 때, 당시 상가를 분양하면서 쟁점건물뿐만 아니라 쟁점토지도 함께 분양한 것이라고 판단됨
[요지] 분양자들이 상가 분양당시 쟁점토지도 함께 분양하였다고 확인하고 있고, 쟁점토지(1개점포분 제외)의 소유권을 현재 121개 점포의 소유자들에게 각각 그 지분에 따라 이전해 준 점 등을 감안할 때, 당시 상가를 분양하면서 쟁점건물뿐만 아니라 쟁점토지도 함께 분양한 것이라고 판단됨
[참조결정] 국심1997서2671
[주 문] OOO세무서장이 2001.4.4 청구법인에게 한 법인세 1994사업연도분 OOO원 및 동 농어촌특별세 OOO원의 부과처분은, 청구법인이 1994사업연도중 OOO시 OOO구 OOO 토지 229.347㎡, OOO 토지 53.851㎡를 별지 기재목록과 같이 분양한 것으로 보아 그 취득가액을 손금에 산입하는 것으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구법인은 부동산매매․임대업 등을 영위하는 회사로, 1994사업연도중 OOO시 OOO구 OOO 대지 750㎡와 같은 곳 OOO 대지 176㎡에 건물 3,950㎡를 신축하여 총 238개 점포를 분양하였다. 처분청은 OOO지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)의 세무조사 결과 청구법인이 1994사업연도중 122개 점포의 건물 1,218,109㎡(이하 “쟁점건물”라 한다)와 부속토지(2개 필지 전체 285.485㎡이며 이를 “쟁점토지”라 한다)를 분양하면서 세무신고시 이를 누락한 것으로 보아 분양대금(수입금액) OOO원을 익금가산하고, 이에 대응하는 취득원가 건물분(공사원가) OOO원, 쟁점토지분(장부상가액) OOO원 합계 OOO원을 손금산입하여 1995.10.30 청구법인에게 법인세 1994사업연도분 OOO원 및 동 농어촌특별세 OOO원, 부가가치세 1994년도 제2기분 OOO원을 각각 결정고지하였다. 처분청은 또한 쟁점건물의 경우 122개 점포의 수분양자들(이하 “수분양자들”라 한다)에게 소유권이 각각 이전되었으나, 쟁점토지는 등기부상 청구법인의 소유로 되어 있는 상태가 지속되자, 1994년 당시 청구법인이 122개 점포의 건물만 분양하고 토지는 분양하지 않았다고 보아, 쟁점토지의 취득원가 OOO원을 손금부인하고, 당초 청구법인이 누락한 분양대금 OOO원은 전부 건물분에 해당하는 것으로 하여 1999.7.1 청구법인에게 법인세 1994사업연도분 OOO원 및 동 농어촌특별세 OOO원, 부가가치세 1994년도 제2기분 OOO원을 추가로 각각 과세하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.7.13 처분청에 이의신청을 제기하였고, 그 결과 처분청은 쟁점토지가 1994사업연도 당시 쟁점건물과 함께 분양된 것으로 인정하여 경정감액 처분하였다가, 이후에도 쟁점토지의 소유권이 등기상 이전되지 않고 계속 청구법인의 소유로 남아 있자, 처분청은 또다시 쟁점토지가 쟁점건물 분양당시 함께 분양되지 않았다고 보아 쟁점토지의 취득원가 OOO원에 대해 이를 다시 손금부인하여 2000.3.10 청구법인에게 법인세 1994사업연도분 OOO원 및 동 농어촌특별세 OOO원 합계 OOO원을 각각 결정고지하였다(부가가치세는 부과제척기간이 도과하여 제외됨). 청구법인은 이에 불복하여 2001.6.5 국세청장에게 심사청구를 제기하였고, 국세청장은 1994사업연도 당시 쟁점토지가 쟁점건물과 함께 분양되지 않았다고 판단하였으나, 이렇게 되는 경우 수분양자들이 쟁점토지에 대한 권리 없이 이를 무상으로 사용한 결과가 되고 이는 사회통념에 부합하지 않으므로, 청구법인이 쟁점토지를 임대했는지의 여부에 대하여 처분청이 재조사하도록 경정결정(국세청 심사법인 2000-77호, 2000.8.18)하였고, 이에 조사관서는 쟁점토지 임대여부에 대해 재조사하여 임대 사실이 없는 것으로 확인하고서도 2001.4.4 청구법인에게 당초 처분을 유지한다고 재조사 결과를 통지(조이일46050-36, 2001.4.4)하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.4.27 이 건 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 비록 청구법인이 국세청 심사청구를 거쳐 이 건 심판청구를 제기하였으나, 처분청의 재조사 결과 경정할 사항이 없어 당초 처분을 유지한다는 통지는 일종의 불이익한 개별 처분이므로, 이에 대해 다시 심판청구를 제기한 것은 동일처분에 대한 심사와 심판의 중복청구를 금지한 개정 국세기본법 취지에 반하지 않는 적법한 청구이다.
