비상장주식의 취득가액은 실지거래가액, 양도가액은 기준시가로 한 처분의 당부

심판청구번호 국심2001부 1606(2001.11.24)

○○○세무서장이 2001.1.5. 청구인에게 한 양도소득세 29,111,880원의 부과처분은 이를 취소한다.

청구인은 1991.3.31. ㅇㅇㅇ시 ㅇㅇㅇ구 ○○○동 ○○○ 소재 ○○○냉동주식회사(이하“청구외 법인”이라 한다)의 주식(이하“쟁점주식”이라 한다)을 594,000,000원(1주당 54,000원, 11,000주)에 취득하여 1998.3.31. 청구외 백○○○와 박○○○에게 110,000,000원(1주당 10,000원, 11,000주)에 양도하고 양도소득세(양도소득 △489,940,000원)를 신고하였다. 처분청은 쟁점주식의 취득가액은 실지거래가액이 확인되나 양도가액은 실지거래가액이 확인되지 않는다 하여 양도가액을 기준시가로 계산하여 2001.1.5. 양도소득세 29,111,880원을 부과하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.3.27. 이의신청을 거쳐 2001.6.25. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 처분청은 청구인이 양도하고 신고한 비상장법인의 쟁점주식을 양도가액은 기준시가를 적용하고, 취득가액은 실지거래가액을 적용하여 계산한 양도소득을 기준으로 양도소득세를 부과하였으나, 소득세법 제96조 제2호 및 제100조에 의거 양도가액은 취득가액을 기준으로 환산한 가액을 적용하여야 하고, 이러한 방법으로 계산하면 취득가액은 1주당 54,000원이고, 양도가액은 1주당 49,168원이어서 양도소득이 없으므로 양도소득세 부과처분은 취소되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 쟁점주식의 취득가액은 실지거래가액이 확인되나 양도가액은 실지거래가액이 불명확하므로 1997.4.23. 개정된 소득세법시행규칙 제81조 제2항 제2호 나목 단서조항에 따라 양도가액을 계산하면 양도가액이 718,894,000원(1주당 가액 65,354원 × 11,000주)이 되고, 취득가액은 실지거래가액인 594,000,000원(1주당 가액 54,000원 × 11,000주)을 적용하여 양도소득세를 부과한 것이므로 당초처분이 정당하다

• 가. 쟁점 쟁점주식의 양도가액은 기준시가에 의하고 취득가액은 실지거래가액으로 계산하여 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령

(1) 소득세법(1998.12.28. 법률 제5580호로 개정되기 전의 것) 제94조【양도소득의 범위】 양도소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다. (1994. 12. 22 개정)

4. 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식이나 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것의 양도로 인하여 발생하는 소득 제95조【양도소득금액】

① 양도소득금액은 제94조의 규정에 의한 양도소득의 총수입금액(이하“양도가액”이라 한다)에서 제97조의 규정에 의한 필요경비를 공제하고, 그 금액(이하“양도차익”이라 한다)에서 장기보유특별공제액을 공제한 금액으로 한다.(94.12.22 개정) 제96조【양도가액】양도가액은 다음 각호의 금액으로 한다.

1. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 기준시가.(1995. 12. 29 단서개정)

2. 제1호 외의 자산의 경우에는 당해 자산의 양도당시의 실지거래가액. 다만, 양도당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 기준시가에 의한다.(1995.12.29 단서개정) 제97조【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가.(1995. 12. 29 단서개정)
• 나. 가목외의 자산의 경우에는 당해 자산의 취득에 소요된 실지거래가액. 다만, 취득당시의 실지거래가액을 확인할 수 없는 경우에는 그 자산의 취득당시의 기준시가에 의한다. (1995. 12. 29 단서개정) 제99조【기준시가의 산정】

① 제96조와 제97조 제1항 제1호 및 제100조에 규정하는 기준시가는 다음 각호에서 정하는바에 의한다.

