특수관계자에게 쟁점부동산을 저가임대한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 과세한 처분의 당부

심판청구번호 국심2001서 1053(2002. 5.24)

○○○세무서장이 1999.11.1 청구법인에게 결정·고지한 1994사업연도 법인세 54,267,151,150원 및 농어촌특별세 143,676,090원, 1995사업연도 법인세 1,065,422,160원 및 농어촌특별세 10,883,460원, 1996사업연도 법인세 348,898,620원 및 농어촌특별세 3,254,100원, 1997사업연도 법인세 14,294,360,840원 및 농어촌특별세 6,432,440원, 1998사업연도 법인세21,716,020,160원 및 농어촌특별세 1,178,480원, 합계 법인세 91,691,852,930원 및 농어촌특별세 165,424,570원의 부과처분과 2000.3.2 추가결정·고지한 1994사업연도 법인세 55,026,037,050원 및 농어촌특별세 148,715,740원의 부과처분 중,

1. 처분청이 1999.11.1 결정·고지한 1994사업연도∼1998사업연도 법인세 및 농어촌특별세 부과처분은

1. 특수관계자에 대한 부동산 임대수입에 대하여 부당행위계산부인하여 익금산입한 적정임대료와 신고임대료와의 차액 4,202,581,280원을 1998사업연도 익금에서 차감하고,

2. 대손충당금 설정대상 채권에서 제외하였던 정책자금대출금 및 수탁구매사업관련 회원조합미수금을 대손충당금 설정대상 채권에 포함하고, 대손충당금설정율을 1%로 계산한 경제사업관련채권을 포함한 청구법인의 채권에 대하여 대손충당금 설정율을 2%로 계산하여 각 사업연도별로 처분청이 각각 손금불산입한 대손충당금 부인액 586,899,016,978원을 1994사업연도에 100,240,495,670원, 1995사업연도에 129,696,379,264원, 1996사업연도에 143,063,325,454원, 1997사업연도에 151,521,553,065원, 1998사업연도에 62,377,263,525원씩 각각 손금에 산입하고,

3. 청구법인이 1997사업연도에 비수익사업부문에서 수익사업부문으로 환입한 것으로 본 조합상호지원기금 222,949,722,117원에서 기 손금불산입된 금액을 제외하여 익금산입한 171,165,053,729원 중 1995사업연도 이전에 조성된 금액에 해당하는 156,165,053,729원을 익금에서 차감하여, 각사업연도 법인세 및 농어촌특별세 과세표준과 세액을 경정한다.

4. 나머지 청구는 기각한다.

2. 처분청이 2000.3.2 추가 결정·고지한 1994사업연도 법인세 및 농어촌특별세의 부과처분에 대한 청구는 각하한다

청구법인은 농업협동조합법에 근거하여 설립된 비영리법인으로 수익사업에 대해서만 과세되며, 구 조세감면규제법상 공공법인에 해당되어 고유목적사업준비금 손금산입제도 등 조세특례가 적용되고, 농산물 수급안정이나 농업인 보호를 통하여 국민경제의 균형적 발전을 도모하는 공익목적을 추구하는 한편, 회원조합을 위하여 수익사업을 영위하여 이익을 배당하는 이익단체적 성격을 가지는 특수한 비영리법인에 해당되는 법인으로 회원 및 준회원, 일반인을 대상으로 한 공제(보험)사업 등 금융보험업과 회원조합을 위한 영농 및 생활물자의 공동구매 및 농산물 판매사업 등을 영위하여 오면서

1. 1998사업연도 중에 청구법인과 특수관계에 있는 청구외 (주)○○○유통 등 자회사에 ○○○센타외 8개소의 부동산(이하 "쟁점부동산"이라 한다)을 임대하고 부동산가액의 3% 수준인 9,920,421,503원의 임대료를 수취하였으며, 2) 농업협동조합법 제153조 제1항 제7호 의 규정에 의거 공제사업을 영위하면서 1994사업연도∼1998사업연도 기간 중 임·직원들에게 공제권유비 46,869,572,130원을 손금산입하였고,

3. 1994사업연도∼1998사업연도 기간 중 정부로부터 배정받은 재정정책자금을 회원○○○에 재배정하면서 이를 청구법인의 회원조합에 대한 대출금(이하 "정책자금대출금"이라 한다)으로 보아 각 사업연도 말 정책자금대출금 잔액에 대하여 1994사업연도∼1997사업연도 기간 중에는 2%, 1998사업연도에는 0.5%의 대손충당금을 설정하여 당해 과세기간 중 총 459,856,909,745원을 손금산입하였고,

4. 회원조합을 위한 수탁구매사업에서 발생한 회원조합미수금을 대손충당금 설정대상 채권으로 보아 각 사업연도 말 회원조합미수금 잔액에 대하여 2%의 대손충당금을 설정하여 당해 과세기간 중 총 44,422,141,857원을 손금산입하였고,

5. 농업인에 대한 영농 및 생활물자를 공급하거나 농산물 판매사업 영위과정에서 발생한 채권(이하 "경제사업채권"이라 한다)의 각 사업연도 말 잔액에 대하여 2%의 대손충당금을 설정하여 당해 과세기간 중 총 204,345,623,220원을 손금산입하였으며,

6. 1997사업연도에 비영리회계의 고유목적사업용으로 적립·운용하고 있는 조합상호지원기금 222,949,722,117원을 부채계정에서 이익잉여금으로 대체하였고,

7. 청구법인의 종전 단체명의의 자산으로 청구법인의 색출노력과 정부의 토지전산망 확충에 따라 추가 발견된 부동산 및 제3자로부터 기증받은 서화 중 일부를 부외자산으로 비망관리하여 왔으며

8. 1994.12.31 청구외 ○○○생명보험(주) 등 6개 보험사에 종업원퇴직적립보험 460억원을 가입하면서 특별약정을 체결하여 보험료의 120% 상당액을 예치토록 하고, 청구외 (주)○○○은행 등 3개 은행에 종업원퇴직신탁부금 67,795,739,726원을 가입하면서 이에 상당하는 퇴직신탁을 교환하여 가입받고, 종업원단체퇴직보험료 등 113,795,739,726원을 손금산입하였고,

9. 회원조합을 위하여 생활물자를 수탁·구매하여 공급하면서 회원조합으로부터 이에 대한 수수료를 징수하지 아니하였다. 처분청은 청구법인에 대한 법인제세 조사결과 위 사실에 대하여

1. 청구법인이 특수관계에 있는 법인에게 쟁점부동산을 저가 임대한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 토지는 개별공시시가의 5%, 건물은 과세시가표준액의 10%로 계산한 적정임대료 14,123,002,783원과 청구법인이 수입금액으로 계상한 9,920,421,503원과의 차액 4,202,581,280원을 1998사업연도에 익금산입하였으며,

2. 공제사업을 영위하면서 1994사업연도∼1998사업연도 기간 중 임·직원들에게 지급한 공제권유비 46,869,572,140원을 손금부인하였고,

3. 회원조합에 대한 정책자금대출금 및 회원조합을 위한 생활용품 수탁·구매사업에서 발생한 회원조합미수금은 청구법인의 대출금 또는 채권이 아니므로 대손충당금 설정대상 채권이 아니라 하여 1994사업연도∼1998사업연도 기간 중에 설정한 이들 채권관련 대손충당금 설정액 459,856,909,745원 및 44,422,141,857원을 각각 손금부인하였으며, 영농 및 생활물자를 공급하거나 농산물 판매사업을 영위하는 과정에서 발생한 경제사업채권은 신용사업이 아닌 다른 사업에서 발생한 채권이므로 금융기관의 대손충당금 설정율을 적용할 수 없다 하여 1%의 대손충당금 설정한도율을 적용하여 이를 초과하여 설정한 1994사업연도∼1998사업연도 기간 대손충당금 102,172,811,607원에서 당해 사업연도 대손충당금 한도부족액을 차감한 금액 등 총 586,899,016,978원을 손금부인하였고,

4. 청구법인이 1997사업연도 말에 비영리회계의 조합상호지원기금 222,949,722,117원을 부채계정에서 이익잉여금으로 대체한 것은 기 손금산입하여 고유목적사업에 전출한 자금을 목적사업에 사용하지 아니하고 다시 환입한 것으로 법인세 과세대상이 된다고 보아 기부금 또는 고유목적사업준비금으로 전출할 당시 기 손금불산입된 51,784,668,388원을 차감한 171,165,053,729원을 익금산입하였으며,

5. 청구법인이 부외자산으로 비망기록하고 있는 부외부동산 및 서화를 1998년 공시지가 및 감정가액에 의하여 평가하여 7,758,618,774원을 1998사업연도 익금에 산입하여 1999.11.1 청구법인에게 1994사업연도∼1998사업연도 기간에 대하여 법인세 91,691,852,930원, 농어촌특별세 165,424,572원, 합계 91,857,277,500원을 결정·고지하였고,

6. 청구법인이 1994.12.31 가입한 종업원퇴직적립보험 및 종업원퇴직신탁부금 113,795,740,001원은 특별약정에 의하여 지급이 제한되어 퇴직금 지급목적으로 가입한 것으로 인정할 수 없다하여 1994사업연도 손금불산입하였으며,

7. 회원조합을 위한 생활물자 수탁·구매와 관련하여 회원조합으로부터 수수료를 징수하지 아니한 데 대하여 부당행위계산부인하여 16,472,426,594원을 익금산입하여, 2000.3.2 청구법인에게 1994사업연도 법인세 55,026,037,050원 및 농어촌특별세 148,715,740원을 추가로 결정·고지하였다. 청구법인은 위 1)∼5)에 따른 부과처분에 불복하여 1999.12.30 심사청구를 제기하였고, 위 6)∼7)처분에 따른 추가부과처분에 대하여 2000.5.30 이의신청을 제기하였다가 2000.7.20 결정통지(기각)를 받은 후 불복청구기한이 경과한 2000.11.23 위 심사청구에 청구의 변경신청으로 추가 청구한 후 이에 대하여 2001.4.2 위 심사청구 결정통지(각하)를 받고 2001.4.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

1. 1998사업연도 중 특수관계자에게 쟁점부동산을 저가임대한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 적정임대료율로 과세한 처분에 대하여 청구법인은 농업인 및 회원조합을 지원할 목적으로 설립된 비영리 공공법인이라는 특수성을 감안할 때, 청구법인이 임대한 (주)○○○유통 등은 "농산물유통 및 가격안정에 관한 법률"에 의하여 설립된 법인으로서 그 설립목적이 청구법인과 같이 농민의 경제적·사회적 지위 향상 등 목적달성을 위하여 주무부서의 지휘를 받아 관련법령상 최저한의 요율로 임대한 것을 부당행위로 보는 것은 부당하며, 유통자회사의 경영정상화를 위하여 주무부장관의 지시에 따라 세법상 허용되는 최저임대료를 수취하였는 바, 이는 "정부의 지시에 의하여 통상가격보다 낮은 가격으로 판매한 경우"로서 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것이 아니며, 일반 법정도매시장의 사용료와 비교하여도 결코 낮지 아니하므로 부당행위에 해당되지 아니한다.

