주식의 양도차익 산정

심판청구번호 국심2001서 0453(2001. 6.19) 0.5 한국증권거래소에 상장된 ○○○주식회사의 대주주로 상장전에 취득한 동사의 주식 127,500주(이하 "쟁점주식"이라 한다)를 1999.5.26 및 1999.7.9 각각 1주당 35,743원과 46,000원에 양도하고 2000.5.31 양도가액은 실지거래가액으로, 취득가액은 취득당시 실지거래가액인 액면가액(무상주 취득분은 "0")으로 하여 양도소득세 934,234,340원을 신고·납부한 후 2000.9.15 소득세법 시행규칙 제81조 제3항 의 규정에 의한 환산기준시가에 의하여 취득가액(1주당 91,480원)을 산정하여야 한다는 내용등의 경정청구를 제기하였다. 처분청은 2001.1.26 무상주 취득분 19,800주에 대하여 액면가액(5,000원)을 취득가액으로 인정하여 19,800,000원을 환급결정하고, 나머지 청구는 실지 청구는 취득가액이 확인되므로 기준시가를 적용할 이유가 없다 하여 거부처분을 하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.2.14 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장

(1) 소득세법령에 의하면 주식양도소득계산시 취득가액은 실지거래가액으로 한다고 규정하고 있는 바, 여기서 실지거래가액이라 함은 시가를 의미하는 것으로 쟁점주식은 비상장주식이었을 당시 유·무상증자를 통하여 취득하였으나, 그 당시의 액면금액은 시가가 아니어서 실지거래가액이 확인되지 아니하므로 소득세법 시행규칙 제81조 제2항 제3호 및 제3항의 규정에 의한 기준시가로 취득가액을 산정하여야 한다.

(2) 청구인은 상장주식의 양도로 인한 양도소득에 대하여는 비과세되는 것으로 알고 보유하고 있었으나, 1998년말 세법개정에 의하여 1999.1.1 이후 양도분부터는 과세가 되는 것으로 규정되었는 바, 적어도 1999.1.1 이전부터 보유하고 있던 주식의 양도에 대하여는 과거 비영리법인의 주식양도차익과세를 1988년말 새로이 도입하면서 취득상장주식의 취득가액은 장부가액과 1988년도말 증권거래의 최종시세가액 중 높은 것으로 하라는 취지의 경과규정을 두었으므로 1998년도말 증권거래소의 최종시세가액과 장부가액 중 높은 것을 취득가액으로 하여 과세하는 것이 신뢰보호의 원칙, 공평과세의 원칙, 소급과세금지의 원칙에 부합됨에도 불구하고 취득가액을 취득당시의 실지거래가액으로 하여 과세한 것은 이들 원칙에 위배된다.

(3) 청구인은 쟁점주식을 양도하고 자전거래 등을 통하여 대체취득하였으므로 이 건 양도소득세는 과세이연하여야 한다.

• 나. 처분청 의견 (1) 소득세법 제96조 및 제97조의 규정에 의하면, 주식의 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 기준시가에 의한다고 규정하고 있는 바, 쟁점주식은 취득당시의 실지거래가액이 확인되고 있으므로 취득당시의 시가가 없다는 이유로 취득가액을 환산기준시가로 하여야 한다는 청구주장은 법리를 오해한 주장으로 받아들일 수 없다.

(2) 1998년말 세법개정으로 1999.1.1부터는 상장법인 대주주의 주식양도에 대하여는 양도소득세가 과세된다는 내용을 알고 2000.5.31 쟁점주식양도에 대한 양도소득세를 신고납부한 점으로 볼 때, 신뢰보호의 원칙과는 관계가 없고, 1999.1.1 이전 취득주식을 1999.1.1 이후 양도하는 것과 1999.1.1 이후 취득하여 양도하는 것에 대하여 세제상 차이를 둔다면 차이를 두는 자체가 공평과세의 원칙을 훼손하는 것이며, 취득당시의 실지거래가액을 취득가액으로 하여 과세하는 것이 소급과세라는 주장은 소급과세의 법리를 오해한 주장으로 받아들일 수 없다.

(3) 쟁점주식거래는 자전거래에 해당하지 아니하고, 설령 자전거래에 해당한다 하더라도 개인의 주식거래에 대하여는 과세이연한다는 법률의 규정이 없으므로 이 건 양도소득세를 과세이연하여야 한다는 청구주장은 이유없다.

