[요지] 해당 행위는 청구외법인의 재무상태가 더욱 악화되어 더 큰 부담을 지게되는 것을 사전에 방지하기 위하여 구조조정 차원에서 출자관계와 지급보증채무를 정리하기 위한 경제적 합리성에 따른 행위이므로 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 보아 부당행위계산 부인하여 쟁점금액을 손금불산입한 처분은 잘못임
[요지] 해당 행위는 청구외법인의 재무상태가 더욱 악화되어 더 큰 부담을 지게되는 것을 사전에 방지하기 위하여 구조조정 차원에서 출자관계와 지급보증채무를 정리하기 위한 경제적 합리성에 따른 행위이므로 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 보아 부당행위계산 부인하여 쟁점금액을 손금불산입한 처분은 잘못임
[주 문] OO세무서장이 2001.2.16 청구법인에게 한 1995.1.1～1995.12.31사업연도 법인세 3,460,910,070원 및 농어촌특별세 148,981,370원, 1996.1.1～1996.12.31사업연도 법인세 3,412,641,160원, 1997.1.1～1997.12.31사업연도 법인세 1,147,312,710원, 1998.1.1～1998.12.31사업연도 법인세 △2,354,546,670원, 1999.1.1～1999.12.31사업연도 법인세 △127,625,760원의 부과처분은
1. 1995.1.1～1995.12.31 사업연도에 부당행위계산부인하여 익금산입한 대손충당금 1,895,000,000원과 특별손실 1,678,821,023원을 익금불산입하고,
2. 경기도 화성군 동탄면 OO리 O OOO외 7필지 토지 149,992㎡ 중 74,975.52㎡가 비업무용부동산에 해당한다 하여 관련 지급이자 2,662,508,582원(1995사업연도: 427,820,007원, 1996사업연도: 566,634,793원, 1997사업연도: 535,413,298원, 1998사업연도: 1,132,640,384원)을 손금불산입한 것을 손금산입하여 그 과세표준과 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 처분개요 청구법인은 1994.12.1 OOO엔지니어링주식회사와 OO개발주식회사가 합병하여 설립된 법인으로 특수관계회사인 주식회사 OOOOO(50% 출자법인, 이하 “청구외법인”이라 한다)의 금융기관 차입금 10,350,000,000원에 대한 지급보증(청구법인 실질 지급보증액: 주식 점유비율 해당액 5,175,000,000원)을 하고 있어 이를 해소하기 위하여 1995.3.14 청구외법인의 주주인 OO요업주식회사 등(이하 “청구외 OO그룹”이라 한다)과 1995.3.31 기준 청구외법인의 자산초과 부채 중 청구법인의 주식 점유비율 해당액 3,573,821,023원을 청구법인이 정리해주고, 또한 청구법인이 보유하고 있는 청구외법인 발행주식 전부를 청구외법인에게 무상 양도하는 내용의 주식정리계약을 체결한 후, 청구법인은 청구외법인에 대한 대여금 2,245,000,000원 및 회사계상 미수이자 103,907,434원의 채권을 포기하고 잔액 1,224,913,589원은 현금으로 지급하여 계약내용대로 이행한 다음 1,895,000,000원은 대손충당금과 상계하고, 나머지 1,678,821,023원은 기타 특별손실로 하여 3,573,821,023원 전액(이하 “쟁점금액”이라 한다)을 1995사업연도에 손금산입하였다. 한편, 청구법인은 1995.3.31부터 같은 해 8.18까지 기술연구소 건립 목적으로 경기도 화성군 동탄면 OO리 O OOO외 7필지 임야 등 149,992㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득한 후 1999.7.21 쟁점토지 중 75,000㎡를 조경공사업용 토지로 용도변경하였다. OO지방국세청장은 이에 대하여 쟁점금액은 특수관계 있는 법인에 대한 보증손실로서 청구법인이 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 보아 부당행위계산부인하여 이를 손금불산입하고, 조경공사업용으로 용도변경한 토지를 당해 목적사업에 사용하지 않았다 하여 기술연구소 바닥면적(10,716.64㎡)에 용도지역별 적용배율(7배)을 적용하여 초과하는 면적 74,975.52㎡를 비업무용부동산으로 보아 관련 지급이자 2,662,508,582원(1995사업연도: 427,820,007원, 1996사업연도: 566,634,793원, 1997사업연도: 535,413,298원, 1998사업연도: 1,132,640,384원)을 손금불산입하는 내용의 과세자료를 처분청에 통보하였고, 처분청은 위 과세자료에 의거 각 사업연도의 과세표준을 경정하여 2001.2.16 청구법인에게『주문』기재 세액을 경정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.4.30 심판청구를 제기하였다.
