주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세의 감면

심판청구번호 국심2001구 1107(2001.10.17) 청구인이 ○○○도 ○○○군 ○○○면 ○○○동 1966-19번지*/외 2필지 토지 1,992.2㎡(이하 "쟁점부동산"이라고 한다)를 1990.8.14(등기접수일 기준임)에 취득하여 1998.12.3(등기접수일 기준임) 청구외 ○○○외 2필지 토지 1,992.2㎡(이하 "쟁점부동산"이라고 한다)를 1990.8.14(등기접수일 기준임)에 취득하여 1998.12.3(등기접수일 기준임) 청구외 ○○○공사에 양도하고 그 양도대금 693,200,000원을 청구인이 주주로 있는 청구외 ○○○주식회사(이하 "청구외법인"이라고 한다)에게 증여하고, 청구외법인은 동 증여받은 금액으로 1998.12.9까지 금융기관에 대한 부채를 상환하였다. 청구인이 이와 같은 사유로 1999.2.11 쟁점부동산에 대한 자산양도차익 예정신고시 구조세감면규제법 제40조의 6【주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세 감면】규정의 세액면제 신고를 한데 대하여 처분청은 2001.2.13 청구외법인이 5년 이상 사업을 계속 영위하지 아니 하였다 하여 위 감면규정을 적용하지 아니하고 청구인에게 1998년 귀속분 양도소득세 151,839,480원을 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2001.5.9. 심판청구를 제기하였다.

• 가. 청구인 주장 『주주 등이 속한 법인』의 사업기간에 대한 요건으로서 구조세감면규제법 제40조의 6 제1항에서 "… 사업을 5년 이상 계속하여 영위한 법인으로서…"로 규정하고 있다가 위 규정은 1998.12.28 조세특례제한법 제40조 제1항 으로 개정되면서 "대통령령이 정하는 법인"…으로 하여 시행령에 위임함에 따라 같은법시행령(1998.12.31 개정된 것임) 제37조 제1항에서 "… '대통령령이 정하는 법인'이라 함은 부동산 양도일까지 계속하여 3년 이상 … 사업을 영위한 법인"으로 개정되면서 위 개정된 조세특례제한법 부칙 제6조 제3항에서 "제40조 제1항 제1호·제2호 …의 개정규정은 1998.2.24 이후 최초로 양도하거나 증여하는 분부터 적용한다"라고 규정하고 있으므로 1998년에 양도된 쟁점부동산에 대하여도 개정된 『3년 이상 계속 사업 영위 법인』의 규정이 적용되어야 할 것이므로 청구외법인은 3년 이상 계속 사업을 영위한 법인에 해당되고, 그 외 본 감면조항의 제반요건을 충족하고 있으므로 쟁점부동산에 대한 양도소득세는 전액 면제되어야 한다.
• 나. 처분청 의견 청구인은 1998.12.28 개정된 조세특례제한법 부칙 제6조 제3항의 규정을 내세워 『주주 등이 속한 법인』의 사업기간에 관한 요건으로 1998.12.31 개정된 같은법시행령 제37조 제1항 『3년 이상 계속 사업을 영위한 법인』의 규정을 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 같은법시행령 제37조 제1항은 그 시행령 부칙 제1조 및 제2조에서 1999.1.1 최초로 양도하는 분부터 적용토록 하고 있어 1998.12.3 양도된 쟁점부동산에 대하여는 적용할 수 없는 바, 청구외법인의 등기부 등에 의하면, 청구외법인은 1994.1.6 설립되어 1994.1.12 사업이 개시되었으므로 쟁점부동산의 양도일까지는 5년 이상 되지 아니하는 것으로 확인되므로 1998.12.28 개정되기 전의 구조세감면규제법 제40조의 6 제1항의 규정을 적용하여 감면신청을 배제하여 과세한 이 건 부과처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 쟁점부동산의 양도에 대하여 『주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세의 감면』 요건 중의 하나인 『주주 등이 속한 법인』의 사업기간이 "5년 이상"에서 "3년 이상"으로 개정된 조세특례제한법(1998.12.28 개정된 법률임) 제40조 제1항 및 같은법시행령(1998.12.31 개정된 시행령임) 제37조 제1항의 규정을 적용할 수 있는지의 여부
• 나. 관련법령 이 건과 관련한 법령은 다음과 같다. 구조세감면규제법(1998.12.28 개정되기 전의 것임) 제40조의 6【주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세의 감면】 ① 제40조의 4 제1항 제1호의 사업을 5년 이상 계속하여 영위한 법인으로서 대통령령이 정하는 법인의 주주 등(이하 "이 절에서 주주 등"이라 한다)이 소유하는 자산(1997년 12월 31일 이전에 취득한 것으로서 부동산, 한국증권거래소에 상장되지 아니한 주식·출자지분 기타 대통령령이 정하는 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)을 1999년 12월 31일 이전에 양도하고 그 양도대금을 당해 법인에게 증여하는 경우로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우에는 그 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도대금 중 증여금액(주주 등의 주식보유비율 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)에 상당하는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 당해 법인이 다음 각목의 구분에 따라 재무구조개선계획 또는 자구계획의 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 얻을 것

