이 건 세무조사가 중복조사 금지규정을 위반한 조사에 해당하는지 여부

심판청구번호 국심2001서 0093(2002. 6. 8)

심판청구를 기각합니다.

처분청은 부동산 임대, 제조 인쇄 및 서비스 주차장업을 영위하는 청구법인에 대하여 1997년도와 1998년도에 세무조사를 한데 이어 2000.3.28 ○○○지방국세청장이 감사원장으로부터 의뢰받은 탈세제보자료를 근거로 세무조사 지시를 해옴에 따라 2000.5.23부터 7.10까지 기간중 특별세무조사를 실시하여 2000.9.26 청구법인에게 주차료수입금액 신고누락 등에 대하여 아래와 같이 과세하였다. 세 목 과세기간 세 액 (원) 법 인 세 1995.4.1 ~ 1996.3.31 64,088,280 (농어촌특별세 포함) 1996.4.1 ~ 1997.3.31 7,717,590 1997.4.1 ~ 1998.3.31 27,191,360 1998.4.1 ~ 1999.3.31 200,213,530 부가가치세 1995년 1기 5,282,290 1995년 2기 5,524,190 1996년 1기 6,093,730 1996년 2기 2,999,070 1999년 2기 4,807,200 2000년 1기 2,218,940 합 계 326,136,180 청구법인은 이에 불복하여 2000.12.14 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 처분청은 청구법인에게 1997.5.8부터 5.22까지 기간중 1995.1.1부터 1997.3.31까지의 주차료 수입금액에 대하여 세무조사(이하 "1차조사"라 한다)를, 1998.2.10부터 2.21까지 기간중 1995.4.1부터 1997.3.31까지 2개 사업연도에 대하여 세무조사(이하 "2차조사"라 한다)를 실시하였고, 다시 2000.5.23부터 7.10까지 기간중 1995.4.1부터 1997.3.31까지의 주차료수입에 대하여 명백한 조세탈루혐의도 없이 세무조사(이하 "쟁점조사"라 한다)를 실시하여 청구법인의 사업장에서 발견된 작성근거가 불명확한 주차료입출금내역을 근거로 법인세등을 과세하였는 바, 이는 국세기본법 제81조 의 3 중복조사금지 규정을 위반한 처분이므로 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 국세기본법 제81조 의 3에 의하면 세무공무원은 조세탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 및 같은법 시행령 제63조의 2 제2항에 의한 각종 과세자료의 처리를 위한 경우에는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정·재조사할 수 있도록 규정되어 있는 바, 이 건 과세는 탈세제보자료에 근거한 ○○○지방국세청장의 조사지시에 의하여 실시한 특별세무조사 결과에 따른 처분이므로 중복조사 금지규정에 해당하지 않는 적법한 것이다.

• 가. 쟁점 이 건 과세처분의 근거가 된 세무조사가 중복조사 금지규정을 위반한 조사에 해당하는지 여부
• 나. 관련법령 국세기본법 제81조 의 3 【중복조사의 금지】에서 『세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2 이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정·재조사를 할 수 없다』고 규정하고, 같은법 시행령 제63조의 2 【중복조사의 금지】에서 『법 제81조의 3에서 “기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다』고 규정하고, 제2호에서 『각종 과세자료의 처리를 위한 재조사나 국세환급금의 결정을 위한 확인조사 등과 법 제81조의 4 및 법 제81조의 7의 규정에 의한 부과처분을 위한 실지조사에 의하지 아니하고 재경정하는 경우』를 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 쟁점조사가 중복조사금지 규정에 위배되는 조사라고 주장하므로 먼저 쟁점조사 이전에 처분청이 청구법인에 대하여 실시한 세무조사내역을 살펴보면, 처분청은 1997.4.8 국세청장에게 접수된 탄원서 및 1997.4.9 대통령비서실에 접수된 같은 내용의 진정서를 ○○○지방국세청장이 이첩(부가 46070-345, 1997.4.15)해옴에 따라 위 진정 및 탄원내용 중 청구법인이 주차장을 운영하면서 세무서보고용과 실제 월세계약서를 별도로 이중장부를 작성하고 허위영수증을 수취하여 가공비용으로 회계처리하여 조세를 탈루하고 있다는 등의 내용을 검토한 후 특별세무조사 승인요청(직세46220-515, 1997.4.23)을 하여 ○○○지방국세청장으로부터 조사승인(부가46070-385, 1997.4.25)을 받아 1997.5.8부터 5.22까지를 조사기간으로 하여 1995.1.1부터 1997.3.31까지의 법인제세에 대한 1차조사를 실시하여 주차료수입누락 124,974,451원, 임대료수입누락 40,789,706원 및 가공매입 39,010,000원을 적출하여 관련 법인세등을 추징한 사실이 관련자료에 의하여 확인된다. 이후 처분청은 1998.2.26부터 1998.2.27까지 기간중 ○○○지방국세청장의 자료상혐의자 조사지시에 의거 1996년 1기부터 1997년 2기까지의 부가가치세에 대하여 2차조사인 거래처추적조사를 실시하여 가공매입 310,870,000원 및 가공매출 330,002,000원을 적출하여 관련 법인세등을 추징하였음이 조사복명서와 법인세결정결의서에 의하여 확인되며, 2차조사의 조사사유는 ○○○지방국세청장의 무자료거래에 대한 조사지시에 의거하여 처분청이 조사대상을 선정할 당시 부동산임대업을 영위하는 청구법인이 사업과 관련이 없는 것으로 보이는 거래처로부터 청구법인의 회계담당자가 고의로 허위 세금계산서를 수수한 사실을 처분청 직원이 인지한데서 비롯되었다고 우리 심판원의 조사시 처분청 직원이 진술하고 있다.