2. 청구법인 주장 및 처분청 의견
(1) 청구법인이 청구외법인에 대한 출자지분관계와 지급보증채무를 정리하기로 약정한 당사자는 특수관계가 없는 청구외 OO그룹으로서 청구외법인은 약정에 따라 청구법인의 소유주식을 무상양도 받아 이를 소각하고 청구법인에 대한 채무를 면제받았을 뿐이므로 부당행위계산부인 대상이 아니고, 또한 청구법인은 구조조정 차원에서 청구외법인의 금융기관 차입금에 대한 지급보증채무를 정리하기 위하여 위 약정에 따라 청구법인이 부담하여야 할 청구외법인의 자산초과 부채액에 대한 대가로 동 사에 대한 대여금을 포기하고 일부는 현금으로 지급하였는 바, 이는 조세부담을 부당히 감소시킬 목적이 아니라 제3자와 협의하여 출자지분관계와 지급보증채무 정리를 위한 경제적 합리성에 따른 행위임에도 이를 부당행위계산부인하여 쟁점금액을 손금불산입한 처분은 부당하다.
(2) 청구법인은 1995.3월～1995.8월사이에 쟁점토지를 기술연구소용 부지로 취득한 후 1998.3월～1999.11월사이에 기술연구소를 준공하여 고유업무에 직접 사용하고 있으므로 이는 비업무용부동산 판정 유예기간 중에 있는 토지일 뿐만 아니라 감사원의 처분요구에 따라 1999.7.21 조경공사업용으로 용도변경한 토지도 당해 사업용으로 사용하고 있음에도 1998.12.31자로 폐지된 법인세법 시행령 제43조의 2 제1항 제2호의 기준면적에 관한 규정을 적용하여 기준면적을 초과하는 토지를 비업무용부동산으로 보아 과세한 처분은 부당하다.
(1) 주식정리계약서에 따른 계약당사자는 주주인 청구법인과 청구외 OO그룹이지만 이는 주주간의 형식적 계약에 불과하고, 청구법인이 지급보증 부담금을 지급함에 따른 경제적 이익은 청구외법인에 귀속되었으므로 특수관계자간의 거래에 해당되며, 청구법인은 청구외법인의 금융기관 채무에 대하여 100% 지급보증한 후 자본잠식이 누적되고 있는 청구외법인의 지급보증 채무에서 벗어날 목적으로 청구외 OO그룹과 주식정리계약을 체결하고 동 계약에 따라 지급하여야 할 지급보증 부담금에 대하여 대여금 및 미수이자와 상계하고 잔액을 현금 지급한 것은 특수관계자의 채무에 대한 보증으로 인하여 발생한 손실로서 이는 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것이므로 부당행위계산부인하여 쟁점금액을 손금불산입한 처분은 정당하다.
(2) 기술연구소의 근무인원은 10～11명으로 연구동 3층 391.3평 중 일부인 약 250평을 사용하고 있을 뿐 연구동 2층 462평과 구조실험동 1,310평 총계 1,772평은 청구외 (재)OO산업과학연구원에 임대하고 있고, 잔여 건물의 대부분은 공통사용시설로서 주용도가 청구법인의 기술연구소로 보기 어려우며, 또한 조경공사업과 관련하여 법인세 신고실적이 없을 뿐만 아니라 묘포장이 임야에 산재되어 자연림과 구별하기 어렵고, 묘포장 면적도 일부에 불과해 사실상 조경공사업용으로 사용한 것으로 볼 수 없으므로 기준면적을 초과한 토지는 취득당시부터 비업무용부동산에 해당되므로 관련 지급이자를 손급불산입한 처분은 정당하다.
