[요지] 직권폐업 및 사업자등록말소 조치가 정당하더라도 사업자등록증 회수나 등록말소공고 사실없고, 상호 및 사업내용을 변경해 사업을 계속한 것으로 인정되므로 ‘등록전 매입세액’으로 보아 불공제함은 부당한 사례
[요지] 직권폐업 및 사업자등록말소 조치가 정당하더라도 사업자등록증 회수나 등록말소공고 사실없고, 상호 및 사업내용을 변경해 사업을 계속한 것으로 인정되므로 ‘등록전 매입세액’으로 보아 불공제함은 부당한 사례
[주 문] 처분청이 청구법인의 1999/1기분 매입세액 중 청구외 (주) OOO로부터 수취한 세금계산서상의 매입세액 312,727,273원 을 공제되지 않는 사업자등록정 매입세액으로 보아 1988.11.
16. 환급을 거부한 처분은 쟁점매입세액을 공제대상 매입세 액으로 하여 세액을 경정한다.
[이 유]
1. 사 실 청구법인은 1999.4.30. 서울특별시 서초구 OOO동 OOO (주)OOO로부터 경기도 고양시 덕양구 OOO동 OOO OOO터미널의 건물 (이하 “쟁점건물”이라 한다)을 3,440,000,000원에 매입(이하 “쟁점거래”라 한다)하고 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하였으며 1999.11.10. 관련 매입세액 312,727,273원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 환급신청 하였다. 처분청은 청구법인이 관할 서초세무서장으로부터 1998.7.31.자로 직권폐업조치된 사업자(1998.12.7 소급하여 직권폐업하였음)로 1998.8.1부터 새로 사업자등록을 신청한 1999.5.29.까지는 미등록사업자에 해당되어 청구인이 1999.4.30. 자로 교부받은 쟁점세금계산서 관련 쟁점매입세액은 사업자등록전 매입세액에 해당한다 하여 1998.11.16. 청구법인에게 환급거부통지를 하였다. 청구법인은 이에 불복하여 1999.12.23. 심사청구를 거쳐 2000.10.9. 심판청구를 제기하였다.
2. 청구인 주장 및 처분청 의견
(1) 부가가치세는 공급하는자가 공급받는자로부터 부가가치세를 거래징수하며 공급받는자는 전단계세액공제제도에 의거 거래징수당한 매입세액을 납부할 세액에서 공제받거나 환급받는 과세제도로, 본 건의 경우와 같이 거래의 실체가 있고 거래당시 부가가치세가 거래징수되었다면 공급받는자는 거래징수당한 부가가치세를 매입세액으로 공제받아야 한다.
(2) 세무서장의 직권폐업조치에 의한 사업자등록의 말소가 사업자의 지위에 변동을 가져오는 것은 아니며 직권말소나 사업자등록증의 회수 등은 불복의 대상이 되는 행정처분으로도 볼 수 없는 행정편의상 내부처분이며(같은 뜻 대법 87누 156, 1988.3.8 선고) 실무상 “직권폐업”은 행정편의 및 효율성을 위하여 행하는 것으로 사업자등록을 한 법인사업자의 사업자로서의 실체를 부정할 수는 없는 것이므로 청구법인이 사업자등록 정정신고를 한데 대하여 처분청이 신규사업자로 사업자등록증을 교부하였으나 이에 대하여 이의를 제기하지 아니했다는 사실이 사업실체를 부정하는 근거로 될 수는 없고, 청구법인은 쟁점건물을 매수하여 운용중이며 이후 해약되는 임차인의 보증금반환에 348백만원, 건물보수공사비에 50백만원, 부채에 대한 공탁금 268백만원 등 약 650백만원의 자금을 투입하여 사업을 영위중이며 양도자 (주)OOO의 채권자인 연합캐피탈의 부채 8억원에 대하여 근저당권을 설정하여 주는 등 터미널건물을 양수하고 사업을 계속하고 있는 정상적인 사업자이므로 쟁점매입세액을 환급조치 하여야 한다.
