조세심판원 심판청구 부가가치세

하자있는 조사로 인한 부과처분이 부당한지 여부

사건번호 국심-2000-중-2225 선고일 2001.01.13

사업자의 부재중으로 인해 사전 동의없이 조사를 착수한 경우 하자있는 것으로 보아 부과처분이 부당한지 여부

심판청구번호 국심2000중 2225(2001. 1.13) 蚌�○○○구 ○○○동 ○○○에서 "○○○개발"이라는 상호로 부동산 임대업을 영위하는 자로써, 처분청은 청구인에 대하여 1995년 귀속 분∼1999년 귀속 분의 개인제세에 대한 특별세무조사를 실시하여 부동산임대 수입금액 누락 1,068,801,553원을 매출에 가산하고, 수도광열비 중 임차인 부담분 매입세액 부당공제분 24,649,705원을 매입세액 불공제 처분하여 2000.6.12 청구인에게 부가가치세 1995년 1기분 8,476,370원, 1995년 2기분 11,709,560원, 1996년 1기분 16,916,580원, 1996년 2기분 22,656,930원, 1997년 1기분 22,883,251원, 1997년 2기분 25,614,070원, 1998년 1기분 21,870,970원, 1998년 2기분 15,037,190원, 1999년 1기분 12,037,180원, 합계 157,388,820원 결정·고지하였다. 청구인은 이에 불복하여 2000.7.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구 주장 및 처분청 의견
  • 가. 청구 주장

(1) 처분청은 1999.10.15 청구인의 임대사업장에 대한 조사에 임하면서 청구인의 사전 동의없이 청구인의 사무실을 수색하여 서류일체를 압수하여 이를 기초로 조사하여 과세처분하였는 바, 이는 조사절차상 하자있는 조사 진행으로 무효이다.

(2) 청구인의 개인제세에 대하여서는 이미 ○○○세무서장이 1995년 1기∼1998년 1기 과세기간에 대하여 부가가치세 및 개인제세에 대하여 조사하였으므로 다시 조사한 이 건 처분은 국세기본법 제81조 의 3【중복조사의 금지】조항에 위배되므로 결정취소 하여야 한다.

(3) 처분청이 청구인의 임대사업장에서 예치한 1998년 업무노트의 기록을 기준으로 1995∼1997년도 귀속 임대수입금액 누락금액으로 확정한 727,841,843원은 근거과세에 위배되고, 일부는 임대계약서 및 임대차계약내용 확인서 또는 임대료 영수증 등에 의하여 확인되는 임대수입금액보다 사실과 다르게 190,874,910원이 과대하게 결정하였으므로 전액취소 또는 감액·경정하여야 하며, 1998년 귀속 분 수입금액 누락금액도 사실과 다르게 11,221,400원이 과다 결정되었기에 이를 감액·경정하여야 한다.

(4) 수도광열비 중에서 1998년도의 장부상 청구인과 임차인의 부담 비율에 의하여 1995년∼1997년도 분 수도광열비 중 임차인이 부담한 부분 계산하여 이와 관련된 부가가치세 24,,649,705원을 매입세액 불공제한 처분은 부당하다.

  • 나. 처분청 의견

(1) 1999.10.15 11:00 경 청구법인의 임대사업장에 대한 조사착수시 청구인은 부재중이었으나, 관리책임자인 청구외 ○○○에게 세무조사통지서와 납세자권리헌장, 납세자가 알아야 할 사항을 제시하였고, 조사사유도 설명하였으며, 청구인에게도 전화로 조사사유를 설명한 바 있으며, 조사 당시 임대사업장의 관리책임자인 청구외 ○○○외 1인의 입회하에 관련서류를 임의로 제출받아 임대관련 노트와 제예금통장 등은 복사하였고, 일부 복사하지 못한 임대차계약서 등은 관리책임자 ○○○의 승인하에 보관증을 써주고 임의 제출받은 바, 조사절차상 하자없다.

(2) 청구인의 임대사업장에 대한 1995년∼1998년 귀속 분에 대한 ○○○세무서장의 기조사한 내용은 임대사업장에 대한 부가가치세 경정조사로서 청구인에 대한 개인제세 전반에 관한 조사가 아니며, 국세기본법 제81조 의 3【중복조사의 금지】규정에 의하면 조세탈루혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우 등은 중복조사 금지에 해당되지 아니하므로 중복조사가 아니다.

