쟁점 환급금에 대한 국세환급금의 기산일이 언제인지 여부(경정)

[주 문]

○○세무서장은 청구법인의 1998사업연도분 법인세환급금 4,599,900,000원에 대하여 국세기본법 제52조 제1호 및 같은법시행령 제30조의 규정에 의한 국세환급금을 결정하여 청구법인에게 지급한다

[이 유]

1. 사실 청구법인은 서울특별시 영등포구 ○○동 1104-1에 본점을 둔 메리야스제조업체로서, 1999.3.31. 청구법인과 특수관계에 있는 청구외 (주)○○○에 면제하여준 채권 16,428,214,291원(이하 "쟁점 대손금"이라 한다)을 비지정기부금으로 보아 손금불산입하고 기타사외유출로 처분하여 1998사업연도 법인세를 신고하고, 1999.3.31.(3,310,382,400원) 및 1999.4.30.(3,310,000,000원) 법인세액을 납부하였다. 청구법인이 1999.11.22. 쟁점 대손금은 화의인가결정에 따라 회수불능채권으로 확정되었다 하여 이를 손금에 산입하여 달라고 한 경정청구에 대하여 2000.1.20. 처분청이 이를 거부하자, 2000.4.18. 이에 대한 심판청구를 제기하여 쟁점 대손금을 청구법인의 소득금액계산시 손금에 산입하여야 한다는 관련심판결정(국심2000서1124, 2000.10.20. 이하 "관련심판결정"이라 한다)에 따라 발생한 환급세액 4,599,900,000원(이하 "쟁점 환급금"이라 한다)에 대하여 2000.10.30. 환급결정하면서 국세기본법 제52조 제6호 단서 규정을 적용하여 국세환급가산금을 가산하지 아니하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.1.26. 이건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 쟁점 대손금은 청구법인의 손금에 해당하는 것인데도 1998사업연도 법인세신고시에 이를 착오로 비지정기부금으로 보아 손금불산입하였으나, 그후 관련심판결정에 의하여 손금으로 인정받고 그에 따라 쟁점 환금금을 환급받았는바, 쟁점 환급금의 환급기산일은 국세기본법 제52조 제1호의 규정에 따라 법인세를 납부한 다음날로 보아 환급가산금을 가산하여야 한다.
• 나. 처분청 의견 쟁점 환급금은 납세자가 자진신고한 부분에 대한 환급으로서 당해 환급금의 기산일은 국세기본법 제52조 제6호의 단서 규정에 의하여 경정결정일로부터 30일이 경과한 날의 다음날부터 기산하는 것이므로, 쟁점 환급금을 환급결정하면서 국세환급가산금을 가산하지 아니한 당초처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

• 가. 쟁점 쟁점 환급금에 대한 국세환급금의 기산일이 언제인지를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 국세기본법 제51조(국세환급금의 충당과 환급) 제1항은 "세무서장은 납세의무자가 국세ㆍ가산금 또는 체납처분비로서 납부한 금액 중 과오납부한 금액이 있거나 세법에 의하여 환급하여야 할 환급세액(세법에 의하여 환급세액에서 공제하여야 할 세액이 있는 때에는 공제한 후의 잔여액을 말한다)이 있는 때에는 즉시 그 오납액ㆍ초과납부액 또는 환급세액을 국세환급금으로 결정하여야 한다."고 규정하고 있으며, 같은법 제52조(국세환급가산금)는 "세무서장은 국세환급금을 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 지급하는 때에는 다음 각호에 게기하는 날의 다음날부터 충당하는 날 또는 지급결정을 하는 날까지의 기간과 금융기관의 예금이자율 등을 참작하여 대통령령이 정하는 이율에 따라 계산한 금액(이하 "국세환급가산금"이라 한다)을 국세환급금에 가산하여야 한다."고 하면서, 그 제1호에서는 "착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 부과의 취소ㆍ경정결정으로 인한 국세환급금에 있어서는 그 납부일. 다만, 그 국세환급금이 2회 이상 분할납부된 것인 때에는 그 최후의 납부일로 하되, 국세환급금이 최후에 납부된 금액을 초과하는 경우에는 그 금액에 달할 때까지 납부일의 순서로 소급하여 계산한 국세환급금의 각 납부일로 한다."고 규정하고 있고, 그 제6호에서는 "소득세법ㆍ법인세법ㆍ부가가치세법ㆍ특별소비세법ㆍ주세법 또는 교통세법에 의한 환급세액에 있어서는 그 신고를 한 날(신고한 날이 법정신고기일 전인 경우에는 당해 법정신고기일)로부터 30일이 경과하는 때. 다만, 결정 또는 경정결정으로 인하여 발생한 환급세액에 있어서는 결정 또는 경정결정일로부터 30일이 경과하는 때"라고 규정하고 있다. 같은법시행령 제30조(국세환급가산금의 결정) 제1항은 "세무서장은 국세환급금을 법 제51조의 규정에 의하여 충당 또는 환급하고자 할 때에는 법 제52조에 규정하는 국세환급가산금을 결정하여야 한다."고 규정하고 있고, 제2항은 "제1항의 국세환급가산금의 이율은 국세환급금 100원에 대하여 1일 3전으로 한다."고 규정하고 있으며, 제3항은 "제1항의 국세환급가산금을 계산함에 있어서 국세에 관한 법률에 의한 자진신고납부액ㆍ원천징수에 의한 납부액 또는 중간예납액은 당해 세목의 정기분 법정결정일에 납부한 것으로 본다."고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점 환급금에 대한 국세환급가산금의 기산일에 대하여 처분청은 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정을 적용하여야 한다는 주장인 반면, 청구법인은 그 제1호의 규정을 적용하여야 한다는 주장인바, 이에 대하여 살펴본다.