2. 1994사업연도∼1998사업연도 기간 중 임·직원에게 지급한 공제권유비를 손금부인한 처분에 대하여 공제 모집권유비는 공제사업을 영위하는 데 필수적으로 발생하는 비용으로 계통간 부가공제료 배분 및 공제비용 집행기준 등 지급근거규정에 의해 적법하게 지급한 것으로 일종의 성과급으로 보아야 하며, 세법상 제한규정이 없음으로 종업원에게 지급된 사실이 인정되는 금원은 그 명칭·형식에 무관하게 근로소득(상여금)으로 보아야 함에도 불구하고 종업원에게 지급된 사실이 인정되는 금원을 근로소득(상여금)으로 보지 아니하고, 또한 아무런 노력없이 모집가능한 공제계약과 직원들의 노력이 필요한 공제계약의 구체적인 구분없이 종업원에게 수당으로 지급한 권유비 전액을 지급의무 없는 지출로 보아 손금불산입하는 것은 근거과세원칙에 위배된다.

3. 1994사업연도∼1998사업연도 기간 중 회원○○○에 대한 정책자금 대출금에 대한 대손충당금 설정액을 손금부인한 처분에 대하여 청구법인은 재정차입금, 기금차입금, 농특차입금 등 정책자금의 차입자로서 상환의무를 지고 있으며, 대회원조합 정책자금대출금에 대하여는 채권자로서의 권리를 가지고 있으며, 이들 권리의무는 별도 당사자간에 서로 상계될 수 없는 채권·채무이므로 단순한 자금의 중개행위로 볼 수 없으며, 대손충당금설정 한도액 산출시 그 채권의 대손여부에 따라 채권별로 산출하는 것이 아니라 전체 채권합계액으로 산출하는 것이므로 대손가능성 여부로 대손충당금 설정대상여부의 기준으로 삼는 것은 부당하다. 또한, 처분청은 정책자금대출에 대하여 대손보전기금을 조성하여 회원조합의 동 대출의 대손 발생시 보전하여 주므로 대손발생가능성이 없다고 주장하지만 위 대손보전기금으로 보전받는 자는 회원조합이며, 또한 이 기금은 청구법인의 회원조합에 대한 정책자금대출에 대한 대손보전기금이 아니므로 처분청 주장은 타당하지 아니하다.

4. 1994사업연도∼1998사업연도 중 회원조합을 위한 수탁·구매사업에서 발생한 회원조합미수금에 대한 대손충당금 설정액을 손금부인한 처분에 대하여 "○○○중앙회 생활물자사업운영준칙"에 따라 청구법인이 회원조합으로부터 회수하여야 할 수탁·구매사업 관련 미수금은 채권의 자산성 및 회수위험이 존재하는 것이므로 대손충당금설정대상 채권의 범위에 포함되는 것이며, 청구법인이 회원조합을 위하여 공급업체를 선정, 물품구매계약서를 체결하여 공동구매사업을 영위하였으며, 청구법인이 공급업체로부터 세금계산서를 교부받아 다시 회원조합에 청구법인이 동액의 세금계산서를 발급하여 청구법인의 매입·매출로 계상하고 있는 바, 청구법인이 1차적으로 대금결제에 대한 책임을 지고 있고, 청구법인이 중간자로서 구매하여 재판매하는 것과 동일하며, 기업회계기준의 해석 권한을 가진 금융감독원의 회신도 대손충당금 설정대상 채권으로 보고 있어 당초 처분은 부당하다.

5. 농업인에 대한 영농 및 생활물자를 공급하거나 농산물 판매사업을 영위하는 과정에서 발생한 경제채권 잔액에 대한 대손충당금 설정율을 2%로 볼 것인지 1%로 볼 것인지 여부에 대하여 청구법인은 법인세법 시행령 제19조 제3항 제7호 에 규정한 금융기관 등에 해당되므로 그 영위하는 업종과 관계없이 채권잔액의 2/100 범위내에서 대손충당금을 설정할 수 있는 것이므로 처분청이 쟁점 경제사업채권이 청구법인의 신용사업이 아닌 일반 수익사업에서 발생한 채권이라 하여 금융기관에 적용되는 대손충당금 설정한도율(2%)이 적용되지 아니하는 것으로 보아 일반법인의 대손충당금 설정한도율(1%)을 초과하는 대손충당금 설정액을 손금부인한 당초 처분은 부당하다.

6. 청구법인이 비영리회계의 조합상호지원기금을 부채계정에서 이익잉여금으로 대체한 금액 171,165,053,729원을 당해 사업연도에 환입한 것으로 보아 이익잉여금으로 대체한 1997사업연도에 익금산입한 처분에 대하여, 조합상호지원기금은 청구법인의 비영리회계의 대차대조표상 부채계정으로 분류되어 있었으나, 실질성격은 회계상 부채로 볼 수 없으므로 비영리회계의 부채계정으로 표시되어 있는 조합상호지원기금을 1997.12.31 수익사업의 자본계정인 이익잉여금으로 대체하였다 하여 수익사업의 소득으로 보아 익금산입한 처분은 1981년 이전 사업연도에 조성된 조합상호지원기금 15,320,819,000원은 청구법인의 법인세가 면제되던 당시 적립된 금액이며, 1982∼1994사업연도에 적립한 조합상호지원기금 142,884,143,117원은 지정기부금으로 손금 인정한 것으로 환입에 대한 규제조항이 없었으며, 1995∼1997사업연도 중 적립한 고유목적사업준비금은 5년 내에 고유목적사업에 미사용시 익금산입토록 되어있는 바, 고유목적사업에 사용되고 있는 쟁점기금을 이익잉여금으로 대체한 사실을 수익사업으로 다시 환입한 것으로 보아 당해 사업연도에 익금으로 산입한 처분은 부당하다.

7. 쟁점 부외부동산 및 부외서화를 1998년 기준 공시지가 및 감정가액으로 평가하여 1998사업연도 익금산입한 처분에 대하여 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금은 권리의무확정주의에 따라 그 익금과 손금이 확정된 사업연도로 하므로 쟁점부외부동산은 사실상 청구법인이 1961.8.15 설립 당시에 승계받은 것으로 보아야 하므로 쟁점부외부동산이 누락된 날이 속하는 1961사업연도의 익금에 산입하여야 하며, 쟁점부외서화는 청구법인의 비영리사업부문에서 수증받은 자산으로 수익사업과 직접 관련이 없는 것이므로 수익사업의 과세대상소득이 아니며, 수익사업의 자산에 해당한다 하더라도 1993사업연도 이전에 수증받은 부외서화는 부과제척기간이 경과하였으므로 1998사업연도에 익금산입한 처분은 부당하다.

8. 1994사업연도 단체퇴직보험료 등 113,795,740,001원을 손금부인한 처분에 대하여 청구법인은 관련법령에 따라 적법하게 단체퇴직보험료 및 종업원퇴직신탁부금을 사외에 적립하여 이를 채무담보로 제공한 사실이 없고, 보험금 수령권리를 다른 채무와 상계하거나 임의처분권을 인정한 바가 없음에도 퇴직보험료 상당액을 정기예금으로 예치하거나 퇴직신탁부금에 상호 가입한 것을 종업원의 보험금 등을 수령할 수 있는 권리가 제한된 것으로 판단하여 퇴직금 지급목적이 없는 단체퇴직급여충당금 전입액으로 보아 손금부인하였다. 청구법인의 단체퇴직보험 가입으로 이익을 얻는 보험회사로부터 경제적이익을 취하려는 영업전략상의 예금유치를 담보효력이 내재된 것으로 볼 수 없으며, 퇴직금 지급순서는 손금산입 여부와 무관함에도 퇴직금지급사유 발생시 내부자금으로 지급하고 퇴직금을 "신탁" 또는 "보험금"에서 지급하지 아니한 것에 근거하여 퇴직금 지급목적이 없는 단체퇴직급여충당금 전입액이라 하여 손금부인함은 부당하다.

9. 생활물자 수탁·구매와 관련하여 부당행위계산 부인하여 1994사업연도 16,472,426,594원을 익금산입한 처분에 대하여 회원조합을 위한 공동구매업무는 청구법인의 고유목적사업으로 회원조합으로부터 수수료를 징수하지 아니하고 생활물자의 공급자로부터 수수료를 징수하였는 바, 수수료 상당액이 회원조합에 공급되는 생활물자의 원가에 반영된 것으로 보아야 하므로 수수료의 징수여부와 이익의 분여와는 무관하며, 공급업체로부터 징수한 수수료만으로도 이익실현이 가능한데도 농업인의 지위향상을 목적으로 하는 공익법인인 회원조합으로부터 수수료를 징수하지 아니하였다하여 부당행위계산 부인규정을 적용하여 익금산입함은 부당하다.