(3) 청구인은 1998년도 업무노트의 기록을 근거로 하여 1998년 이전 임대료 수입금액을 산정하였다고 주장하나, 이 건 처분청이 임대수입금액 누락금액으로 확인한 금액은 사업자가 사업장에 비치한 장부 및 임차인의 확인서, 관리책임자 및 여직원의 확인서 등에 의하여 해당 연도의 임대수입금액으로 확인하여 산정한 금액으로 정당하다.

(4) 청구인이 부담하지 아니한 전기료 등에 대한 매입세액은 청구인이 공제받을 수 없는 매입세액이므로 당초 처분 정당하다.

3. 쟁점 및 판단
  • 가. 쟁점 이 건 쟁점은 다음과 같다.

(1) 조사절차상 하자있는 조사진행으로 인하여 부과처분이 부당한지 여부,

(2) 이 건 조사가 국세기본법에 규정하는 중복조사에 해당되는지 여부,

(3) 임대료 및 관리비 등 수입금액탈루금액을 사실과 상이하게 과다 결정하여 실질과세 및 근거과세에 위배되는지 여부,

(4) 1995년∼1997년 귀속 수도광열비 중 청구인과 임차인이 각각 부담할 수도광열비를 1998년도의 부담비율에 의거 추산하여 임차인 부담 분에 해당하는 수도광열비 상당액 등에 대한 부가가치세를 매입세액불공제한 처분의 당부를 가리는 데 있다.

  • 나. 쟁점별 판단

(1) 절차상의 하자있는 조사진행으로 부당한 과세처분인지 여부에 대하여 (가) 관련 법령 국세기본법 제81조 의 2【납세자권리헌장의 제정 및 교부】제2항에 의하면 "세무공무원은 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 제1항의 규정에 의한 납세자권리헌장의 내용이 수록된 문서를 납세자에게 교부하여야 한다(1996.12.30 신설)"라고 규정하면서 제2호에서 "법인세의 결정 또는 경정을 위한 조사 등 부과처분을 위한 실지조사를 하는 경우"를 규정하고 있다. (나) 사실관계 및 판단 처분청은 1999.10.15 청구인의 임대사업장에 임하여 조사를 착수할 당시 청구인은 부재중이었으나, 관리책임자인 청구외 ○○○에게 세무조사통지서와 납세자권리헌장, 납세자가 알아야 할 사항 등을 제시하였고, 조사사유도 설명하였으며, 청구인에게도 전화로 조사사유를 설명하였고, 청구인의 임대사업장의 관리책임자 및 직원의 입회하에 관련서류를 임의로 제출받아 검토하였으며, 관리책임자 ○○○의 승인을 얻어 임대차계약서 등 일부서류를 보관증을 써주고 예치하였다고 주장하고 있는 반면, 청구인은 처분청이 청구인의 사전 동의 없이 청구인의 사무실을 수색하여 서류일체를 압수하여 이를 기초로 조사하여 과세처분하였다고 주장하고 있다. 국세청의 국세업무편람 조사편 제41조【장부, 서류 등의 예치】제1항에서는 "특별조사를 실시함에 있어서 탈루혐의에 대한 증거서류 등을 확보할 필요가 있다고 판단되는 경우에는 장부, 서류 등을 예치할 수 있다"고 규정하고 있고, 제2항에서는 "장부, 서류 등을 예치하고자 하는 경우에는 납세자에게 예치승낙서를 받아야 하며, 예치를 완료한 때에는 예치증 및 예치목록을 교부하여야 한다"고 규정하고 있다. 위 상반된 주장에 대하여 당부를 가려보면 처분청이 조사착수 당시 국세기본법 제81조 의 2의 규정에 의해 세무조사통지서와 납세자권리헌장, 납세자가 알아야 할 사항 등을 적법하게 제시한 사실은 청구인이 제시한 증거서류에도 "세무조사통지서" 및 조사담당 직원이 청구인의 일부 장부 및 증거서류를 예치하고 작성해준 "보관증"이 있다는 점에서 인정되고, 조사사유도 설명한 것으로 정황상 짐작된다. 또한, 위 사무처리규정에 의하면 청구인에 대한 개인제세 조사에 있어서는 청구인의 장부 등을 예치할 수 있는 것으로 판단되고, 청구인의 대리인으로 볼 수 있는 직원 ○○○외 1인의 입회 하에 관련서류를 임의로 제출받아 임대관련 노트와 제예금통장 등은 복사하였고, 일부 복사하지 못한 임대차계약서 등을 관리책임자 ○○○의 승인하에 보관증을 써주고 임의 제출받은 사실이 인정되므로 조사절차상 관련 규정을 위반한 것으로 보이지는 않는 것으로 판단된다.