(2) 비록 청구법인이 그동안 쟁점토지의 제세공과금을 납부하면서 이를 금융기관에 담보로 제공한 사실은 있으나 이는 수분양자들이 상가 활성화 등을 위해 청구법인을 지원한 것이고, 쟁점토지의 등기이전이 지연된 것은 쟁점건물이 1994년 이후 수 차례 증축되는 과정에서 1997.10월까지 토지분할이 불가능하였고, 이후에도 수분양자들이 등기의 필요성을 느끼지 못한 상태에서 점포가 수 차례 전매되어 권리관계가 복잡해졌기 때문인 바, 청구법인이 별지기재 목록과 같이 쟁점토지의 소유권을 수분양자들에게 지분별로 모두 등기이전해 주었으므로 쟁점토지의 취득원가를 손금으로 인정하여야 한다.
(1) 국세청 심사결정에 따라 처분청이 재조사하여 당초 처분을 유지한다고 통지한 것은 새로운 불이익한 처분으로 볼 수 없고, 특히 청구법인은 국세청 심사청구를 거쳤으므로 심판청구를 하지 못하고 바로 행정소송을 제기했어야 함에도 심판청구를 제기한 것인 바, 이는 심사청구나 심판청구 중 하나만을 선택하여 불복을 제기하도록 규정한 개정 국세기본법(1999.8.31 법률 제5993호로 개정된 것)에 반하는 부적법한 것이므로 본안심리전 각하되어야 한다.
(2) 청구법인은 쟁점토지의 소유권 이전등기가 가능한 1997.10월 이후에도 계속 이를 이행하지 않았고, 청구법인이 쟁점토지의 제세공과금을 부담하면서 이를 금융기관에 담보로 제공한 바 있으며, 점포분양과 관련하여 계약서 등 자료를 제시하지 못하는 가운데 유사사건에 대한 심사청구나 이 건 재조사 당시 청구법인은 쟁점토지를 임대하였다고 주장하는 등 청구주장에 일관성이 없으므로 이를 감안할 때 쟁점토지가 분양되지 않았다고 보아 과세한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
(2) 청구법인이 쟁점건물을 수분양자들에게 분양할 당시 쟁점토지도 함께 분양하였는지의 여부를 가리는 데 있다.
(1) 불복청구 관련법령 국세기본법(1999.8.31 법률 제5993호로 개정된 것) 제55조【불복】① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다.
⑦ 제5항 제3호의 심사청구를 거친 처분에 대한 행정소송은 행정소송법 제18조 제2항․제3항 및 동법 제20조의 규정에 불구하고 그 심사청구에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 처분청을 당사자로 하여 제기하여야 한다.
⑨ 동일한 처분에 대하여는 심사청구와 심판청구를 중복하여 제기할 수 없다. 같은 법 제65조【결정】① 심사청구에 대한 결정은 다음 각호의 규정에 의하여야 한다.
3. 심사청구가 이유 있다고 인정되는 때에는 그 청구의 대상이 된 처분의 취소․경정 또는 필요한 처분의 결정을 한다. 같은 법 부칙(1999.8.31 법률 제5993호로 개정된 것) 제1조【시행일】이 법은 2000년 1월 1일부터 시행한다(단서 생략). 같은 부칙 제2조【심사․심판청구 등에 관한 일반적 적용례】 이 법은 이 법 시행일 이후 최초로 제기하는 이의신청․심사청구 또는 심판청구분부터 적용한다.
(2) 손금인정 관련법령 법인세법 제9조【각사업연도의 소득】① 내국법인의 각사업연도의 소득은 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업연도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다.
③ 제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다. 법인세법시행령 제12조【수익과 손비의 정의】② 법 제9조 제3항에서 “손비”라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다.