• 나. 처분청 의견

1. 1998사업연도 중 특수관계자에게 쟁점부동산을 저가임대한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 적정임대료율로 과세한 처분에 대하여 청구법인이 비영리공공법인이라 하더라도 자산을 특수관계자에게 저가로 임대하는 경우에는 부당행위계산 부인대상이 되며, 청구법인은 고유목적사업달성을 위한 지원책의 일환으로 저가임대한 것을 부당행위로 봄은 부당하다고 주장하나, 목적사업의 달성이라 하여 조세부담의 감소가 정당화되는 것은 아니며, 주무부서인 농림부장관의 지시공문(유정51160-409, 1997.11.11) 어디에도 임대요율을 3%로 하여 계약을 체결하도록 지시한 사실은 없으며, 동 공문의 "관련법령상 허용되는 최저한의 임대료율"이라 함은 국유재산법 및 세법을 포함한 모든 법령이 허용하는 최저한의 요율로 해석하는 것이 타당한 바, 일반 법정도매시장 등에서도 이 건과 같이 일괄 임대된 사례가 없어 비교가능한 부동산 임대실례가액이 없으므로 국유재산법 시행령 제26조 를 준용하여 토지는 개별공시지가의 5%, 건물은 과세시가표준액의 10%를 적정임대료로 보아 과세한 처분은 정당하다.

2. 1994사업연도∼1998사업연도 기간 중 임·직원에게 지급한 공제권유비를 손금부인한 처분에 대하여 특수관계자에게 부당하게 이익을 분여하여 조세를 부당히 감소시켰는지 여부는 경제적 합리성을 기준으로 판단하여야 하므로 청구법인의 경우 인센티브 상여금제도가 있음에도 불구하고 별도 지급규정을 만들어 공제권유비 등을 지급하는 것은 부당한 행위로 지급의무가 없는 비용지출에 해당되고, 처분청의 조사결과, 공제모집을 위한 접대성비용이 "공제제비"라는 계정과목으로 별도로 지급되고 있으며, 공제의 대부분이 비농민을 대상으로 하여 대출과 연계되어 있으므로 공제모집에 있어 별도의 노력과 무관하고, 통상의 급여지급과 달리 공제권유비의 지급이 대부분 현금으로 지급된 것으로 회계처리되어 실제 지급사실 여부가 불명확하고, 지급여부 및 사용처 불명, 자기자산관련 공제에 대한 권유비 지급, 사무실 유지비 사용, 공제실효 후 권유비 미환수, 실적에 무관하게 균분지급, 대출관련 공제권유비 별도 표시, 근로소득세 보전 지급 등 변칙 운영한 사실이 확인되고 있으므로 근로소득에 해당하는 집금수당·보험모집·저축권장 등으로 인한 대가 또는 이와 유사한 성질의 급여로 지급된 것으로 볼 수 없고, 부당행위계산 부인의 규정이 적용되는 경우에는 실제 지급여부에 관계없이 손금불산입되는 바, 지급의무 없이 지급한 권유비 등은 기타 이익을 분여한 비경제적인 행태로 손금으로 인정할 수 없다.

3. 1994사업연도∼1998사업연도 기간 중 회원○○○에 대한 정책자금 대출금에 대한 대손충당금 설정액을 손금부인한 처분에 대하여 정부세출예산에 의하여 확보된 재정융자사업자금을 주무부처로부터 인수한 후 이를 정책자금 대출취급기관인 회원조합에 이관하여 각급 행정기관이 직접 선정한 대출수요자 등에게 주무부처가 정한 금리로 대출하는 이 건 정책자금대출은 청구법인과 회원조합이 농업협동조합법에 근거하여 설립된 각각의 독립법인인 점, 농림수산정책자금 대출업무규정(농림부 훈령915)에 의하면 청구법인뿐 아니라 회원조합도 별도의 대출취급기관으로 규정되어 있는 점, 청구법인이 지도 및 감독기관으로 규정되어 있는 점 등에 비추어 형식상의 차입약정을 이유로 차입과 대출이 연계된 금융의 연결행위로 볼 수 없고, 농민수산정책자금대손보전규정(농림부 훈령900)에 의하면 "대손보전기금의 재원은 융자금을 관리함에 따라 정부로부터 받는 취급수수료 중 일정액을 기금으로 조성"하는 것으로 규정된 점에 비추어 청구법인의 대출금과는 동일하지 아니하므로 이 건 거래는 정부기관의 업무를 단순 대행한 것으로 관련 채권을 청구법인의 채권으로 볼 수 없다.

4. 1994사업연도∼1998사업연도 중 회원조합을 위한 수탁·구매사업에서 발생한 회원조합미수금에 대한 대손충당금 설정액을 손금부인한 처분에 대하여 청구법인의 수탁·구매사업의 실질은 단순히 회원조합의 편의 등을 위한 대리행위에 불과하고, 청구법인의 각 사업연도말 수탁·구매관련 미지급금이 미수금 보다 월등히 많은 점에 비추어 청구법인이 회원조합으로부터 수취한 구매대금은 공급자에게 지급하기 전까지는 일종의 예수금 성격을 가진 것으로 보아야 하므로 청구법인이 회원조합으로부터 받아야 할 구매대금은 미수채권으로 볼 수 없으며, 따라서 대손충당금 설정대상 채권으로 볼 수 없다.

5. 농업인에 대한 영농 및 생활물자를 공급하거나 농산물판매사업 영위과정에서 발생한 경제채권 잔액에 대한 대손충당금 설정율을 2%로 볼 것인지 1%로 볼 것인지 여부에 대하여 청구법인은 농업협동조합법에 의하여 설립된 비영리공공법인으로 지도사업외에 신용사업(은행업), 공제사업(보험업), 농기자재와 생필품의 구매대리 및 농산물 판매 등 경제사업 등을 영위하고 있는 바, 법인세법 시행령 제19조 제3항 에서는 채권잔액의 100분의 2 또는 직전사업연도의 대손실적율 등을 적용하는 법인을 "금융기관 등"이라고 명시하고 있고, 청구법인의 경우 신용사업에 한한다고 명시하고 있어 청구법인이 영위하는 사업 중 금융업에 해당하는 사업에서 발생한 채권에 대하여만 2%의 대손한도율이 적용되는 것이며, 청구법인이 영위하는 사업 중 경제사업에서 발생한 채권에 대하여는 1%의 대손한도율을 적용하는 것이 정당하다.

6. 청구법인이 비영리회계의 조합상호지원기금을 부채계정에서 이익잉여금으로 대체한 금액 중 171,165,053,729원을 당해 사업연도에 환입한 것으로 보아 이익잉여금으로 대체한 1997사업연도에 익금산입한 처분에 대하여, 청구법인은 회원조합의 출자금으로 수익사업을 영위하여 이익을 창출하고, 그 중 일부를 고유목적사업에 사용하는 비영리공공법인으로 사업목적달성 또는 고유목적사업 폐지시 잔여재산이 국가에 귀속되거나 다른 비영리단체에 이관되는 민법 제32조 에 의하여 설립된 비영리공익법인과 성격을 달리하며, 쟁점 조합상호지원기금은 일단 수익사업의 익금 중 고유목적사업에 전출하여 적립 운용하는 기금으로 배당이나 지분환급의 원천이 될 수 없는 동 기금을 배당이나 지분환급의 원천이 될 수 있는 이익잉여금으로 대체한 것은 청구법인이 수익사업과 관련하여 지출한 기부금 또는 고유목적사업전출준비금을 환입하여 배당 또는 지분환급이 가능한 이익잉여금으로 처분한 것으로 보아야 하므로 기부금 또는 고유목적사업에 전출한 준비금을 환입하여 이익잉여금으로 처분한 사업연도에 익금산입한 당초처분은 정당하다.

7. 쟁점 부외부동산 및 부외서화를 1998년 기준 공시지가 및 감정가액으로 평가하여 1998사업연도 익금산입한 처분에 대하여 쟁점 부외부동산은 장기간의 승계자산 색출 및 쟁송, 화해 등 소유권 회복과정을 거쳐 순차적으로 실질적인 소유권을 행사하게 된 것으로 실질적인 소유권 확정일자에 대한 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있어 세법상 실질적인 취득시기가 불분명하며, 1998년 시행된 기업회계기준에 따르면 전기오류수정이익 등으로 보아 특별손익으로 반영하여야 하므로 1998사업연도의 익금으로 산입한 당초 처분은 잘못이 없다 쟁점 부외서화의 경우 그 취득일자 및 수증자산인지 유상취득자산인지 여부가 불명확하며 수증받은 자산의 경우에도 청구법인의 수익사업의 순자산을 증가시키는 익금이므로 보유사실이 확인된 과세연도에 자산누락으로 보는 것이 타당하며, 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 보는 것이므로 당초처분은 정당하다.

8. 1994사업연도 단체퇴직보험료 등 113,795,740,001원을 손금부인한 처분에 대하여 단체퇴직보험료 등은 퇴직금 지급목적이 전제되어야 하므로 불법·변칙적 불공정행위로 인출을 제한하는 정기예금가입을 실현시키고, 단체퇴직보험금 등의 지급사유가 발생되어도 사내유보자금으로 지급하고, 보험금 등에서 퇴직금지급을 하지 않기로 사전합의 후 상호 교환하여 단체퇴직보험 및 종업원퇴직신탁을 가입하여 실질적으로 종업원의 보험금 인출에 제한을 둔 것은 퇴직금 지급목적으로 적립한 것으로 볼 수 없다. 사실상 상호 가입 및 보험가입 상당액의 예금유치로 상호간 담보적 효력이 내재되어 있어 퇴직금지급 등 활용이 제약되고, 실질적으로 종업원의 퇴직금지급을 위한 별도의 지급준비금 역할을 하지 못하고 있으므로 단지 세부담을 줄일 목적으로 형식적 요건만 구비한 것으로, 실질과세원칙에 의거 퇴직금 지급목적으로 볼 수 없어 손금불산입한 당초처분은 정당하다.