• 가. 금융기관이 아닌 법인의 경우: 대통령령이 정하는 금융기관부채(이하 "금융기관부채"라 한다)를 상환하기 위하여 주주 등의 자산의 양도, 그 양도대금의 증여내용 및 금융기관부채 상환계획 등이 포함된 재무구조계선계획을 금융기관협의회에 제출하여 승인을 얻을 것

2. 제1호의 규정에 의하여 승인을 받은 재무구조개선계획 또는 자구계획에 따라 주주 등이 자산을 양도하고 그 양도한 날(장기할부조건의 경우에는 대통령령이 정하는 날)부터 대통령령이 정하는 기한 내에 자산의 양도대금을 당해 법인에게 증여할 것 구조세감면규제법시행령(1998.12.31 개정되기 전의 것임) 제37조의 7【주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세의 감면】 ① 법 제40조의 6 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 법인"라 함은 다음 각호에 모두 해당하는 법인을 제외한 내국법인을 말한다. 조세특례제한법(1998.12.28 개정된 것임) 제40조【주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세의 감면】

① 대통령령이 정하는 법인의 주주 등(이하 "이 절에서 주주 등"이라 한다)이 소유하는 자산(1997년 12월 31일 이전에 취득한 것으로서 부동산 및 주식·출자지분 기타 대통령령이 정하는 것에 한한다. 이 하 이 조에서 같다)을 1999년 12월 31일 이전에 양도하고 그 양도대금을 당해 법인에게 증여하는 경우로서 다음 각호의 요건을 갖춘 경우에는 그 자산을 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도대금 중 증여금액(주주 등의 주식보유비율 등을 감안하여 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액을 한도로 한다)에 상당하는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 당해 법인(중소사업자를 제외한다)이 다음 각목의 구분에 따라 재무구조개선계획 또는 자구계획의 승인(승인된 내용에 대한 변경승인을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 얻을 것

• 가. 금융기관이 아닌 법인의 경우: 금융기관부채를 상환하기 위하여 주주 등의 자산의 양도, 그 양도대금의 증여내용 및 금융기관부채 상환계획 등이 포함된 재무구조계선계획을 금융기관협의회에 제출하여 승인을 얻을 것

2. 주주 등이 자산을 양도하고 그 양도한 날(장기할부조건의 경우에는 대통령령이 정하는 날)부터 대통령령이 정하는 기한 내에 자산의 양도대금을 당해 법인에게 증여할 것. 다만, 당해 법인이 중소사업자가 아닌 경우에는 제1호의 규정에 의하여 승인을 얻은 재무구조개선계획 또는 자구계획에 따른 경우에 한한다. 부칙 제1조【시행일】이 법은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제38조·제39조 및 제45조 내지 제48조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】 ② 이 법 중 양도소득세와 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다. 제6조【기업의 재무구조개선 등을 위한 양도소득세의 면제 등에 관한 적용례】 ① 제36조 제2항 제1호·제37조 제2항 제1호·제40조 제1항 제3호 및 제41조 제1항 제3호의 개정규정은 이 법 시행일전에 부동산을 양도하거나 증여받고 이 법 시행일까지 금융기관부채의 상환기한이 도래하지 아니한 분부터 적용한다.

