신고한 실지거래가액을 부인하고 확인된 실지가액를 적용한 처분의 당부

심판청구번호 국심2001부 1239(2001. 9.13) �ㅇㅇ시 ○○○동 ○○○ 잡종지 9,998㎡(이하 "쟁점토지"라 한다)를 1999.11.15(잔금) (주)○○○자동차학원(이하 "청구외법인"이라 한다)에 양도하고 실지거래가액(양도가액 459,908,000원, 취득가액 79,798,563원, 자본적지출액 385,000,000원)으로 1999.11.17 자산양도차익 예정신고를 하였다. 처분청은 청구인이 신고한 내용에 대하여 양도소득세 실지조사결과 쟁점토지의 취득가액을 310,500,000원으로 보아 양도차익을 산정하고 2001.1.5 1999년도 귀속 양도소득세 43,085,970원 및 농어촌특별세 485,980원 합계 43,571,950원을 결정고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.1.10 이의신청을 거쳐 2001.5.23 이 건 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 청구인은 쟁점토지를 취득한 후 자동차운전학원을 경영하기 위해 1992.2.25 경상남도 밀양시 ○○○동 ○○○에 소재하는 ○○○건설(합자)(이하 "시공회사"라 한다)와 1992.3.1∼1992.8.31기간중 공사비 385,000,000원(부가가치세포함)에 부지조성공사를 하기로 계약하고 1992.7.31 공사완료후 세금계산서를 교부받았고 대금지급은 계약시 선급금 1억원, 공사준공후인 1992.8.5 중도금 2억원, 1992.8.27 잔금으로 85,000,000원을 지급하고 입금표를 수령하였는 바, 처분청이 시공회사가 건설협회에 공사실적을 보고하지 않았고, 시공회사가 세금계산서를 미리 교부할 이유가 없다고 하면서 청구인이 제시한 세금계산서를 신뢰할 수 있는 증빙으로 인정하지 않고, 청구인이 1992.10.23 설립한 ○○○자동차학원의 사업개시당시 자금출처조사등 세무상 불이익이 염려되어 축소기장한 대차대조표의 토지가액인 310,500,000원을 쟁점토지의 취득가액으로 보고 과세한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 시공회사는 폐업되어 1992년 공사당시의 장부와 증빙이 일체 없는 것으로 확인되며, 건설협회에 의하면 시공회사가 쟁점토지의 부지공사실적을 신고한 사실이 없는 것으로 확인되고 있어 시공회사가 실지 시공업체인지 여부 및 공사금액등이 불분명하고, 청구인이 ○○○자동차학원 사업개시시 처분청에 신고한 대차대조표상의 토지취득가액을 각종 규제가 두려워 과소계상하였다는 주장은 설득력이 없는 것으로 이를 실지취득가액으로 보고 양도차익을 산정하여 과세한 당초처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 청구인이 신고한 취득가액과 자본적지출액을 부인하고 처분청이 조사한 취득가액으로 과세한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련법령 (1) 소득세법 제97조 【양도소득의 필요경비계산】

① 거주자의 양도차익의 계산에 있어서 양도가액에서 공제할 필요경비는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

• 가. 제94조 제1호·제2호 및 제5호(대통령령이 정하는 자산을 제외한다)의 규정에 의한 자산의 경우에는 당해 자산의 취득 당시의 기준시가. 다만, 당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우에는 그 자산의 취득에 소요된 실지거래가액에 의한다.

2. 대통령령이 정하는 설비비와 개량비

3. 대통령령이 정하는 자본적 지출액

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 양도소득의 필요경비의 계산은 다음 각호에 정하는 바에 의한다.

1. 양도차익을 실지거래가액에 의하는 경우에 있어서 그 필요경비는 제1항 제1호 가목 단서 및 동호 나목 본문의 금액(제2항의 규정에 해당하는 때에는 제2항의 금액)에 동항 제2호 내지 제4호의 금액을 가산한 금액

2. 기준시가에 의하는 경우(제100조 제1항 단서의 규정에 의하여 취득가액을 환산한 경우를 포함한다)에 있어서는 제1항 제1호 가목 본문 및 동호 나목 단서의 금액에 자산별로 대통령령이 정하는 금액을 가산한 금액 (2) 소득세법시행령 제163조 【양도자산의 필요경비】

⑥ 법 제97조 제3항 제2호에서 “대통령령이 정하는 금액”이라 함은 다음 각호의 금액을 말한다.