9. 생활물자 수탁·구매와 관련하여 부당행위계산 부인하여 1994사업연도 16,472,426,594원을 익금산입한 처분에 대하여 청구법인은 회원조합으로부터 수수료를 징수할 수 있는 근거규정이 있음에도 불구하고 이를 징수하지 아니하고, 생활물자 공급자로부터 관리수수료를 받아 비용 등에 충당하였는 바, 공급자로부터 받은 관리수수료는 회원조합으로부터 징수하여야 할 구매 대행수수료를 전가한 형태로 보아야 하며, 회원조합은 농업인이 아닌 비조합원을 포함하여 불특정 다수인에게 생활물자를 판매하고 있어 그 영업형태가 일반연쇄점과 동일하므로 위탁구매의 이익이 귀속되는 회원조합으로부터 구매(관리)수수료를 징수하지 아니하거나 적게 징수하는 것은 청구법인의 이익을 부당하게 특수관계자인 회원조합에 분여한 것으로 보아야 하므로 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

1. 1998사업연도 중 특수관계자에게 쟁점부동산을 저가임대한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 토지는 개별공시지가 기준 5%, 건물은 과세시가 표준액 기준 10%수준으로 적정임대료 수입금액을 재계산하여 신고수입금액과의 차액 4,202,581,280원을 익금산입한 처분의 당부

2. 1994사업연도∼1998사업연도 기간 중 임·직원에게 지급한 공제권유비 46,869,572,140원을 손금불산입한 처분의 당부

3. 1994사업연도∼1998사업연도 기간 중 회원○○○에 대한 정책자금 대출금에 대한 대손충당금 설정액 459,856,909,745원의 손금불산입처분의 당부

4. 1994사업연도∼1998사업연도 중 회원조합을 위한 수탁·구매사업에서 발생한 회원조합미수금에 대한 대손충당금 설정액 44,422,141,857원의 손금불산입처분의 당부

5. 농업인에 대한 영농 및 생활물자를 공급하거나 농산물판매사업 영위과정에서 발생한 경제채권 잔액에 대한 대손충당금 설정한도율을 1%로 보아 대손충당금설정액(2%) 204,345,623,220원 중 1%를 초과한 대손충당금 설정액 102,172,811,610원을 손금불산입한 처분의 당부

6. 청구법인이 비영리회계의 조합상호지원기금을 부채계정에서 이익잉여금으로 대체한 것을 당해 사업연도에 수익회계에 환입한 것으로 보아 171,165,053,729원을 1997사업연도에 익금산입한 처분의 당부.

7. 쟁점 부외부동산 및 부외서화를 1998년 기준 공시지가 및 감정가액으로 평가하여 각각 7,420,658,774원 및 337,960,000원을 1998사업연도 익금에 산입한 처분의 당부

8. 추가경정처분에 대한 이의신청결과 기각된 처분을 불복청구기간 도과 후 당초처분에 대한 청구취지를 변경 신청하는 것이 가능한지 여부 및 청구취지변경이 가능한 것으로 보는 경우 1994사업연도 단체퇴직보험료와 종업원퇴직신탁부금 113,795,740,001원을 손금불산입한 처분의 당부 및 회원조합을 위한 생활물자 수탁·구매와 관련하여 부당행위계산부인하여 16,472,426,594원을 익금산입한 처분의 당부를 가리는데 있다.

• 나. 쟁점별 심리 및 판단

1. 1998사업연도 중 특수관계자에게 쟁점부동산을 저가임대한 것으로 보아 부당행위계산부인하여 토지는 개별공시지가 기준 5%, 건물은 과세시가 표준액 기준 10%수준으로 적정임대료 수입금액을 재계산하여 신고수입금액과의 차액 4,202,581,280원을 익금산입한 처분의 당부에 대하여 살펴본다. (가) 관련법령 이 건 과세요건 성립당시 관련법령은 다음과 같다. 구 법인세법 제20조 【부당행위계산의 부인】 정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다. 같은 법 시행령 제46조【법인의 부당한 행위 또는 계산】

② 법 제20조에서 "조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

7. 출자자 등에게 금전·기타 자산 또는 용역을 무상 또는 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부 또는 제공한 때(단서 생략)

9. 기타 출자자 등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때 국유재산법 시행령 제26조 【사용료율과 평가방법】

① 법 제25조 제1항의 규정에 의한 연간사용료는 당해 재산의 가액에 다음 각호의 요율을 곱한 금액으로 하되, 월할 또는 일할 계산할 수 있다. 다만, 다른 법령에서 국유재산의 사용료에 대하여 달리 규정하고 있는 경우에는 그 법령에 의한다.

1. 제24조 제1항 제1호의 경우: 1천분의 25 이상

2. 제24조 제1항 제2호의 경우: 1천분의 40 이상

3. 기타의 경우: 1천분의 50 이상

② 제1항의 규정에 의하여 사용료를 계산함에 있어서의 재산가액은 다음 각호의 방법에 의하여 산출한다. 이 경우 제1호의 규정에 의한 재산가액은 사용·수익허가기간 중 연도마다 결정하고, 제2호의 규정에 의한 재산가액은 결정후 3년 이내에 한하여 이를 적용할 수 있다.

1. 토지의 경우: 지가공시 및 토지등의 평가에 관한 법률에 의한 해당 토지의 개별공시지가(해당 토지의 개별공시지가가 없는 경우에는 동 법 제10조의 규정에 의하여 공시지가를 기준으로 하여 산정한 금액을 말한다)를 적용한다.

2. 토지외의 재산 또는 집합건물의 구분소유권(대지사용권을 포함한다)의 경우: 제37조의 규정을 준용하여 산출하되, 1개 감정평가법인의 평가액으로 한다. (나) 사실관계 및 판단 첫째, 청구법인이 ○○○센타, ○○○센타, ○○○점, ○○○점, ○○○점, ○○○센타, ○○○마케팅, ○○○점, ○○○점 등 9개소를 1998사업연도 중 특수관계자인 청구외 (주)○○○유통 등에 임대하고 부동산가액의 3%에 상당하는 9,920,421,503원을 임대수입으로 계상한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 서로 다툼이 없다. 둘째, 처분청은 쟁점부동산 중 토지에 대하여는 개별공시지가의 5%, 건물은 내무부 과세시가표준액의 10%를 적정임대료율로 보아 계산임대료 14,123,002,783원과의 차액 4,202,581,280원을 익금가산하였음이 처분청의 결의서에 의하여 확인되며, 처분청이 적용한 적정임대료율은 1996년 개정전 국유재산법에 규정되어 있는 사용료율을 적용한 것으로 이 건 과세요건 성립당시 국유재산법에 규정되어 있는 사용료율(토지는 개별공시지가, 건물은 감정평가법인의 평가액의 5%)을 적용하지 아니한 잘못이 인정된다. 셋째, 청구법인이 쟁점부동산의 저가임대가 정당하다고 주장하면서 제시하고 있는 농림부 공문 "물류센타 운영주체 변경"(유정51160 - 409, 1997.10.11) 요지를 살펴보면 "물류센타의 운영이 조기에 활성화될 수 있도록 개장초기 일정기간 동안은 관련법령상 허용되는 최저임대요율을 적용하여 그 효과가 농업인과 소비자에게 환원될 수 있도록 할 것"을 요구하고 있음이 확인된다. 넷째, 청구법인이 쟁점부동산의 임대가 농업협동조합법 제153조 제1항 제12호 에 규정하는 목적사업의 부대사업에 해당한다는 근거로 제시한 농림부 공문 "부동산 임대관련 ○○○법에 대한 질의 회신"(금융51180-137, 1998.6.18) 요지를 살펴보면 "임차인이 농업협동조합법상의 목적을 달성하기 위하여 농업협동조합법 제153조 제1항 각호의 사업을 수행하는 경우 제12호에 규정하는 부대업무에 포함된다고 판단된다"고 회신하고 있음이 확인된다. 다섯째, 청구법인이 주장하는 "법인세법상의 최저임대율 3%"는 법인세법 시행령 제43조 의 2 제1항 및 같은 법 시행규칙 제18조 제3항 제11호 가목 규정으로 비업무용부동산 판정기준임을 알 수 있다. 이러한 사실에 기초하여 볼 때 청구법인은 농업협동조합법상 목적사업의 일환으로 주무부처인 농림부의 지휘를 받아 관련법상 허용되는 최저임대요율로 쟁점부동산을 임대한 것임이 농림부의 "물류센타 운영주체 변경" 공문(유정51160-409, 1997.10.11)에 의하여 확인되는 점에서 청구법인은 임대료를 최대한 낮추어 세법상 쟁점부동산이 비업무용부동산으로 판정되지 아니할 만큼의 임대수입금액 수준인 쟁점부동산가액의 3% 수준의 임대료를 수취한 것으로 보이고 법인세법 제20조 규정에 의한 부당행위계산부인은 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 조세의 부담을 "부당히" 감소시킨 것으로 인정되는 경우에 적용되는 것으로 비록 특수관계자간의 거래에 해당된다고 하더라도 그 거래행위가 경제적 합리성 등에 의하여 정당한 사유가 있는 경우에는 "부당성"이 없는 것으로 보아야 할 것인 바, 이 건 거래의 경우 정부가 임대료율을 쟁점부동산가액의 3%수준으로 하라고 적시하지는 아니하였으나 최대한 저가로 임대하라는 정부관계부처의 지시에 의하여 통상가격보다 낮은 가격으로 임대한 것이므로 이는 정당한 사유가 있는 것으로서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 경우에 해당되는 것으로 볼 수 없으므로 처분청이 저가임대하였다 하여 부당행위계산부인규정을 적용하는 것은 적절하지 아니한 것으로 판단된다.

