중제조업 등에 대한 특별세액감면액에 대한 추징 사유에 해당하는지 여부

심판청구번호 국심2001서 0855(2001.11.19) 요 청구인은 1976.10.20 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○에서 ○○○화학(이하 "개인기업"이라 한다)이라는 상호로 합성수지 제조업체를 개업하여 운영하여 왔고 1989.8.16 ㅇㅇㅇ도 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○에서 (주)○○○케미칼(이하 "법인"이라 한다)이라는 법인을 설립하여 운영하여 오다가 1999.6.30 개인기업의 순자산을 법인에 현물출자하여 법인에 흡수통합 하였다. 처분청은 개인기업이 조세특례제한법에 의하여 감면받은 중소제조업 특별세액 감면액에 대하여 법인에 흡수통합시 추징사유가 발생한 것으로 보아 청구인에게 2000.12.12 1999년도 귀속분 종합소득세 35,256,420원을 부과하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.3.12 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 개인기업을 현물출자에 의하여 법인과 통합하였는 바, 흡수통합 후에 법인이 쟁점감면세액에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립하였고 쟁점감면세액의 일부를 상환기간이 1년 6월 이상인 장기차입금의 상환에 사용하였으므로 추징대상이 아닐 뿐 아니라 쟁점감면세액의 사후관리기간이 미경과되어 법 소정의 추징사유가 발생하지 아니하였으므로 이 건 과세는 과세요건을 갖추지 못한 부당한 처분이다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 개인기업을 현물출자에 의하여 법인전환하였다고 주장하나 현물출자가 아닌 사업의 포괄양수도에 해당하며, 동 사업의 포괄양수도는 법령이 정하고 있는 방법에 해당하지 아니하므로 쟁점감면세액을 추징한 것은 정당하고 또한, 청구인은 개인기업을 인수한 법인이 쟁점감면세액 상당액의 기업합리화적립금을 적립하였고, 개인기업의 차입금을 인수하여 일부를 상환하였으므로 추징사유에 해당하지 아니한다고 주장하나 차입금상환이 쟁점감면세액의 추징면제사유가 될 수는 없으므로 이 건 과세처분은 적법하다.

• 가. 쟁점 조세특례제한법에 의하여 감면받은 중소제조업 등에 대한 특별세액 감면액에 대한 추징사유가 발생한 것인지 여부
• 나. 관련법령 조세특례제한법(1998.12.28 법률 제5584호로 전면개정된 것)제7조 【중소제조업 등에 대한 특별세액감면】 ① 제조업, 부가통신업, 연구 및 개발업, 방송업, 엔지니어링사업，정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 내국인중 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다. (1998. 12. 28 개정) 조세특례제한법 제145조 【기업합리화적립금의 적립】 ① 제5조 내지 제7조, 제10조 내지 제12조, 제24조 내지 제27조, 제31조 제4항 내지 제6항, 제32조 제4항，제34조, 제37조, 제62조 내지 제65조, 제68조, 제94조，제101조, 제103조, 제126조와 부칙 제11조 및 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다) 내지 제4항의 규정에 의하여 세액공제·세액감면 또는 소득공제(이하 이 조에서 “감면등”이라 한다)를 적용받고자 하는 내국법인은 당해 사업연도의 이익금처분에 있어서 그 공제받고자 하는 세액(소득공제를 받고자 하는 경우에는 그 공제받고자 하는 소득금액에 대한 법인세상당액)에서 공제받고자 하는 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액(이하 “감면세액상당액”이라 한다)을 기업합리화적립금으로 적립하여야 한다. (1998. 12. 28 개정)

⑤ 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 거주자는 공제받은 세액(소득공제를 받은 경우에는 공제받은 그 소득금액에 대한 소득세상당액)에서 공제받은 당해 세액에 대하여 부과되는 농어촌특별세를 차감한 금액에 상당하는 금액을 대통령령이 정하는 바에 따라 고정자산에 대한 투자나 장기차입금의 상환에 사용하여야 한다. (1998. 12. 28 개정) 조세특례제한법 제146조 【감면세액의 추징】제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 내국인에게 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 때에는 당해 사유가 발생한 날이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 그 각호에 규정하는 금액에 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 이자상당가산액을 가산하여 소득세 또는 법인세로 납부하여야 하며 당해 세액은 소득세법 제76조 또는 법인세법 제64조 의 규정에 의하여 납부하여야 할 세액으로 본다. (1998. 12. 28 개정) (1∼3, 5호 생략).

4. 제145조 제1항의 감면등을 받은 거주자가 제145조 제5항의 규정에 의하여 사용하여야 할 금액 중 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 경우(사업용 고정자산을 현물출자하거나 대통령령이 정하는 사업양수도방법에 의하여 법인으로 전환하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외한다): 사용하지 아니하거나 미달하게 사용한 금액 (1998. 12. 28 개정) 조세특례제한법시행령(1998.12.31 법률 제15976호로 전면개정된 것) 제137조【기업합리화적립금의 적립 등】⑤ 법 제145조 제1항의 규정에 의한 감면등을 받은 거주자는 공제받은 세액에 상당하는 금액을 다음의 용도에 사용하여야 한다. (1998. 12. 31 개정)

1. 상환기간이 1년 6월 이상인 재정경제부령이 정하는 사채 및 외화차입금과 상속세 및 증여세법시행령 제10조 제2항 의 규정에 의한 금융기관의 차입금의 상환 (1998. 12. 31 개정)