3. 심리 및 판단
① 특수관계법인의 출자지분 및 금융기관 차입금에 대한 연대보증채무를 정리하기 위하여 쟁점금액을 부담한 것이 부당행위계산부인 대상인지 여부
② 쟁점토지 중 기준면적을 초과하는 토지가 비업무용부동산에 해당하는지 여부
(1) 법인세법 제20조【부당행위계산의 부인】에는『정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다』고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제46조【법인의 부당한 행위 또는 계산】제1항에는『법 제20조에서 “특수관계 있는 자”라 함은 다음 각호의 관계있는 자를 말한다
1. 출자자(소액주주를 제외한다. 이하 같다)와 그 친족 2.～7. (생략)』이라고 규정하고 있으며, 그 제2항에는『법 제20조에서 “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 경우를 말한다. 1.～8. (생략)
9. 기타 출자자등에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때』라고 규정하고 있다.
(2) 법인세법 제18조의 3【지급이자의 손금불산입】제1항에는『다음 각호의 1에 해당하는 자산을 취득하거나 보유하고 있는 내국법인에 대하여는 각 사업연도에 지급한 차입금의 이자 중 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액(차입금 중 당해 자산가액에 상당하는 금액의 이자를 한도로 한다)은 각 사업연도의 소득금액계산상 이를 손금에 산입하지 아니한다.
1. 당해 법인의 업무와 직접 관련이 없거나 부동산의 이용실태 등으로 보아 지가상승으로 인한 이익을 취득하기 위하여 보유하는 것이라고 인정되는 부동산으로서 대통령령이 정하는 것 2.～3. (생략)』이라고 규정하고 있고, 같은법 시행령 제43조의 2【지급이자의 손금불산입】제1항에는 『법 제18조의 3 제1항 제1호에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 부동산(이하 “비업무용부동산등”이라 한다)을 말한다.
1. 부동산 취득후 일정한 기간이 경과한 때까지 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산
2. 업무에 필요한 적정한 기준면적을 초과하여 보유하는 부동산(1998.12.31 삭제) 3.～5. (생략)』이라고 규정하고 있다. 같은법 시행규칙(1997.12.31 총리령 제675호로 개정된 것) 제18조【지급이자의 손금불산입】제2항에는『영 제43조의 2 제1항 및 동조 제3항의 규정에 의한 비업무용부동산 등은 부동산(제4항 제12호에 규정된 매매용부동산을 제외한다)을 취득한 후 1년(건축물 또는 시설물이 없는 토지의 경우에는 2년) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 토지의 경우에는 당해 토지를 취득한 후 5년(생략) 이내에 도시계획법에 의한 도시계획의 변경 등 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산으로 한다.
1. 기술개발촉진법 제8조의 3 제1항 제2호에 규정된 기업부설연구소용 부지 2.～4. (생략)』이라고 규정하고 있고, 동 부칙 제3항【비업무용부동산 판정유예기간에 관한 경과조치】 에는『이 규칙 시행 후 최초로 종료하는 사업연도의 개시일 현재 종전의 제18조 제3항 제1호 또는 제12호의 규정에 의한 기간이 경과된 부동산에 대하여는 종전의 규정에 의한다』고 규정하고 있다. 같은법 시행규칙(1999.5.24 재정경제부령 제86호로 개정된 것) 제26조【업무와 관련이 없는 부동산의 범위】제3항에는 『영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다.
1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한 경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 정당한 사유없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간 동안 업무에 사용하지 아니한 것으로 본다
2. (생략)』이라고 규정하고 있고, 동 부칙 제15조【업무와 관련없는 부동산의 판정유예기간 등에 관한 경과조치】제1항에는『1999년 1월 1일 이후 최초로 개시하는 사업연도의 개시일 현재 종전의 제18조 제2항 본문, 동조 제4항 제12호 및 동조 제5항 제1호의 3·제2호·제5호·제11호 가목·제11호의 2의 규정에 의한 기간이 경과된 부동산에 대하여는 그 기간에 관한 종전의 규정을 적용한다』고 규정하고 있다.
