건물의 일부분에 대하여 취득원가 계산방법을 달리 적용할 수 있는지 여부

심판청구번호 국심2001서 1019(2001.11.21) 99.1.1∼1999.12.31 사업연도 청구법인의 특별부가세 양도차익을 계산함에 있어서 당해 사업연도에 양도한 부동산의 연체이자상당액을 부동산 양도가액에서 제외하여 그 과세표준 및 세액을 경정한다.

청구법인은 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ포구 ○○○동 ○○○ 대지 3,636.70㎡ 지상에 오피스텔건물 53,359.79㎡(이하 "쟁점건물"이라 한다) 신축공사를 1997.3.25 개시하여 1999.7.20 사용승인받고 1999사업연도 법인세 및 특별부가세 신고시 분양가액에 대응하는 취득원가를 분양면적비율로 계산하여 신고하였다. 청구법인은 국세청장의 질의회신(법인 46012-2012, 2000.9.29)에서 "각층별·위치별 분양가액이 다르고 전체 분양가액이 구체적으로 산정되었음이 사전 공시방법 등에 의하여 명백히 확인되는 경우에는 총 취득가액에 당해 사업연도 분양된 건물의 분양가액이 총 분양예정가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 할 수 있음"이라고 통지를 받은 후 임대부분은 면적비율로 취득가액을 안분하고 분양부분과 미분양부분은 분양예정가액으로 취득가액을 안분하여 2000.11.29 법인세 및 특별부가세 경정청구를 하였다. 처분청은 고정자산과 분양자산의 취득원가 계산방법을 달리하여 신고한 경정청구를 인정할 수 없다 하여 2001.3.10 청구법인에게 경정불가함을 통보하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.4.26 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장

(1) 쟁점건물 중 분양목적 부분의 재고자산과 임대목적 부분의 고정자산의 취득원가를 계산함에 있어서 고정자산은 신축전부터 임대를 목적으로 하였는 바, 분양예정가액이 당초부터 존재하지 아니하였으므로 고정자산의 취득원가는 토지와 건물의 총 취득원가를 면적비율로 안분계산하여야 하며, 재고자산의 취득가액은 각층별·평형별로 분리하여 분양예정가액으로 안분계산하여야 함에도 처분청이 이러한 계산에 따라 청구법인이 한 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

(2) 청구법인은 쟁점건물의 분양자들로부터 연불조건에 의하여 분양대금을 지급받으면서 계약상 지급기일내에 납부되지 아니하는 경우에는 연체이자를 지급받고 있으며, 처분청은 동 연체이자를 특별부가세 산정시 양도가액에 포함하였으나 연체이자는 양도가액에 포함하지 아니하는 것이므로 특별부가세를 경정하여야 한다.

• 나. 처분청 의견

(1) 청구법인의 질의에 대한 국세청의 질의회신(법인 46012-2012, 2000.9.29)에서는 각층별·위치별 분양가액이 다르고 전체 분양가액이 구체적으로 산정되었음이 사전 공시방법 등에 의하여 명백히 확인되는 경우에는 총 취득가액에 당해 사업연도에 분양된 건물의 분양가액이 총 분양예정가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 할 수 있는 것이며, 이 경우 동 원가계산방법은 당해 건물의 분양이 완료될 때까지 계속 적용하여야 하는 것이라고 하였는 바, "총 분양예정가액"이라 함은 1개 필지에 건축된 동일건물의 전체 분양가액을 의미하는 것이고, "원가계산 방법의 계속 적용"이란 동일 건물의 취득원가 계산방법은 필요에 의하여 임의로 바뀔 수 없다는 것을 의미하는 것이므로 쟁점건물과 같이 1개 필지에 건축된 동일 건물에 포함된 고정자산의 원가와 재고자산의 원가는 계산방법을 달리 할 수 없는 것이므로 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

(2) 청구법인이 당초 법인세 및 특별부가세 신고시에는 쟁점건물의 분양자들로부터 지급받은 연체이자를 양도가액에 포함하였으나 경정청구시에 이를 제외하여야 한다고 주장하고 있는 바, 연체이자는 양도가액에 포함하지 아니하는 것이므로 청구법인의 주장을 인용하는 것이 타당하다.

