이연자산 상각 손금산입 범위

심판청구번호 국심2000중 3049(2001.12.31) 萱關�75,186,620원의 부과처분은 이연자산 과소상각액 927,780,126원을 손금에 산입하여 과세표준과 세액을 경정합 니다.

(2) 나머지 청구는 기각합니다.

청구법인은 1998사업연도 법인세 과세표준 신고시 구 조세감면규제법상의 기술 및 인력개발에 대한 세액공제 539,991,347원과 중소제조업 특별세액 감면 249,737,411원 합계 789,728,758원(이하 "기업합리화적립의무액"이라 한다)의 세액공제와 감면을 받아 동일 금액을 기업합리화적립금으로 적립했어야 하나, 실제는 이에 미달한 725,838,016원만 적립하여 63,890,742원(이하 "과소적립금"이라 한다)만큼 과소적립하였고 최초로 처분 가능한 이익이 발생한 1999사업연도까지도 이를 적립하지 않았다. 이에 대해 처분청은 과소적립금을 중소제조업 특별세액 감면분에서 취소하고 여기에 가산세 11,295,883원을 포함하여 2000.6.20 청구법인에게 1998사업연도 귀속 법인세 75,186,620원을 경정결정 고지하였다. 청구법인은 이에 불복하여 2000.6.26 이의신청을 거쳐 2000.11.17 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

• 가. 청구법인 주장 세법상 연구개발비 지출액은 발생한 연도부터 매년 균등액 이상을 상각하여 각 사업연도 소득금액 계산시 손금에 산입하여야 하나 청구법인은 1996∼1998 사업연도 법인세 신고를 하면서 착오로 기업회계기준을 적용하여 세법에서 정한 각 사업연도 연구개발비 상각액에 미달하여 과소상각한 사실이 있다. 처분청이 기업합리화적립금과 관련하여 청구법인을 조사한 결과에 따라 경정처분하는 경우에는 과소납 부분뿐만 아니라 이러한 이연자산 과소상각에 따른 과다납부분도 함께 조사하여 시정해야 하는데, 기업합리화적립의무액 미달분에 대해서만 과세표준을 증액하여 경정처분하는 것은 부당하다.
• 나. 처분청 의견 청구법인이 기업합리화적립금 과소적립에 따른 경정처분의 내용과 별개인 이연자산 과소상각에 대해 추가로 손금 산입을 요구하는 것은 세법에서 정한 경정청구기간이 도과한 것에 해당되어 이를 인정할 수 없으므로 당초 과세처분은 정당하다.

• 가. 쟁점 청구법인이 연구개발비를 세법에서 규정한 것보다 과소상각한 사실이 있는지와 이를 1996∼1998사업연도 손금에 산입할 수 있는지의 여부를 가리는데 있다.
• 나. 관계법령 국세기본법 제45조 의 2【경정 등의 청구】제1항에서 "과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 법정신고기한 경과후 1년 이내에 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다."라고 하면서 제1호에서 "과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액(각 세법의 규정에 의하여 결정 또는 경정이 있는 경우에는 당해 결정 또는 경정 후의 과세표준 및 세액을 말한다)이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때"라고 규정하고 있다. 또한, 구 조세감면규제법 제7조【중소제조업 등에 대한 특별세액감면】제1항에 의하면 "제조업·부가통신업·연구 및 개발업·방송업·엔지니어링사업·정보처리 및 컴퓨터운용관련업 또는 물류산업을 영위하는 중소기업에 대하여는 당해 사업에서 발생한 소득에 대한 소득세 또는 법인세의 100분의 20에 상당하는 세액을 감면한다."라고 하고 있고, 같은 법 제9조【기술 및 인력개발비에 대한 세액공제】제1항에서는 "제조업·광업 또는 대통령령이 정하는 사업을 영위하는 내국인이 각 과세연도에 기술 및 인력개발을 위하여 지출한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 '기술·인력개발비'라 한다)이 있는 경우에는 다음 각호의 방법중 하나를 선택하여 세액공제를 적용받을 수 있다."라고 규정하고 있다. 아울러 법인세법 제32조 【결정과 경정】제2항에서는 "납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제26조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다."라고 하면서 제1호에서 "신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때"라고 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제38조【이연자산의 평가】제1항에서는 "법 제17조 제4항의 규정에 의하여 취득가액을 계산하거나 기타 자산·부채 등을 평가함에 있어서 이연자산은 다음 각호의 금액으로서 당해 법인에 귀속되었거나 귀속될 부담액으로 한다."라고 하면서 제4호에서 "연구개발비: 신제품·신기술의 연구 또는 개발활동과 관련하여 비경상적으로 발생한 비용으로서 미래의 경제적 효과와 이익을 기대할 수 있는 것으로 하되, 산업기술연구조합육성법에 의한 산업기술연구조합의 조합원이 동 조합에 연구개발 및 연구시설 취득 등을 위하여 지출하는 금액을 포함한다."라고 규정하고 있으며, 제2항에서는 "제1항의 이연자산은 다음 각호의 방법에 의하여 상각한다."라고 하면서 제4호에서 "연구개발비: 연구개발비로 계상한 사업연도부터 5년 이내의 매 사업연도에 균등액 이상을 상각하여야 한다."라고 규정하고 있다.
• 다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인의 주장과 처분청 의견에 따르면 기업합리화적립금 과소적립에 따른 처분청의 경정결정 처분에 대해서는 당사자간에 다툼이 없으므로 여기서는 이연자산 상각문제에 대해서만 살펴본다.