1. 양도한 자산의 양도당시의 장부가액
(1) 쟁점(1)에 대하여 본다. (가) 처분청은 국세청장의 심사결정에 따라 재조사한 결과 경정할 것이 없어 당초 처분을 유지한다고 통지한 것은 새로운 처분에 해당하지 아니하므로, 청구법인이 국세청장의 심사청구를 거친 상태에서 이 건 심판청구를 제기한 것은 심사청구나 심판청구 중 하나만 선택하여 불복을 제기하도록 한 개정 국세기본법에 위배되는 부적법한 청구로 보고 있는 바, 이에 대하여 살펴본다. (나) 심사청구나 심판청구에 따른 재조사경정 결정에 대하여 처분청이 감액경정 등의 조치를 하는 경우, 위법․부당한 과세처분에 대한 납세자의 권리구제를 확대하고 각 재결기관에서 자기시정의 기회를 부여하는 것이 합당하다는 점에서 처분청의 재조사에 따른 경정처분을 기준으로 불복청구를 할 수 있다고 할 것이다(국심1997서2671, 1998.5.30 등 다수 같은 취지). 그런데 이러한 경우에도 심사청구와 심판청구의 중복을 금지한 개정 국세기본법의 취지를 감안해 볼 때, 심판청구 대상은 국세청장이 심사하여 그 당부를 확정한 부분은 제외된다고 할 것이고, 재조사 경정으로 결정되어 납세자에게 기대이익이 남아 있는 부분에만 한정된다고 할 것이다. 다만, 국세청장의 심사결정에서 판단이 이루어진 부분이라고 하더라도 그 쟁점이 재조사 경정으로 결정된 부분과 긴밀하게 연결되어 있는 경우에는 이에 대한 심판청구의 제기가 가능하다고 할 것이다. (다) 이 건의 경우, 국세청장이 심사결정에서 쟁점토지의 분양여부에 대해 청구주장을 받아들이지 않는다고 판단하면서, 토지의 임대사실이 있는지에 대해 재조사 경정하도록 결정하였으므로, 토지분양 여부에 대해서는 국세청장의 판단이 이루어진 것이고, 청구법인은 다만 임대 여부에 대해서만 재조사를 통해 향후 경정될 것으로 기대이익을 가지게 되나, 쟁점토지의 임대와 분양은 쟁점토지의 귀속여부를 판단함에 있어서 동일사안의 양면과 같은 것이므로 비록 국세청장의 심사결정에서 쟁점토지의 임대사실에 대해서 재조사 경정하도록 결정하였다 하더라도 쟁점토지의 분양여부에 대해서도 심판청구가 가능하다 하겠다.
(2) 쟁점(2)에 대하여 본다. (가) 이 건 처분경위에 대하여 보면, 처분청은 청구법인이 1994사업연도중 쟁점건물과 쟁점토지를 122명의 수분양자들에게 분양하고 이를 신고누락한 것으로 보아 분양대금 OOO원을 익금가산하고 이에 대응하는 취득원가 건물분(공사원가) OOO원과 쟁점토지분(장부상가액) OOO원 합계 OOO원을 손금산입하여 1995.10.30 청구법인에게 법인세, 부가가치세 등을 각각 과세하였다. 이후 처분청은 쟁점토지의 소유권이 수분양자들에게 이전되지 아니하고 계속 청구법인의 소유로 남아 있자, 청구법인이 1994년 당시 쟁점건물만 분양한 것으로 보아 쟁점토지 취득원가를 손금부인하고 상기 분양대금은 모두 건물분에 해당하는 것으로 하여 1999.7.1 청구법인에게 법인세, 부가가치세 등을 각각 추가로 과세하였다. 이에 청구법인이 이의신청을 제기한 결과, 국세청장은 쟁점토지가 쟁점건물 분양당시 함께 분양된 것으로 인정하였고 이에 처분청은 1999.9.30 경정감액 처분했다가, 2000.3.10 또다시 쟁점토지가 분양되지 않은 것으로 보아 그 취득원가를 손금부인하여 이 건 법인세, 농어촌특별세를 과세하였다. 이와 같이 처분청에서 쟁점토지의 분양과 관련하여 그 결정을 수 차례 변경하여 온 것은 쟁점건물의 소유권이 수분양자들에게 이전된 이후에도 쟁점토지의 소유권이 계속 청구법인의 소유로 유지되어 온 것에 기인하는 것으로 보여진다. (나) 청구법인은 쟁점토지의 등기이전이 지연된 것은 1997.10월까지 상가 증축으로 토지분할이 불가능하였고, 수분양자들이 등기의 필요성을 느끼지 못한 상태에서 점포가 수 차례 전매되어 권리관계가 복잡해졌기 때문인 바, 현재는 청구법인이 쟁점토지의 소유권을 수분양자들에게 모두 등기이전해 주었으므로 쟁점토지가 쟁점건물과 함께 분양된 것이 분명하다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다. (다) 쟁점건물의 입점증(1994.2.5)을 보면, 제1조(목적물)에서 “의류전용판매시설 부분으로 1개 구좌 가로 260Cm, 세로 190Cm”라고 되어 있고, 