매입세액공제 가능 여부

심판청구번호 국심2001구 0890(2001. 9.14) �부과처분은 이를 취소한다.

청구법인은 경상북도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○에서 건설폐기물 수집처리·운반업을 영위하는 사업자로, 경상남도 ㅇㅇㅇ군 ㅇㅇㅇ면 ○○○리 ○○○에 소재하는 ○○○산업(이하 "청구외기업"이라 한다)이 1998.12.28. 직권폐업된 후인 1999.6.30. 청구외기업으로부터 Dump Hopper외 5종의 기계설비(이하 "쟁점설비"라 한다)를 공급받고 공급가액 363,890,000원의 매입세금계산서(이하 "쟁점세금계산서"라 한다)를 교부받아 동 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였다. 처분청은 청구법인이 청구외기업의 폐업일 이후에 쟁점세금계산서를 교부받았다 하여 동 매입세액의 공제를 부인하여, 2000.1.6. 청구법인에게 1999. 1기 부가가치세 48,487,960원을 결정고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2001.4.4. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 청구법인은 1999.6.30. 청구외기업으로부터 쟁점설비를 공급받고 어음 등으로 대금을 지급하고 쟁점세금계산서를 정당하게 교부받았는 바, 청구법인이 ○○○은행 ○○○지점으로부터 환경부 정책지원자금을 대출받으면서 청구외기업의 사업자등록증 원본을 첨부하여 청구외기업의 폐업사실을 전혀 몰랐으므로 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인은 1998.11.30. 청구외법인이 직권폐업된 뒤 무려 7개월 후인 1999.6.30. 쟁점설비를 공급받았으며, 청구법인은 쟁점설비의 공급계약시 거래상대방의 사업자등록증을 징구하여 상대방이 직권폐업자임을 알 수 없었다고 주장하나, 계약체결시 거래상대방의 사업자등록증명원만 요구하여도 폐업여부를 확인할 수 있음에도 불구하고, 거래금액이 363,890천원이나 되는 거래를 진행하면서 거래처의 사업자등록증명원도 확인하지 않았으므로 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵고, 쟁점세금계산서는 부가가치세법 제5조 제5항 의 규정에 의하여 사업자등록을 말소한 자로부터 교부받은 세금계산서에 해당되며, 이는 동법 제17조 제2항의 규정에 의하여 매출세액에서 공제되지 아니하는 세금계산서에 해당하므로 당초 처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 이 건의 다툼은 청구법인이 거래상대방의 직권폐업일(1998.11.30.) 이후에 기계설비를 공급받고 매입세금계산서를 교부받았다 하여 동 매입세액을 불공제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.
• 나. 관련 법령 (1999.12.28. 법률 제6049호로 개정되기 전의 것) 제17조 【납부세액】 ① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

5. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. (단서생략) 제5조 【등 록】

⑤ 사업자가 폐업하거나 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업장 관할세무서장은 지체없이 그 등록을 말소하여야 한다. (1999.12.31. 대통령령 제16661호로 개정되기 전의 것) 제12조 【등록말소】 법 제5조 제5항의 규정에 의하여 등록을 말소하는 때에는 관할세무서장은 지체없이 등록증을 회수하여야 하며, 이를 회수할 수 없는 경우에는 등록말소의 사실을 공시하여야 한다.

• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 청구외법인이 1998.12.28. 직권폐업된 후 1999.6.30. 청구외법인으로부터 쟁점설비를 공급받고 공급가액 363,890,000원의 쟁점세금계산서를 교부받아 동 매입세액을 공제하여 부가가치세를 신고하였음이 쟁점설비공급계약서, 세금계산서, 부가가치세신고서 등에 의하여 확인되고, 처분청은 세금계산서 불부합자료가 파생되자 조사결과 청구법인이 청구외기업의 폐업일 이후에 쟁점세금계산서를 교부받은 것을 확인하고 동 매입세액의 공제를 부인하여 이 건 과세하였음이 결정결의서 등 과세자료에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점설비를 공급받고 대금을 어음 등으로 지급한 후, 환경부 정책지원자금을 대출받아 동 지급대금을 충당하고 부가가치세 36,389,000원을 지급하였다는 주장인 바, 청구법인이 쟁점설비를 공급받고 대금(공급가액 363,890,000원)을 지급하였다는 사실에 대하여는 다툼이 없고, 청구법인이 매입부가가치세를 지급하였는지에 대하여 살펴보면, 청구법인이 ○○○은행 ○○○지점에서 ○○○부 ○○○자금 363,000,000원을 대출받은 사실이 ○○○공사장의 융자승인통보서(1999.4.28)에 의하여 확인되고, 1999.6.30. 청구외기업 대표 ○○○의 ○○○은행 ○○○지점 예금계좌(청구법인은 대금을 어음 등으로 기지급하였으며, 융자금은 융자신청서에 승인된 설비시공업자에게만 지급되므로 청구외기업의 차명계좌를 개설하였다는 주장임)에 동액이 입금되어 동일자로 인출된 사실이 청구외기업 대표 ○○○의 예금계좌(계좌번호 ○○○) 사본에 의하여 확인되고, 당심에서 위 인출한 수표를 조회한 바에 의하면, 그 중 1,000,000원권 수표 36매(수표번호 ○○○) 36,000,000원이 청구외기업의 소재지인 부산·경남지역(나머지 수표는 청구법인 소재지인 대구·경북지역)에서 결재된 사실이 확인되는 점 등으로 보아 청구법인이 위 대출금으로 청구외기업에 부가가치세를 지급하였다는 것이 신빙성이 있는 것으로 판단된다.

(3) 청구법인은 당해 거래가 실질거래임이 입증되고, 청구법인이 거래상대방의 폐업사실을 알지 못한 선의의 거래자이므로 쟁점세금계산서의 매입세액을 불공제함은 부당하다는 주장인 바, 이에 대하여 살펴본다. 전시 법령에 의하면, 사업자의 등록을 말소하는 때에는 관할세무서장은 지체없이 등록증을 회수하거나 등록말소사실을 공시하여야 한다고 규정하고 있으나, 처분청은 1998.12.28. 청구외기업의 사업자등록증을 말소하면서 위와 같은 조치를 취한 바 없으며, 청구법인이 환경부의 정책지원자금을 신청하면서 청구외기업의 사업자등록증 원본을 제시하여 대출받은 사실이 대출신청서류에 의하여 확인되는 점으로 보아 청구법인이 청구외기업의 등록말소사실을 사전에 인지하였다고 보기 어렵고, 청구법인이 쟁점설비를 공급받고 대금(공급가액 및 부가가치세)을 지급한 사실이 확인되는 실제거래이므로 쟁점세금계산서의 매입세액은 공제함이 타당한 것으로 판단된다. 따라서 처분청에서 쟁점세금계산서의 매입세액의 공제를 부인하고 과세한 이 건 처분은 잘못이 있다 하겠다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.