(2) 먼저, 연구개발비 지출내역과 관련하여 청구법인이 우리원에 제출한 1996∼1998 사업연도 재무제표·이연자산상각명세서·연구개발비 지출내역 등을 살펴보면, 청구법인은 1992년 설립된 코스닥 등록 벤처기업으로서 무선호출기, PCS 단말기 등 통신관련 전자제품을 전문적으로 생산하여 왔는데 이 과정에서 상기 3개년간 발생한 연구개발비 지출액은 총 8,207,891,894원(이하 "쟁점연구개발비"라 한다)이며 이는 총 9개 신기술개발 프로젝트 사업에 투입된 것으로 나타나고 있다. 그 주요 내용으로는 ○○○ 프로젝트에 3,171,184,793원, ○○○ 프로젝트에 123,073,925원, ○○○ 프로젝트에 111,184,235원, ○○○ 프로젝트에 1,449,323,865원, ○○○ 프로젝트에 163,548,312원, PCS단말기 프로젝트에 2,582,935,240원, ○○○ 프로젝트에 213,481,641원, ○○○ 개발에 201,404,162 그리고 고속 ○○○기술 & 상용○○○ 개발에 191,755,721원이 각각 지출된 것으로 확인된다. 이러한 연구개발비 지출을 각 사업연도별로 구분하여 보면 1996사업연도분이 1,603,775,524원, 1997사업연 도분이 3,996,691,716원, 1998사업연도분이 2,607,424,654원으로 나누어진다. 1996사업연도 1997사업연도 1998사업연도 합 계 1,603,775,524원 3,996,691,716원 2,607,424,654원 8,207,891,894원

(3) 청구법인이 쟁점연구개발비를 이연자산으로 상각하여 각 사업연도 손금에 산입한 실적을 살펴보면 1996사업연도에 320,755,105원, 1997사업연도에 353,464,767원, 1998사업연도에 713,798,253원으로 나타나고 있는데, 관련법령에 따라 당해 사업연도에 발생한 연구개발비를 당해 사업연도부터 5년 이내 균등하여 상각하는 경우, 각 사업연도 상각대상으로 손금 산입할 금액은 1996사업연도가 320,755,105원, 1997사업연도가 1,120,093,448원 그리고 1998사업연도가 1,641,578,379원이 되어 결국 1996 사업연도를 제외한 1997사업연도와 1998사업연도의 경우에는 각각 353,464,767원, 713,798,253원만큼이 상각되어 세법에서 정한 상각대상 금액보다 1997사업연도는 766,628,681원, 1998사업연도는 927,780,126원이 과소 상각된 사실이 확인된다. (단위: 원) 각 사업연도 세법상의 연도별 상각액 실제상각액 과소상각액 1996 1997 1998 연구개발비지출 1,603,775,524 3,996,691,716 2,607,424,654 8,207,891,894 5년간 균등 상각 가액 96년 320,755,105 320,755,105 320,755,105 0 97년 320,755,105 799,338,343 1,120,093,448 353,464,767 766,628,681 98년 320,755,105 799,338,343 521,484,931 1,641,578,379 713,798,253 927,780,126 99년 320,755,105 799,338,343 521,484,931 1,641,578,379 00년 320,755,105 799,338,343 521,484,931 1,641,578,379 01년 799,338,343 521,484,931 1,320,823,274 02년 521,484,931 521,484,931 합계 1,603,775,524 3,996,691,716 2,607,424,654 8,207,891,894

(4) 이와같이 1997∼1998사업연도의 경우 청구법인의 이연자산 과소상각 사실이 확인되므로 여기에서는 동 과소상각 부분을 양 사업연도의 세액 계산상 손금에 산입할 수 있는지에 대하여 살펴본다. 세법상 과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 납세자는 그 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 경우 법정신고기한 경과후 1년 이내에는 경정청구권리가 주어져 있는 것이고, 과세관청은 납세자의 신고내용에 오류나 탈루가 있는 경우 부과제척기간내에는 그 과세표준과 세액을 경정할 수 있는데, 그러한 과세관청에 의한 경정결정은 당초의 당해연도 과세표준과 세액을 포함한 전체내용에 대하여 다시 결정하는 것으로 보아야 할 것이므로 이 경우에는 경정청구기간이 도과한 경우라고 하더라도 과세관청의 경정처분이 속하는 당해 사업연도에 대해서는 납세자가 다시 불복을 제기할 수 있는 것이다.(국심1989서1199, 1989.10.28, 대법 85누599, 1987.12.22 등 다수가 같은 뜻임) 따라서 처분청이 경정결정한 바 없는 1997사업연도의 경우는 비록 청구법인이 이연자산 상각실적이 세법에서 정한 금액에 미달되었다고 하더라도 이는 경정청구기간이 도과했으므로 다툴 수 없는 것이며, 처분청이 과세표준과 세액을 경정결정한 1998사업연도는 불복청구의 대상이 될 수 있는 것이다. 따라서 처분청이 1998사업연도 기업합리화적립금 과소적립 사실을 확인하여 당해연도 청구법인의 과세표준과 세액을 경정결정하면서 같은 사업연도에 속한 이연자산 과소상각분 927,780,126원에 대해서는 이를 경정청구기간이 도과되었다는 이유로 손금에 산입하지 않은 것은 잘못이라고 판단된다.

• 라. 결론 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.