• 가. 쟁점

① 쟁점주식의 취득가액을 소득세법 시행규칙 제81조 제3항 의 규정에 의한 기준시가로 산정할 수 있는지 여부

② 쟁점주식의 취득가액을 취득당시의 실지거래가액으로 하여 과세한 것이 신뢰보호의 원칙, 공평과세의 원칙, 소급과세금지의 원칙에 위배되는지 여부

③ 쟁점주식을 대체 취득한 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세이연할 수 있는지 여부

• 나. 관련법령

(1) 이 건 과세원인 당시의 소득세법 제94조 【양도소득의 범위】에는『양도소득은 당해 연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다』고 규정하면서 그 제3호에서『한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득』이라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제157조【토지등의 범위】제4항에는 법 제94조 제3호에서 한국증권거래소에 상장된 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것을 규정하고 있다. 같은법 제97조【양도소득의 필요경비계산】제1항에는『거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다

• 가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득당시의 기준시가. 다만, (이하 생략).
• 나. 가목 외의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 그 자산의 취득당시의 기준시가에 의한다』고 규정하고 있고, 같은법 제100조【양도차익의 산정】제1항에는『양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다』고 규정하고 있다. 또한, 같은법 제99조【기준시가의 산정】제1항에는『제96조와 제97조 제1항 제1호 및 제100조에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는 바에 의한다.

1. (생략)

2. 제94조 제2호 내지 제5호의 자산 양도자산의 종류·규모·거래상황과 상속재산의 평가가액등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액』이라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제165조【토지·건물외의 자산의 기준시가 산정】제1항에는『법 제99조 제1항 제2호에서 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액이라 함은 다음 각호의 가액을 말한다.

1. (생략)

2. 법 제94조 제4호의 규정에 의한 주식등(이하 생략)

3. 법 제94조 제3호 및 동조 제5호의 규정에 의한 주식 및 기타 자산

• 가. 제157조 제4항 및 제158조 제1항 제1호·제3호·제5호의 자산 주식등의 경우에는 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 가목(동목의 규정 중 "3월"은 각각 "1월"로 한다)의 규정을 준용하여 평가한 가액(생략)으로 하고, 영업권의 경우에는 동법 제64조의 규정을 준용하여 평가한 가액』이라고 규정하고 있으며, 같은법 시행규칙 제81조【토지·건물외의 자산의 기준시가 산정】제2항에는『영 제165조 제1항 제2호의 규정에 의한 평가기준시기나 평가액은 다음 각호에 정하는 바에 의한다. 1.∼2. (생략)

3. 주식등의 양도일 현재에는 제1호의 규정에 의한 주식등에 해당되나 그 취득당시에는 제1호의 규정에 의한 주식등에 해당되지 아니하는 경우: 취득당시의 기준시가는 제2호의 규정에 불구하고 다음 산식에 의하여 계산한 가액에 의한다. 이 경우 취득일 현재의 제2호의 규정에 의한 평가액과 증권거래법에 의한 한국증권업협회(이하 "한국증권업협회"라 한다) 등록일 현재의 제2호의 규정에 의한 평가액이 동일한 경우에는 제4항의 규정을 준용하여 계산한 가액을 한국증권업협회 등록일 현재의 제2호의 규정에 의한 평가액으로 한다. 〔한국증권업협회 등록일 이후 1월간에 공표된 매일의 한국증권업협회 기준가격(거래실적의 유무를 불문한다)의 평균액〕×〔취득일 현재의 제2호의 규정에 의한 평가액/한국증권업협회 등록일 현재의 제2호의 규정에 의한 평가액〕이라고 규정하고, 그 제3항에는『주식등의 양도일 현재에는 주권상장법인의 주식등에 해당되나 그 취득당시에는 주권상장법인의 주식등 및 제2항 제1호의 규정에 의한 주식등에 해당되지 아니하는 경우: 취득당시의 기준시가는 제2항 제3호의 규정을 준용하여 계산한 가액에 의한다. 이 경우 "한국증권업협회 등록일"은 "상장일"로, "한국증권업협회 기준가격"은 "한국증권거래소의 최종시세가액"으로 본다』고 규정하고 있다. (2) 국세기본법 제15조 【신의·성실】에는『납세자가 그 의무를 이행함에 있어서는 신의에 좇아 성실히 하여야 한다. 세무공무원이 그 직무를 수행함에 있어서도 또한 같다』고 규정하고 있고, 같은법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】제1항에는 『세법의 해석·적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다』고 규정하고 있으며, 그 제2항에는『국세를 납부할 의무(생략)가 성립한 소득·수익·재산·행위 또는 거래에 대하여는 그 성립 후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다』고 규정하고 있다.

