조세심판원 심판청구 부가가치세

신고누락한 매입세액을 매출세액에서 차감할 수 있는지 여부

사건번호 국심-2001-서-0166 선고일 2001.05.04

실제 거래가 이루어진 정당한 세금계산서는 매입세액을 공제할 수 있는 것임

심판청구번호 국심2001서 0166(2001. 5. 4),207,380원의 부과처분은, 청구법인이 1997.2기에 교부 받은 아래 의 【매입세금계산서】에 대한 매입세액 17,835,700원을 매출세액에서 공제하는 것으로 하여 그 과세 표준과 세액을 경정한다. 【매입세금계산서】 (단위: 원) 공급자 품명 년월일 공급가액 세액

○○○(○○○) 위탁수수료 97.10.31 12,322,000 1,232,200

○○○(○○○) 97.11.30 13,205,000 1,320,500

○○○(○○○) 97.12.31 16,598,000 1,659,800

○○○(주) 주유기 97.12.31 136,232,000 13,623,200 합 계 178,357,000 17,835,700

1. 사 실

청구법인은 석유류 도소매업을 영위하는 ○○○(주)의 지점법인이다. 청구법인은 1998.1.25자 1997.2기 부가가치세확정신고시 323,944,410원을 신고·납부하였다가, 1997.10.31∼1997.12.31 사이에 공급가액 178,357,000원 상당의 매입세금계산서 4매(이하 "쟁점세금계산서"라 한다, 주문의 참조)를 교부받고 위 부가가치세확정신고시 쟁점세금계산서에 대한 매입세액 17,835,700원(이하 "쟁점매입세액"이라 한다)을 신고누락하였다 하여 1999.2.12 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여 경정청구를 하였으나, 처분청으로부터 청구법인의 위 경정청구가 경정청구기한(1999.1.25)을 경과하여 제기하였다 하여 경정청구에 대한 거부통지를 받았다. 처분청은 청구법인이 1997.5월 ○○○(○○○주유소)에게 주유기를 판매하고, 같은 해 8월 매출세금계산서를 발행하였다 하여 2000.11.30 청구법인에게 1997.2기 세금계산서합계표미제출가산세 1,207,380원을 결정고지하였다. 청구법인은 처분청이 2000.11.30 결정고지한 증액경정처분에 대한 불복청구로서 2001.1.10 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여야 한다는 취지로 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

  • 가. 청구법인 주장 처분청이 2000.11.30 청구법인에게 1997.2기 세금계산서합계표미제출가산세 1,207,380원을 부과함에 따라 위 과세기간 중에 부가가치세 경정사유가 발생하였으므로, 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여야 한다.
  • 나. 처분청 의견 경정청구기간은 과세표준신고서를 법정신고기한내에 제출한자가 법정신고기한 경과후 1년이내에 하도록 되어 있으며, 최초 신고·결정 또는 경정에 있어서 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송판결, 제3자에게 귀속변경, 조세조약규정 변경, 결정·경정으로 당초 처분 과세표준 및 세액이 초과한 때 등의 경우 예외적으로 그 사유가 발생한 날로부터 2월이내에 경정청구할 수 있도록 되어 있는 바, 이 건의 경우 이에 해당하지 아니한다.
3. 쟁점 및 판단
  • 가. 쟁점

(1) 처분청이 2000.11.30 결정고지한 1997.2기 부가가치세의 증액경정처분에 대하여, 위 과세기간에 신고누락한 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여야 한다는 불복청구가 본안심리 대상인지 여부

(2) 본안심리 대상인 경우, 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감할 수 있는지 여부

