중소제조업 특별세액 감면 과대계상 여부

심판청구번호 국심2001부 2726(2002. 4. 8),278,000원 및 2000사업연도 농어촌특별세 13,007,100원의 부과처분은 청구법인의 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 소재 공장에서 발생한 각 사업연도의 제조업소득에 대해서만 중소제조업 등에 대한 특별세액감면 대상소득으로 하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.

• 가. 청구법인은 1995.1.1 설립되어 ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동에서 금속표면처리 제조업(이하 "○○○공장"이라 한다)을 영위하던 중 1999.9.1 동 법인의 대표이사 조○○○가 1995.4.7부터 충청남도 ㅇㅇㅇ시에서 운영하던 표면처리강재 제조업(이하 "○○○공장"이라 한다)인 ㅇㅇㅇ특강을 통합한 후 1999사업연도 및 2000사업연도 법인세과세표준 및 세액을 신고하면서 ○○○공장은 창업중소기업에 대한 감면대상이지만 소득금액이 발생하지 아니하였다 하여 감면세액이 없는 것으로, ○○○공장의 소득에 대해서만 중소제조업 등에 대한 특별세액감면 규정을 적용하여 신고하였다.
• 나. 처분청은 ○○○지방국세청장의 감사지적에 따라 청구법인이 중소제조업 등에 대한 특별세액 감면액 계산시 이익이 발생한 ○○○공장은 감면대상소득으로 계산하고 결손이 발생한 ○○○공장은 감면제외 소득으로 구분계상함으로써 중소제조업 등에 대한 특별세액 감면액을 과대계상하였다 하여 2001.9.4 청구법인에게 1999사업연도 법인세 62,278,000원 및 2000사업연도 농어촌특별세 13,007,100원을 경정고지하였다.
• 다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.10.13 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 조세특례제한법 제127조 제5항 에는 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조 등의 규정에 의한 법인세의 감면규정 중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다고 규정하고 있으며, 재경부 예규에 의하면 수도권과 수도권외 지역에서 각각 별도의 공장을 운영하면서 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의한 세액감면을 적용받던 중소기업이 수도권안 공장을 지방으로 이전한 경우 기존공장은 조세특례제한법 제7조 의 규정을 적용받을 수 있고, 이전 후 공장은 동법 제63조의 규정과 동법 제7조의 규정 중 선택하여 적용받을 수 있다고 되어 있으므로 청구법인이 감면대상세액을 계산하면서 각 사업장별로 창업중소기업에 대한 감면과 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 각각 선택하여 감면세액을 계산한 것은 정당하다.
• 나. 처분청 의견 조세특례제한법 제7조 에 의한 중소기업 등에 대한 특별세액감면은 사업장별로 하는 것이 아니라 사업자별로 하는 것이므로 위 감면규정의 적용대상 소득인 ○○○공장과 ○○○공장의 제조업소득을 합산하여 감면세액을 계산하고 이를 초과하는 감면세액을 부인하여 과세한 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점