• 가. 쟁점

(1) 동일 필지내에 상가 등을 신축하여 일부는 임대하고 일부는 층별·용도별로 분양가액을 달리하여 분양하는 경우 임대부분의 고정자산 취득원가는 면적비율에 따라 계산하고 분양부분의 재고자산 취득원가는 분양예정가액비율에 따라 계산하는 것이 적법한 것인지 여부

(2) 분양자들로부터 연불조건에 의하여 분양대금을 지급받으면서 계약상 지급기일내에 납부되지 아니하는 경우 지급받는 연체이자 상당액이 특별부가세 산정시 양도가액에 포함되는 것인지 여부

• 나. 관련 법령 법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정된 것) 제99조 【과세표준】 ① 특별부가세의 과세표준은 대통령령이 정하는 토지, 건물, 부동산에 관한 권리, 주식 또는 출자지분(이하 “토지등”이라 한다)의 양도로 인하여 발생한 양도차익으로 한다. (1998. 12. 28 개정)

② 제1항에서 “양도”라 함은 토지 등에 대한 등기 등에 관계없이 매도, 교환，법인에 대한 현물출자 등으로 인하여 그 토지등이 유상으로 사실상 이전되는 것을 말한다. (1998. 12. 28 개정)

③ 제1항의 규정에 의한 양도차익은 양도가액에서 다음 각호의 금액을 공제한 금액으로 한다. 다만, 양도가액과 취득가액이 불분명한 경우에는 양도당시의 기준시가와 취득당시의 기준시가를 각각 양도가액과 취득가액으로 한다. (1998. 12. 28 개정)

1. 취득가액. 다만, 상속세 및 증여세법에 의하여 상속세과세가액 또는 증여세과세가액에 산입되지 아니한 재산을 출연받은 법인이 대통령령이 정하는 토지등을 양도하는 경우에 있어서는 당해 토지등을 출연한 출연자의 취득가액을 당해 법인의 취득가액으로 하며, 국세기본법 제13조 제2항 의 규정에 의한 법인으로 보는 단체의 경우에는 동법 동조 동항의 규정에 의하여 승인을 얻기 전의 당초 취득한 가액을 취득가액으로 한다. (1998. 12. 28 개정)

2. 토지등을 양도하기 위하여 직접 지출하는 비용 (1998. 12. 28 개정)

④ 제3항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나가 분명하지 아니한 경우에 그 분명하지 아니한 가액은 대통령령이 정하는 산식에 의하여 환산한 가액으로 한다. (1998. 12. 28 개정)

⑤ 법인이 토지등을 함께 취득하거나 양도한 경우 토지등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 취득가액 또는 양도가액을 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분계산한다. (1998. 12. 28 개정) (6∼11항 생략) 법인세법(1998.12.28 법률 제5581호로 개정된 것) 제19조 【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다. (1998. 12. 28 개정)

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. (1998. 12. 28 개정)

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다. (1998. 12. 28 개정) 법인세법시행령(1998.12.31 대통령령 15970호로 개정된 것) 제140조 【특별부가세의 과세표준계산】 ② 법 제99조 제3항에서 “취득가액”이라 함은 다음 각호의 금액을 합계한 금액을 말한다. (1998. 12. 31 개정)

1. 제72조 제1항(동항 제3호 및 제4호의 규정은 현물출자의 경우에 한한다) 내지 제3항 및 동조 제4항 제2호의 규정을 준용하여 계산한 취득가액. 다만, 동조 제2항 제1호의 규정에 의한 익금산입금액을 제외하고 동조 제3항 제1호의 규정에 의한 현재가치할인차금을 포함한다. (1998. 12. 31 개정) (2∼4호 생략)