(1) 부가가치세법 제17조 제2항 제5호에서 사업자등록을 하기전의 매입세액은 매출세액에서 공제되지 아니한다고 규정하고 있으며 부가가치세법 시행령 제60조 제8항에서는 등록신청일로부터 20일 이내의 것은 공제대상으로 한다고 규정하고 있다.
(2) 청구법인은 1998.7.31.자로 직권폐업된 후 사업을 개시한 시점인 1999.5.29.까지 사업자등록이 되어있지 않은 미등록 상태로 있었으므로 청구법인이 수취한 1999.4.30.자 매입세금계산서 관련 매입세액은 등록전의 매입세액이므로 공제 받지 못할 매입세액에 해당되어 쟁점매입세액을 불공제한 당초처분은 정당하다.
3. 쟁점 및 판단
(1) 부가가치세법(1998.12.28. 법률 제5585호로 개정된 것) 제5조【등 록】
① 신규로 사업을 개시하는 자는 사업장마다 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업개시일부터 20일 이내에 사업장 관할세무서장에게 등록하여야 한다. 다만, 신규로 사업을 개시하고자 하는 자는 사업개시일전이라도 등록할 수 있다. (1998.12.28 개정)
② 사업장 관할세무서장은 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자에게 대통령령이 정하는 바에 의하여 등록번호가 부여된 등록증(이하 “사업자등록증”이라 한다)을 교부하여야 한다. (1995.12.29 개정)
③ 제1항의 규정에 의하여 등록한 사업자가 휴업 또는 폐업하거나 기타 등록사항에 변동이 발생한 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 지체없이 사업장 관할세무서장에게 신고하여야 한다. 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 자가 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에도 또한 같다. (1995.12.29 개정)
④ 사업자가 폐업하거나 제1항 단서의 규정에 의하여 등록한 후 사실상 사업을 개시하지 아니하게 되는 때에는 사업장 관할세무서장은 지체없이 그 등록을 말소하여야 한다. (1995.12.29 개정)
⑤ 사업장 관할세무서장은 필요하다고 인정하는 때에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자등록증을 갱신·교부할 수 있다. (1995.12.29 개정) 제17조 【납부세액】
① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다. (1995.12.29 개정)
1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액
2. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화의 수입에 대한 세
② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.
3. 제5조 제1항의 규정에 의한 등록을 하기 전의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 것을 제외한다. (1999.12.28 개정)
(2) 부가가치세법시행령(1998.12.31. 대통령령 제15973호로 개정된 것) 제60조 【매입세액의 범위】
⑥ 법 제17조 제2항 제5호에 규정하는 등록은 등록신청일을 기준으로 한다. (1991.12.31 개정)