취득당시의 법 제99조 제1항 제1호 가목의 규정에 의한 개별공시지가 × 3/100(법 제104조 제3항에 규정된 미등기양도자산의 경우에는 3/1000) (3) 소득세법 제100조 【양도차익의 산정】

① 양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다. (4) 소득세법시행령 제166조 【양도차익의 산정】

① 법 제100조 제1항 단서에서 "대통령령이 정하는 경우"라 함은 제3항 각호 및 제157조 제4항·제5항에 규정된 자산을 양도하는 경우 또는 제4항 각호의1(제3호의 경우에는 상속 또는 증여받은 자산의 경우에 한한다)의 경우를 말한다.

④ 제96조 제1호 단서 및 법 제97조 제1항 제1호 가목 단서에서 "당해 자산의 종류·보유기간·거래규모 및 거래방법 등을 감안하여 대통령령이 정하는 경우"라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다.

3. 양도자가 양도소득세 과세표준 및 세액의 결정일이내에 증빙서류를 갖추어 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액을 납세지 관할세무서장에게 신고하는 경우

⑤ 제4항의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제6항의 자문을 거쳐 실지거래가액의 적용대상에서 제외할 수 있다

2. 제4항 제3호의 경우 신고한 실지거래가액이 거래증빙등에 의하여 확인되지 아니하는 경우

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 1989.9.23 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ○○○동 ○○○ 임야 23,653㎡ 및 동소 ○○○ 임야 2,658㎡의 1/2지분을 취득하여 합병·분할을 거쳐 쟁점토지를 1999.11.15 청구외법인에 양도하고 실지거래가액(양도가액 459,908,000원, 취득가액 79,798,563원, 자본적지출액 385,000,000원)으로 1999.11.17 자산양도차익 예정신고를 하였음이 부동산등기부등본 및 양도소득세 예정신고서에 의하여 확인되고, 처분청은 이에 대하여 청구인이 신고한 쟁점토지의 취득가액을 부인하고 처분청 조사가액인 310,500,000원으로 과세하였음이 양도소득세 조사서 및 결정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점토지의 지번 및 지목 변화를 살펴보면, 취득당시 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ○○○동 ○○○ 임야 23,653㎡가 1992.2.11 동소 ○○○ 임야 2,658㎡를 합병하였고 동소 ○○○로 13,156㎡를 분할하였으며 1992.10.23 동소 ○○○로 1,844㎡를 동소 ○○○로 865㎡를 동소 ○○○로 448㎡를 분할하였으며 1992.10.23 지목을 잡종지로 변경하였음이 등기부등본에 의하여 확인된다.

(3) 청구인은 쟁점토지를 459,908,000원에 양도하였다고 주장하면서 부동산양도매매계약서를 제시하고 있고 처분청도 청구외법인의 대차대조표에 의하여 실지거래가액으로 확인된다고 조사하고 있어 이에 대하여는 다툼이 없다.

(4) 청구인은 쟁점토지의 취득가액은 79,798,563원(당초 취득가액 105,000,000원을 지분으로 환산한 가액)이라고 주장하면서 취득시 매매계약서를 제시하므로 이에 대하여 살펴본다. 청구인이 제시한 부동산매매계약서(1989.6.16)는 부동산 중개인의 입회도 없고 거래대금을 확인할 수 있는 객관적인 증빙의 제시도 없을 뿐만 아니라 처분청도 쟁점토지의 취득가액은 310,500,000원이라고 조사하고 있으므로 청구인이 신고한 쟁점토지의 실지취득가액이 확인된다고 보기 어려운 것으로 판단된다.

(5) 전시법령에 의하면 양도자가 실지거래가액이라 하여 신고한 가액이 실지거래가액으로 확인되는 경우 당해 양도당시 및 취득당시의 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하고, 그와 같은 신고가 없거나 신고가 있었다 하더라도 당해 신고한 실지거래가액이 실지거래가액으로 확인되지 아니하면 그 때는 다시 기준시가에 의하여 양도차익을 산정하여야 할 것이고, 비록 조사 등에 의하여 달리 실지거래가액이 확인된다 하더라도 그 확인되는 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정하는 것은 아니라 할 것(국심2001중 513호, 2001.7.14 합동, 대법원 2000두 324, 2000.7.28외 다수 같은 취지임)이다. 따라서 이 건 쟁점토지의 양도 및 취득가액을 기준시가로 하여 양도차익을 산정하여야 하나 처분청이 실지양도가액과 조사한 취득가액으로 양도차익을 산정한 것은 법령적용에 잘못이 있다 하겠으며, 기준시가에 의하여 양도차익을 산정할 경우 청구인에게 불이익이 되므로 불이익변경금지의 원칙에 따라 당초처분을 유지하는 것이 타당하다 하겠다.

(6) 또한 자본적지출액을 필요경비로 공제하여 달라는 청구주장은 기준시가로 과세하여야 하나 불이익변경금지의 원칙에 따라 당초처분을 유지하는 이 건의 경우 심리할 실익이 없어 심리를 생략한다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.