제5조(등기권리사항)에서는 “청구법인은 점포면적에 대한 소유권이전등기를 준공 1년후부터 3년 이내에 점차적으로 쌍방합의하에 해 주기로 한다”고 되어 있는 바, 점포의 부속토지에 대한 권리관계에 대해서는 달리 규정하지 않고 있는 것으로 확인된다. (라) 조사관서가 2000.9월～2001.1.30 기간중 상가 현지를 방문하여 입점인 조OOO 등 27명을 대상으로 쟁점토지의 분양여부에 대해 조사한 현지확인결과표에 의하면 아래 표와 같이 대부분 쟁점토지가 분양된 것으로 인식하고 있다. ＜ 현지확인 조사결과표 내용 ＞ OOO (마) 조사관서에서 작성한 쟁점건물의 입점주 이OOO의 문답서(2001.1.18)를 보면, 그는 분양업자에게 수 차례에 걸쳐 OOO원을 주고 추첨으로 호수를 분양받았고, 분양당시 계약서를 작성하지는 않았으나 지주권으로 토지와 건물을 함께 분양한다는 내용의 서류가 있었으며, 이에 토지대금까지 지불했으나 이에 대한 등기이전을 하지 못하여 불안해 하다가 상가건물만 타인에게 양도하였다고 진술하고 있다. (바) 청구인이 제시한 부동산거래사실확인서 47매(1999.6월)를 보면, 수분양자들은 1994년 당시 쟁점건물과 함께 쟁점토지를 분양받았으나, 상가증축과 관련하여 토지분할이 곤란한 관계로 공사가 완료된 1997년까지 등기상 소유권이 이전되지 못하였고, 확인서 작성 현재까지도 사정상 이전되지는 못하였으나 분양당시 토지를 함께 분양받았으므로 토지와 관련한 일체의 금품지급(임대료를 지칭하는 것으로 보임)은 없었다고 진술하고 있다. (사) 쟁점토지 등기부등본을 보면, 청구법인은 쟁점토지 중 OOO시 OOO구 OOO 토지에 대해 아래 표와 같이 1994.5.11 채권최고액 OOO원의 근저당권을 설정하였다가 2002.4.17 이를 해지한 사실이 확인된다. ＜ 근저당권 설정 및 해지 현황 ＞ OOO (아) 또한 등기부상 쟁점토지의 소유권이전과 관련한 내용을 보면, 청구법인은 이 건 심판청구를 제기한 이후인 2001.12.15～2002.5.11 기간중 아래 표와 같이(별지 기재목록 참조) 쟁점건물의 현재 소유자 121명에게 매매를 원인으로 지분에 따라 각각 소유권이전 등기해 준 사실이 확인된다(당초 122개 점포가 분양되었으나 1층 23호 점포가 통로로 멸실되어 현재는 121개 점포로 되었으며, 이에 따라 쟁점토지 면적 285.485㎡중 상가 1개분에 해당하는 부속토지 2.287㎡가 제외된 283.198㎡가 이전됨). ＜ 쟁점토지 등기이전 현황 ＞ OOO (자) 상기 내용을 종합하여 볼 때, 청구법인은 최근까지 쟁점토지의 소유권을 보유해 오면서 제세공과금을 납부하고 금융기관에 이를 담보로 제공한 바 있으며, 계약서 등 관련증빙을 제출하지 못하는 가운데 청구법인 스스로 쟁점토지를 임대했다고 주장하기도 한 사실이 있으나, 이는 1994년 이후 쟁점건물이 수 차례 증축되어 쟁점토지의 소유권 이전등기가 지연되었고, 그동안 상당수의 상가 소유자들이 쟁점건물을 제3자에게 전매하는 등으로 권리관계가 복잡해진 점 등에 기인하는 것으로 보인다. 통상 토지임대나 소유권에 대한 권리관계 설정없이 토지를 제외한 지상 건물만 분양한다는 것은 사리에 맞지 않고, 조사관서에서 심사결정에 따라 재조사한 결과 쟁점토지가 임대된 사실이 없는 것으로 확인되었으며, 수분양자들이 상가 분양당시 쟁점토지도 함께 분양하였다고 확인하고 있고, 비록 이 건 심판청구 이후이기는 하나 청구법인은 별지 기재목록과 같이 쟁점토지(1개점포분 제외)의 소유권을 현재 121개 점포의 소유자들에게 각각 그 지분에 따라 이전해 준 점 등을 감안할 때, 청구법인은 1994년 당시 상가를 분양하면서 쟁점건물뿐만 아니라 쟁점토지도 함께 분양한 것이라고 판단된다. 따라서 처분청에서 1994사업연도 당시 청구법인이 쟁점토지를 분양하지 않은 것으로 보아, 이의 취득원가에 대해 손금부인하여 청구법인에게 이 건 과세한 것은 잘못이 있다 하겠다.
4. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있다고 판단되므로 쟁점1 부분은 국세심판관 합동회의 의결을 거쳐, 쟁점2 부분은 국세심판관회의 의결을 거쳐 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.