⑦ 법 제17조 제2항 제5호 단서에서 “대통령령이 정하는 것”이라 함은 등록신청일부터 역산하여 20일 이내의 것을 말한다. (1998.12.31 신설)
(1) 먼저 청구법인의 쟁점거래가 정상적인 거래인지에 대하여 본다. (가) 청구법인이 쟁점건물을 청구외(주)OOO(서울특별시 서초구 OOO동 OOO)로부터 3,440백만원 (공급가액 3,127백만원 부가가치세 313백만원)에 취득하기로 하고 매매대금중 50백만원과 부채 3,340백만원을 계약시에 청구법인이 인수하고 잔금 50백만원은 1999.5.3.에 지불하기로 1999.4.30. 계약한 사실이 청구법인이 제시한 심리자료에 나타난다. (나) 청구법인은 쟁점건물매매대금 3,440백만원을 터미널건물의 임대보증금 1,952백만원과 (주)OOO캐피탈의 부채 8억원 등 합계 3,340백만원의 부채를 인수하고 100백만원은 현금으로 지급하였으며 터미널건물 인수 후 인수한 임대보증금 중 348백만원을 환불하고 공사관련 미지급금 231백만원을 지불하고 법원공탁금 274백만원을 지출하는 등 853백만원을 현금지출 하고 사업을 하고 있으며 부채로 인수한 (주)OOO캐피탈의 차입금 8억원에 대하여는 쟁점건물에 1999.4.30. 근저당권을 설정 해주었음이 청구인이 제시한 심리자료에 나타난다. (다) (주)OOO의 쟁점건물 신축 및 양도경위를 살펴보면 (주)OOO은 쟁점건물의 부수토지인 경기도 고양시 덕양구 OOO동 OOO 토지 4,896㎡를 소유한 상태에서 지상에 청구외 OOO건설(주)에 도급을 주어 터미널건물을 신축하였으며 건축주 (주)OOO과 시공회사인 청구외 OOO건설(주)는 (주)OOO피탈(서울특별시 강남구 OOO동 OOO, OOO OOO센타 4,5층)로부터 40억원의 자금을 차용하면서 (주)OOO 소유토지에 대하여 근저당권을 설정하여 주고 건물 완성시에 건물에 대해서도 1순위 근저당권을 설정하여 주겠다는 내용의 각서를 1998.1.23. 제출하였고 청구외 (주)OOO은 쟁점건물완공후 1999.4.29. 소유권보존등기를 경료하고 1999.4.30. (주)OOO캐피탈에 근저당권을 설정하고 같은날 청구법인에게 3,440백만원에 양도한 사실이 쟁점건물의 등기부등본일 청구법인이 제시한 심리자료에 나타난다. (라) (주)OOO의 채권자인 (주)OOO캐피탈은 “(주)OOO이 쟁점건물을 청구법인에게 양도한 것은 채무를 면탈할 목적으로 이루어진 사해행위이므로 매매계약취소와 소유권회복을 원인으로 한 소유권이전등기를 (주)OOO에게 이행하라”는 내용의 민사소송(99의정부지원가합13024)과 쟁점거래에 대하여 강제집행면탈죄 등으로 형사고발(1999서울지검1052291호)을 하였으며 민사소송은 심리일 현재 진행중임이 확인되고 강제집행면탈 형사고발건은 2000.5.23. 서울지방검찰청 OOO 검사로부터 매매당사자인 (주)OOO과 청구법인이 모두 무혐의로 불기소 처분되었으며, 청구외법인이 (주)OOO의 OOO캐피탈에 대한 부채 8억원을 인계인수하여 채무를 이행하였고 청구법인이 쟁점건물 완공후 당초 약속대로 (주)OOO캐피탈에 근저당권을 설정해주는 등 청구법인이 쟁점건물의 매매대금 3,440백만원에 대한 의무를 이행하고 소유권을 이전한점 등으로 보아 (주)OOO이 쟁점건물을 청구법인에게 양도한 쟁점거래는 정상적인 거래라고 할 것이고, 따라서 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서는 정상적인 세금계산서라고 인정된다.