2. 제94조 제2호 내지 제5호의 자산 양도자산의 종류·규모·거래상황과 상속재산의 평가가액 등을 감안하여 대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액 제100조【양도차익의 산정】

① 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다.(1994.12.22 개정)

(2) 소득세법시행령(98.12.31 대통령령 제15967호로 개정되기 전의 것) 제157조【토지등의 범위】

⑤ 법 제94조 제4호에서 "한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식 또는 출자지분으로서 대통령령이 정하는 것" 이라 함은 제158조 제1항 제1호·제4호 또는 제5호에 해당하지 아니하는 주식 또는 출자지분(신주인수권을 포함)으로서 양도일 현재 한국증권거래소가 개설한 유가증권시장(이하 이 항에서 “유가증권시장”이라 한다)에 상장되지 아니한 것을 말한다. 다만, 다음 각호의 것을 제외한다.(1997.12.31 개정) 제158조 【기타자산의 범위】

① 법 제94조 제5호에서 “기타 자산”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 것을 말한다.

1. 다음 가목 및 나목에 해당하는 법인의 주주 또는 출자자 1인(이하 “주주 1인”이라 한다) 및 그와 국세기본법시행령 제20조 에 규정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자(이하 "기타 주주" 라 한다)가 그 법인의 주식 또는 출자지분(이하 “주식등”이라 한다)의 합계액의 100분의 50이상을 주주 1인 및 기타 주주외의 자에게 양도하는 경우의 당해 주식등 (1995. 12. 30 개정)

• 가. 당해 법인의 자산총액 중 법 제94조 제1호 및 제2호의 자산가액의 합계액이 차지하는 비율이 100분의 50이상인 법인 제165조【토지·건물외의 자산의 기준시가 산정】

① 법 제99조 제1항 제2호에서 “대통령령이 정하는 방법에 의하여 평가한 가액”이라 함은 다음 각호의 가액을 말한다.

2. 법 제94조 제4호의 규정에 의한 주식등(1997.12.31 개정) 상속세 및 증여세법 제63조 제1항 제1호 나목(동목에서 준용하고 있는 가목의 규정중“3월”은 각각“1월”로 한다) 및 다목의 규정을 준용하여 평가한 가액. 이 경우 평가기준시기나 평가액은 총리령이 정하는 바에 의한다. 다만, 장부분실등의 사유로 취득당시의 기준시가를 확인할 수 없는 경우에는 액면가액을 취득당시의 기준시가로 적용한다. 제166조【양도차익의 산정】

① 법 제100조 제1항 단서에서“대통령령이 정하는 경우”라 함은 제3항 각호 및 제157조 제4항·제5항에 규정된 자산을 양도하는 경우 또는 제4항 각호의 1(제3호의 경우에는 상속 또는 증여받은 자산의 경우에 한한다)의 경우를 말한다.

② 법 제100조 제1항 단서에서“대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액”이라 함은 다음 각호의 방법에 의하여 환산한 가액을 말한다.

1. 제3항 각호 또는 제157조 제5항에 규정된 자산을 양도한 경우에는 다음 각목에 의하여 계산한 가액(1996.12.30. 개정)

• 가. 양도당시의 실지거래가액 × 취득당시의 기준시가 ÷ 양도당시의 기준시가
• 나. 취득당시의 실지거래가액 × 양도당시의 기준시가 ÷ 취득당시의 기준시가

(3) 소득세법시행규칙(98.8.11 재정경제부령 제78호로 개정되기 전의 것) 제81조 【토지·건물외의 자산의 기준시가 산정】

② 영 제165조 제1항 제2호의 규정에 의한 평가기준시기나 평가액은 다음 각호에 정하는 바에 의한다.(1997.4.23 개정)

1. 영 제22조제2호에 규정하는 장외등록법인 주식등의 경우

2. 제1호외의 주식등의 경우: 다음 각목에 정하는 바에 의한다.(1997.4.23 개정)

• 가. 1주당 가액의 평가 1주당 가액 = [(당해 법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수) ＋ (1주당 순손익액 ÷ 100분의 15)] ÷ 2
• 나. 가목의 산식에서 순자산가액은 양도일 또는 취득일(이하 이 항에서“양도일등”이라 한다)이 속하는 사업연도의 직전사업연도종료일 현재 당해법인의 장부가액(토지의 경우에는 기준시가)에 의하고, 1주당 순손익액은 양도일등이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 순손익액에 의하여 평가한 가액에 의한다. 다만, 사업개시·폐업·청산 등의 사유로 양도일등이 속하는 직전사업연도의 사업기간이 6월 미만인 법인 및 영 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인의 주식등과 상속세 및 증여세법시행령 제54조 제2항 제2호 에 해당하는 주식등에 대하여는 당해법인의 순자산가액을 발행주식총수로 나눈 금액을 1주당 가액으로 한다.
• 다. 사실관계 및 판단 처분청이 비상장주식의 양도가액을 기준시가로 계산하고, 취득가액은 실지거래가액으로 하여 비상장주식의 양도소득세를 과세한데 대하여 청구인은 취득가액이 실지거래가액이므로 취득가액에 양도당시의 기준시가를 곱하여 취득당시의 기준시가로 나누어 환산한 가액으로 양도가액을 계산하여 양도소득세를 과세하여야 한다고 주장하고 있어 이에 대해 본다.