(2) 중복조사에 해당되어 부당과세인지 여부에 대하여 (가) 관련법령 국세기본법 제81조의3 【중복조사의 금지】에서는 "세무공무원은 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우, 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우, 2이상의 사업연도와 관련하여 잘못이 있는 경우 기타 이와 유사한 경우로서 대통령령이 정하는 경우를 제외하고는 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재경정·재조사를 할 수 없다(1996.12.30 신설)"라고 규정하고 있다. (나) 사실관계 및 판단

○○○세무서장이 청구인의 쟁점 임대사업장에 대하여 1995년 1기∼1998년 1기 과세기간에 대한 부가가치세 경정조사를 실시하여 부가가치세 37,664천원을 추징한 사실이 처분청의 과세적부심사 결정문에 의해 확인된다. 또한, 이 건 조사는 ○○○지방국세청장이 청구인에 대한 개인제세에 대한 전반적인 내사를 실시하여 조세탈루 혐의가 있는 것으로 보아 특별조사대상으로 선정하여 조사한 사실이 처분청의 조사관련 기록에 의해 확인된다. 위 확인된 사실에 근거하여 판단해 보면 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 탈세제보자료를 처리하기 위한 경우에는 중복조사금지사유에 해당하지 아니하므로 같은 세목 및 과세기간에 대해 재조사할 수 있다(같은 뜻, 국세청 징세46101-111, 1999.1.12)고 판단되며, 같은 과세기간에 대하여 부가가치세 조사 후 종합소득세를 조사하는 경우 같은 세목이 아니므로 중복조사에 해당되지 아니하는 것(같은 뜻, 국세청 징세46101-1783, 1997.7.21)이므로 청구인에 대해 사전 내사를 통하여 조세 탈루혐의를 포착하여 조사대상으로 선정하여 개인제세 전반에 대해 조사를 실시한 이 건의 경우 국세기본법 81조의3 규정에 의해 중복조사에 해당하지 아니하는 것으로 판단된다.