(2) 다음으로 청구법인이 미등록사업자로서 쟁점세금계산서를 교부받은 것인지에 대하여 본다. (가) 청구법인은 서울특별시 서초구 OOO동에 소재하는 (주)OOO영상(1992.12.31. 설립)을 인수하여 1997.12.9. 사업장을 서울특별시 서초구 OOO동 1667-1로 이전하고 법인명을 ‘(주)OOO’으로 변경하여 사업자등록증(114-81-46191, 수익사업개시일: 1992.4.6.)을 교부받아 1998/1기 확정부가가치세는 신고하였으나 1998/2기 예정부가가치세를 신고납부기한인 1998.10.25.까지 이행하지 않고 사업장을 이전하였으며, 관할 서초세무서장은 1998.12.7. 청구법인이 1998년 제2기 부가가치세를 신고하지 않고 무단전출하였다 하여 폐업일을 1998.7.31.로 소급하여 직권폐업 조치하였음이 처분청의 심리자료에 나타난다. (나) 청구법인은 등기부상 소재지를 1999.4.29. 강남구 OOO동 OOO로 이전하면서 법인명을 (주)OOO실업으로 변경하였고 1999.4.30. 쟁점건물을 (주)OOO로부터 매수하고 쟁점세금계산서를 교부받았으며, 1999.5.24. 사업장을 OOO터미널소재지인 고양시 덕양구 OOO동 OOO로 이전하면서 법인명을 OOO터미널(주)로 변경하고 터미널사업과 부동산임대업을 영위중임이 청구법인과 처분청이 제시한 심리자료에 나타난다. (다) 청구법인은 1999.5.29. 처분청에 상호를 (주)OOO에서 OOO터미널주식회사로, 주업태를 도소매(수출입업)에서 부동산(매매·임대)으로, 납세지를 서울특별시 서초구 OOO동 OOO에서 경기도 고양시 OOO동 OOO로 변경하는 사업자등록정정신고 및 납세지 변경신고를 하였으나 처분청은 1999.6.4. 개업년월일을 1999.4.30.로 하여 신규로 사업자등록증을 발급하였음이 청구인이 제시한 사업자등록정정 및 납세지변경신고서와 사업자등록증에 의해 확인된다. (라) 청구법인은 1998년 제1기에는 매출액을 88,919,047원으로, 환급세액을 795,857원(매출세액 9,689,750원 - 매입세액 8,891,893원)으로 하여 부가가치세를 신고하였으며 1998년 제2기는 부가가치세를 신고한 사실이 없고 1999년 제1기에는 과세표준을 33,936,210원으로 납부세액을 3,124,322원(매출세액 3,393,620 - 매입세액 269,298원)으로 하여 부가가치세를 신고한 사실로 보아 청구법인은 1999년 제1기까지 영업활동을 계속해온 것으로 인정된다. (마) 처분청은 1998.12.7. 청구법인이 1998년 2기 부가가치세신고를 하지 않았고 무단으로 사업장을 이전하였다 하여 폐업일을 1998.7.31.로 하여 직권폐업조치 하였는바, 전시 부가가치세법 제5조 5항 및 같은법시행령 제12조에 의하면 사업자등록을 말소하는 때에는 관할세무서장은 지체없이 등록증을 회수하여야 하며 이를 회수할 수 없는 경우에는 등록말소사실을 공시하여야 한다고 규정하고 있으므로 처분청이 사업자등록을 회수하거나 등록말소사실을 공시하여 청구법인에게 사업자등록이 말소된 사실을 알려야 함에도 이러한 절차를 이행하지 아니하여 사업자등록이 말소된 사실을 알지 못한 상태에서 사업을 계속하기 위하여 업종 및 사업장을 변경하고 사업용부동산을 취득하고 기 발급받은 사업자등록증을 첨부하여 사업자등록정정신고를 한 점, 청구법인이 해산이나 청산한 사실이 없어 법인실체가 존재하는 상황인 점등을 종합해 보면 처분청의 직권폐업조치와 등록말소처분이 정당하다 하더라도 이를 청구법인에게 미리 통지하였다면, 청구법인이 먼저 사업자등록을 필하고 쟁점건물을 매입하였을 것이므로 청구법인에게 귀책사유가 없음이 인정된다.
(3) 위 사실관계를 종합해 보면 청구법인은 1997.12.9. (주)OOO영상을 인수하여 관할세무서에 사업자등록을 한 법인사업자로서의 지위를 그대로 유지하면서, 상호 및 사업내용만 변경하고 사업을 계속적으로 해 온 것으로 인정되므로 청구법인이 1999.4.30. 쟁점건물을 매입하고 정상적으로 교부받은 쟁점세금계산서의 매입세액을 사업자등록전 매입세액에 해당한다 하여 불공제한 처분은 부당하다고 판단된다.