  • 나. 쟁점 (1)에 대하여 본다

(1) 관련법령 국세기본법 제55조 【불 복】제1항에서, "이 법 또는 세법에 의한 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 장의 규정에 의한 심사청구 또는 심판청구를 하여 그 처분의 취소 또는 변경이나 필요한 처분을 청구할 수 있다."고 규정하고 있다. 같은 법 제68조 【청구기간】제1항에서는, "심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다."고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인은 1997.2기 부가가치세확정신고시 부가가치세 323,944,410원을 신고·납부한 후, 1999.2.12 청구법인이 1997.10.31∼1997.12.31 사이에 교부받은 쟁점세금계산서가 신고누락되었음을 확인하고, 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여 경정청구를 하였으나, 처분청으로부터 청구법인의 위 경정청구가 경정청구기한(1999.1.25)을 경과하여 제기하였다 하여 경정청구에 대한 거부통지를 받은 사실이 심리자료에 의하여 확인된다. (나) 처분청은 청구법인이 1997.5월 ○○○(○○○주유소)에게 주유기를 판매하고, 같은 해 8월 매출세금계산서를 발행하였다 하여 2000.11.30 청구법인에게 1997.2기 세금계산서합계표미제출가산세 1,207,380원을 결정고지하였으며, 청구법인은 처분청의 위 증액경정처분에 대한 불복청구로서 2001.1.10 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여야 한다는 취지의 불복청구를 제기하였음을 알 수 있다. (다) 위와 같이 1997.2기 부가가치세의 증액경정처분이 있는 경우, 위 과세기간 중의 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여야 한다는 불복청구가 본인심리 대상인지 여부에 대하여 살펴본다. 청구법인에 대한 위 증액경정처분은 그 세액을 다시 결정한 것인 바, 당초 결정의 효력은 경정처분으로 인하여 소멸된다 할 것이다. 따라서 이 건 경정처분 시점부터 기산하여 청구기간을 계산하는 것이 타당하므로 이 건 심판청구는 적법한 청구로서 본안심리 대상이라고 판단된다(국심 93서1373, 1993.8.11외 다수, 같은 뜻임).

  • 다. 쟁점 (2)에 대하여 본다

(1) 관련법령 부가가치세법 제21조 【경 정】제1항에서, "사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때"라고 규정하고 있다. 같은 조 제2항에서는, "사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서·장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다."고 규정하고 있다. 같은 조 제3항에서, "사업장 관할세무서장·사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항과 제2항의 규정에 의하여 경정한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액에 오류 또는 탈루가 있는 것이 발견된 때에는 즉시 이를 재경정한다."고 규정하고 있다. 같은 법 시행령 제60조 【매입세액의 범위】제1항에서는, "법 제17조 제2항 제1호 단서에 규정하는 대통령령이 정하는 경우는 다음 각호에 규정하는 경우로 한다.

2. 법 제21조의 규정에 의한 경정에 있어서 사업자가 법 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서 또는 법 제32조의 2 제3항의 규정에 의하여 교부받은 신용카드매출전표 및 법 제32조의 3 제3항 후단의 규정에 의하여 교부받은 계산서를 제70조에 규정하는 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 경우"라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계 및 판단 (가) 청구법인은 1997.2기 부가가치세확정신고시 쟁점세금계산서를 신고누락하였다 하여 쟁점매입세액을 매출세액에서 차감하여야 한다고 주장하고 있는 바, 청구법인이 ○○○(○○○)과 ○○○(○○○) 및 본점으로부터 교부받은 쟁점세금계산서가 정당한 것인지 여부에 대하여 살펴본다.

① 청구법인과 ○○○의 거래내역을 보면, 청구법인은 1996.10.31 ○○○과 경기도 고양시 ○○구 ○○○동 ○○○ 소재 청구법인의 직영주유소 운영 용역계약을 체결하고, 위 용역계약에 따라 ○○○은 1996.11.1부터 1997.10.31까지 위 직영주유소 운영 용역을 청구법인에게 제공하였다. 청구법인은 위탁수수료를 ○○○에게 지급하고, 1996.11.1부터 1997.9.30까지 교부받은 세금계산서에 대하여는 부가가치세를 신고·납부한 사실이 용역계약서와 부가가치세확정신고서 등에 의하여 확인된다. 청구법인은 1996.11.1부터 1997.10.31까지 교부받은 세금계산서 중 1997.10.31 교부받은 세금계산서 1매를 부가가치세확정신고시 누락하였다고 주장하면서, ○○○이 신고한 1997.2기 부가가치세확정신고서 및 세금계산서를 제출하고 있다.

○○○이 1997.11.24 신고한 1997.2기 부가가치세신고서 및 국세청 전산자료에 의하면, ○○○은 총매출세액을 4,881,200원으로, 납부할 세액을 1,184,485원으로 하여 신고·납부하면서 1997.10.31자로 폐업신고하였고, 위 부가가치세신고시 1997.10.31 청구법인에게 교부한 세금계산서의 매입세액 1,232,200원을 매출세액에 포함하여 신고하였으며, ○○○은 청구법인에게 매출한 위탁수수료 이외에는 다른 매출이 없음을 알 수 있다.