• 다. 쟁점①에 대하여 본다. 쟁점주식은 양도일 현재에는 주권상장법인의 주식에 해당되나 그 취득당시에는 주권상장법인의 주식에 해당되지 아니하고, 청구인의 쟁점주식 취득은 1987.2.11 청구외 ○○합섬주식회사 설립시 취득을 비롯하여 유상증자 또는 무상증자(1995.6.10 의제배당으로 과세)로 인한 취득으로 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액은 1주당 5,000원이며, 실지양도가액은 1주당 35,743원 및 46,000원인 사실이 처분청의 과세기록에 의하여 확인된다. 소득세법 제96조 및 같은법 제97조에 의하면, 상장 또는 비상장주식의 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 및 취득가액은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 기준시가에 의한다고 규정하고 있으므로 위 사실내용과 같이 양도 및 취득가액이 확인되고 있는 이 건의 경우 처분청이 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하여 과세한 처분에 잘못이 없다고 판단된다. 이와 반면에, 청구인은 쟁점주식이 양도당시에는 상장주식이나 취득당시에는 비상장주식으로 유무상증자로 주식을 취득하는 경우 취득당시의 액면금액은 시가가 아니므로 실지거래가액이 확인되지 아니하는 것으로 보아 소득세법 시행규칙 제81조 제2항 제3호 및 제3항의 규정에 의한 기준시가로 취득가액을 산정하여야 한다는 주장이나, 이는 실지거래가액과 시가를 혼동하여 관련법령을 잘못 이해한 것으로 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.
• 라. 쟁점②에 대하여 본다. 청구인은 쟁점주식의 취득가액을 취득당시의 실지거래가액으로 하여 과세한 것은 신뢰보호의 원칙, 공평과세의 원칙, 소급과세금지의 원칙에 위배된다는 주장이나, 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 신의성실의 원칙이 적용되려면 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해표명을 하여야 하고, 과세관청의 위 견해표명이 정당하다고 신뢰한 데 대하여 납세자에게 귀책사유가 없어야 하며, 후에 과세관청이 위 견해표명에 반하는 처분을 함으로써 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래되어야 한다 할 것인 바, 여기에서 말하는 견해표명이라 함은 과세관청의 과세요건 규정의 해석, 적용 및 과세요건사실의 인정에 관한 견해표명을 뜻하는 것으로서 법령의 규정내용은 이에 해당하지 아니한다 하겠다. 또한, 소급과세금지의 원칙은 조세법령의 제정 또는 개정이나 과세관청의 법령에 대한 해석 또는 처리지침 등의 변경이 있는 경우 그 효력발생전에 종결된 과세요건사실에 대하여 당해 법령등을 적용할 수 없다는 것이지 이전부터 계속되어 오던 사실이나 그 이후에 발생한 과세요건사실에 대하여 새로운 법령등의 적용을 제한하는 것이 아니라 할 것이다. 그러하다면, 이 건과 같이 과거에는 과세대상이 되지 아니하던 것에 대하여 법규의 변경으로 부과처분이 이루어졌다고 하여 이를 신뢰보호의 원칙에 위배된다거나 소급과세 또는 재산권의 부당침해라고 보기는 어려운 것으로 판단된다.
• 마. 쟁점③에 대하여 본다. 청구인은 쟁점주식을 매도하고 신주를 청약하였고, 매도 매수와 관련한 매매당사자가 동일하고 단기간임에 비추어 자전거래에 해당되며, 또한 구주를 매도하고 그 자금으로 신주를 대체취득하였으므로 이 건 양도소득세를 과세이연하여야 한다는 주장이나, 자전거래라 함은 증권거래소의 거래원이 동일한 내용의 상장유가증권에 대하여 동일 수도기한·동일수량·동일가격의 매물(賣物)과 매물(買物)을 시장에서 매매하는 것인 바, 청구인은 쟁점주식을 양도하고 종목이 상이한 주식을 취득 또는 신주를 청약하였음이 이 건 심판청구서에 의하여 확인되고 있으므로 쟁점주식의 양도가 자전거래에 해당하지 아니한다 하겠다. 설령, 자전거래에 해당한다 하더라도 개인의 주식거래에 대하여 과세이연할 수 있는 법률규정이 없으므로 이 건 양도소득세를 과세이연하여야 한다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다.
• 바. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.