(1) 청구외법인은 1987.5월부터 경상북도 OO시 OO동 OOOO에서 OOOO의 철강재 부산물을 이용하여 불연내외장재를 제조 및 판매하는 법인으로 재무제표에 의하면, 각 사업연도별 재무상태 및 손익 현황은 아래 “표”와 같다. < 재무상태 및 손익 현황 > (단위: 백만원) 사업연도 1990 1991 1992 1993 1994 자산 9,813 17,085 15,519 12,666 11,191 부채 7,134 14,131 14,534 16,300 18,391 자본 2,679 2,954 985 △3,634 △7,200 이익잉여금 △79 △1,803 △5,373 △9,992 △13,556 매출액
• 787 2,186 748 50 매출총이익 △301 △804 △911 △476 당기순이익 △48 △1,138 △3,572 △4,593 △3,587
(2) 청구법인과 청구외 OO그룹은 1990.4월부터 1995.3.31까지 각각 청구외법인의 보통주식(1주당 액면가 10,000원) 300,000주씩을 소유한 공동주주(청구법인: 50%, OO요업주식회사 36.67%, OO산업주식회사의 자회사인 주식회사 OO화공 13.33%)였고, 청구외법인과는 특수관계 있는 자에 해당한다는 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다. 청구외법인이 청구외 OO그룹의 계열사로 편입되고 OO요업주식회사가 청구외 OO그룹의 주력업체로 선정됨에 따라 OO은행의 여신관리규정에 의거 계열회사에 대한 동 사의 채무보증이 제한됨에 따라 청구외법인이 외국과의 기술도입계약에 따른 외화대출과 공장건설에 소요되는 시설자금 등을 금융기관에서 차입함에 있어 아래 “표”와 같이 외형상 청구법인이 100% 연대입보하고, 청구법인은 청구외 OO그룹으로부터 보증액의 50%에 대한 지급각서를 받았음이 이사회 입보결의서, 청구외 OO그룹의 지급각서 등에 의하여 확인된다. < 연대보증 내역 > (단위: 백만원, %) 금융기관명 구 OO은행 구 OO신용은행 OO투자증권 계 연대입보일 1990.12.5 1991.3.6 1993.3.23 연대입보액 850 4,500 5,000 10,350 연대입보율 100.0 100.0 100.0
(3) 청구법인의 청구외법인에 대한 주식 정리 및 연대보증채무 해소경위를 보면, 청구법인은 청구외법인의 적자가 누적됨에 따라 동 사를 매각하고자 1993.7.21～1993.10.10 기간중에 OO주식회사, OO주식회사 등 건자재 전문업체와 매각협상을 하였으나 무산되었고, 1994.5.31 청구외법인에게 경영정상화가 지연될 경우 청산 등을 강구할 계획이라며 대여금 상환 및 지급보증 해소를 촉구한 바 있으며, 그 후 1995.3.8 주주인 청구외 OO그룹과 주식정리에 대한 기본합의서를 체결한 다음 1995.3.14 주식정리계약을 체결하고 이에 따라 1995.3.31 청구외법인의 고정자산에 대한 OO감정원의 감정가액을 반영하여 확정한 자산초과 부채액 7,309,748,357원 중 청구법인의 주식점유 비율 해당액 3,654,389,799원을 청구법인이 정리함과 동시에 청구법인이 보유하고 있는 청구외법인의 주식 전부를 청구외법인에 무상양도하고 청구외법인의 금융기관 차입금에 대한 지급보증채무를 청구외 OO산업주식회사에 승계하였음이 기본합의서, 주식정리계약서 등에 의하여 확인된다.
(4) 청구외 OO그룹은 청구외법인이 1995.6.7 청구법인으로 양수받은 주식을 자본감소 절차를 통하여 소각함으로써 청구외법인의 주식 100%(300,000주)를 소유하던 중 청구외 OO요업주식회사는 1996.2.21 그 보유주식 220,000주을 매각하면서 357,360,000원의 손실이 발생하였고, 청구외 주식회사 OO화공은 1996.3.15 그 보유주식 80,000주를 무상소각하였으며, 청구법인으로부터 지급보증채무를 승계한 청구외 OO산업주식회사는 1996.3.27 청구외법인의 금융기관 차입금 11,470,591,000원을 대위변제하고 이를 특별손실로 계상하였음이 위 법인들의 전표, 재무제표 등에 의하여 확인된다.