2. 1994사업연도∼1998사업연도 기간 중 임·직원에게 지급한 공제권유비 46,869,572,140원을 손금불산입한 처분의 당부를 살펴본다. (가) 관련법령 이 건 과세요건 성립당시 관련법령은 다음과 같다. 구 법인세법 제9조 【각사업연도의 소득】

③ 제1항에서 "손금"이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다 같은 법 제12조【수익과 손비의 정의】

② 법 제9조 제3항에서 "손비"라 함은 법 및 이 영에 규정한 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다

구 법인세법 제20조 【부당행위계산의 부인】 (쟁점1. 관련법령 참조) 같은 법 시행령 제46조【법인의 부당한 행위 또는 계산】 (쟁점1. 관련법령 참조) (나) 사실관계 및 판단 청구법인은 농업협동조합법 제153조 제1항 제7호 에 규정된 목적사업인 공제사업을 동 법 규정에 의거 공제규정을 정하여 농림부장관 인가를 받아 영위하면서, 각 지역별로 공제모집수당만을 수입으로 하는 공제모집단을 시·군별로 2∼3명씩 두고 있으며, 일반 직원들에 대해 별도의 지급내규 "계통간 부가공제료 배분 및 공제비용집행기준"을 만들어 모집권유비를 실적에 따라 별도 지급처리하고 근로소득세를 원천징수·납부하였다고 주장하고 있다. 처분청은 쟁점공제권유비 등의 지출은 청구법인이 별도의 인센티브 상여금 제도를 갖고 있으며 공제모집권유에 소요되는 실질비용을 접대비·공제제비·여비 및 초과근무수당 등으로 손금산입하고 있어 실질적인 근로의 대가와 관련없이 지급의무가 없는 비용을 지출한 것으로 보이며 경제적 합리성이 결여된 것으로 부당행위계산부인대상이고, 실제 지급사실 및 사용처도 불명인 지출로 보고 있는 바, 이의 당부를 가려본다 첫째, 청구법인은 쟁점공제권유비로 1994사업연도 6,834,522,384원, 1995사업연도 9,418,789,704원, 1996사업연도 11,522,472,096원, 1997사업연도 8,528,021,488원, 1998사업연도 10,565,766,468원, 합계 46,869,572,140원을 손금으로 계상하였다. 둘째, 처분청의 조사확인 결과 공제권유비 등의 지급이 일반 급여체계와 달리 전액 현금으로 지급된 것으로 처리되어 있어 종업원에게 실제 지급된 사실이 확인되지 아니하고, 사무실 유지비 등 불분명한 용도로 사용된 것으로 확인되고 있어 종업원에게 귀속된 급여로 보기 어려운 측면이 있다. 셋째, 청구법인의 자기자산의 공제가입에 대해서도 공제권유비를 지급한 사례, 공제권유비 지급 후 당해 공제가 실효된 이후에도 지급된 공제권유비를 환수조치하지 아니한 사실, 개인별 공제권유실적과 무관하게 모든 직원에게 균등하게 분배 지급한 것으로 처리된 사례 등에 비추어 공제권유비가 변칙적으로 운영된 것으로 보이며, 이는 종사직원의 확인서 및 문답서, 조사서 등에 의해 부분적으로 확인되고 있어 실질적인 근로의 대가가 아닌 다른 용도의 지출에 충당된 점이 인정된다. 넷째, 청구법인의 급여지급규정에는 별도의 인센티브 상여금 제도가 있으며 공제모집권유에 소요되는 실질비용을 접대비·공제제비·여비 및 초과근무수당 등으로 손금산입하고 있으면서도 별도의 지급내규를 만들어 별도의 모집권유비를 지급하는 것은 경제적 합리성이 결여된 것으로 볼 수 있는 측면이 있다. 다섯째, 공제모집 권유비를 계약추진비 등 접대성 경비로 보는 경우에도 보험업의 상거래 관행상 보험사업자의 모집비(계약추진비)는 손해보험에 한하며 이 또한 융자, 용선, 지상권 설정, 기타행위에 부수하여 부보하는 것을 제외한 순수한 모집노력에 의하여 모집된 경우에만 손비로 인정토록 규정되어 있어 저축성 보험인 생명공제가 대부분인 청구법인의 공제권유비는 손비로 인정하기 어려운 측면이 있으며, 쟁점공제권유비를 모집비(계약추진비) 등 접대성 경비로 인정한다 하더라도 지급증빙이 없는 지출로 손금불산입대상에 해당되는 것으로 보인다. 여섯째, 청구법인은 쟁점공제권유비 지급액을 급여로 처리하여 근로소득세를 정상적으로 원천징수·납부하였으므로 쟁점공제권유비를 급여로 인정하여야 한다고 주장하나, 급여로 인정될 수 있는지 여부는 종업원에게 실지 급여로 귀속되었는지 여부로 판단할 사안이지 근로소득세의 원천징수 여부에 의해 판단할 수는 없는 것으로 판단된다. 위 사실을 종합해 보면 쟁점공제권유비의 지급은 경제적 합리성이 결여된 지급으로 처분청이 부당행위계산부인하여 손금불산입한 처분은 정당한 측면이 있으며, 계약추진비 등 접대성 경비로 보는 경우에도 사용처가 불명인 지출경비로 손금으로 인정하기 어려우므로 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.

3. 1994사업연도∼1998사업연도 기간 중 회원○○○에 대한 정책자금 대출금에 대한 대손충당금 설정액 459,856,909,745원의 손금불산입처분의 당부에 대하여 살펴본다. (가) 관련법령 이 건 과세요건 성립당시 관련법령은 다음과 같다. 구 법인세법 제14조 【대손충당금의 손금산입】

① 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권(괄호 생략)이 있는 내국법인이 각 사업연도에 계상한 대손충당금은 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액의 범위내에서 이를 손금에 산입한다. 구 법인세법 시행령 제19조 【대손충당금의 범위】

① 법 제14조의 규정에 의하여 손금에 산입하는 대손충당금은 동조에 규정하는 각 사업연도의 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권 중 대손예상액을 당해사업연도의 손비로서 계상한 충당금으로 한다

② 법 제14조 제1항에 규정하는 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권은 다음 각호에 게기하는 것으로 한다

1. 외상매출금은 상품·제품의 판매가액의 미수액과 가공료·용역 등의 제공에 의한 영업수익의 미수액을 말한다

2. 대여금은 금전소비대차계약에 의해 타인에게 대여한 금액으로 한다.

3. 기타 이에 준하는 채권은 어음상의 채권 및 미수금과 기타 재정경제 부령이 정하는 것으로 한다

③ 법 제14조 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입할 대손충당금은 당해 사업연도 종료일 현재의 제2항의 규정에 의한 외상매출금·대여금 기타 이에 준하는 채권의 장부가액의 합계액(이하 이 항에서 "채권잔액"이라 한다)에서 100의 1에 상당하는 금액을 한도로 계산한다. 다음 각호의 금융기관 등은 채권잔액의 100분의 2에 상당하는 금액을 한도로 하되, 제1호 내지 제10호에 해당하는 법인(제7호 내지 제9호의 법인인 경우에는 당해 신용사업에 한한다)은 직전사업연도의 대손실적율에 채권잔액을 곱하여 계산한 금액 또는 은행법 제18조 제4항 의 규정에 의한 경영지도기준이 정하는 대손충당금비율의 표준비율(100분의100을 한도로 한다)에 따라 계산한 금액(제1호 외의 법인은 한국은행감독원장의 확인을 받은 금액에 한한다)을 한도로 계산할 수 있다. 구 법인세법 시행규칙 제8조 【기타채권】 영 제19조 제2항 제3호에서 "기타 재정경제부령이 정하는 것"이라 함은 당해 법인에 적용되는 제15조의 3의 규정에 의한 기업회계기준 및 관행상 대손충당금 설정대상채권을 말한다. (나) 사실관계 및 판단 첫째, 쟁점정책자금대출은 청구법인이 정부 등으로부터 재정정책자금을 배정받아 대출취급기관인 회원조합에 배정하고, 동 회원조합이 실수요자에게 대출을 실행하는 형태로 운용되고 있으며, 실수요자가 사업계획서를 작성하여 시·군 등 관할지방자치단체에 신청하면, 시·군·도 등 지방자치단체는 사업계획서를 심의하여 심의결과에 따른 예산요구서를 작성하여 정부에 제출하고, 정부는 재정특별융자계정 세출예산안을 작성 및 정부예산을 확정한 후, 배분(융자)계획을 시·군·도에 확정 통지하고 청구법인에 자금을 배정하며, 청구법인은 배정받은 자금을 회원조합에 재배정하여 회원조합이 실수요자에게 대출하는 절차로 쟁점정책자금이 배정 및 운용되는 것으로 확인되고 있다. 둘째, 청구법인은 위 정책자금 배정과 관련하여 일정한 수수료(약 0.1% 수준)를 취하고 있으며, 동 회원조합에 배정한 금액을 대회원조합 대출금으로 계상하여 기말잔액을 대손충당금 설정대상 채권에 합산하여 2%(1998년은 0.5%)의 대손충당금을 설정한 사실에 대하여는 처분청과 청구법인간에 서로 다툼이 없으며, 각 사업연도별 대손충당금 설정내역은 다음과 같다. 사업연도별 정책자금대출금 잔액 대손충당금 설정액 비 고 1994년 4,114,594,218,087원 82,291,884,361원 2% 설정 1995년 5,296,045,209,237원 105,920,904,184원 2% 설정 1996년 5,511,407,862,276원 110,228,157,245원 2% 설정 1997년 6,408,216,684,912원 128,164,333,698원 2% 설정 1998년 6,650,326,051,573원 33,251,630,257원 0.5% 설정 합 계 27,980,590,026,085원 459,856,909,745원 셋째, 청구법인은 쟁점대출금에 대한 1998사업연도 대손충당금 설정액을 은행법 제18조 제4항 의 규정에 의한 경영지도기준이 정하는 대손충당금비율의 표준비율을 금융감독원장으로부터 승인받아 쟁점 회원조합에 대한 정책자금대출금을 전액 정상채권으로 분류하여 기말잔액의 0.5% 상당액을 대손충당금으로 설정하였음이 금융감독원의 "1998년 대손충당금 적립금액의 손비인정한도 확인"(검사6110-41, 1999.2.9) 공문에 의하여 확인된다. 넷째, 처분청은 쟁점정책자금대출은 대손보전기금이 조성되어 있어 대손가능성이 없는 채권이므로 대손충당금 설정대상 채권에서 제외되어야 된다고 주장하나, 위 대손보전기금은 회원조합이 실수요자에게 신용대출하고 대손이 발생할 경우에 보전하는 것으로 청구법인이 회원조합에 대여(배정)한 쟁점정책자금대출과 무관한 것으로 보이므로 처분청 주장은 타당하지 아니한 것으로 보이며, 또한 대손가능성이 없는 대국가 채권, 예금·적금 담보대출금도 대손충당금 설정대상 채권으로 본다(같은 뜻, 법인22601-3360, 1988.11.18)는 점에서 대손충당금 설정대상 채권에서 제외된다는 주장은 타당하지 아니한 것으로 판단된다. 이러한 사실에 근거하여 쟁점정책자금대출금이 청구법인의 채권으로 볼 수 있는지 여부를 판단하여 보면 쟁점정책자금대출은 정부의 재정특별융자계정 세출예산 및 배분(융자)계획에 의하여 대출대상자가 지정되어 있어 청구법인은 정부로부터 자금을 배정받아 회원조합에 재배정하는 중개 또는 관리업무에 불과한 것으로 보이는 측면이 있으나, 형식과 명칭여하에 불구하고 청구법인이 회원조합에 대한 정책자금대출금을 회수하여 상환할 의무를 지고 있는 것으로 보이고, 금융감독원에서도 쟁점정책자금대출금을 청구법인의 채권으로 인정하고 있음이 청구법인의 쟁점정책자금대출금 잔액에 대하여 0.5%의 대손충당금을 적립하도록 한 사실을 손비인정한도 확인 공문(금감원 검사 6110-41, 1999.2.9)에 의하여 알 수 있고, 우리 심판원의 질의에 대하여 금융감독원에서는 정부·청구법인간의 정책자금융자와 이를 재원으로 한 청구법인·회원조합간 정책자금대여는 서로 독립된 계약에 의해 이루어지며, 각각 이자 수수·만기 및 상환방법·연체시 처리내용 등을 규정하고 있다는 점에 비추어 은행업회계처리준칙에서 규정하고 있는 대출채권에 해당되는 것으로 회신하고 있음이 금융감독원의 회신공문(은감경6123-22, 2002.1.21)에 의하여 확인된다. 그러므로 쟁점정책자금대출금은 청구법인의 채권으로 보는 것이 타당하며, 이에 대한 대손충당금 설정액을 손금부인한 당초처분은 부당한 것으로 판단된다.