(2) 국세기본법상의 국세환급금은 ① 납부 또는 징수의 기초가 된 부과처분이 존재하지 않거나 당연무효임에도 납부 또는 징수된 오납액, ② 신고 또는 부과처분이 당연무효는 아니지만 그후 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 초과납부액, ③ 적법히 납부 또는 징수되었으나 그 후 국가가 보유할 정당한 이유가 없게 되어 각 세법에서 환부하기로 정한 환급세액으로 구분할 수 있으며(대법원91다6689, 1991.7.23. 같은뜻임), 국세기본법 제51조에서도 이러한 개념을 사용하고 있음을 알 수 있다.

(3) 국세기본법 제52조 제6호의 규정을 보면, 그 본문은 법인세법 등에 의한 환급세액으로서 납세자가 신고한 경우의 환급세액에 관하여 규정한 것이고, 그 단서는 같은 환급세액으로서 정부가 결정 또는 경정결정한 경우의 환급세액에 관하여 규정한 것이라 할 것이므로, 그 본문에서 규정하고 있는 환급세액과 그 단서에서 규정하고 있는 환급세액은 납세자가 신고한 것인지, 정부가 (경정)결정한 것인지에 따른 구별일 뿐 그 대상은 같은것이라 할 것이다. 즉, 국세기본법 제52조 제6호의 적용대상은 법인세의 경우 당해 사업연도의 총부담세액을 초과하는 기납부세액(중간예납세액, 원천징수세액 등), 부가가치세의 경우 당해 과세기간의 매출세액을 초과하는 매입세액 등 당초 납부시는 각 세법에 따라 마땅히 납부할 세액이었으나, 각 세법에 따라 일정기간의 세액을 정산한 결과 발생하는 환급세액으로서 위 (2)에서 구분한 ③의 환급세액에 해당하는 것이고, 이는 원칙적으로 납세자가 각 세법에 따라 환급세액으로 신고하는 것이며, 신고를 한 경우에는 국세기본법 제52조 제6호 본문의 규정이 적용되는데, 다만, 납세자가 신고를 하지 아니하거나 잘못 신고하여 정부가 (경정)결정하는 경우에는 그 단서의 규정이 적용되는 것이라 할 것이다.

(4) 국세기본법 제52조 제1호는 착오납부ㆍ이중납부 또는 납부 후 그 부과의 취소ㆍ경정결정으로 인한 국세환급금에 관하여 규정하고 있는바, 신고납세의 경우의 신고는 부과납세의 경우의 부과처분에 상응하는 개념이며, 위 (2)에서 본 바와 같이 ⑤의 초과납부액은 신고 또는 부과처분이 취소 또는 경정됨으로써 그 전부 또는 일부가 감소된 세액을 말하는 것이므로, 국세기본법 제52조 제1호에서 "…그 부과의 취소ㆍ경정결정…"이라 함은 부과과세의 경우만을 가리키는 것으로 해석하여서는 안될 것이다(대법원91다6689, 1991.7.23. 같은뜻임).

(5) 따라서 신고납부하는 세목이라 하여 모두 국세기본법 제52조 제6호의 규정이 적용(국세기본법 제52조 제6호에 열거된 세목은 신고납부세목 중 증권거래세ㆍ교육세가 제외된 것으로 보아 신고납부세목 중 과세기간이 있어 정산이 필요한 세목을 열거한 것으로 보임)되는 것이 아니라, 당초 납부시는 각 세법에 따라 마땅히 납부할 세액이었으나 그후 각 세법에 따라 일정기간의 세액을 정산한 결과 발생하는 환급세액(위 ③)에 대하여는 그 규정이 적용되고, 당초 납부시부터 마땅히 납부할 세액이 아님에도 납부(위 ①)하였거나 마땅히 납부하여야 할 금액을 초과하여 납부한 초과납부액(위 ②)에 대하여는 국세기본법 제52조 제1호의 규정이 적용되는 것이라 할 것이다.

(6) 쟁점 환급금의 내용을 살펴보면, 쟁점 환급금은 청구법인이 1998사업연도 법인세신고시에 납부한 것으로서, 이는 관련심판결정내용과 같이 청구법인이 납부시 마땅히 납부할 것이 아니었는데 납부한 초과납부액(위에 해당)이므로 이에 대하여는 국세기본법 제52조 제1호의 규정이 적용된다 할 것인데, 처분청이 이에 대하여 국세기본법 제52조 제6호 단서의 규정을 적용하여 국세환급가산금을 가산하지 아니한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다(국심98구492, 1999.6.22. 합동회의외 다수 같은뜻임).

• 라. 결론 이건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조와 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.