(5) 부당행위계산 부인은 경제인의 입장에서 볼 때 부자연스럽고 불합리한 행위계산을 함으로 인하여 경제적 합리성을 무시하였다고 인정되는 경우에 한하여 적용되는 것이고 경제적 합리성의 유무에 대한 판단은 거래행위의 제반 사정을 구체적으로 고려하여 과연 그 거래행위가 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결한 비정상적인 것인지의 여부에 따라 판단하여야 할 것인 바(대법원 95누751, 1996.7.26 같은 뜻임), 위 사실내용과 같이 청구법인은 당초 연대보증시 주식 점유비율에 따라 청구외 OO그룹과 공동으로 지급보증채무를 부담하기로 약정하였고, 청구외법인은 적자가 누적됨에 따라 재무상태가 불건전하여 청산 또는 매각 등 합리적인 방안을 강구할 필요성이 있었으며, 청구법인은 주주인 청구외 OO그룹과 객관적으로 평가한 청구외법인의 자산초과 부채액 중 청구법인의 주식 점유비율 해당액(3,654,389,799원)을 부담하는 대신 연대보증채무(5,175,000,000원)를 면제받으면서 청구외법인과의 출자관계를 정리하였고, 청구법인으로부터 연대보증채무를 승계한 청구외 OO그룹은 이를 승계한 후 1여년만에 청구외법인의 출자관계를 정리하면서 청구외법인의 금융기관 차입금 11,470,591,000원을 대위변제한 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인이 청구외 OO그룹과 약정에 의하여 쟁점금액을 부담한 이 건 행위는 조세부담을 부당히 감소시킬 목적이라기 보다는 청구외법인의 재무상태가 더욱 악화되어 더 큰 부담을 지게되는 것을 사전에 방지하기 위하여 구조조정 차원에서 출자관계와 지급보증채무를 정리하기 위한 경제적 합리성에 따른 행위이고 이러한 과정에서 발생한 쟁점금액은 특별손실로 보여지므로 처분청이 이를 특수관계자의 채무에 대한 보증으로 인하여 발생한 손실이라 하여 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 보아 부당행위계산 부인하여 쟁점금액을 손금불산입한 처분은 잘못이라고 판단된다.
(1) 청구법인은 1994.12.8 쟁점토지를 연구소부지로 취득하기로 경영위원회의 의결을 거쳐 1995.3월～1995.8월 사이에 쟁점토지를 취득하였고, 1996.1.15 쟁점토지에 연구단지 조성목적으로 관할군청(화성군)에 국토이용변경계획을 신청(농림지→준도시지역)하여 1997.3.6 국토이용계획변경 결정(고시 제1997-19)을 받고 1997.6.29 기술연구소의 건축허가를 득한 후 1997.8.7 착공하여 1998.3.14～1999.11.23 사이에 연구동외 9동의 건물(건축물 바닥면적: 10,716.64㎡)을 준공하였음이 경영위원회 의사록, 국토이용계획변경 통보 및 고시문, 건축물관리대장 등에 의하여 확인된다. 한편, 청구법인은 1998.12.26 감사원의 처분요구(과다매입한 부지의 매각 등 합리적인 방안 강구)에 따라 1999.3.24 목적사업에 조경공사업을 추가하고 1999.5.27 조경공사업등록을 필한 후 1999.7.21 쟁점토지 중 75,000㎡를 조경공사업용 부지로 용도변경하였음이 감사원의 감사결과 처분요구사항 통보서, 건설업등록증 등에 의하여 확인된다.