(2) 위의 2차례에 걸친 세무조사 이후에 처분청은 ○○○지방국세청장이 세무조사지시(조사일(1)46600-701, 2000.3.28)를 하면서 그 근거로 통보해 온 감사원장으로부터 의뢰받은 고발장(감사원 접수번호 6142, 1999.8.13)의 내용 중 청구법인의 탈세와 관련된 사항으로 청구법인이 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 및 같은곳 ○○○ 주차장을 운영하면서 월평균 주차수입이 20,000,000원을 초과함에도 수입금액의 20%에도 미달되게 신고하였을 뿐만 아니라 청구법인의 전 대표이사 조○○○의 자 김○○○ 등을 청구법인에 근무한 것으로 하여 가공인건비를 계상하였고, 미국 시카고에 회사업무와 관련없는 사무소를 설치해 놓고 자 김○○○ 등에게 외화를 유출하였다는 등의 사실에 따라 1995.4.1부터 2000.3.31(5개 사업연도)까지의 법인제세에 대하여 특별조사계획(조사46220-352, 2000.5.19)을 수립하여 2000.5.23부터 2000.7.10까지 쟁점조사를 실시하여 청구법인이 보유 중이던 장부를 근거로 주차료 수입금액누락 265,704,040원, 가공경비 및 대손상각 손금부인등 788,531,108원을 적출하여 위와 같이 과세하였음이 관련자료에 의하여 확인된다.

(3) 이에 대하여 청구법인은 처분청이 당초 명백한 조세탈루혐의도 없이 쟁점조사를 착수하여 청구법인의 사업장에서 발견한 작성근거가 불분명한 장부를 근거로 과세한 것이며 조사대상과세기간과 세목이 이전의 세무조사와 같아서 중복된 세무조사라고 주장하고 있는 바, 위에서 살펴본 바와 같이 처분청은 1997년 이후 청구법인에 대하여 1995.1.1부터 2000.3.31까지 과세기간의 법인세와 부가가치세에 대하여 3차례에 걸쳐 세무조사를 하였고, 쟁점조사는 이전의 1,2차조사와 조사대상과세기간이 같고 조사대상세목 또한 법인제세로서 조사사무처리규정 제35조 제2호에 의거 법인세, 부가가치세, 원천제세가 해당되어 이전의 조사대상세목과 중복되기는 하였으나, 조사착수의 근거가 된 감사원장으로부터 의뢰받은 고발장(감사원 접수번호 6142, 1999.8.13)의 내용을 보면 세무공무원이 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 탈세제보자료로서 처분청은 과세관청으로서 외부민원을 처리해야 할 책임이 있다고 보여지고, 제보내용이 1차조사의 근거가 된 진정서등의 내용과 차이가 있어 이를 처리하기 위한 처분청의 쟁점조사는 국세기본법 시행령 제63조 의 2 【중복조사의 금지】제2호에 의한 각종 과세자료의 처리를 위한 재조사에 해당한다고 보여지므로 중복조사금지규정을 위반한 것은 아니라고 판단된다.

• 라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.