○○○공장 및 ○○○공장의 제조업소득을 합산하여 중소제조업 등에 대한 특별세액감면액을 계산하고 과세한 처분의 당부

• 나. 관련법령 (1) 조세특례제한법 제6조 【창업중소기업 등에 대한 세액감면】①2003년 12월 31일 이전에 다음 각호의 1에 해당하는 중소기업(이하 "창업중소기업"이라 한다)을 창업하거나 중소기업창업지원법 제16조 의 2의 규정에 의하여 창업보육센터사업자로 지정받은 내국인에 대하여는 당해 사업에서 최초로 소득이 발생한 날이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년이내에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다. 같은법 제31조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세 등의 이월과세】④ 제6조 제1항의 규정에 의한 창업중소기업 또는 제64조 제1항의 규정에 의하여 세액감면을 받는 내국인이 제6조·제64조 또는 제121조의 규정에 의한 감면기간이 경과되기 전에 제1항의 규정에 의한 통합을 하는 경우 통합법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 잔존감면기간에 대하여 제6조·제64조 또는 제121조의 규정을 적용받을 수 있다. 다만, (이하 생략). 같은법 시행령 제28조【중소기업간의 통합에 대한 양도소득세 등의 이월과세】④ 법 제31조 제4항의 규정에 의한 잔존감면기간에 대한 감면대상이 되는 자는 통합으로 인하여 소멸되는 창업중소기업이나 농공단지·개발촉진지구 및 지방중소기업특별지원지역의 입주기업으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득 또는 승계받은 사업용재산에 대하여 통합당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도 또는 납기분까지 그 감면을 받을 수 있다. (2) 조세특례제한법 제7조 【중소제조업 등에 대한 특별세액감면】① 제조업·부가통신업·연구 및 개발업·방송업·엔지니어링사업·정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 내국인 중 중소기업에 대하여는 2003년 12월 31일 이전에 종료하는 과세연도까지 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다. (3) 조세특례제한법 제127조 【중복지원의 배제】⑤ 내국인의 동일한 사업장에 대하여 동일한 과세연도에 제6조, 제7조, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제34조, 제63조, 제64조, 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률 부칙 제13조 또는 이 법 부칙 제12조 제4항과 제121조의 2 또는 제121조의 4의 규정에 의한 소득세 또는 법인세의 감면규정중 둘 이상의 규정이 적용될 수 있는 경우에는 그 중 하나만을 선택하여 이를 적용받을 수 있다. (4) 조세특례제한법 제143조 【구분경리】제1항에는『내국인은 제6조, 제7조, 제12조, 제31조 제4항·제5항, 제32조 제4항, 제34조, 제63조, 제64조, 제65조, 제68조, 제95조, 제101조, 제102조, 제122조와 부칙 제11조 및 제12조 제4항의 규정을 적용받는 사업과 기타 사업을 겸영하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 구분하여 경리하여야 한다』고 규정하고 있다. (5) 법인세법 제59조 【감면 및 세액공제액의 계산】제2항에는『제1항 제1호의 규정에 의한 세액감면 또는 면제를 하는 경우 그 감면 또는 면제되는 세액은 별도의 규정이 있는 경우를 제외하고는 산출세액에 그 감면 또는 면제되는 소득이 제13조의 규정에 의한 과세표준에서 차지하는 비율(100분의 100을 초과하는 경우에는 100분의 100)을 곱하여 산출한 금액(감면의 경우에는 그 금액에 해당 감면율을 곱하여 산출한 금액)으로 한다』고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 ○○○공장은 청구법인의 대표이사가 1995.4.7 조세특례제한법 제6조 제1항 에 의거 창업한 개인기업을 1999.9.1 조세특례제한법 제31조 의 규정에 의거 중소기업간의 통합으로 인하여 승계받은 사업으로 창업이래 2000사업연도까지는 소득이 발생하지 않았고, ○○○공장과 ○○○공장은 각각 다른 제품을 제조하고 있으며, 각 공장별로 구분경리한 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 1999사업연도 및 2000사업연도 법인세 신고시 ○○○공장은 중소제조업 등에 대한 특별세액감면 대상과 창업중소기업에 대한 감면대상으로 창업중소기업에 대한 감면을 선택하였으나, 소득금액이 발생하지 아니한 관계로 감면세액이 없는 것으로 하고, ○○○공장의 제조업 소득(1999사업연도 1,709,028,129원, 2000사업연도 1,116,639,725원)에 대해서만 중소제조업 등에 대한 특별세액감면을 적용하고 각각 그 감면세액을 66,500,118원과 60,131,824원으로 하여 신고하였음이 세액감면신청서 등에 의하여 확인된다.

(3) 이에 대하여 처분청은 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의한 중소기업 등에 대한 특별세액감면을 받는 경우 소득이 발생한 ○○○공장만을 대상으로 감면소득을 구분계산하는 것이 아니라 감면규정을 적용받는 당해 사업인 제조업에 해당하는 ○○○공장과 ○○○공장의 소득을 합산하여 감면소득을 계산하여야 한다는 이유로 이를 재계산 한 바, 1999사업연도에는 그 감면세액이 17,092,736원으로 신고세액과의 차액 49,407,382원에 대해 납부불성실가산세를 적용하여 이 건 법인세를 과세하는 한편, 2000사업연도에는 그 감면세액이 없어 신고세액과의 차액 60,131,824원에 대하여 최저한세 조정 계산으로 임시투자세액 60,131,824원이 증가함에 따라 법인세 추징세액은 없으나, 농어촌특별세의 과세표준이 증가하므로 그 과소신고분에 대해 납부불성실가산세를 적용하여 이 건 농어촌특별세를 과세하였음이 처분청의 경정결의서 등에 의하여 확인된다. (4) 조세특례제한법 제7조 의 규정에 의한 중소제조업 등에 대한 특별세액감면은 법인의 경우 제조업 등에서 발생한 소득에 대하여 법인세를 감면함으로써 관련산업을 육성·발전시키려는데 그 취지가 있다 할 것이므로 사업자별로 감면대상소득을 모두 합산하여 감면세액을 계산하는 것이 원칙이라 하겠다. 다만, 이 건의 경우와 같이 조세특례제한법 제6조 제1항 에 의한 창업중소기업이 제6조의 규정에 의한 감면기간이 경과되기 전에 중소기업간 통합을 한 경우 조세특례제한법 제31조 제4항 및 같은법 시행령 제28조 제4항에 의거 통합법인은 통합으로 인하여 소멸되는 창업중소기업으로부터 승계받은 사업에서 발생하는 소득에 대하여 통합당시의 잔존감면기간내에 종료하는 각 과세연도 또는 납기분까지 그 감면을 받을 수 있다 할 것이므로 청구법인이 ○○○공장에 대하여 창업중소기업에 대한 감면규정을 적용하여 소득이 발생하지 아니한 관계로 감면세액이 없는 것으로 하고, ○○○공장의 소득에 대해서는 중소제조업 등에 대한 특별세액감면규정을 적용하여 그 감면세액을 계산하고 신고한 것은 잘못이 없는 것으로 보여지므로 처분청이 ○○○공장 및 ○○○공장의 제조업 소득을 합산하여 중소제조업 등에 대한 특별세액 감면액을 계산하고 이 건 법인세 및 농어촌특별세를 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.