4. 1994사업연도∼1998사업연도 중 회원조합을 위한 수탁·구매사업에서 발생한 회원조합미수금에 대한 대손충당금 설정액 44,422,141,857원의 손금불산입처분의 당부를 살펴본다. (가) 관련법령 (쟁점 3 관련 법령 참조) (나) 사실관계 및 판단 청구법인은 농업협동조합법 제153조 제1항 제4호 의 규정에 의거 회원조합을 위하여 공동구매업무를 대리하면서, 쟁점수탁구매와 관련하여 물품공급자로부터 세금계산서를 수취하여 회원조합에 세금계산서를 교부하며, 청구법인의 매입·매출로 계상하고, 물품공급자로부터 수취한 관리수수료 상당액을 매출이익으로 계상하고 있는 사실에 대하여는 다툼이 없다. 청구법인이 각사업연도별 회원○○○에 대한 수탁구매사업채권 잔액 및 대손충당금 설정액과 처분청의 손금부인내역은 다음과 같다. 사업연도별 수탁사업채권잔액 대손충당금설정액 손금불산입액 1994년 404,598,369,981원 8,091,967,399원 8,091,967,399원 1995년 458,831,889,579원 9,176,637,791원 9,176,637,791원 1996년 490,431,671,302원 9,808,633,426원 9,808,633,426원 1997년 476,015,225,962원 9,520,304,519원 9,520,304,519원 1998년 391,229,936,113원 7,824,598,722원 7,824,598,722원 합 계 2,221,107,092,937원 44,422,141,857원 44,422,141,857원 이러한 사실에 근거하여 쟁점수탁사업채권을 청구법인의 채권으로 볼 수 있는지 여부를 판단하여 보면, 쟁점수탁구매사업채권은 회원조합의 구매업무를 대행하는 단순 대리행위로 인한 채권으로 보이는 측면이 있으나, 형식과 명칭여하에 불구하고 약정에 의하여 청구법인이 회원조합으로부터 물품대금을 회수하여 물품공급자에게 지급할 의무를 지고 있는 것으로 보이며 청구법인이 이 건 거래를 매입·매출로 계상하고 있으므로 청구법인의 채권으로 보는 것이 타당한 것으로 판단되며, 금융감독원에서도 쟁점수탁구매사업채권은 재무제표에 별도의 채권으로 계상하는 것이며, 이에 대한 대손충당금도 기업회계기준에 의하여 합리적으로 설정하는 것으로 인정하고 있는 사실이 청구법인의 질의에 대한 회신공문 "수탁사업수행관련 미수채권의 대손충당금설정대상여부에 대한 회신"(회계일 6110-41, 1999.2.9) 공문에 의하여 확인된다. 그러므로 쟁점수탁구매사업채권에 대한 대손충당금 설정액을 손금부인한 당초처분은 부당한 것으로 판단된다.

5. 농업인에 대한 영농 및 생활물자를 공급하거나 농산물판매사업 영위과정에서 발생한 경제채권 잔액에 대한 대손충당금 설정한도율을 1%로 보아 대손충당금설정액(2%) 204,345,623,220원 중 1%를 초과한 대손충당금 설정액 102,172,811,610원을 손금불산입한 처분의 당부에 대하여 살펴본다. (가) 관련법령 (쟁점 3 관련 법령 참조) (나) 사실관계 및 판단 청구법인의 경제사업과 관련하여 발생한 각 사업연도 말 채권잔액 및 대손충당금 설정액, 처분청의 손금부인액(1%초과 설정액 손금부인)은 다음과 같다. 구 분 경제채권잔액 대손충당금설정액 손금불산입액 1994년 1,145,829,775,653원 22,916,595,513원 11,458,297,756원 1995년 2,643,954,833,964원 52,879,096,679원 26,439,548,339원 1996년 2,302,653,478,363원 46,053,069,567원 23,026,534,783원 1997년 1,994,739,618,346원 39,894,792,366원 19,947,396,183원 1998년 2,130,103,454,699원 42,602,069,093원 21,301,034,546원 합 계 10,217,281,161,025원 204,345,623,220원 102,172,811,610원 이 건 판단기준은 청구법인 전체를 금융기관으로 볼 것인지, 신용사업 및 공제사업부분만을 금융기관으로 볼 것인지를 가리는데 있다 할 것인 바, 앞에서 열거한 구 법인세법 시행령 제19조 【대손충당금의 범위】제3항에서는 본문에서 대손충당금은 당해 사업연도 종료일 현재 채권잔액에서 100의 1에 상당하는 금액을 한도로 계산하는 것으로 규정하면서 청구법인을 포함한 금융기관 등은 채권잔액의 100분의 2에 상당하는 금액을 한도로 하되, 은행과 청구법인의 경우 당해 신용사업에 한하여 직전사업연도의 대손실적율 또는 은행법 제18조 제4항 의 규정에 의한 경영지도기준이 정하는 대손충당금비율의 표준비율에 따라 100분의100을 한도로 금융감독원장의 확인을 받아 계산할 수 있는 것으로 규정하고 있다. 처분청은 위 법인세법 시행령 제19조 제3항 규정을 해석함에 있어 "금융기관 등"은 금융기관이 영위하는 금융·보험업만을 의미한다고 주장하고 있으나, 위 규정은 청구법인 전체의 채권잔액에 대하여 2%의 대손충당금 설정한도율을 적용하되, 청구법인의 신용사업부분에 한하여 금융감독원의 경영지도비율에 의하여 대손충당금을 설정할 수 있는 것으로 해석하는 것이 더욱 타당한 것으로 보인다. 그러므로 관련법령상의 대손충당금 설정액은 각 법인의 성격별로 구분하여 그 법인 전체채권에 대하여 적법한 한도를 적용하는 것이라고 판단되므로 청구법인을 세법에서 금융기관으로 열거하고 있는 한 청구법인의 채권전부에 대하여 금융기관의 대손충당금 설정율을 적용하는 것이 정당한 것으로 판단된다. 따라서, 이 건 경제사업채권에 대한 대손충당금 설정액 중 설정한도율을 1%로 보아 계산한 금액을 초과하는 금액을 손금부인한 당초처분은 부당한 것으로 판단된다.

6. 청구법인이 비영리회계의 조합상호지원기금을 부채계정에서 이익잉여금으로 대체한 금액을 당해 사업연도에 환입한 것으로 보아 이 금액중 171,165,053,729원을 1997사업연도에 익금산입한 처분의 당부에 대하여 살펴본다. (가) 관련법령 이 건 과세요건 성립당시 적용되는 관련법령은 다음과 같다. 구 조세감면규제법 제61조【기부금의 손금산입특례】

④ 별표 제32호 내지 제34호의 법인(이들 중앙회에 한한다)이 당해 과세연도의 수익사업에서 발생하는 소득을 당해 중앙회의 고유목적사업에 지출하는 기부금은 대통령령이 정하는 바에 따라 이를 손금에 산입할 수 있다 같은 법 시행령 제59조【기부금 손금산입】

① 법 제61조 제4항의 규정을 적용함에 있어서 손금에 산입하는 지정기부금의 범위는 다음 각호와 같다.