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 동일 단지내에 상가 등을 신축하고 일부는 임대하고 일부는 분양하는 경우 임대부분의 취득원가는 면적비율에 따라 계산하고 분양부분의 취득원가는 분양예정가액비율에 따라 계산할 수 있는 것인지 살펴본다. 첫째, 쟁점건물은 지하7층 및 지상18층의 오피스텔 건물로서 1999.12.31 현재 쟁점건물 총면적 53,359.79㎡ 중 1,126.81㎡는 임대에 공하였고 나머지 면적중 54.5%에 상당하는 28,471.502㎡는 분양이 완료되었으며 45.5%에 상당하는 23,760.72㎡는 미분양 상태에 있었는 바, 1999사업연도 법인세 및 특별부가세 신고시 쟁점건물의 분양과 미분양 및 임대부분의 취득원가를 각각 총취득원가에서 당해 면적이 차지하는 비율에 따라 안분계산 하였다가 2000.11.29 경정청구시에는 분양목적으로 건축한 부분과 임대부분의 취득원가를 면적비율에 따라 안분계산한 후 분양과 미분양 부분을 분양예정가액으로 안분계산하여 결국 같은 신축건물에 대한 취득원가가 다른 기준에 의하여 계산된 결과가 되었다. 둘째, 청구법인이 경정청구시 참고하였다고 주장하는 국세청장의 질의회신문(법인 46012-2012, 2000.9.29)에 의하면 "청구법인과 같이 동일필지내 상가 등을 신축하고 층별·용도별로 분양가액을 달리하여 분양하는 경우 분양되는 상가 등의 특별부가세 과세표준계산시 취득가액은 원칙적으로 개별원가 계산방법 또는 분양면적비율에 의한 안분계산 방법에 의하는 것이나 각층별·위치별 분양가액이 다르고 전체분양가액이 구체적으로 산정되었음이 사전 공시방법 등에 의하여 명백히 확인되는 경우에는 총 취득가액에 당해 사업연도에 분양된 건물의 분양가액이 총 분양예정가액에서 차지하는 비율을 곱하여 계산한 금액으로 할 수 있는 것임"이라고 회신하고 있다. 셋째, 개별원가가 확인되지 않는 경우 취득원가 안분계산을 분양면적비율에 의할 것인지 또는 분양예정가액비율에 의할 것인지에 대하여는 법인세법상 명문규정을 두고 있지 아니하므로 이 경우 납세자가 계속하여 적용하고 있는 방법이 일반적인 회계기준에 의하여 공정·타당하다고 인정되면 계속성이 유지되는 한 그에 의하여야 할 것이고 따라서 동일한 건물의 취득원가계산방법은 당해 건물의 분양이 완료될 때까지 같은 방법이 적용되어야 할 것인 바(국심 97경249, 1997.5.6 및 국세청 법인 46012-2012, 2000.9.29 같은 뜻임), 이 건의 경우 각층별·위치별 분양예정가액산정이 사전공시방법 등에 의하여 명백히 확인된다고 보기 어려운 점이 있고 설령 분양예정가액산정이 확인된다고 보고 분양예정가액의 단일기준에 의하여 취득원가를 안분계산하는 경우에는 당초 청구법인이 면적비율에 의하여 신고한 경우보다 분양목적 건물부분에 대한 취득원가가 오히려 감소하여 청구법인에게 불리한 것으로 나타나고 있다. 위에서 보는 바와 같이 동일필지에 건축된 상가 등 건물의 고정자산(임대건물)의 취득원가와 재고자산(분양건물)의 취득원가 계산방법을 달리 할 수 없다 할 것이고 또한 동일한 건물의 취득원가 계산방법을 임의로 변경하는 것도 타당하지 아니하므로 처분청이 당초 신고시와 취득원가 계산방법을 달리하여 경정청구한 청구법인의 경정청구를 받아들이지 아니한 것은 적법한 것으로 판단된다.

(2) 분양자들로 부터 연불조건에 의하여 분양대금을 지급받으면서 계약상의 지급기일내에 납부되지 아니하는 경우 지급받는 연체이자 상당액을 특별부가세 양도가액에서 제외할 수 있는 것인지 여부를 살펴본다. 당초 청구법인은 1999사업연도 법인세 및 특별부가세 신고시 쟁점연체이자상당액을 부동산 양도가액에 포함하여 신고하였으나 경정청구시 이를 양도가액에서 제외하는 것으로 신고하였는 바, 토지 등의 가액에 이자 상당액을 가산하여 양도가액을 확정하는 경우 이자상당액은 양도 또는 취득가액에 포함하는 것이나 당초 계약상의 지급기일의 지연으로 인하여 지급하는 이자는 양도 또는 취득가액에 포함되지 아니하는 것이므로(법인세법 기본통칙 7-2-10…59의 2 같은 뜻임) 계약상의 지급기일의 지연으로 인하여 청구법인이 지급받은 사실에 다툼이 없는 쟁점연체이자상당액은 부동산 양도가액에서 제외하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.