② 청구법인과 ○○○의 거래내역을 보면, ○○○은 경기도 고양시 ○○구 ○○○동 ○○○에서 ○○○이 운영하다가 1997.10.31 폐업한 청구법인의 직영주유소를 인수하여 1997.11.1부터 운영하였다. 청구법인은 1997.10.31 ○○○과 위 직영주유소 운영 용역계약을 체결하고, 위 용역계약에 따라 1997.11.1부터 1998.10.31까지 ○○○이 직영주유소 운영 용역을 청구법인에게 제공하였다. 청구법인은 위와 같이 위탁수수료를 ○○○에게 지급하고, 1997.11.30과 1997.12.31 교부받은 세금계산서 2매를 부가가치세확정신고시 누락하였다고 주장하면서, ○○○이 신고한 1997.2기 부가가치세확정신고서 및 세금계산서를 제출하고 있다.

○○○이 1998.1.25 신고한 1997.2기 부가가치세확정신고서에 의하면, ○○○은 1997.11.30과 1997.12.31 교부받은 세금계산서 2매의 매출세액 2,980,300원을 총매출세액으로, 납부할 세액을 2,318,528원으로 하여 신고·납부하였으며, ○○○은 청구법인에게 매출한 위탁수수료 이외에는 다른 매출세액이 없음을 알 수 있다. 위에서 본 바와 같이 청구법인의 직영주유소인 경기도 고양시 ○○구 ○○○동 ○○○ 소재 주유소는 1996.11.1부터 1997.10.31까지는 ○○○이, 1997.11.1이후부터는 ○○○이 계속하여 운영하면서, 이들은 청구법인으로부터 위탁수수료를 지급받고, 이에 대한 부가가치세를 신고·납부한 사실이 확인되므로, 청구법인이 1997.2기 부가가치세확정신고시 ○○○과 ○○○으로부터 교부받은 1997.10.31자, 1997.11.30자 및 1997.12.31자 매입세금계산서 3매의 매액세액4,212,500원은 매출세액에서 차감하는 것이 타당하다고 판단된다.

③ 청구법인과 본점과의 거래내역을 보면, 본점은 1997.2기분 부가가치세확정신고시 청구법인에게 매출한 공급가액을 126,208,358,748원으로 신고하였고, 청구법인은 위 과세기간 중 본점으로부터 매입한 공급가액을 126,072,126,748원으로 신고하여 그 차액 136,232,000원이 발생하였음을 알 수 있다. 청구법인은 1997.12.31 본점으로부터 공급가액 136,232,000원 상당의 주유기를 매입하여, 같은 날 위 주유기를 ○○○외 1인(○○○주유소)에게 공급가액 123,847,275원에 매출(※ 주유기의 사용기간에 따른 감액율 9.1% 적용하여 감액매출한 것임)한 것으로 하여 매출세액을 신고·납부한 사실이 부가가치세확정신고시 제출한 매출처별세금계산서합계표 등에 의하여 확인된다. 또한 본점의 회계처리 내역을 보면, 본점은 매입부가계정 및 사내매출로 1997.12.31자로 136,232,000원을 기장한 사실이 본점의 회계정보시스템에 의하여 확인된다. 사실이 이러하다면, 쟁점세금계산서는 실제 거래가 이루어진 정당한 세금계산서라 할 것이므로, 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제함이 타당하다고 판단된다. (나) 한편, 위 관련법령에서 본 바와 같이 관할세무서장이 부가가치세법 제21조 의 규정에 의한 경정에 있어 사업자가 같은 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 세금계산서를 경정기관의 확인을 거쳐 정부에 제출하는 때에는 매입세액을 공제받을 수 있는 것이며, 이 경우에는 같은 법 제22조 제4항 제1호의 규정에 의한 매입처별세금계산서합계표 미제출가산세가 적용되는 것인 바, 처분청은 청구법인이 1997.2기 부가가치세확정신고시 쟁점세금계산서를 신고누락하였다는 경정청구에 대하여 거부처분을 하였고, 그 후 1997.2기 부가가치세를 경정결정하면서 청구법인이 같은 법 제16조 제1항의 규정에 의하여 교부받은 쟁점세금계산서가 정당한 세금계산서인지의 여부를 조사하여 정당한 세금계산서임이 확인되면 쟁점매입세액을 환급할 수 있다 할 것이다. (다) 그렇다면, 청구법인이 1997.2기 부가가치세확정신고시 쟁점세금계산서를 신고누락하여 이에 관련된 세금계산서합계표미제출가산세를 부과하는 것은 별론으로 하고, 쟁점매입세액은 매출세액에서 공제하는 것이 타당하다고 판단된다.

  • 라. 결론 따라서 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다. 2001년 5월 4일 주심국세심판관 문○○

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)