1. 법 별표 중 제32호 내지 제34호에 규정된 각 중앙회가 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득 중 고유목적사업에 지출한 기부금만 있는 경우 당해 사업연도의 소득금액에서 이월결손금을 차감한 금액의 100분의 70

2. 법 별표 중 제32호 내지 제34호에 규정된 각 중앙회가 당해 사업연도의 수익사업에서 발생한 소득 중 고유목적사업에 지출한 기부금과 법인세법 시행령 제42조 각호의 지정기부금으로 지출한 기부금이 있는 경우에는 당해 사업연도의 소득금액에서 이월결손금을 차감한 금액의 100분의 80 법인세법 제12조의2 【고유목적사업준비금의 손금산입】

① 비영리내국법인이 그 법인의 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정 기부금에 지출하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우에는 다음 각호의 금액을 합산한 금액의 범위안에서 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다(이하 생략)

② 제1항의 규정에 의하여 손금에 산입한 고유목적사업준비금으로서 그 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 고유목적사업 또는 제18조 제1항의 지정기부금에 사용하고 남은 잔액은 그 5년이 되는 날이 속하는 사업연도의 소득금액 계산에 있어서 이를 익금에 산입한다. 같은 법 시행령 제17조【고유목적사업준비금의 손금산입】

④ 법 제12조의2 제1항 및 제2항의 규정을 적용함에 있어서 비영리내국법인이 당해 고유목적사업의 수행에 직접 소요되는 인건비 등 필요경비로 사용하는 금액과 특별법에 의하여 설립된 법인으로서 의료보험·연금관리 및 공제사업 등을 영위하는 비영리내국법인이 손금으로 계상한 고유목적사업준비금을 법령의 규정에 의하여 기금 또는 준비금으로 적립한 금액은 고유목적사업에 지출 또는 사용한 금액으로 본다. 법인세법 시행령 제2조 【수익사업의 범위】

④ 비영리내국법인이 법 제1조 제1항 각호의 수익사업을 영위하는 때에는 자산·부채 및 손익을 당해 수익사업에 속하는 것과 수익사업이 아닌 기타의 사업(이하 "비영리사업"이라 한다)에 속하는 것을 각각 별개의 회계로 구분하여 경리하여야 한다. 이 경우 수익사업과 비영리사업에 공통되는 자산과 부채는 이를 수익사업에 속하는 것으로 한다. 법인세법 시행규칙 제1조 【비영리법인의 자기자본계산 등】

① 비영리법인이 시행령 제2조 제4항의 규정에 의하여 구분경리를 하는 경우에는 수익사업의 자산의 합계액에서 부채(충당금을 포함한다)의 합계액을 공제한 금액을 수익사업의 자본금으로 한다.

② 비영리법인이 비영리사업에 속하는 자산을 수익사업에 지출 또는 전입한 때에는 그 자산가액은 자본의 원입으로 경리한다. 이 경우 자산가액은 시가에 의한다

③ 비영리법인이 수익사업에 속하는 자산을 비영리사업에 지출한 때에는 그 자산가액 중 수익사업의 소득금액(잉여금을 포함한다)을 초과하는 금액은 자본원입액의 반환으로 한다.(이하 생략) (나) 사실관계 및 판단 쟁점조합상호지원기금이란 경영약체 또는 재해피해를 입은 회원조합에 대한 무이자자금지원으로 회원조합의 안정적이고 균형있는 발전을 도모하기 위하여 청구법인의 수익사업부문에서 고유목적사업부분으로 전출시켜 적립운용하고 있는 기금으로 청구법인은 수익사업회계에서 "고유목적사업전출" 항목으로 비용처리하고, 비영리부분인 지도사업회계에서 수입계정으로 처리하는 한편, 동 자금의 별도관리를 위하여 "조합상호지원기금" 항목으로 부채로 계상하였다가 1997사업연도 결산시 조합상호지원적립금(자본)으로 대체 처리하였다. 처분청은 청구법인이 쟁점조합상호지원기금을 비영리회계의 부채계정에서 이익잉여금계정으로 대체함으로서 회원조합에 대한 지분환급 및 배당이 가능한 출자자지분이 증대하게 되는 결과가 되었으므로 이는 이미 수익사업의 손금으로 계상한 준비금(기부금) 등을 환입하여 수익사업부문의 순자산을 증대시킨 것으로 익금에 가산한 후 잉여금 처분에 의하여 자본적립하여야 하는 것으로 보아 조합상호지원기금 222,949,722,117원 중 종전 각 사업연도의 세무조정시 이미 손금불산입한 금액 51,784,668,388원을 차감한 171,165,053,729원을 익금산입하였는 바 이의 당부를 살펴본다. 첫째, 청구법인이 쟁점조합상호지원기금을 자기자본항목으로 계상한 것을 비수익사업부분의 자금을 수익사업으로 환입한 것으로 볼 수 있는지 여부를 살펴보면 쟁점기금은 비록 청구법인이 기금관리를 하는 자금이라 할지라도 동 기금이 청구법인의 출연에 의하여 조성된 기금으로 보아야 하므로 청구법인의 자본과는 분리된 것으로 보는 것이 타당하며, 청구법인이 쟁점기금을 조합상호지원기금이라는 항목으로 자기자본에 계상한 사실에 대하여 감사원 및 금융감독원에서 이의 부당성을 지적하며 회원조합에 대하여만 사용할 수 있는 쟁점기금은 자기자본에서 제외시키는 것이 타당하다고 지적한 사실이 청구법인이 제시한 증빙자료에 의하여 확인됨에도 청구법인은 조사일 현재까지 이를 시정하지 아니한 것으로 보이는 바, 청구법인이 자기자본에 속하지 아니하는 비수익사업부분의 쟁점기금을 자기자본에 계상한 것은 수익회계로 환입한 것이라고 볼 수 밖에 없다 할 것이다. 둘째, 쟁점조합상호지원기금의 연도별 적립내역을 살펴보면 1981년 이전 사업연도에 적립된 금액은 15,320,819,000원으로 이는 청구법인에 대한 법인세가 면제되는 기간에 조성된 것으로 보이고, 1982사업연도∼1994사업연도 기간 중 쟁점기금으로 적립된 금액은 142,884,143,117원으로 이는 구 조세감면규제법 제61조 및 같은 법 시행령 제59조 규정에 의하여 청구법인의 수익사업에서 발생한 소득을 고유목적사업에 지출하는 기부금으로 조성된 것으로 1992사업연도에 지정기부금 한도초과액으로 손금불산입한 464,508,841원이 포함된 것이며, 1995사업연도∼1997사업연도 기간 중 쟁점기금으로 적립된 금액은 64,744,700,000원으로 이는 법인세법 제12조 의 2의 규정에 의하여 고유목적사업준비금으로 적립한 것이고 그 금액중에는 1995사업연도에 24,744,700,000원, 1996사업연도에 25,000,000,000원의 손금불산입액이 포함되어 있는 것으로 확인되며, 이에 대하여는 처분청과 청구법인간에 서로 다툼이 없다. 그렇다면 앞에서 살펴본 바와 같이 청구법인에 대한 법인세가 면제되는 1981년 이전 사업연도 기간 중 비수익사업부분에 전입된 금액 15,320,819,000원 및 1982사업연도∼1994사업연도 기간 중 구 조세감면규제법상 기부금으로 보아 비수익사업부분에 전입된 금액 142,884,143,117원은 이 건 과세사업연도에 적용되는 현행세법에 의하여 고유목적사업준비금으로 손금산입된 것이 아니며, 종전 법인세를 면제하던 때나 기부금으로 손금산입할 당시 동 금액을 수익사업에로 환입하는 경우 과세하는 근거규정도 없으므로 동 금액이 수익사업에 환입되었다 하여 익금에 산입하는 것은 과세근거없는 부당한 처분으로 판단된다. 다만, 1995사업연도 이후 고유목적사업준비금으로 손금산입한 금액은 그 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날까지 사용하고 남은 잔액은 그 5년이 되는 날 익금에 산입하는 것이나 앞에서 살펴본 바와 같이 청구법인 스스로 자기자본에 속하지 아니하는 비수익사업부분의 쟁점기금을 자기자본에 계상하였으므로 수익회계로 환입한 것으로 보아 당해 사업연도에 익금산입하는 것은 정당한 것으로 판단된다. 따라서 처분청이 익금산입한 171,165,053,729원 중 1994.12.31이전 사업연도에 적립된 금액에 해당하는 156,165,053,729원은 익금에서 차감하고, 1995년 이후 적립된 64,744,700,000원 중 1995사업연도 이후 기간 중 기 손금불산입된 것으로 확인되는 부분을 제외한 나머지 금액을 1997사업연도에 익금에 산입하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

7. 쟁점 부외부동산 및 부외서화를 1998년 기준 공시지가 및 감정가액으로 평가하여 각각 7,420,658,774원 및 337,960,000원을 1998사업연도 익금에 산입한 처분의 당부를 살펴본다. (가) 관련법령 이 건 과세요건 성립당시 적용되는 관련법령은 다음과 같다. 법인세법 제17조 【손익의 귀속시기 및 취득가액의 계산】

① 내국법인의 각 사업연도의 익금과 손금의 귀속사업연도는 그 익금과 손금이 확정된 날이 속하는 사업연도로 한다.