③ 제40조 제1항 제1호·제2호 및 제41조 제1항 제2호와 동조 제4항의 개정규정은 1998년 2월 24일 이후 최초로 양도하거나 증여받는 분부터 적용한다. 조세특례제한법시행령(1998.12.31 개정된 것임) 제37조【주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세의 감면】① 법 제40조 제1항 본문에서 "대통령령이 정하는 법인"라 함은 부동산양도일까지 계속하여 3년 이상 제34조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 사업(당해 사업과 다른 사업을 겸영하고 있는 경우에는 부동산양도일이 속하는 사업연도의 직전사업연도의 사업별 수입금액 중 당해 사업의 사업별 수입금액이 가장 큰 경우에 한한다)을 제외한 사업을 영위하는 내국법인을 말한다. 다만, 다음 각호에 모두 해당하는 법인을 제외한 법인을 제외한다. 부칙 제1조【시행일】이 영은 1999년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제25조 제1항 제8호·제2항 제11호, 제35조, 제36조, 제42조 내지 제44조와 제46조의 개정규정은 공포한 날부터 시행한다. 제2조【일반적 적용례】 ② 이 영 중 양도소득세·특별부가세에 관한 개정규정은 이 영 시행 후 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

• 다. 심리 및 판단 쟁점부동산의 양도에 대하여 위 관련법령의 [주주 등의 자산양도에 따른 양도소득세의 감면] 규정의 감면요건 중 쟁점 이외의 요건은 충족되는 것으로 보이고, 또한, 다툼이 없으며, 다만, 청구외법인의 사업기간이 쟁점부동산의 양도일까지 4년 11개월 정도가 되어 5년 이상 계속 사업을 영위한 경우에는 해당되지 아니하지만 『3년 이상 계속 사업을 영위한 법인』에는 해당되므로 개정된 조세특례제한법시행령 제37조 제1항 의 규정을 소급 적용할 수 있는지의 여부에 대하여 살펴본다. (가) 관련법령에서 본 바와 같이 『주주 등이 속한 법인』의 사업기간에 대한 요건으로서 구조세감면규제법 제40조의 6 제1항에서 "… 사업을 5년 이상 계속하여 영위한 법인으로서…"로 규정하고 있다가 1999.12.28 조세특례제한법 제40조 제1항 으로 개정되면서 "대통령령이 정하는 법인"…으로 하여 시행령에 위임함에 따라 같은법시행령(1998.12.31 개정된 것임) 제37조 제1항에서 "… '대통령령이 정하는 법인'이라 함은 부동산 양도일까지 계속하여 3년 이상 … 사업을 영위한 법인"으로 개정되어 그 시행령 부칙 제1조 및 제2조에서 1999.1.1 최초로 양도하는 분부터 적용토록 하고 있다. (나) 청구인은 1998.12.28 개정된 조세특례제한법 부칙 제6조 제3항의 규정을 내세워 『주주 등이 속한 법인』의 사업기간에 관하여 1998.12.31 개정된 같은법시행령 제37조 제1항에서 정한 『3년 이상 계속 사업을 영위한 법인』에 해당된다는 주장이나, 위 법 부칙 제6조 제3항은 같은법 제40조 제1항의 본문 개정사항까지 그 시행시기를 정한 것이 아니라 제1항의 제1호 또는 제2호에서 개정된 규정만 소급 적용하도록 한 것으로 보여지므로 종전 구조세감면규제법 제40조의 6 제1항 본문의 『주주 등이 속한 법인』의 사업기간에 관한 규정은 위 조세특례제한법 제40조 제1항 본문에서 시행령에 위임하였으므로 같은법 부칙 제6조 제3항은 그 적용의 대상이 될 수 없으며, 위 개정된 시행령 제37조 제1항은 같은법 부칙 제2조 제2항 및 같은법시행령 부칙 제1조 및 제2조에서 1999.1.1 최초로 양도하는 분부터 적용토록 하고 있어 1998년 이전에 양도된 쟁점부동산에 대하여는 적용할 수 없다할 것인 바, 청구외법인이 쟁점부동산의 양도일까지 5년 이상 사업을 영위하지 아니하는 것은 다툼이 없는 것으로 확인되므로 처분청이 1998.12.28 개정되기 전의 구조세감면규제법 제40조의 6 제1항의 규정을 적용하여 감면신청을 배제하고 과세한 이 건 양도소득세의 부과처분은 잘못이 없다고 판단된다.

(3) 따라서, 이 건 심판청구는 심리결과 청구인 주장이 이유 없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.