(1) 청구인은 1991.3.31. 청구외 법인의 주식(이하“쟁점주식”이라 한다)을 594,000,000원에 취득하고 1998.3.31. 청구외 백○○○와 박○○○에게 110,000,000원에 양도하여, 양도소득을 △489,940,000원으로 신고하였으나 처분청은 양도가액이 실지거래가액이 아니므로 양도일의 기준시가를 적용하여 과세한데 대하여 청구인은 취득가액이 실지거래가액이므로 전시 소득세법 제100조 제1항 에 의거 같은법시행령 제166조 제2항 제1호 나목에 의하여 계산한 환산가액을 양도가액으로 적용하여야 하고, 환산가액의 계산은 같은법시행규칙 제81조 제2항 제2호 나목에 따라 취득시와 양도시 모두 순자산가치에 의하여 계산하여야 한다고 주장한 사실이 청구인이 제시한 심리자료에 나타난다.

(2) 전시 소득세법 제100조 제1항 에“양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다.”고 규정하고 있고, 같은법시행령 제166조 제2항 제1호 나목에“취득당시의 실지거래가액 × 양도당시의 기준시가 ÷ 취득당시의 기준시가”의 방법으로 계산하도록 규정하고 있으며 같은법시행규칙 제81조 제2항 제2호 가목에“1주당 가액 = [(당해 법인의 순자산가액 ÷ 발행주식총수) ＋ (1주당 순손익액 ÷ 100분의 15)] ÷ 2”로 규정하고 있고, 나목에“가목의 산식에서 순자산가액은 양도일 또는 취득일(이하 이 항에서“양도일등”이라 한다)이 속하는 사업연도의 직전사업연도종료일 현재 당해법인의 장부가액(토지 의 경우에는 기준시가)에 의하고, 1주당 순손익액은 양도일등이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 순손익액에 의하여 평가한 가액에 의한다. 다만, 사업개시·폐업·청산 등의 사유로 양도일등이 속하는 직전사업연도의 사업기간이 6월 미만인 법인 및 영 제158조 제1항 제1호 가목에 해당하는 법인의 주식등과 상속세 및 증여세법시행령 제54조 제2항 제2호 에 해당하는 주식등에 대하여는 당해법인의 순자산가액을 발행주식총수로 나눈 금액을 1주당 가액으로 한다.”고 규정하고 있다. 한편, 청구외 법인의 1990사업연도 자산내역을 보면 자산총액은 7,162,310,501원이고, 토지와 건물 및 구축물 등 합계액은 4,824,610,436원으로 자산총액 대비 67.4%이고, 1997사업연도 자산총액은 13,234,916,163원이고, 토지와 건물 및 구축물 등 합계액은 7,404,330,894원으로 자산총액 대비 55.9%인 사실이 대차대조표와 처분청의 비상장주식 평가조서에 나타나 있다.

(4) 위의 사실을 종합하여 판단하면 양도가액은 1주당 취득시 실지거래가액 54,000원에 양도시의 순자산가치에 의한 기준시가인 92,644원을 곱하고 취득시의 순자산가치에 의한 기준시가인 101,747원으로 나누어 계산(전시 소득세법시행령 제166조 제2항 제1호 나목)하여야 함에도, 처분청은 양도가액을 계산함에 있어서 전시 소득세법시행령 제166조 제2항 제1호 나목의 규정에 따라 환산하지 않고 양도시의 기준시가를 적용하여 양도소득세를 부과하였다. 따라서, 처분청의 이 건 양도소득세 부과처분은 전시 소득세법 제100조 제1항 과 같은법시행령 제166조 제2항 제1호 나목 및 같은법시행규칙 제81조 제2항 제2호 나목의 법리를 오해하여 과세한 잘못이 있다고 판단된다.

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유가 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조제1항제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.