③ 내국법인이 익금과 손금의 귀속사업연도와 자산·부채의 취득 및 평가에 관하여 일반적으로 공정·타당하다고 인정되는 기업회계기준을 적용하거나 관행을 계속적으로 적용하여 온 경우에는 제1항과 제2항의 규정에 불구하고 당해 기업회계기준 또는 관행에 의한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우에는 그러하지 아니하다

④ 제1항의 규정에 의한 손익의 귀속사업연도와 제2항의 규정에 의한 취득가액의 계산 기타 자산·부채 등의 평가에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다 구 기업회계기준 제57조【특별손익】

① 특별이익은 자산수증이익·채무면제이익·보험차익·전기오류수정이익등 경상이익 이외의 이익을 포함한다 (나) 사실관계 및 판단 청구법인이 부외관리하고 있는 자산은 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○ 등 2,460필지 토지 2,279,158㎡ 및 서화 등 112점으로 처분청은 이들 자산을 토지는 1998년 기준 개별공시지가를 적용하여 7,420,658,000원으로 평가하고, 서화등은 1999.7.15 ○○○협회의 감정가액 337,960,000원으로 하여 1998사업연도의 익금에 산입하였다. 청구법인은 쟁점부외부동산이 장기간의 승계자산 색출과 쟁송 등의 소유권회복 과정을 거쳐 순차적으로 소유권이 확정된 것으로 실질적으로는 청구법인의 설립이전부터 자산으로 계상누락된 것이며, 서화 등은 1993사업연도 이전에 수증받았거나, 비영리사업부분에서 수증받은 자산이므로 쟁점부외자산이 과소계상된 날이 속하는 과세연도에 익금산입하여야 하며 익금산입하여야 할 과세연도는 소멸시효가 완성되었다고 주장하고 있다. 그러나 청구법인이 쟁점부외자산의 소유권 확정일자에 대한 객관적인 증빙을 제시하지 아니하여 취득시기가 확인되지 아니하며 부외서화 또한 취득연도 및 취득경위가 불명이므로 조사일 현재 부외자산으로 보유하고 사실이 확인된 시점에 감정가액에 의하여 익금산입한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

8. 1994.12.31 가입한 종업원퇴직적립보험 및 종업원퇴직신탁부금 113,795,740,001원을 손금불산입하고, 회원조합을 위한 생활물자 수탁·구매와 관련하여 회원조합으로부터 수수료를 징수하지 아니한 데 대하여 부당행위계산부인하여 16,472,426,594원을 익금산입하여, 처분청이 2000.3.2 청구법인에게 1994사업연도 법인세 55,026,037,050원 및 농어촌특별세 148,715,740원을 추가로 결정·고지한 처분에 대하여 청구법인은 이에 불복하여 2000.5.30 이의신청을 제기하였다가, 2000.7.20 결정통지(기각)를 받은 후 불복청구기한이 경과한 2000.11.23 계류중인 종전처분에 대한 심사청구에 청구의 변경신청으로 추가 청구한 후 이에 대하여 2001.4.2 위 심사청구 결정통지(각하)를 받고, 2001.4.20 심판청구를 제기하였는 바, 이 건 본안심리에 앞서 추가경정처분에 대한 이의신청결과 기각된 처분을 불복청구기간 도과 후 당초처분에 대한 심사청구의 청구취지변경신청이 가능한지 여부에 대하여 살펴본다. (가) 관련법령 국세기본법 제55조 【불복】

① 이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로서 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다(1999.8.31 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 처분이 국세청장이 조사·결정 또는 처리하거나 하였어야 할 것인 경우를 제외하고는 그 처분에 대하여 심사 청구 또는 심판청구에 앞서 이 장의 규정에 의한 이의신청을 할 수 있다(1999.8.31 개정)

⑤ 다음 각호의 처분은 제1항의 처분에 포함되지 아니한다

1. 이 장의 규정에 의한 이의신청·심사청구 또는 심판청구에 대한 처 분. 다만, 이의신청에 대한 처분에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 하는 경우는 제외한다.

⑨ 동일한 처분에 대하여는 심사청구와 심판청구를 중복하여 제기할 수 없다 국세기본법 제56조 【다른 법률과의 관계】

① 제55조에 규정하는 처분에 대하여는 행정심판법의 규정을 적용하지 아니한다. 다만, 동 법 제11조·제12조·제16조·제20조 및 제26조의 규정은 심사청구 또는 심판청구에 대하여 이를 준용하되 이 경우 "위원회"는 "국세심사위원회", "국세심판관회의" 또는 "국세심판관합동회의"로 본다(2000.12.29 단서개정) 행정심판법 제20조 【청구의 변경】

① 청구인은 청구의 기초에 변경이 없는 범위안에서 청구의 취지 또는 이유를 변경할 수 있다

② 피청구인이 심판청구 후에 그 대상인 처분을 변경한 때에는 청구인은 변경된 처분에 맞추어 청구의 취지 또는 이유를 변경할 수 있다 국세기본법 제61조 【청구기간】

② 이의신청을 거친 후 심사청구를 하고자 할 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기하여야 한다(단서 생략) 국세기본법 제65조 【결정】

① 심사청구에 대한 결정은 다음 각호의 규정에 의하여야 한다

1. 심사청구가 제61조에 규정하는 청구기간이 경과한 후에 있었거나 심 사청구 후 제63조 제1항에 규정하는 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 아니한 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다

⑤ 국세기본법 부칙【심사청구 및 심판청구의 지위승계 등에 대한 적용례】(2000.12.29, 법률 제6070호) 제56조 제1항 및 제65조의 2의 개정규정은 이 법 시행일 현재 진행중인 이의신청·심사청구 또는 심판청구분부터 적용한다 (나) 사실관계 및 판단 청구법인은 처분청이 1999.11.1 결정·고지한 1994사업연도 분 법인세 및 농어촌특별세의 부과처분에 대한 심사청구가 계류중인 2000.3.2 다시 증액경정한 처분은 국세기본법 제56조 제1항 에 의하여 준용되는 행정심판법 제20조 제2항 에 규정하는 피청구인이 심판청구 후에 그 대상인 처분을 변경한 때에 해당되므로 그 변경된 처분에 맞추어서 청구의 취지 또는 이유를 변경할 수 있으며, 행정심판법의 경우에는 기간제한을 두지 아니하므로 처분청이 2000.3.2 증액경정하여 부과한 처분이 이의신청 결정일로부터 90일을 경과한 이후에 청구취지변경이 있었다는 이유로 각하결정하는 것은 부당하다고 주장한다. 처분청은 행정심판법 제20조 제2항 은 처분청이 불복청구 중인 처분을 변경한 때에는 변경된 처분에 맞추어 취지 또는 이유를 변경할 수 있도록 하여 그 변경된 처분을 대상으로 하는 새로운 불복절차를 제기하는 부담을 덜어주기 위한 취지이나, 청구법인은 2000.3.2 증액경정처분에 대한 불복청구를 함에 있어서 당초처분에 대한 심사청구가 계류 중임에도 이와 별도의 이의신청을 제기하였고, 2000.7.20 당해 증액경정처분에 대하여 이의신청결정통지를 받고 불복청구기간 내에 심사청구를 제기하지 아니하였으므로 심사청구대상이 될 수 없으며, 청구법인 스스로 별도의 불복절차를 거친 경우까지 새로이 불복기회를 주는 것은 타당하지 아니하므로 추가경정처분에 대하여 별도의 불복절차를 거친 이 건의 경우 청구의 변경신청 대상에서 제외되는 것이 타당하다고 주장하고 있어 이의 당부를 살펴본다. 2000.12.29 개정된 국세기본법 제56조 는 종전 심판청구에만 준용하던 행정심판법 제20조 제2항 규정을 심사청구와 심판청구의 선택적 청구제도의 도입에 따라 심사청구를 하는 납세자도 동일하게 행정심판법의 규정을 준용받도록 하는 취지로 개정되었으며, 위 규정은 국세기본법 부칙 규정에 의거 시행일(공포일) 현재 진행중인 심사청구에 대하여도 적용되는 것이나, 청구법인은 이 법 개정전인 2000.11.23 이 건 "청구의 변경"을 신청하였으므로 개정 국세기본법에 의하여 "청구의 변경"을 신청한 것으로는 볼 수 없는 것으로 보인다. 설사, 행정심판법 제20조 제2항 의 적용을 받는다고 하더라도 동 규정은 처분청이 불복청구 중인 처분을 변경한 때에는 변경된 처분에 맞추어 그 취지 또는 이유를 변경할 수 있도록 하여 그 변경된 처분을 대상으로 하는 새로운 불복절차를 제기하는 부담을 덜어주기 위한 취지이나, 이 건의 경우 청구법인은 당초처분에 대한 심사청구에 청구취지변경을 할 수 있음에도 불구하고 스스로 당해 증액경정처분에 대하여 별도의 불복절차(이의신청)를 제기하여 그 증액경정처분에 대하여 불변기간인 불복청구기간이 도과하였다면 소송경제면에서 그 불이익을 감수하여야 하는 측면이 있고, 또한 그 증액경정처분만에 대하여 먼저 진행중인 불복절차에서 다시 청구취지의 변경을 허용하는 경우 법적안정성이나 절차의 혼란을 초래할 여지가 있다는 점에서 청구주장을 받아들이기 어려운 것으로 보인다. 한편, 대법원의 판례는 증액경정처분의 경우 당초처분은 증액경정처분에 흡수되어 증액경정처분만을 불복의 대상으로 보아야 한다(같은 뜻, 대법원97누16329, 1999.5.28외 다수)는 흡수설의 입장을 취하고 있는 바, 이에 따르는 경우에도 당초처분에 대한 불복절차의 결과에 관계없이 증액경정처분만을 기준으로 청구대상 및 청구기간 경과여부를 판단하는 것이므로 이 건과 같이 전심절차를 거치고 그 결정에 대한 불복청구기간이 도과하였다면 불복청구 대상이 될 수 없는 것으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다. 그러므로 청구의 변경을 신청한 2000.3.2 1994사업연도 법인세 등의 추가 경정처분은 적법한 불복청구가 아니므로 본안심리를 생략한다.

이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유 있고, 일부 적법한 청구가 아니므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호, 제2호, 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.