(3) 임대료 및 관리비 등 수입금액누락금액 적출이 사실과 상이하게 과다하게 결정하여 실질과세 및 근거과세에 위배되는지 여부에 대하여 (가) 관련법령 국세기본법 제16조 【근거과세】제1항에서는 "납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다"라고 규정하고 있고, 제2항에서는 "제1항의 규정에 의하여 국세를 조사·결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다"라고 규정하고 있다. (나) 사실관계 및 판단 처분청이 청구인의 임대료 및 관리비 등의 수입금액누락금액(1995년∼1997년)으로 확정한 727,841,843원은 청구인이 주장하는 바와 같이 1998년도 업무노트 뿐 아니라, 임대사업장의 관리직원이 비치·기장한 1995년 이후 임대료 및 관리비 수입에 관한 기록과 임차인으로부터 징취한 확인서, 관리책임자 및 여직원의 확인서 등에 의해 당해 연도의 임대수입금액 누락금액을 산정한 사실이 처분청의 조사관련 서류 및 쟁점 임대사업장의 관리책임자 청구외 ○○○의 확인서, 처분청이 제시한 임차인들의 확인서 등에 의하여 확인된다. 청구인은 1995년∼1997년 기간 중 처분청이 확정한 임대수입금액이 실제보다 190,874,910원을 초과 결정되었다고 주장하면서 처분청이 제시한 증빙과 일부 일치하지 아니한 임대계약서, 임차인의 확인서, 임대료 영수증 등에 근거자료로 제시하고 있으며, 1998년 및 1999년의 결정 수입금액 누락금액에는 임차인이 부담하는 하수도 공사비 대납금액, 처분청의 착오로 인한 과다 계상 분, 임대료 인하 분 등 11,221,400원이 과다계상되었음을 주장하면서 쟁점 임대사업장의 업무노트와 이를 이기한 처분청의 집계표를 비교 분석한 자료를 제시하고 있다. 위 사실에 근거하여 판단해 보면 청구인은 1998년의 업무노트에 의해 확인된 임대수입금액을 기준으로 일률적으로 1995년, 1996년, 1997년 귀속 임대수입금액 누락금액을 산정하였다고 주장하며, 이는 객관적인 근거자료가 없는 부당한 처분으로 실질과세 및 근거과세 원칙에 위배되어 취소되어야 한다고 주장하고 있으나, 처분청은 청구인의 업무노트 뿐 아니라 청구인이 비치 기장한 장부 및 임차인으로부터 징취한 확인서 등에 의해 수입금액을 산정한 사실이 처분청의 조사관련서류에 의해 확인되어 청구주장은 사실과 다른 것으로 판단되고, 처분청의 1995년∼1997년 기간중 수입금액누락금액을 과다하게 결정하였다는 청구주장도 청구인이 불복청구 중 제시한 계약서 및 임차인의 확인내용이 처분청이 제시한 증빙서류와 일부 다른 점에 비추어 이를 신뢰하기 어려운 측면이 있어 청구주장을 받아드리기 어렵고, 1998년 이후 수입금액누락금액에도 임차인의 하수도 공사비 대납금액 1,000,000원, 처분청의 착오 계상분 3,316,955원, 임대료 인하 분 1,050,000원 등 합계 11,221,400원이 과다 계상되었다는 청구주장도 하수도 공사비를 임차인으로부터 징수한 사실에 비추어 관리비 성격으로 보아야 하며, 업무노트 상의 기록만으로 임대료 인하 분이라는 청구주장을 확인하기 어렵고, 착오로 과다 계상되었다는 금액도 그 금액이 전체 수입금액 누락금액에 비하여 극히 미미하고 착오로 매출누락 계산에서 누락된 부분도 있을 수 있다는 점을 감안할 때 이를 받아드리기 어려운 것으로 판단된다.

(4) 청구인이 부담하지 아니한 전기료 등에 대한 매입세액을 불공제한 처분의 당부에 대하여 (가) 관련법령 부가가치세법 제17조 【납부세액】제1항에서는 "사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하납부세액이라)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하매출세액이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하매입세액이라 한다)을 공제한 금액으로 한다(단서 생략)(1995.12.29 개정)"라고 규정하면서, 제1호에서 "자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액"이라고 규정하고 있으며, 제2항에서 "다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다"라고 규정하면서 제2호에서 "사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액"이라고 규정하고 있다. (나) 사실관계 및 판단 처분청은 1998년도 수도광열비 중 전기료의 본인 부담분 12,839,505원이 총 납부 전기료 68,307,44원에서 차지하는 비율 18.80%를 적용하여 1995년부터 1998년까지의 전기료 임차인 부담액을 재계산하여 이에 관련되는 부가가치세 24,649,705원을 매입세액불공제한 사실이 처분청의 부가가치세 경정결의서에 의해 확인된다. 처분청은 1995년부터 1997년까지의 수도광열비 중 전기료의 임차인 부담 분을 청구인의 당해 연도의 관련장부가 미비하여 구분되지 아니하므로 1998년도의 청구인의 장부에 의해 확인되는 비율에 의해 추계하여 계산한 사실이 확인되며 이는 달리 보다 합리적인 방법을 제시하지 못하는 한 타당한 것으로 보아야 할 것이고, 임차인 부담분으로 인정되는 부분에 대한 매입세액은 청구인의 부동산 임대사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액이므로 이를 매입세액불공제한 당초 처분이 정당한 것으로 판단된다.

  • 라. 그러므로 이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

결정 내용은 붙임과 같습니다.

원본 출처 (국세법령정보시스템)