2. 당해 기업의 고유목적에 직접 사용하는 사업용 자산의 매입이나 건설을 위한 투자 (1998. 12. 31 개정)

⑥ 제5항의 규정을 적용함에 있어서 동항 제1호의 경우에는 세액공제·세액감면 또는 소득공제를 적용받은 날부터 2년 이내에, 동항 제2호의 경우에는 5년 이내에 사용하여야 한다. (1998. 12. 31 개정)

⑨ 법 제146조 제4호에서 “대통령령이 정하는 사업양수도 방법”이라 함은 법인설립일부터 소급하여 1년 이상 당해 사업을 영위하던 자가 발기인이 되어 제29조 제4항의 규정에 의한 금액이상을 출자하여 법인을 설립하고, 그 법인설립일부터 3월 이내에 당해 법인에게 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 양도하는 것을 말한다. (1998. 12. 31 개정)

⑩ 법 제146조 제4호에서 "대통령령이 정하는 경우" 라 함은 현물출자 또는 제9항의 규정에 의한 사업양수도 방법에 의하여 설립된 법인이 당해 법인의 최초 과세연도의 이익금 처분시에 감면세액 미사용분에 상당하는 금액을 기업합리화적립금으로 적립한 경우를 말한다. 다만, 당해 법인의 최초 과세연도의 이익금처분시까지 소득세법 제70조 의 규정에 의한 종합소득과세표준확정신고기한이 경과되지 아니한 과세연도의 감면세액에 대하여는 동 감면세액의 미사용분에 상당하는 금액을 그 다음 과세연도의 이익금처분시에 기업합리화적립금으로 적립한 경우를 말한다. (1998. 12. 31 개정)

• 다. 사실관계 및 판단 청구인이 감면받은 중소제조업 특별세액에 대하여 감면세액의 추징사유가 발생한 것으로 보아 감면세액 상당액을 추징한 것이 적법한 것인지 여부를 살펴본다. 첫째, 위 조세특례제한법 제146조 및 같은법 시행령 제137조의 규정에 의하면 세액을 감면받은 자가 세액감면 받은 날로부터 2년 이내에 감면세액 상당액을 금융기관의 차입금상환 등에 사용하지 않은 경우에는 감면세액의 추징사유가 발생하는 것으로 규정하고 있는데 청구인은 개인기업의 감면세액 상당액을 위와 같은 용도로 사용하기 이전에 개인기업을 폐업하고 법인에 흡수통합하였으므로 일응 감면세액 추징사유가 발생한 것으로 판단된다. 둘째, 처분청은 청구인이 현물출자가 아닌 사업의 포괄양수도에 의하여 법인으로 전환하였고 이 경우 법인을 설립하는 방법이 아닌 기존 법인에 대한 사업의 포괄양수도라는 이유를 들어 감면세액 추징제외사유에 해당하지 아니하는 것으로 보았으나 청구인이 제시하는 중소기업통합계약서(1999.6.30)에 의하면 개인기업의 순자산가액을 현물출자하여 통합하도록 규정되어 있고 ○○○경영회계법인의 재무에 관한 감정보고서(1999.7.28)에도 현물출자를 위한 감정가액내용이 기재되어 있으며 등기부등본상 개인기업의 토지 및 건물이 현물출자를 원인으로 법인에게 소유권이전된 사실 및 현물출자 상당액의 주식이 청구인에게 교부된 점 등을 종합하면 청구인은 개인기업을 현물출자에 의하여 법인으로 전환된 것으로 판단된다. 셋째, 위 조세특례제한법 제146조 제4호 에 의하면 사업용 고정자산을 현물출자하여 법인으로 전환하는 경우로서 대통령령이 정하는 경우에는 감면세액 추징사유가 발생하더라도 추징하지 아니하도록 규정하고 있는데 조세특례제한법 시행령 제137조 제10항 에서는 현물출자에 의하여 설립된 법인이 최초 과세연도 이익금처분시 감면세액 미사용분을 기업합리화적립금으로 적립한 경우로 규정하고 있어 이 건과 같이 이미 설립된 기존법인에 현물출자하는 경우에는 추징제외사유에 해당되지 아니하는 것임을 알 수 있다. 넷째, 청구인은 개인기업이 법인에 통합된 후 법인이 감면세액 상당액을 적립금으로 적립한 사실이나 감면세액 일부를 장기차입금상환에 사용한 사실을 들고 있으나 이미 추징제외요건을 구비하지 못한 청구인의 경우에는 위와 같은 사실이 영향을 줄 수 없다 할 것이고 또한 청구인은 사후관리기간(고정자산 취득요건기간인 5년)이 경과한 후에 감면세액을 추징하여야 한다는 주장이나 이는 계속 기업을 전제로 하는 경우에 해당되는 것이고 청구인과 같이 개인기업을 폐업한 경우에는 폐업당시를 기준으로 미사용잔액 등에 대하여 추징사유가 발생한 것으로 보아야 할 것이다. 위에서 살펴본 바와 같이 청구인이 개인기업을 신설법인에 현물출자하지 아니하고 기존법인에 현물출자하는 경우에는 개인기업이 감면받은 감면세액 상당액 중 조세특례제한법 소정의 미사용잔액에 대하여 감면세액 추징사유가 발생하는 것이므로 처분청이 청구인에게 이 건 종합소득세를 부과한 처분은 적법한 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.