(2) 위 기술연구소는 3층 철골조의 연구동 및 구조실험동, 2층 STEEL STUD 구조의 주택실험동, 나머지는 1층 경량철골조의 품질시험동, 토목실험동, 시험체제작장, 기자재보관동 등 10동(총연면적 4,986평)으로 구성되어 있고, 청구법인은 산업기술연구조합육성법 제7조의 규정에 의거 강건재 등의 공동기술개발 및 기술적 과제를 조합원간에 상호 협동하여 해결하기 위하여 설립된 OOO 신기술연구조합의 일원으로 동 조합의 조합원인청구외 (재)OO산업과학연구원에 아래 “표”와 같이 기술연구소의 일부 동을 임대하였고, 시설관리업체인 청구외 주식회사 동우사가 연구동의 일부를 사용하고 있음이 임대차계약서 등에 의하여 확인된다. < 기술연구소의 동별 임대현황 > (단위: 평, %) 구분 총면적 임대 비고 1998.4～1999.3 1999.4～2000.3 연구동 2,115 462 21.8 462 21.8 동우사 14평 구조실험동 1,310
• - 1,310 100.0 주택실험동외 8개동 1,561
• -
• - 계 4,986 462 9.3 1,772 35.5
(3) 기술연구소에서 근무하는 청구법인의 연구전담요원은 1998사업연도에 13명(자연분야의 석사 7명 및 학사 5명), 1999사업연도에는 32명(기술연구소 10명, OOOO센타 6명, 연주설계추진반 8명, CAD개발팀 8명)으로 강건재활용 기술자료 개발 등 12건의 연구과제를 수행하였음이 청구법인이 기술개발촉진법 시행규칙 제10조의 규정에 의거 OO산업기술진흥협회장에게 신고한 기술연구소와 연구개발전담부서 사업실적 및 계획서, 청구법인의 인사발령장에 의하여 확인된다.
(4) 기술개발촉진법 제8조의 3 제1항 제2호 및 같은법 시행령 제14조의 규정에 의하면, 일반법인이 설립하는 기업부설연구소용 토지는 연구전담요원을 10인 이상을 상시 확보하고 독립된 연구시설을 갖춘 기업부설연구기관을 건축하기 위한 토지로 규정하고 있고, 연구전담요원은 자연계분야의 학사 이상의 학위자 또는 국가기술자격법에 의한 기술계 기사 1급 이상의 기술자격을 가진자로 규정하고 있는 바, 위 기술연구소는 이러한 법정요건을 갖추고 있고, 공동기술 개발 등을 목적으로 설립된 OOO신기술연구조합의 같은 조합원인 (재)OO산업과학연구원에 일부 시설을 임대한 것을 제외하고는 청구법인의 주업무와 관련된 기술개발을 위하여 사용하고 있는 것으로 나타나고 있음에도 사실상 주용도가 청구법인의 기술연구소로 보기 어렵다는 처분청의 의견은 관련법령과 사실관계를 오인한 것으로 보여진다. 위와 같이 쟁점토지는 기술개발촉진법 제8조의 3 제1항 제2호에 규정된 기업부설연구소용 부지로서 1998.1.1 현재 쟁점토지 취득일로부터 3년이 경과하지 않았으므로 법인세법 시행규칙(1997.12.31 총리령 제675호로 개정된 것) 제18조 제2항 제1호 및 동 부칙 제3항의 규정에 의해 비업무용부동산의 판정유예기간은 5년이 적용된다 할 것이다.
(5) 청구법인은 쟁점토지를 취득한 후 비업무용부동산의 판정유예기간 내인 1997.8.7 기술연구소를 착공하였으므로 법인세법 시행규칙(1999.5.24 재정경제부령 제86호로 개정된 것) 제26조 제3항 제1호 본문의 규정(토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우에는 당해 부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다)에 의거 청구법인이 1999.7.21 쟁점토지 중 일부를 조경공사업용으로 전환하기 전까지는 쟁점토지 전부를 기술연구소 부지로 직접 사용한 것으로 보아야 할 것이다. 그러하다면, 청구법인은 1997.8.7부터 쟁점토지를 기술연구소 부지로 직접 사용하다가 1999.7.21 쟁점토지 중 75,000㎡를 조경공사업용으로 용도변경하였으므로 이 때부터 당해 업무용으로 사용하였는지에 따라 비업무용부동산에 해당되는지 여부는 별론으로 하더라도 처분청이 1998.12.31자로 폐지된 기준면적 초과 부분에 대한 비업무용부동산 관련 규정을 적용하여 쟁점토지 중 74,975.52㎡를 취득당시부터 비업무용부동산으로 보아 이와 관련된 1995사업연도부터 1998사업연도까지의 지급이자를 손금불산입하여 과세한 처분은 부당하다고 판단된다.
4. 결론 이 건 심판청구는 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.